Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0107
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0107, 283 aa
1>>>pF1KE0107 283 - 283 aa - 283 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0522+/-0.00112; mu= 6.2647+/- 0.065
mean_var=134.5121+/-28.242, 0's: 0 Z-trim(106.1): 163 B-trim: 5 in 1/49
Lambda= 0.110584
statistics sampled from 8578 (8767) to 8578 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.635), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 2.330
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45261.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 ( 353) 1278 215.6 4e-56
CCDS10149.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 ( 395) 1278 215.7 4.4e-56
CCDS72685.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 240) 776 135.4 3.8e-32
CCDS34.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 340) 776 135.5 5e-32
CCDS5703.1 GNB2 gene_id:2783|Hs108|chr7 ( 340) 772 134.9 7.8e-32
CCDS3230.1 GNB4 gene_id:59345|Hs108|chr3 ( 340) 766 133.9 1.5e-31
CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 340) 763 133.5 2.1e-31
CCDS73427.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 339) 739 129.6 3e-30
CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 ( 800) 389 74.1 3.8e-13
CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 521) 360 69.3 6.6e-12
CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 522) 360 69.3 6.7e-12
>>CCDS45261.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 (353 aa)
initn: 1273 init1: 1273 opt: 1278 Z-score: 1121.1 bits: 215.6 E(32554): 4e-56
Smith-Waterman score: 1525; 77.8% identity (77.8% similar) in 315 aa overlap (39-283:39-353)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 NETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLKGHGNKVLC
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLKGHGNKVLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90
pF1KE0 MDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNK-------------------------------
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNKEHAVTMPCTWVMACAYAPSGCAIACGGLDNK
70 80 90 100 110 120
100 110
pF1KE0 ---------------------------------------ILTASGDGTCALWDVESGQLL
:::::::::::::::::::::
CCDS45 CSVYPLTFDKNENMAAKKKSVAMHTNYLSACSFTNSDMQILTASGDGTCALWDVESGQLL
130 140 150 160 170 180
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 QSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVRYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVRYY
190 200 210 220 230 240
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYTIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYTIN
250 260 270 280 290 300
240 250 260 270 280
pF1KE0 VWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
310 320 330 340 350
>>CCDS10149.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 (395 aa)
initn: 1273 init1: 1273 opt: 1278 Z-score: 1120.4 bits: 215.7 E(32554): 4.4e-56
Smith-Waterman score: 1525; 77.8% identity (77.8% similar) in 315 aa overlap (39-283:81-395)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 NETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLKGHGNKVLC
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLKGHGNKVLC
60 70 80 90 100 110
70 80 90
pF1KE0 MDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNK-------------------------------
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNKEHAVTMPCTWVMACAYAPSGCAIACGGLDNK
120 130 140 150 160 170
100 110
pF1KE0 ---------------------------------------ILTASGDGTCALWDVESGQLL
:::::::::::::::::::::
CCDS10 CSVYPLTFDKNENMAAKKKSVAMHTNYLSACSFTNSDMQILTASGDGTCALWDVESGQLL
180 190 200 210 220 230
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 QSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVRYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVRYY
240 250 260 270 280 290
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYTIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYTIN
300 310 320 330 340 350
240 250 260 270 280
pF1KE0 VWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
360 370 380 390
>>CCDS72685.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 (240 aa)
initn: 882 init1: 615 opt: 776 Z-score: 690.6 bits: 135.4 E(32554): 3.8e-32
Smith-Waterman score: 776; 57.2% identity (81.8% similar) in 187 aa overlap (96-282:55-239)
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VLCMDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNKILTASGDGTCALWDVESGQLLQSFHGHG
:.:.:.::: ::::::.:.:: .: ::
CCDS72 NLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHT
30 40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 ADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVRYYPSGDAFA
.::. :.:::. ::::.:: .: .::.: :.: :.: ::::::.. ..:.:.:::
CCDS72 GDVMSLSLAPDTR--LFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFA
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 SGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYTINVWDVLKG
.:::::::::.:::::.:. ::...:: : .::.:: :::::.:::.:.. ::::.::.
CCDS72 TGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKA
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280
pF1KE0 SRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
.:...: ::.:::: : :. :: : .:::: :..:
CCDS72 DRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
210 220 230 240
>>CCDS34.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 (340 aa)
initn: 1199 init1: 615 opt: 776 Z-score: 688.5 bits: 135.5 E(32554): 5e-32
Smith-Waterman score: 860; 43.8% identity (63.8% similar) in 315 aa overlap (35-282:27-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 GLHENETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLKGHGN
:. : :... .. .:.. :.:::::.::
CCDS34 MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLA
10 20 30 40 50
70 80 90
pF1KE0 KVLCMDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNK---------------------------
:. : : :.: .::.:::::.:.:::.::::
CCDS34 KIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGG
60 70 80 90 100 110
100 110
pF1KE0 ----------------------------------------ILTASGDGTCALWDVESGQL
:.:.::: ::::::.:.::
CCDS34 LDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQ
120 130 140 150 160 170
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LQSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVRY
.: :: .::. :.:::. ::::.:: .: .::.: :.: :.: ::::::.. .
CCDS34 TTTFTGHTGDVMSLSLAPDTR--LFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICF
180 190 200 210 220 230
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YPSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYTI
.:.:.:::.:::::::::.:::::.:. ::...:: : .::.:: :::::.:::.:..
CCDS34 FPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNC
240 250 260 270 280 290
240 250 260 270 280
pF1KE0 NVWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
::::.::..:...: ::.:::: : :. :: : .:::: :..:
CCDS34 NVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
300 310 320 330 340
>>CCDS5703.1 GNB2 gene_id:2783|Hs108|chr7 (340 aa)
initn: 1175 init1: 602 opt: 772 Z-score: 685.0 bits: 134.9 E(32554): 7.8e-32
Smith-Waterman score: 847; 43.5% identity (63.8% similar) in 315 aa overlap (35-282:27-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 GLHENETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLKGHGN
: : :.. .. .:.. :.:::::.::
CCDS57 MSELEQLRQEAEQLRNQIRDARKACGDSTLTQITAGLDPVGRIQMRTRRTLRGHLA
10 20 30 40 50
70 80 90
pF1KE0 KVLCMDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNK---------------------------
:. : : :.: .::.:::::.:.:::.::::
CCDS57 KIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGG
60 70 80 90 100 110
100 110
pF1KE0 ----------------------------------------ILTASGDGTCALWDVESGQL
:.:.::: ::::::.:.::
CCDS57 LDNICSIYSLKTREGNVRVSRELPGHTGYLSCCRFLDDNQIITSSGDTTCALWDIETGQQ
120 130 140 150 160 170
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LQSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVRY
.: ::..::. :.:::. : :::::.:: . .::.:...: :.: ::::::.: .
CCDS57 TVGFAGHSGDVMSLSLAPD--GRTFVSGACDASIKLWDVRDSMCRQTFIGHESDINAVAF
180 190 200 210 220 230
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YPSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYTI
.:.: ::..:::::::::.:::::.:. .::...:: : .:: :: :::::.:::.:..
CCDS57 FPNGYAFTTGSDDATCRLFDLRADQELLMYSHDNIICGITSVAFSRSGRLLLAGYDDFNC
240 250 260 270 280 290
240 250 260 270 280
pF1KE0 NVWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
:.::..::.:...: ::.:::: : :. :: : .:::: :..:
CCDS57 NIWDAMKGDRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
300 310 320 330 340
>>CCDS3230.1 GNB4 gene_id:59345|Hs108|chr3 (340 aa)
initn: 1115 init1: 621 opt: 766 Z-score: 679.8 bits: 133.9 E(32554): 1.5e-31
Smith-Waterman score: 851; 43.7% identity (64.2% similar) in 316 aa overlap (34-282:26-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 EGLHENETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLKGHG
.:. : :.. ....:.. :.:::::.::
CCDS32 MSELEQLRQEAEQLRNQIQDARKACNDATLVQITSNMDSVGRIQMRTRRTLRGHL
10 20 30 40 50
70 80 90
pF1KE0 NKVLCMDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNK--------------------------
:. : : :.: .::.:::::.:.:::.::::
CCDS32 AKIYAMHWGYDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKMHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACG
60 70 80 90 100 110
100 110
pF1KE0 -----------------------------------------ILTASGDGTCALWDVESGQ
:.:.::: ::::::.:..:
CCDS32 GLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELPGHTGYLSCCRFLDDSQIVTSSGDTTCALWDIETAQ
120 130 140 150 160 170
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LLQSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVR
.: ::..::. :.:.:. :::::.:: .. .::.:.:.: :.: : ::::.:
CCDS32 QTTTFTGHSGDVMSLSLSPDM--RTFVSGACDASSKLWDIRDGMCRQSFTGHVSDINAVS
180 190 200 210 220 230
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YYPSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYT
..:.: :::.:::::::::.:::::.:. .::...:: : .:: :: :::::.:::.:..
CCDS32 FFPNGYAFATGSDDATCRLFDLRADQELLLYSHDNIICGITSVAFSKSGRLLLAGYDDFN
240 250 260 270 280 290
240 250 260 270 280
pF1KE0 INVWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
::::.:::.:...: ::.:::: : :. :: : .:::: ::.:
CCDS32 CNVWDTLKGDRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLRIWN
300 310 320 330 340
>>CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 (340 aa)
initn: 1193 init1: 625 opt: 763 Z-score: 677.3 bits: 133.5 E(32554): 2.1e-31
Smith-Waterman score: 842; 44.1% identity (61.6% similar) in 315 aa overlap (35-282:27-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 GLHENETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLKGHGN
:: : ... .:..:. :.:::::.::
CCDS85 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLA
10 20 30 40 50
70 80 90
pF1KE0 KVLCMDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNK---------------------------
:. : : :.. .::.:::::.:::::.::::
CCDS85 KIYAMHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGG
60 70 80 90 100 110
100 110
pF1KE0 ----------------------------------------ILTASGDGTCALWDVESGQL
:.:.::: ::::::.:.::
CCDS85 LDNMCSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTTCALWDIETGQQ
120 130 140 150 160 170
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LQSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVRY
: :: .: :..:: : : :.::.:: .: .::.: : : :.: ::::::.. .
CCDS85 KTVFVGHTGD--CMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICF
180 190 200 210 220 230
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YPSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYTI
.:.:.:. .:::::.:::.:::::.:. .:.:::: : .:: ::::::::::::.:..
CCDS85 FPNGEAICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICGITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNC
240 250 260 270 280 290
240 250 260 270 280
pF1KE0 NVWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
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CCDS85 NVWDSMKSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
300 310 320 330 340
>>CCDS73427.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 (339 aa)
initn: 1156 init1: 625 opt: 739 Z-score: 656.6 bits: 129.6 E(32554): 3e-30
Smith-Waterman score: 818; 43.8% identity (61.3% similar) in 315 aa overlap (35-282:27-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 GLHENETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLKGHGN
:: : ... .:..:. :.:::::.::
CCDS73 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLA
10 20 30 40 50
70 80 90
pF1KE0 KVLCMDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNK---------------------------
:. : : :.. .::.:::::.:::::.::::
CCDS73 KIYAMHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGG
60 70 80 90 100 110
100 110
pF1KE0 ----------------------------------------ILTASGDGTCALWDVESGQL
:.:.::: : ::::.:.::
CCDS73 LDNMCSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGD-TTALWDIETGQQ
120 130 140 150 160 170
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LQSFHGHGADVLCLDLAPSETGNTFVSGGCDKKAMVWDMRSGQCVQAFETHESDINSVRY
: :: .: :..:: : : :.::.:: .: .::.: : : :.: ::::::.. .
CCDS73 KTVFVGHTGD--CMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICF
180 190 200 210 220 230
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YPSGDAFASGSDDATCRLYDLRADREVAIYSKESIIFGASSVDFSLSGRLLFAGYNDYTI
.:.:.:. .:::::.:::.:::::.:. .:.:::: : .:: ::::::::::::.:..
CCDS73 FPNGEAICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICGITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNC
240 250 260 270 280 290
240 250 260 270 280
pF1KE0 NVWDVLKGSRVSILFGHENRVSTLRVSPDGTAFCSGSWDHTLRVWA
:::: .:. ::.:: ::.:::: : :. :: : .:::: :..:
CCDS73 NVWDSMKSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
300 310 320 330
>>CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 (800 aa)
initn: 436 init1: 173 opt: 389 Z-score: 349.6 bits: 74.1 E(32554): 3.8e-13
Smith-Waterman score: 389; 35.8% identity (62.6% similar) in 187 aa overlap (96-282:556-738)
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VLCMDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNKILTASGDGTCALWDVESGQLLQSFHGHG
: .:..: ::: ::.... : ...::.
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