Result of FASTA (omim) for
pF1KE0083
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0083, 525 aa
1>>>pF1KE0083 525 - 525 aa - 525 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9788+/-0.00044; mu= 15.0681+/- 0.027
mean_var=95.4040+/-19.439, 0's: 0 Z-trim(111.9): 230 B-trim: 26 in 1/52
Lambda= 0.131308
statistics sampled from 20327 (20605) to 20327 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.242), width: 16
Scan time: 6.560
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_060562 (OMIM: 607974) neuropilin and tolloid-li ( 525) 3586 690.3 3.6e-198
NP_001188406 (OMIM: 607974) neuropilin and tolloid ( 518) 3512 676.3 6e-194
XP_016879229 (OMIM: 607974) PREDICTED: neuropilin ( 389) 2642 511.4 2e-144
XP_005266831 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin ( 533) 2107 410.2 8.1e-114
XP_016881507 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin ( 533) 2107 410.2 8.1e-114
XP_016881506 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin ( 533) 2107 410.2 8.1e-114
XP_016881508 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin ( 525) 2106 410.0 9.1e-114
XP_016881509 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin ( 525) 2106 410.0 9.1e-114
NP_620416 (OMIM: 607973) neuropilin and tolloid-li ( 533) 2103 409.4 1.4e-113
NP_001188394 (OMIM: 607973) neuropilin and tolloid ( 533) 2103 409.4 1.4e-113
XP_006721352 (OMIM: 607974) PREDICTED: neuropilin ( 487) 2014 392.5 1.5e-108
XP_006721355 (OMIM: 607974) PREDICTED: neuropilin ( 304) 2011 391.8 1.6e-108
XP_016881510 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin ( 391) 1470 289.4 1.3e-77
XP_006721354 (OMIM: 607974) PREDICTED: neuropilin ( 480) 1266 250.8 6.8e-66
XP_016881512 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin ( 185) 644 132.7 9.5e-31
XP_016881511 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin ( 236) 637 131.4 2.9e-30
XP_016881513 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin ( 157) 631 130.2 4.6e-30
NP_620552 (OMIM: 607973) neuropilin and tolloid-li ( 156) 627 129.4 7.7e-30
XP_011518013 (OMIM: 261100,602997) PREDICTED: cubi (2237) 338 75.5 1.9e-12
XP_011518012 (OMIM: 261100,602997) PREDICTED: cubi (2277) 338 75.5 1.9e-12
XP_011518011 (OMIM: 261100,602997) PREDICTED: cubi (2285) 338 75.5 1.9e-12
XP_011518010 (OMIM: 261100,602997) PREDICTED: cubi (2867) 338 75.6 2.3e-12
NP_001072 (OMIM: 261100,602997) cubilin precursor (3623) 338 75.6 2.8e-12
NP_957716 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 6 pr ( 555) 321 71.8 5.9e-12
XP_016860677 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 848) 321 72.0 8.2e-12
XP_016860676 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 853) 321 72.0 8.3e-12
NP_957719 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 5 pr ( 901) 321 72.0 8.6e-12
XP_016860675 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 901) 321 72.0 8.6e-12
NP_061004 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 4 pr ( 906) 321 72.0 8.7e-12
NP_958436 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 3 pr ( 909) 321 72.0 8.7e-12
NP_003863 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 2 pr ( 926) 321 72.0 8.8e-12
XP_016860674 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 926) 321 72.0 8.8e-12
XP_005246990 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 931) 321 72.0 8.9e-12
NP_957718 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 1 pr ( 931) 321 72.0 8.9e-12
XP_005246991 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 931) 321 72.0 8.9e-12
XP_011530516 (OMIM: 606742,613087) PREDICTED: toll ( 837) 319 71.6 1.1e-11
XP_016864059 (OMIM: 606742,613087) PREDICTED: toll ( 964) 319 71.6 1.2e-11
NP_036596 (OMIM: 606742,613087) tolloid-like prote (1013) 319 71.6 1.2e-11
NP_001019800 (OMIM: 602069) neuropilin-1 isoform c ( 609) 305 68.8 5.2e-11
XP_011518058 (OMIM: 602069) PREDICTED: neuropilin- ( 628) 305 68.8 5.3e-11
NP_001019799 (OMIM: 602069) neuropilin-1 isoform b ( 644) 305 68.8 5.4e-11
XP_011518057 (OMIM: 602069) PREDICTED: neuropilin- ( 656) 305 68.9 5.5e-11
XP_006717589 (OMIM: 602069) PREDICTED: neuropilin- ( 663) 305 68.9 5.6e-11
NP_036597 (OMIM: 606743) tolloid-like protein 2 pr (1015) 306 69.2 6.8e-11
XP_006717588 (OMIM: 602069) PREDICTED: neuropilin- ( 888) 305 68.9 7e-11
XP_006717587 (OMIM: 602069) PREDICTED: neuropilin- ( 889) 305 68.9 7e-11
XP_016872354 (OMIM: 602069) PREDICTED: neuropilin- ( 899) 305 69.0 7.1e-11
NP_001316997 (OMIM: 602069) neuropilin-1 isoform f ( 906) 305 69.0 7.1e-11
XP_006717585 (OMIM: 602069) PREDICTED: neuropilin- ( 907) 305 69.0 7.1e-11
NP_001231902 (OMIM: 602069) neuropilin-1 isoform e ( 916) 305 69.0 7.2e-11
>>NP_060562 (OMIM: 607974) neuropilin and tolloid-like p (525 aa)
initn: 3586 init1: 3586 opt: 3586 Z-score: 3678.7 bits: 690.3 E(85289): 3.6e-198
Smith-Waterman score: 3586; 100.0% identity (100.0% similar) in 525 aa overlap (1-525:1-525)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MALERLCSVLKVLLITVLVVEGIAVAQKTQDGQNIGIKHIPATQCGIWVRTSNGGHFASP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 MALERLCSVLKVLLITVLVVEGIAVAQKTQDGQNIGIKHIPATQCGIWVRTSNGGHFASP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 NYPDSYPPNKECIYILEAAPRQRIELTFDEHYYIEPSFECRFDHLEVRDGPFGFSPLIDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 NYPDSYPPNKECIYILEAAPRQRIELTFDEHYYIEPSFECRFDHLEVRDGPFGFSPLIDR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 YCGVKSPPLIRSTGRFMWIKFSSDEELEGLGFRAKYSFIPDPDFTYLGGILNPIPDCQFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 YCGVKSPPLIRSTGRFMWIKFSSDEELEGLGFRAKYSFIPDPDFTYLGGILNPIPDCQFE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LSGADGIVRSSQVEQEEKTKPGQAVDCIWTIKATPKAKIYLRFLDYQMEHSNECKRNFVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 LSGADGIVRSSQVEQEEKTKPGQAVDCIWTIKATPKAKIYLRFLDYQMEHSNECKRNFVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VYDGSSSIENLKAKFCSTVANDVMLKTGIGVIRMWADEGSRLSRFRMLFTSFVEPPCTSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 VYDGSSSIENLKAKFCSTVANDVMLKTGIGVIRMWADEGSRLSRFRMLFTSFVEPPCTSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 TFFCHSNMCINNSLVCNGVQNCAYPWDENHCKEKKKAGVFEQITKTHGTIIGITSGIVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 TFFCHSNMCINNSLVCNGVQNCAYPWDENHCKEKKKAGVFEQITKTHGTIIGITSGIVLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 LLIISILVQVKQPRKKVMACKTAFNKTGFQEVFDPPHYELFSLRDKEISADLADLSEELD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 LLIISILVQVKQPRKKVMACKTAFNKTGFQEVFDPPHYELFSLRDKEISADLADLSEELD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 NYQKMRRSSTASRCIHDHHCGSQASSVKQSRTNLSSMELPFRNDFAQPQPMKTFNSTFKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 NYQKMRRSSTASRCIHDHHCGSQASSVKQSRTNLSSMELPFRNDFAQPQPMKTFNSTFKK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KE0 SSYTFKQGHECPEQALEDRVMEEIPCEIYVRGREDSAQASISIDF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 SSYTFKQGHECPEQALEDRVMEEIPCEIYVRGREDSAQASISIDF
490 500 510 520
>>NP_001188406 (OMIM: 607974) neuropilin and tolloid-lik (518 aa)
initn: 3522 init1: 2367 opt: 3512 Z-score: 3603.0 bits: 676.3 E(85289): 6e-194
Smith-Waterman score: 3512; 98.7% identity (98.7% similar) in 525 aa overlap (1-525:1-518)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MALERLCSVLKVLLITVLVVEGIAVAQKTQDGQNIGIKHIPATQCGIWVRTSNGGHFASP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MALERLCSVLKVLLITVLVVEGIAVAQKTQDGQNIGIKHIPATQCGIWVRTSNGGHFASP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 NYPDSYPPNKECIYILEAAPRQRIELTFDEHYYIEPSFECRFDHLEVRDGPFGFSPLIDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NYPDSYPPNKECIYILEAAPRQRIELTFDEHYYIEPSFECRFDHLEVRDGPFGFSPLIDR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 YCGVKSPPLIRSTGRFMWIKFSSDEELEGLGFRAKYSFIPDPDFTYLGGILNPIPDCQFE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
NP_001 YCGVKSPPLIRSTGRFMWIKFSSDEELEGLGFRAKYSFIPDPDFTYLG-------DCQFE
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LSGADGIVRSSQVEQEEKTKPGQAVDCIWTIKATPKAKIYLRFLDYQMEHSNECKRNFVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSGADGIVRSSQVEQEEKTKPGQAVDCIWTIKATPKAKIYLRFLDYQMEHSNECKRNFVA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VYDGSSSIENLKAKFCSTVANDVMLKTGIGVIRMWADEGSRLSRFRMLFTSFVEPPCTSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VYDGSSSIENLKAKFCSTVANDVMLKTGIGVIRMWADEGSRLSRFRMLFTSFVEPPCTSS
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 TFFCHSNMCINNSLVCNGVQNCAYPWDENHCKEKKKAGVFEQITKTHGTIIGITSGIVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TFFCHSNMCINNSLVCNGVQNCAYPWDENHCKEKKKAGVFEQITKTHGTIIGITSGIVLV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 LLIISILVQVKQPRKKVMACKTAFNKTGFQEVFDPPHYELFSLRDKEISADLADLSEELD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLIISILVQVKQPRKKVMACKTAFNKTGFQEVFDPPHYELFSLRDKEISADLADLSEELD
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 NYQKMRRSSTASRCIHDHHCGSQASSVKQSRTNLSSMELPFRNDFAQPQPMKTFNSTFKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NYQKMRRSSTASRCIHDHHCGSQASSVKQSRTNLSSMELPFRNDFAQPQPMKTFNSTFKK
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520
pF1KE0 SSYTFKQGHECPEQALEDRVMEEIPCEIYVRGREDSAQASISIDF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSYTFKQGHECPEQALEDRVMEEIPCEIYVRGREDSAQASISIDF
480 490 500 510
>>XP_016879229 (OMIM: 607974) PREDICTED: neuropilin and (389 aa)
initn: 2642 init1: 2642 opt: 2642 Z-score: 2714.0 bits: 511.4 E(85289): 2e-144
Smith-Waterman score: 2642; 100.0% identity (100.0% similar) in 389 aa overlap (137-525:1-389)
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 VRDGPFGFSPLIDRYCGVKSPPLIRSTGRFMWIKFSSDEELEGLGFRAKYSFIPDPDFTY
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MWIKFSSDEELEGLGFRAKYSFIPDPDFTY
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 LGGILNPIPDCQFELSGADGIVRSSQVEQEEKTKPGQAVDCIWTIKATPKAKIYLRFLDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LGGILNPIPDCQFELSGADGIVRSSQVEQEEKTKPGQAVDCIWTIKATPKAKIYLRFLDY
40 50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 QMEHSNECKRNFVAVYDGSSSIENLKAKFCSTVANDVMLKTGIGVIRMWADEGSRLSRFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QMEHSNECKRNFVAVYDGSSSIENLKAKFCSTVANDVMLKTGIGVIRMWADEGSRLSRFR
100 110 120 130 140 150
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 MLFTSFVEPPCTSSTFFCHSNMCINNSLVCNGVQNCAYPWDENHCKEKKKAGVFEQITKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLFTSFVEPPCTSSTFFCHSNMCINNSLVCNGVQNCAYPWDENHCKEKKKAGVFEQITKT
160 170 180 190 200 210
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 HGTIIGITSGIVLVLLIISILVQVKQPRKKVMACKTAFNKTGFQEVFDPPHYELFSLRDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HGTIIGITSGIVLVLLIISILVQVKQPRKKVMACKTAFNKTGFQEVFDPPHYELFSLRDK
220 230 240 250 260 270
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 EISADLADLSEELDNYQKMRRSSTASRCIHDHHCGSQASSVKQSRTNLSSMELPFRNDFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EISADLADLSEELDNYQKMRRSSTASRCIHDHHCGSQASSVKQSRTNLSSMELPFRNDFA
280 290 300 310 320 330
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 QPQPMKTFNSTFKKSSYTFKQGHECPEQALEDRVMEEIPCEIYVRGREDSAQASISIDF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QPQPMKTFNSTFKKSSYTFKQGHECPEQALEDRVMEEIPCEIYVRGREDSAQASISIDF
340 350 360 370 380
>>XP_005266831 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin and (533 aa)
initn: 2020 init1: 1248 opt: 2107 Z-score: 2164.4 bits: 410.2 E(85289): 8.1e-114
Smith-Waterman score: 2107; 57.9% identity (80.8% similar) in 516 aa overlap (8-517:6-511)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MALERLCSVLKVLLITVLVVEGIAVAQKTQDGQNIGIKHIPATQCGIWVRTSNGGHFASP
:::.. .. :.. .. : : .. . ..::: :.. ..:: :.::
XP_005 MIHGRSVLHI--VASLIILHLSGATKKGTEKQTTSETQKSVQCGTWTKHAEGGIFTSP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 NYPDSYPPNKECIYILEAAPRQRIELTFDEHYYIEPSFECRFDHLEVRDGPFGFSPLIDR
:::..:::..:::::.:::::: ::: :::.: ::::.::.:::.:::::::::::.: :
XP_005 NYPSKYPPDRECIYIIEAAPRQCIELYFDEKYSIEPSWECKFDHIEVRDGPFGFSPIIGR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 YCGVKSPPLIRSTGRFMWIKFSSDEELEGLGFRAKYSFIPDPDFTYLGGILNPIPDCQFE
.:: ..::.:.:.:::.:::: .: :::..:: :.:.: ::::: ::. :.:.: :.::
XP_005 FCGQQNPPVIKSSGRFLWIKFFADGELESMGFSARYNFTPDPDFKDLGA-LKPLPACEFE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 LSGADGIVRSSQVEQEEKTKPGQAVDCIWTIKATPKAKIYLRFLDYQMEHSNECKRNFVA
..:..:::.: :. .: :. ..:::: : :.: :..:::::::::.:..::::::::::
XP_005 MGGSEGIVESIQIMKEGKATASEAVDCKWYIRAPPRSKIYLRFLDYEMQNSNECKRNFVA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VYDGSSSIENLKAKFCSTVANDVMLKTGIGVIRMWADEGSRLSRFRMLFTSFVEPPCTSS
:::::::.:.:::::::::::::::.::.:::::::::::: :::.:::::: :::: ..
XP_005 VYDGSSSVEDLKAKFCSTVANDVMLRTGLGVIRMWADEGSRNSRFQMLFTSFQEPPCEGN
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 TFFCHSNMCINNSLVCNGVQNCAYPWDENHCKEKKKAGVFEQITKTHGTIIGITSGIVLV
::::::::::::.:::::.:::.:::::::::::.:.....:.:.: ::.::.:: ::..
XP_005 TFFCHSNMCINNTLVCNGLQNCVYPWDENHCKEKRKTSLLDQLTNTSGTVIGVTSCIVII
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 LLIISILVQVKQPRKKVMACKTAFNKTGFQEVFDPPHYELFSLRDKEISADLADLSEELD
:.:::..::.:::::: . :. :..: :::::.:::::: .:: .::.::......
XP_005 LIIISVIVQIKQPRKKYVQRKSDFDQTVFQEVFEPPHYELCTLRGTGATADFADVADDFE
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470
pF1KE0 NYQKMRRSSTASRCIHDHHCGSQASSVKQSRTNLSS------MELPFRNDFAQPQPMKTF
::.:.:::: :.:::::::::: ::.: ::.:::. :.: . ::.
XP_005 NYHKLRRSS--SKCIHDHHCGSQLSSTKGSRSNLSTRDASILTEMPTQPGKPLIPPMNRR
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XP_016 NTTRV
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XP_016 NTTRV
>>XP_016881509 (OMIM: 607973) PREDICTED: neuropilin and (525 aa)
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NP_620 NILVMKHNYSQDAADACDI----DEI-EEVPTTSHRLSRHDKAVQRFCLIGSLSKHESEY
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>>NP_001188394 (OMIM: 607973) neuropilin and tolloid-lik (533 aa)
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NP_001 FCGQQNPPVIKSSGRFLWIKFFADGELESMGFSARYNFTPDPDFKDLGA-LKPLPACEFE
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NP_001 MGGSEGIVESIQIMKEGKATASEAVDCKWYIRAPPRSKIYLRFLDYEMQNSNECKRNFVA
180 190 200 210 220 230
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NP_001 TFFCHSNMCINNTLVCNGLQNCVYPWDENHCKEKRKTSLLDQLTNTSGTVIGVTSCIVII
300 310 320 330 340 350
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