Result of FASTA (omim) for
pF1KE0082
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0082, 662 aa
1>>>pF1KE0082 662 - 662 aa - 662 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.6333+/-0.0008; mu= 27.4002+/- 0.050
mean_var=375.6371+/-73.236, 0's: 0 Z-trim(109.9): 2059 B-trim: 89 in 1/57
Lambda= 0.066174
statistics sampled from 15835 (18122) to 15835 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.516), E-opt: 0.2 (0.212), width: 16
Scan time: 9.780
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 i ( 659) 2191 225.5 4.9e-58
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2115 218.4 7.9e-56
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2115 218.4 7.9e-56
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2115 218.4 7.9e-56
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2115 218.4 8e-56
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 2115 218.5 8.1e-56
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 2091 216.0 3.7e-55
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 2089 215.8 4.2e-55
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 2089 215.8 4.2e-55
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 2089 215.8 4.2e-55
NP_001277248 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 617) 2076 214.4 9.7e-55
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 2071 214.1 1.4e-54
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 2071 214.1 1.4e-54
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 2071 214.2 1.4e-54
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2071 214.2 1.4e-54
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2071 214.2 1.4e-54
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 2068 214.0 1.8e-54
NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 947) 2068 214.1 1.9e-54
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 2068 214.1 1.9e-54
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 2064 213.8 2.5e-54
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2064 213.8 2.5e-54
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2064 213.8 2.5e-54
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2064 213.8 2.5e-54
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 2064 213.8 2.5e-54
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 2039 210.8 1.1e-53
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 2039 210.8 1.1e-53
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 2039 210.8 1.1e-53
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 2039 210.8 1.1e-53
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 2039 211.0 1.1e-53
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 2039 211.0 1.2e-53
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 2039 211.0 1.2e-53
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 2039 211.0 1.2e-53
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 2039 211.0 1.2e-53
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2039 211.1 1.2e-53
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2039 211.1 1.2e-53
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2039 211.1 1.2e-53
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2039 211.1 1.2e-53
XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger ( 664) 2028 209.9 2.4e-53
>>NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 isofo (659 aa)
initn: 5414 init1: 1910 opt: 2191 Z-score: 1162.9 bits: 225.5 E(85289): 4.9e-58
Smith-Waterman score: 2286; 51.0% identity (72.9% similar) in 645 aa overlap (1-616:7-649)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MNLTEDYMVFEDVAIHFSQEEWGILNDVQRHLHSDVMLENFALLSSVGCWHGAK
:. ... ..:::: ..::.::: .:...:: :. :::::::::....: : :
NP_065 MAAAVLMDRVQSCVTFEDVFVYFSREEWELLEEAQRFLYRDVMLENFALVATLGFWCEA-
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE0 DEEAPSKQCVSV-GVSQVTTLKPALSTQKAQPCETCSSLLKDILHLAEHDGTH-------
..::::.: ::: ::::: : . .: :::.::: :. :::::::::::.:.:
NP_065 EHEAPSEQSVSVEGVSQVRTAESGL-FQKAHPCEMCDPLLKDILHLAEHQGSHLTQKLCT
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KE0 ----PKR---TAKLYLHQKEHLREKLTRSDEGRPSFVND-SVHLAKRNLTCMQGGKDFTG
.: .:..: :::.: :. :.:.: :::.. .::. :..:: . : :.
NP_065 RGLCRRRFSFSANFYQHQKQHNGENCFRGDDGGASFVKSCTVHMLGRSFTCREEGMDLPD
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KE0 DSDL-QQQALHSGWKPHRDTHGVEAFQ------------SGQNNYSCTQCGKDFCHQHTL
.: : :.:. .. .: : :. .:.: .:: .:: . :: : ::
NP_065 SSGLFQHQTTYNRVSPCRRTECMESFPHSSSLRQHQGDYDGQMLFSCGDEGKAFLDTFTL
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 FEHQKIHTEERPYECSECGKLFRYNSDLIKHQRNHTGERPYKCSECGKAFSLKYNVVQHQ
.. : :.: ::..: ::..:. .: ::.:.. :.:: . :.:::::: ... .::
NP_065 LDSQMTHAEVRPFRCLPCGNVFKEKSALINHRKIHSGEISHVCKECGKAFIHLHHLKMHQ
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 KIHTGERPYECSECGKAFLRKSHLLQHQRIHTRPRPYVCSECGKAFLTQAHLVGHQKIHT
:.:::.: : :::::::: ::. :.::::.:: : : :::::::. ..::: ::.:::
NP_065 KFHTGKRHYTCSECGKAFSRKDTLVQHQRVHTGERSYDCSECGKAYSRSSHLVQHQRIHT
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 GERPYGCNECGKYFMYSSALIRHQKVHTGERPFYCCECGKFFMDSCTLIIHQRVHTGEKP
::::: ::.::: : ...:..::. ::::::. : :::::: .: :: : :.::: .:
NP_065 GERPYKCNKCGKAFSRKDTLVQHQRFHTGERPYECSECGKFFSQSSHLIEHWRIHTGARP
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 YECNECGKFFRYRSTLIRHQKVHTGEKPYECSECGKFFMDTSTLIIHQRVHTGEKPYECN
::: :::::: . :.::.:..:::: . : ::.::: : .::. :: .::: .::::.
NP_065 YECIECGKFFSHNSSLIKHRRVHTGARSYVCSKCGKAFGCKDTLVQHQIIHTGARPYECS
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KE0 KCGKFFRYCFTLNRHQRVHSGERPYECSECGKFFVDSCTLKSHQRVHTGERPFECSICGK
.::: : :: .::..:.:::::::.:::::: : .: :::.::: .:.::. :::
NP_065 ECGKAFSRKDTLVQHQKIHTGERPYECGECGKFFSHSSNLIVHQRIHTGAKPYECNECGK
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KE0 SFRCRSTLDTHQRIHTGERPYECSECGKFFRHNSNHIRHRRNHFGERSFECTECGRVFSQ
: :.: :::.::: ::: :::::: . .:. ..:.. : : : .::.:::. ::.
NP_065 CFSHNSSLILHQRVHTGARPYVCSECGKAYISSSHLVQHKKVHTGARPYECSECGKFFSR
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610 620
pF1KE0 NSHLIRHQKVHTRERTYKCSKCGKFFMDSSTLISHERVHTGEKPYECSECGKVFRYNSSL
:: :: ::.::: :. : ::.::: . :: :. :...::::. .::. :
NP_065 NSGLILHQRVHTGEKPYVCSECGKAYSRSSHLVRHQKAHTGERAHECNSFGGPLAASLKL
600 610 620 630 640 650
630 640 650 660
pF1KE0 IKHRRIHTGERPYQCSECGRVFNQNSHLIQHQKVHTR
NP_065 V
>>NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 is (782 aa)
initn: 2111 init1: 2111 opt: 2115 Z-score: 1123.3 bits: 218.4 E(85289): 7.9e-56
Smith-Waterman score: 2130; 54.2% identity (75.0% similar) in 513 aa overlap (149-661:223-720)
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 EHLREKLTRSDEGRPSFVNDSVHLAKRNLTCMQGGKDFTGDSDLQQQALHSGWKPHRDTH
: . :: :: .:.: . :: :
NP_001 THRSKKYHELNHFSLLTQRRKANSCGKPYKCNECGKAFTQNSNLTS---------HRRIH
200 210 220 230 240
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 GVEAFQSGQNNYSCTQCGKDFCHQHTLFEHQKIHTEERPYECSECGKLFRYNSDLIKHQR
::.. :.:..::: : . .: :: ::: :.::.: ::::.::.:: : :.:
NP_001 ------SGEKPYKCSECGKTFTVRSNLTIHQVIHTGEKPYKCHECGKVFRHNSYLATHRR
250 260 270 280 290
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NHTGERPYKCSECGKAFSLKYNVVQHQKIHTGERPYECSECGKAFLRKSHLLQHQRIHTR
::::.::::.:::::: . :.. :: :::::.:..:.:::: : ..:::..: ::::
NP_001 IHTGEKPYKCNECGKAFRGHSNLTTHQLIHTGEKPFKCNECGKLFTQNSHLISHWRIHTG
300 310 320 330 340 350
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 PRPYVCSECGKAFLTQAHLVGHQKIHTGERPYGCNECGKYFMYSSALIRHQKVHTGERPF
.:: :.:::::: ... :. :: :::::.:: :::::: : :.: : ::..:::::.:.
NP_001 EKPYKCNECGKAFSVRSSLAIHQTIHTGEKPYKCNECGKVFRYNSYLGRHRRVHTGEKPY
360 370 380 390 400 410
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 YCCECGKFFMDSCTLIIHQRVHTGEKPYECNECGKFFRYRSTLIRHQKVHTGEKPYECSE
: :::: : .: :: .::: ::..::::.: : : : :...:::::::.:.:
NP_001 KCNECGKAFSMHSNLATHQVIHTGTKPFKCNECSKVFTQNSQLANHRRIHTGEKPYKCNE
420 430 440 450 460 470
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 CGKFFMDTSTLIIHQRVHTGEKPYECNKCGKFFRYCFTLNRHQRVHSGERPYECSECGKF
::: : :.: :: .:.:::::.: .::: : : :. .::::.::.:.::::
NP_001 CGKAFSVRSSLTTHQAIHSGEKPYKCIECGKSFTQKSHLRSHRGIHSGEKPYKCNECGKV
480 490 500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 FVDSCTLKSHQRVHTGERPFECSICGKSFRCRSTLDTHQRIHTGERPYECSECGKFFRHN
:... : : ::::::.:..:. ::..: ::.: :: :::::.::.: :::: ::::
NP_001 FAQTSQLARHWRVHTGEKPYKCNDCGRAFSDRSSLTFHQAIHTGEKPYKCHECGKVFRHN
540 550 560 570 580 590
540 550 560 570 580 590
pF1KE0 SNHIRHRRNHFGERSFECTECGRVFSQNSHLIRHQKVHTRERTYKCSKCGKFFMDSSTLI
: ::: : ::. ..:.:::..::..:.: :. .:: :. :::..::: : ..: :
NP_001 SYLATHRRIHTGEKPYKCNECGKAFSMHSNLTTHKVIHTGEKPYKCNQCGKVFTQNSHLA
600 610 620 630 640 650
600 610 620 630 640 650
pF1KE0 SHERVHTGEKPYECSECGKVFRYNSSLIKHRRIHTGERPYQCSECGRVFNQNSHLIQHQK
.:.:.:::::::.:.::::.: ::: :. ::::..::.:.:::.::.::.:: .:..
NP_001 NHQRTHTGEKPYRCNECGKAFSVRSSLTTHQAIHTGKKPYKCNECGKVFTQNAHLANHRR
660 670 680 690 700 710
660
pF1KE0 VHTR
.::
NP_001 IHTGEKPYRCTECGKAFRVRSSLTTHMAIHTGEKRYKCNECGKVFRQSSNLASHHRMHTG
720 730 740 750 760 770
>>NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 is (782 aa)
initn: 2111 init1: 2111 opt: 2115 Z-score: 1123.3 bits: 218.4 E(85289): 7.9e-56
Smith-Waterman score: 2130; 54.2% identity (75.0% similar) in 513 aa overlap (149-661:223-720)
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 EHLREKLTRSDEGRPSFVNDSVHLAKRNLTCMQGGKDFTGDSDLQQQALHSGWKPHRDTH
: . :: :: .:.: . :: :
NP_001 THRSKKYHELNHFSLLTQRRKANSCGKPYKCNECGKAFTQNSNLTS---------HRRIH
200 210 220 230 240
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 GVEAFQSGQNNYSCTQCGKDFCHQHTLFEHQKIHTEERPYECSECGKLFRYNSDLIKHQR
::.. :.:..::: : . .: :: ::: :.::.: ::::.::.:: : :.:
NP_001 ------SGEKPYKCSECGKTFTVRSNLTIHQVIHTGEKPYKCHECGKVFRHNSYLATHRR
250 260 270 280 290
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NHTGERPYKCSECGKAFSLKYNVVQHQKIHTGERPYECSECGKAFLRKSHLLQHQRIHTR
::::.::::.:::::: . :.. :: :::::.:..:.:::: : ..:::..: ::::
NP_001 IHTGEKPYKCNECGKAFRGHSNLTTHQLIHTGEKPFKCNECGKLFTQNSHLISHWRIHTG
300 310 320 330 340 350
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 PRPYVCSECGKAFLTQAHLVGHQKIHTGERPYGCNECGKYFMYSSALIRHQKVHTGERPF
.:: :.:::::: ... :. :: :::::.:: :::::: : :.: : ::..:::::.:.
NP_001 EKPYKCNECGKAFSVRSSLAIHQTIHTGEKPYKCNECGKVFRYNSYLGRHRRVHTGEKPY
360 370 380 390 400 410
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 YCCECGKFFMDSCTLIIHQRVHTGEKPYECNECGKFFRYRSTLIRHQKVHTGEKPYECSE
: :::: : .: :: .::: ::..::::.: : : : :...:::::::.:.:
NP_001 KCNECGKAFSMHSNLATHQVIHTGTKPFKCNECSKVFTQNSQLANHRRIHTGEKPYKCNE
420 430 440 450 460 470
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 CGKFFMDTSTLIIHQRVHTGEKPYECNKCGKFFRYCFTLNRHQRVHSGERPYECSECGKF
::: : :.: :: .:.:::::.: .::: : : :. .::::.::.:.::::
NP_001 CGKAFSVRSSLTTHQAIHSGEKPYKCIECGKSFTQKSHLRSHRGIHSGEKPYKCNECGKV
480 490 500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 FVDSCTLKSHQRVHTGERPFECSICGKSFRCRSTLDTHQRIHTGERPYECSECGKFFRHN
:... : : ::::::.:..:. ::..: ::.: :: :::::.::.: :::: ::::
NP_001 FAQTSQLARHWRVHTGEKPYKCNDCGRAFSDRSSLTFHQAIHTGEKPYKCHECGKVFRHN
540 550 560 570 580 590
540 550 560 570 580 590
pF1KE0 SNHIRHRRNHFGERSFECTECGRVFSQNSHLIRHQKVHTRERTYKCSKCGKFFMDSSTLI
: ::: : ::. ..:.:::..::..:.: :. .:: :. :::..::: : ..: :
NP_001 SYLATHRRIHTGEKPYKCNECGKAFSMHSNLTTHKVIHTGEKPYKCNQCGKVFTQNSHLA
600 610 620 630 640 650
600 610 620 630 640 650
pF1KE0 SHERVHTGEKPYECSECGKVFRYNSSLIKHRRIHTGERPYQCSECGRVFNQNSHLIQHQK
.:.:.:::::::.:.::::.: ::: :. ::::..::.:.:::.::.::.:: .:..
NP_001 NHQRTHTGEKPYRCNECGKAFSVRSSLTTHQAIHTGKKPYKCNECGKVFTQNAHLANHRR
660 670 680 690 700 710
660
pF1KE0 VHTR
.::
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: . :: :: .:.: . :: :
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:... : : ::::::.:..:. ::..: ::.: :: :::::.::.: :::: ::::
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.::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]