FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0046, 639 aa
1>>>pF1KE0046 639 - 639 aa - 639 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0292+/-0.000368; mu= 9.0297+/- 0.023
mean_var=181.2110+/-36.033, 0's: 0 Z-trim(120.7): 18 B-trim: 650 in 2/52
Lambda= 0.095276
statistics sampled from 36326 (36345) to 36326 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.426), width: 16
Scan time: 13.140
The best scores are: opt bits E(85289)
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XP_005259039 (OMIM: 616582) PREDICTED: lipolysis-s ( 580) 512 82.7 4.1e-15
NP_991404 (OMIM: 616582) lipolysis-stimulated lipo ( 581) 512 82.7 4.1e-15
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NP_001247419 (OMIM: 616582) lipolysis-stimulated l ( 541) 365 62.4 4.7e-09
XP_011511041 (OMIM: 609646,609739) PREDICTED: immu ( 367) 319 56.0 2.8e-07
NP_787120 (OMIM: 609646,609739) immunoglobulin-lik ( 502) 319 56.1 3.5e-07
XP_005247446 (OMIM: 609646,609739) PREDICTED: immu ( 514) 319 56.1 3.6e-07
NP_001186729 (OMIM: 609646,609739) immunoglobulin- ( 457) 254 47.1 0.00016
>>XP_005259037 (OMIM: 616582) PREDICTED: lipolysis-stimu (648 aa)
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Smith-Waterman score: 1240; 39.1% identity (62.7% similar) in 617 aa overlap (2-584:70-632)
10 20 30
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40 50 60 70 80
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..::..: :: :::::::.:::..:::::.:.::.:::. .::: . . :::::.:::
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... .::.:.:: .::.:::::. .:.:::.: . . .:.:: .: :..::.:.:.:
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. :::.::::.:::::.:::.: :: . ..::..::::.: : : :. .
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370 380 390 400 410 420
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: : : :: : : :: . .. ..: .::..:
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: : .:.:. . :.: :.: ..:. .: : ::... .:..:. ...
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XP_005 --PRSRDPHYDDFR------SRERPPADPRSHHHRTRDPRDNGSRSGDLPYDGRLLEEAV
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540 550 560 570 580 590
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: .:. . . : :. . .:: .:: :. .:: ..:
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600 610 620 630 640
600 610 620 630
pF1KE0 ELTRGPSYRGRDLPYHSNSEKKRKKEPAKKTNDFPTRMSLVV
XP_005 LVV
>>NP_991403 (OMIM: 616582) lipolysis-stimulated lipoprot (649 aa)
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Smith-Waterman score: 1242; 39.1% identity (62.9% similar) in 617 aa overlap (2-584:70-633)
10 20 30
pF1KE0 MDRVLLRWISL-FWLTAMVEGLQVTVPDKKK
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40 50 60 70 80
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:..::::..: : .. .: :: :. ::.::.:.::...... .:. : .:. :
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..::..: :: :::::::.:::..:::::.:.::.:::. .::: . . :::::.:::
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... .::.:.:: .::.:::::. .:.:::.: . . .:.:: .: :..::.:.:.:
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. :::.::::.:::::.:::.: :: . ..::..::::.: : : :. .
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pF1KE0 VSGDLESNPDYWSGVMGGSSGAS-RGPSAMEYNKEDRESFRHSQPRSKSEMLSRKNFATG
: : : :: : : :: . .. ..: .::..:
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: : .:.:. . :.: :.: ..:. .: : ::... .:..:. ...
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pF1KE0 QRSRSREPLTDADRGWAFSPARRRPAEDAHLPRLVSRTP--GTAPKYDHSYLGSARERQA
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540 550 560 570 580 590
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: .:. . . : :. . .:: .:: :. .:: ..:
NP_991 RKKGSEE---RRRPHKEEEE-----EAYYPPAPP-PYSETDSQASRERRLKKNLALSRES
600 610 620 630 640
600 610 620 630
pF1KE0 ELTRGPSYRGRDLPYHSNSEKKRKKEPAKKTNDFPTRMSLVV
NP_991 LVV
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Smith-Waterman score: 1146; 37.8% identity (60.5% similar) in 617 aa overlap (2-584:70-613)
10 20 30
pF1KE0 MDRVLLRWISL-FWLTAMVEGLQVTVPDKKK
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40 50 60 70 80
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NP_001 GYNPYVECQDSVRTVRVVATKQGNAVTLGDYYQGRRITITGNADLTFDQTAWGDSGVYYC
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pF1KE0 IITTPDDLEGKNEDSVELLVLGRTGLLADLLPSFAVEIMPEWVFVGLVLLGVFLFFVLVG
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NP_001 ICWCQCCPHTCCCYVRCPCCPDKCCCPEALYAAGKAATSGVPSIYAPSTYAHLSPAKTPP
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260 270 280 290 300
pF1KE0 GPYSIPSVPL-----GGAP-----SSGMLMDKPHPPPLAPSDSTGGSHSVRKGYRIQADK
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NP_001 PPAMIPMGPAYNGYPGGYPGDVDRSSSAGGQGSYVPLLRDTDSSVA--SVRSGYRIQASQ
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pF1KE0 ERDSMKVLYYVEKELAQFDPARRM--RGRYNNTISELSSLHEEDSNFRQSFHQMRSKQFP
. :::.::::.:::::.:::.: :: . ..::..::::.: : : :. .
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pF1KE0 VSGDLESNPDYWSGVMGGSSGAS-RGPSAMEYNKEDRESFRHSQPRSKSEMLSRKNFATG
: : : :: : : :: . .. ..: .::..:
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: : .:.:. . :.: :.: ..:. .: : ::... .:..:. ...
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:::.: : : .:.:: : . . .: : . . . : : : :. .
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: .:. . . : :. . .:: .:: :. .:: ..:
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600 610 620 630
pF1KE0 ELTRGPSYRGRDLPYHSNSEKKRKKEPAKKTNDFPTRMSLVV
NP_001 LVV
>>XP_011525328 (OMIM: 616582) PREDICTED: lipolysis-stimu (600 aa)
initn: 733 init1: 382 opt: 564 Z-score: 430.8 bits: 89.8 E(85289): 3e-17
Smith-Waterman score: 819; 34.1% identity (57.6% similar) in 596 aa overlap (2-584:70-584)
10 20 30
pF1KE0 MDRVLLRWISL-FWLTAMVEGLQVTVPDKKK
: :.. :. : : :: ....:::: . .
XP_011 RARRAQTAAMALLAGGLSRGLGSHPAAAGRDAVVFVWLLLSTWCTAPARAIQVTVSNPYH
40 50 60 70 80 90
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pF1KE0 VAMLFQPTVLRCHFSTSSH--QPAVVQWKFKSYCQDRMGESLGMSSTRAQ---SLSKRNL
:..::::..: : .. .: :: :. ::.::.:.::...... .:. : .:. :
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pF1KE0 EWDPYLDCLDSRRTVRVVASKQGSTVTLGDFYRGREITIVHDADLQIGKLMWGDSGLYYC
..::..: :: :::::::.:::..:::::.:.::.:::. .::: . . :::::.:::
XP_011 GYNPYVECQDSVRTVRVVATKQGNAVTLGDYYQGRRITITGNADLTFDQTAWGDSGVYYC
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pF1KE0 IITTPDDLEGKNEDSVELLVLGRTGLLADLLPSFAVEIMPEWVFVGLVLLGVFLFFVLVG
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XP_011 SVVSAQDLQGNNEAYAELIVLGRTSGVAELLPGF--QAGPIEVYAA-------------G
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XP_011 KAATSGVPSIYAPSTYAHLSPAKTPPPPAMIPMGPAYN-GYP---GGYPGDVDRSSSA-G
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: : . : : .::. .:. ::.::::::... :::.::::.:::::.:::.
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: :: . ..::..::::.: : : :. . : : : :: :
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: :: . .. ..: .::..: : : .:.:. . :.: :.:
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..:. .: : ::... .:..:. ... :::.: : : .
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:.:: : . . .: : . . . : : : :. .: .:. . . : :. .
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pF1KE0 GPRSASYYAWSPPGTYKAGSSQDDQEDASDDALPPYSELELTRGPSYRGRDLPYHSNSEK
.:: .:: :. .:: ..:
XP_011 ----EAYYPPAPP-PYSETDSQASRERRLKKNLALSRESLVV
570 580 590 600
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630
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:: :.::: . ::: :...:: : :.::: : .: : : . :.:.::
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pF1KE0 SAQLGPRSASYYAWSPPGTYKAGSSQDDQEDASDDALPPYSELELTRGPSYRGRDLPYHS
>>XP_011511040 (OMIM: 609646,609739) PREDICTED: immunogl (525 aa)
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XP_011 MAWPKLPAPWLLLCTWLPAGCLSLLVTVQHTERYVTLFASIILKCDYTTSAQLQDVVVTW
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XP_011 RFKSFCKDPIFDYYSASYQAALSLGQ-----DPSNDCNDNQREVRIVAQRRGQNEPVLGV
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:: :.::: . ::: :...:: : :.::: : .: : : . :.:.::
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170 180 190 200 210
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pF1KE0 YEAGKAAKAGYPPSVSGVPGPYSIPSVPLGGAPSSGMLMDKPHPPPLAPSDSTGGSHSVR
:: :. : ..... :: . . :: :... . : : : : . : .
XP_011 -EA--LARHRYMKQAQAL-GPQMMGKPLYWGADRSSQVSSYPMHP-LLQRDLSLPSSLPQ
220 230 240 250 260
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. ... . :: :.:::: ... :. ..::... : :::: :
XP_011 MPMTQTTNQPPIANGVLEYLEKELRNLNLAQPLPPDLKGRFGHPCSMLSSLGSEVVERRI
270 280 290 300 310 320
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XP_011 IHLPPLIRDLSSSRRTSDSLHQQWLTPIPSRPWDLREGRSHHHYPDFHQELQDRGPKSWA
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.: . : : :: . : .. . : .. . ::. : . : . .::::
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XP_011 PSPRESTQRHGRR------RRHRSYSPPLPSGLSSWSSEEDKERQPQSWRAHRRGSHSP-
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XP_011 -HWPEEKPPSYRSLDITPGERQLS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]