Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0090
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0090, 483 aa
1>>>pF1KE0090 483 - 483 aa - 483 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6205+/-0.000927; mu= 16.2328+/- 0.056
mean_var=70.3623+/-14.092, 0's: 0 Z-trim(105.7): 35 B-trim: 87 in 1/49
Lambda= 0.152899
statistics sampled from 8549 (8583) to 8549 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16
Scan time: 2.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 ( 483) 3287 734.4 6.3e-212
CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 ( 477) 1469 333.4 3.3e-91
CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 ( 476) 1442 327.4 2e-89
CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 ( 470) 1380 313.7 2.6e-85
CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 ( 471) 1323 301.2 1.6e-81
CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 ( 513) 1268 289.1 7.8e-78
CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 ( 467) 1138 260.4 3.1e-69
CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 ( 469) 902 208.3 1.4e-53
CCDS8317.1 MMP7 gene_id:4316|Hs108|chr11 ( 267) 863 199.6 3.5e-51
CCDS13816.1 MMP11 gene_id:4320|Hs108|chr22 ( 488) 786 182.7 7.6e-46
CCDS9577.1 MMP14 gene_id:4323|Hs108|chr14 ( 582) 734 171.3 2.5e-42
CCDS8895.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 508) 723 168.8 1.2e-41
CCDS10792.1 MMP15 gene_id:4324|Hs108|chr16 ( 669) 648 152.4 1.4e-36
CCDS10752.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 660) 637 149.9 7.7e-36
CCDS7752.1 MMP26 gene_id:56547|Hs108|chr11 ( 261) 617 145.3 7.4e-35
CCDS45487.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 610) 621 146.4 8.3e-35
CCDS76869.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 584) 612 144.4 3.2e-34
CCDS46593.1 MMP24 gene_id:10893|Hs108|chr20 ( 645) 611 144.2 4e-34
CCDS31927.1 MMP17 gene_id:4326|Hs108|chr12 ( 603) 596 140.9 3.7e-33
CCDS6246.1 MMP16 gene_id:4325|Hs108|chr8 ( 607) 578 136.9 5.9e-32
CCDS13390.1 MMP9 gene_id:4318|Hs108|chr20 ( 707) 521 124.3 4.1e-28
CCDS10492.1 MMP25 gene_id:64386|Hs108|chr16 ( 562) 500 119.7 8.4e-27
CCDS76996.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 393) 411 100.0 5e-21
CCDS74036.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 520) 411 100.0 6.4e-21
CCDS7647.1 MMP21 gene_id:118856|Hs108|chr10 ( 569) 389 95.2 2e-19
>>CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 (483 aa)
initn: 3287 init1: 3287 opt: 3287 Z-score: 3918.2 bits: 734.4 E(32554): 6.3e-212
Smith-Waterman score: 3287; 100.0% identity (100.0% similar) in 483 aa overlap (1-483:1-483)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
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CCDS83 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 TLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 SALMYPTYKYKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 SALMYPTYKYKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGTAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 SFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGTAY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 FFKGPHYWITRGFQMQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSYDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FFKGPHYWITRGFQMQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSYDER
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 KRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKSSSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKSSSW
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 IGC
:::
CCDS83 IGC
>>CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 (477 aa)
initn: 1316 init1: 797 opt: 1469 Z-score: 1751.0 bits: 333.4 E(32554): 3.3e-91
Smith-Waterman score: 1469; 46.2% identity (72.8% similar) in 489 aa overlap (1-483:1-477)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
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CCDS83 MKSLP-----ILLLLCVAVCSAYP--LDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLKK--DVKQF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 VAR-GSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKK
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CCDS83 VRRKDSGPVVKKIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 NTLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDS
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CCDS83 THLTYRIVNYTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YPFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTD
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CCDS83 YPFDGPGNVLAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSAN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 PSALMYPTYKYKNPYG-FHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAP-HHKPSIPDLCD
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CCDS83 TEALMYPLYHSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 SSSSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPST--ITSSFPQLMSNVDAAYEVAE
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CCDS83 PALSFDAVSTLRGEILIFKDRHFWRKS--LRK-LEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTS
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 RGTAYFFKGPHYWITRGFQMQ-GPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEY
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CCDS83 KDLVFIFKGNQFWAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKY
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 YSYDERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSV
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CCDS83 WRFDEKRNSMEPGFPKQIAEDFPGIDSKIDAVFEEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHT
410 420 430 440 450 460
480
pF1KE0 VKSSSWIGC
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CCDS83 LKSNSWLNC
470
>>CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 (476 aa)
initn: 1326 init1: 764 opt: 1442 Z-score: 1718.8 bits: 327.4 E(32554): 2e-89
Smith-Waterman score: 1442; 45.6% identity (71.5% similar) in 478 aa overlap (9-483:4-476)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
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CCDS83 MMHLAFLVLLCLPVCSAYP--LSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYY-NLE-KDVKQF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKN
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CCDS83 RRKDSNLIVKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 TLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSY
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CCDS83 HLTYRIVNYTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFY
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDP
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CCDS83 SFDGPGHSLAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANT
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 SALMYPTYK-YKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPS-IPDLCDS
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CCDS83 EALMYPLYNSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 SSSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGT
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CCDS83 ALSFDAISTLRGEYLFFKDRYFWRRS-HWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 AYFFKGPHYWITRGFQMQ-GPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSY
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CCDS83 VFIFKGNEFWAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 DERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKS
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CCDS83 DENSQSMEQGFPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFGFFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKS
420 430 440 450 460 470
480
pF1KE0 SSWIGC
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CCDS83 NSWLHC
>>CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 (470 aa)
initn: 1224 init1: 856 opt: 1380 Z-score: 1645.0 bits: 313.7 E(32554): 2.6e-85
Smith-Waterman score: 1380; 43.2% identity (73.3% similar) in 484 aa overlap (12-483:3-470)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSL-VAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGE
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CCDS73 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFY----GLEINK
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 M----VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEP
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CCDS73 LPVTKMKYSGNLMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGP
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 KWKKNTLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGD
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CCDS73 VWRKHYITYRINNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGA
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 HGDSYPFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLA
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CCDS73 HGDFHAFDGKGGILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 HSTDPSALMYPTYKYKNPYGFHLPKDDVKGIQALYG-PRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPD
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CCDS73 HSSDPKAVMFPTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKE----NQRLPNPDNSEPA---
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 LCDSSSSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPST----ITSSFPQLMSNVDAA
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CCDS73 LCDPNLSFDAVTTVGNKIFFFKDRFFW-----LKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAA
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KE0 YEVAERGTAYFFKGPHYWITRGFQMQ-GPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFF
::. :. ...:: .::. ... . . :..:..:::: :..:::::. . .: ::
CCDS73 YEIEARNQVFLFKDDKYWLISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFF
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 VGDEYYSYDERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAV-ELNGYIYFFSGPKTYKYDTEK
: ..:. ::::.. :. ::: ..:.:.. .:::. : : :::.: . ..::
CCDS73 VDNQYWRYDERRQMMDPGYPKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLL
400 410 420 430 440 450
470 480
pF1KE0 EDVVSVVKSSSWIGC
. .....::.::.::
CCDS73 QRITKTLKSNSWFGC
460 470
>>CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 (471 aa)
initn: 1322 init1: 902 opt: 1323 Z-score: 1577.0 bits: 301.2 E(32554): 1.6e-81
Smith-Waterman score: 1435; 45.4% identity (72.8% similar) in 478 aa overlap (9-483:6-471)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTW-RNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGE
::.::... : : ... ... ..:. :: .:: . . :
CCDS83 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYY--HPTNLAGI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 MVARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKK
. ...:: ....:.:.::::.::::::..:..:.::::::::::..: .:: ::.:
CCDS83 LKENAASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 NTLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDS
.::::: .:::.:. ::.:: . :...::...::.:.:...: ::::::: .:::
CCDS83 MNLTYRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YPFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTD
:::::: : ::::: :: . :::.:::. : :: ...:.::: ::::::::.::: :: :
CCDS83 YPFDGPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 PSALMYPTYKYKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSS
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CCDS83 PGALMFPIYTYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGP-----GDED-PN-PKH-PKTPDKCDPS
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 SSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSF-PQLMSNVDAAYEVAERGT
:.::.: : : ..::::.::: .: . .:.:: :.: . .::::: .
CCDS83 LSLDAITSLRGETMIFKDRFFWR--LHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDL
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 AYFFKGPHYWITRGFQ-MQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSY
..:.: ..: :.. ..: :. : ..:.:..:..:.:::.... :::.: :.. . :
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350 360 370 380 390 400
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pF1KE0 DERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKS
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410 420 430 440 450 460
480
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.: . :
CCDS83 NSILWC
470
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: :: ..:. ::. . :..:. .::: .:..::::: . .:: ::::
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. .:: . :.: .:. . ..: :.. ..::: . .:...: : : ..:: . .... .
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480
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.....:. :
CCDS83 MRTNTWFQCKEPKNSSFGFDINKEKAHSGGIKILYHKSLSLFIFGIVHLLKNTSIYQ
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:..:
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CCDS83 SPFDGPGGNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTD
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.:.: :
CCDS13 LYWKFDPVKVKALEGFPRLVGPDFFGCAEPANTFL
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483 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Fri Nov 4 03:39:14 2016 done: Fri Nov 4 03:39:14 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]