Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0046
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0046, 639 aa
1>>>pF1KE0046 639 - 639 aa - 639 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3428+/-0.000958; mu= 13.1403+/- 0.059
mean_var=184.2313+/-34.547, 0's: 0 Z-trim(113.3): 12 B-trim: 45 in 1/49
Lambda= 0.094491
statistics sampled from 13922 (13931) to 13922 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.753), E-opt: 0.2 (0.428), width: 16
Scan time: 4.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1256.1 ILDR2 gene_id:387597|Hs108|chr1 ( 639) 4426 615.8 5.6e-176
CCDS12450.1 LSR gene_id:51599|Hs108|chr19 ( 649) 1005 149.4 1.4e-35
CCDS59376.1 LSR gene_id:51599|Hs108|chr19 ( 629) 792 120.4 7.5e-27
CCDS12451.1 LSR gene_id:51599|Hs108|chr19 ( 581) 512 82.2 2.2e-15
CCDS12449.1 LSR gene_id:51599|Hs108|chr19 ( 630) 453 74.2 6.1e-13
>>CCDS1256.1 ILDR2 gene_id:387597|Hs108|chr1 (639 aa)
initn: 4426 init1: 4426 opt: 4426 Z-score: 3272.8 bits: 615.8 E(32554): 5.6e-176
Smith-Waterman score: 4426; 100.0% identity (100.0% similar) in 639 aa overlap (1-639:1-639)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDRVLLRWISLFWLTAMVEGLQVTVPDKKKVAMLFQPTVLRCHFSTSSHQPAVVQWKFKS
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CCDS12 MDRVLLRWISLFWLTAMVEGLQVTVPDKKKVAMLFQPTVLRCHFSTSSHQPAVVQWKFKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 YCQDRMGESLGMSSTRAQSLSKRNLEWDPYLDCLDSRRTVRVVASKQGSTVTLGDFYRGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YCQDRMGESLGMSSTRAQSLSKRNLEWDPYLDCLDSRRTVRVVASKQGSTVTLGDFYRGR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 EITIVHDADLQIGKLMWGDSGLYYCIITTPDDLEGKNEDSVELLVLGRTGLLADLLPSFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EITIVHDADLQIGKLMWGDSGLYYCIITTPDDLEGKNEDSVELLVLGRTGLLADLLPSFA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 VEIMPEWVFVGLVLLGVFLFFVLVGICWCQCCPHSCCCYVRCPCCPDSCCCPQALYEAGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VEIMPEWVFVGLVLLGVFLFFVLVGICWCQCCPHSCCCYVRCPCCPDSCCCPQALYEAGK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 AAKAGYPPSVSGVPGPYSIPSVPLGGAPSSGMLMDKPHPPPLAPSDSTGGSHSVRKGYRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AAKAGYPPSVSGVPGPYSIPSVPLGGAPSSGMLMDKPHPPPLAPSDSTGGSHSVRKGYRI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 QADKERDSMKVLYYVEKELAQFDPARRMRGRYNNTISELSSLHEEDSNFRQSFHQMRSKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QADKERDSMKVLYYVEKELAQFDPARRMRGRYNNTISELSSLHEEDSNFRQSFHQMRSKQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 FPVSGDLESNPDYWSGVMGGSSGASRGPSAMEYNKEDRESFRHSQPRSKSEMLSRKNFAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FPVSGDLESNPDYWSGVMGGSSGASRGPSAMEYNKEDRESFRHSQPRSKSEMLSRKNFAT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 GVPAVSMDELAAFADSYGQRPRRADGNSHEARGGSRFERSESRAHSGFYQDDSLEEYYGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GVPAVSMDELAAFADSYGQRPRRADGNSHEARGGSRFERSESRAHSGFYQDDSLEEYYGQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 RSRSREPLTDADRGWAFSPARRRPAEDAHLPRLVSRTPGTAPKYDHSYLGSARERQARPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RSRSREPLTDADRGWAFSPARRRPAEDAHLPRLVSRTPGTAPKYDHSYLGSARERQARPE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 GASRGGSLETPSKRSAQLGPRSASYYAWSPPGTYKAGSSQDDQEDASDDALPPYSELELT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GASRGGSLETPSKRSAQLGPRSASYYAWSPPGTYKAGSSQDDQEDASDDALPPYSELELT
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KE0 RGPSYRGRDLPYHSNSEKKRKKEPAKKTNDFPTRMSLVV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RGPSYRGRDLPYHSNSEKKRKKEPAKKTNDFPTRMSLVV
610 620 630
>>CCDS12450.1 LSR gene_id:51599|Hs108|chr19 (649 aa)
initn: 1060 init1: 789 opt: 1005 Z-score: 752.3 bits: 149.4 E(32554): 1.4e-35
Smith-Waterman score: 1242; 39.1% identity (62.9% similar) in 617 aa overlap (2-584:70-633)
10 20 30
pF1KE0 MDRVLLRWISL-FWLTAMVEGLQVTVPDKKK
: :.. :. : : :: ....:::: . .
CCDS12 RARRAQTAAMALLAGGLSRGLGSHPAAAGRDAVVFVWLLLSTWCTAPARAIQVTVSNPYH
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80
pF1KE0 VAMLFQPTVLRCHFSTSSH--QPAVVQWKFKSYCQDRMGESLGMSSTRAQ---SLSKRNL
:..::::..: : .. .: :: :. ::.::.:.::...... .:. : .:. :
CCDS12 VVILFQPVTLPCTYQMTSTPTQPIVI-WKYKSFCRDRIADAFSPASVDNQLNAQLAAGNP
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 EWDPYLDCLDSRRTVRVVASKQGSTVTLGDFYRGREITIVHDADLQIGKLMWGDSGLYYC
..::..: :: :::::::.:::..:::::.:.::.:::. .::: . . :::::.:::
CCDS12 GYNPYVECQDSVRTVRVVATKQGNAVTLGDYYQGRRITITGNADLTFDQTAWGDSGVYYC
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 IITTPDDLEGKNEDSVELLVLGRTGLLADLLPSFAVEIMPEWVFVGLVLLGVFLFFVLVG
... .::.:.:: .::.:::::. .:.:::.: . . .:.:: .: :..::.:.:.:
CCDS12 SVVSAQDLQGNNEAYAELIVLGRTSGVAELLPGFQAGPIEDWLFVVVVCLAAFLIFLLLG
220 230 240 250 260 270
210 220 230 240 250
pF1KE0 ICWCQCCPHSCCCYVRCPCCPDSCCCPQALYEAGKAAKAGYP----PSVSG-------VP
:::::::::.::::::::::::.::::.::: ::::: .: : ::. . :
CCDS12 ICWCQCCPHTCCCYVRCPCCPDKCCCPEALYAAGKAATSGVPSIYAPSTYAHLSPAKTPP
280 290 300 310 320 330
260 270 280 290 300
pF1KE0 GPYSIPSVPL-----GGAP-----SSGMLMDKPHPPPLAPSDSTGGSHSVRKGYRIQADK
: :: : :: : ::. . . : : .::. .:. ::.::::::..
CCDS12 PPAMIPMGPAYNGYPGGYPGDVDRSSSAGGQGSYVPLLRDTDSSVASE-VRSGYRIQASQ
340 350 360 370 380 390
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ERDSMKVLYYVEKELAQFDPARRM--RGRYNNTISELSSLHEEDSNFRQSFHQMRSKQFP
. :::.::::.:::::.:::.: :: . ..::..::::.: : : :. .
CCDS12 QDDSMRVLYYMEKELANFDPSRPGPPSGRVERAMSEVTSLHEDDWRSRPS----RGPALT
400 410 420 430 440 450
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 VSGDLESNPDYWSGVMGGSSGAS-RGPSAMEYNKEDRESFRHSQPRSKSEMLSRKNFATG
: : : :: : : :: . .. ..: .::..:
CCDS12 PIRDEE-----W----GGHSPRSPRGWDQEPAREQAGGGWRARRPRARS-----------
460 470 480 490
430 440 450 460 470
pF1KE0 VPAVSMDELA--AFADSYGQRPRRADGNSHEARGGSRFERSESRAHSGFYQDDSLEEYYG
: : .:.:. . :.: :.: ..:. .: : ::... .:..:. ...
CCDS12 VDA--LDDLTPPSTAES-GSRSPTSNGGRSRAYMPPR-----SRSRDDLYDQDDSRDF--
500 510 520 530 540
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 QRSRSREPLTDADRGWAFSPARRRPAEDAHLPRLVSRTP--GTAPKYDHSYLGSARERQA
:::.: : : .:.:: : . . .: : . . . : : : :. .
CCDS12 --PRSRDPHYDDFR------SRERPPADPRSHHHRTRDPRDNGSRSGDLPYDGRLLEEAV
550 560 570 580 590
540 550 560 570 580 590
pF1KE0 RPEGASRGGSLETPSKRSAQLGPRSASYYAWSPPGTYKAGSSQDDQEDASDDALPPYSEL
: .:. . . : :. . .:: .:: :. .:: ..:
CCDS12 RKKGSEE---RRRPHKEEEE-----EAYYPPAPP-PYSETDSQASRERRLKKNLALSRES
600 610 620 630 640
600 610 620 630
pF1KE0 ELTRGPSYRGRDLPYHSNSEKKRKKEPAKKTNDFPTRMSLVV
CCDS12 LVV
>>CCDS59376.1 LSR gene_id:51599|Hs108|chr19 (629 aa)
initn: 560 init1: 447 opt: 792 Z-score: 595.6 bits: 120.4 E(32554): 7.5e-27
Smith-Waterman score: 1146; 37.8% identity (60.5% similar) in 617 aa overlap (2-584:70-613)
10 20 30
pF1KE0 MDRVLLRWISL-FWLTAMVEGLQVTVPDKKK
: :.. :. : : :: ....:::: . .
CCDS59 RARRAQTAAMALLAGGLSRGLGSHPAAAGRDAVVFVWLLLSTWCTAPARAIQVTVSNPYH
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80
pF1KE0 VAMLFQPTVLRCHFSTSSH--QPAVVQWKFKSYCQDRMGESLGMSSTRAQ---SLSKRNL
:..::::..: : .. .: :: :. ::.::.:.::...... .:. : .:. :
CCDS59 VVILFQPVTLPCTYQMTSTPTQPIVI-WKYKSFCRDRIADAFSPASVDNQLNAQLAAGNP
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 EWDPYLDCLDSRRTVRVVASKQGSTVTLGDFYRGREITIVHDADLQIGKLMWGDSGLYYC
..::..: :: :::::::.:::..:::::.:.::.:::. .::: . . :::::.:::
CCDS59 GYNPYVECQDSVRTVRVVATKQGNAVTLGDYYQGRRITITGNADLTFDQTAWGDSGVYYC
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 IITTPDDLEGKNEDSVELLVLGRTGLLADLLPSFAVEIMPEWVFVGLVLLGVFLFFVLVG
... .::.:.:: .::.:: .:.:: .: :..::.:.:.:
CCDS59 SVVSAQDLQGNNEAYAELIVL-------------------DWLFVVVVCLAAFLIFLLLG
220 230 240 250
210 220 230 240 250
pF1KE0 ICWCQCCPHSCCCYVRCPCCPDSCCCPQALYEAGKAAKAGYP----PSVSG-------VP
:::::::::.::::::::::::.::::.::: ::::: .: : ::. . :
CCDS59 ICWCQCCPHTCCCYVRCPCCPDKCCCPEALYAAGKAATSGVPSIYAPSTYAHLSPAKTPP
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300
pF1KE0 GPYSIPSVPL-----GGAP-----SSGMLMDKPHPPPLAPSDSTGGSHSVRKGYRIQADK
: :: : :: : ::. . . : : .::. . :::.::::::..
CCDS59 PPAMIPMGPAYNGYPGGYPGDVDRSSSAGGQGSYVPLLRDTDSSVA--SVRSGYRIQASQ
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ERDSMKVLYYVEKELAQFDPARRM--RGRYNNTISELSSLHEEDSNFRQSFHQMRSKQFP
. :::.::::.:::::.:::.: :: . ..::..::::.: : : :. .
CCDS59 QDDSMRVLYYMEKELANFDPSRPGPPSGRVERAMSEVTSLHEDDWRSRPS----RGPALT
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 VSGDLESNPDYWSGVMGGSSGAS-RGPSAMEYNKEDRESFRHSQPRSKSEMLSRKNFATG
: : : :: : : :: . .. ..: .::..:
CCDS59 PIRDEE-----W----GGHSPRSPRGWDQEPAREQAGGGWRARRPRARS-----------
440 450 460 470
430 440 450 460 470
pF1KE0 VPAVSMDELA--AFADSYGQRPRRADGNSHEARGGSRFERSESRAHSGFYQDDSLEEYYG
: : .:.:. . :.: :.: ..:. .: : ::... .:..:. ...
CCDS59 VDA--LDDLTPPSTAES-GSRSPTSNGGRSRAYMPPR-----SRSRDDLYDQDDSRDF--
480 490 500 510 520
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 QRSRSREPLTDADRGWAFSPARRRPAEDAHLPRLVSRTP--GTAPKYDHSYLGSARERQA
:::.: : : .:.:: : . . .: : . . . : : : :. .
CCDS59 --PRSRDPHYDDFR------SRERPPADPRSHHHRTRDPRDNGSRSGDLPYDGRLLEEAV
530 540 550 560 570
540 550 560 570 580 590
pF1KE0 RPEGASRGGSLETPSKRSAQLGPRSASYYAWSPPGTYKAGSSQDDQEDASDDALPPYSEL
: .:. . . : :. . .:: .:: :. .:: ..:
CCDS59 RKKGSEE---RRRPHKEEEE-----EAYYPPAPP-PYSETDSQASRERRLKKNLALSRES
580 590 600 610 620
600 610 620 630
pF1KE0 ELTRGPSYRGRDLPYHSNSEKKRKKEPAKKTNDFPTRMSLVV
CCDS59 LVV
>>CCDS12451.1 LSR gene_id:51599|Hs108|chr19 (581 aa)
initn: 681 init1: 330 opt: 512 Z-score: 389.7 bits: 82.2 E(32554): 2.2e-15
Smith-Waterman score: 736; 32.9% identity (56.2% similar) in 596 aa overlap (2-584:70-565)
10 20 30
pF1KE0 MDRVLLRWISL-FWLTAMVEGLQVTVPDKKK
: :.. :. : : :: ....:::: . .
CCDS12 RARRAQTAAMALLAGGLSRGLGSHPAAAGRDAVVFVWLLLSTWCTAPARAIQVTVSNPYH
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80
pF1KE0 VAMLFQPTVLRCHFSTSSH--QPAVVQWKFKSYCQDRMGESLGMSSTRAQ---SLSKRNL
:..::::..: : .. .: :: :. ::.::.:.::...... .:. : .:. :
CCDS12 VVILFQPVTLPCTYQMTSTPTQPIVI-WKYKSFCRDRIADAFSPASVDNQLNAQLAAGNP
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 EWDPYLDCLDSRRTVRVVASKQGSTVTLGDFYRGREITIVHDADLQIGKLMWGDSGLYYC
..::..: :: :::::::.:::..:::::.:.::.:::. .::: . . :::::.:::
CCDS12 GYNPYVECQDSVRTVRVVATKQGNAVTLGDYYQGRRITITGNADLTFDQTAWGDSGVYYC
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 IITTPDDLEGKNEDSVELLVLGRTGLLADLLPSFAVEIMPEWVFVGLVLLGVFLFFVLVG
... .::.:.:: .::.:: .. : :. .: . .
CCDS12 SVVSAQDLQGNNEAYAELIVLVYAAGKA------ATSGVPS---------------IYAP
220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 ICWCQCCPHSCCCYVRCPCCPDSCCCPQALYEAGKAAKAGYPPSVSGVPGPYSIPSVPLG
. . : .. : : : :. : : . ::: .: :: . : :
CCDS12 STYAHLSP------AKTP--P-----PPAMIPMGPAYN-GYP---GGYPGDVDRSSSA-G
260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 GAPSSGMLMDKPHPPPLAPSDSTGGSHSVRKGYRIQADKERDSMKVLYYVEKELAQFDPA
: : . : : .::. .:. ::.::::::... :::.::::.:::::.:::.
CCDS12 GQGS--------YVPLLRDTDSSVASE-VRSGYRIQASQQDDSMRVLYYMEKELANFDPS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 RRM--RGRYNNTISELSSLHEEDSNFRQSFHQMRSKQFPVSGDLESNPDYWSGVMGGSSG
: :: . ..::..::::.: : : :. . : : : :: :
CCDS12 RPGPPSGRVERAMSEVTSLHEDDWRSRPS----RGPALTPIRDEE-----W----GGHSP
360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 AS-RGPSAMEYNKEDRESFRHSQPRSKSEMLSRKNFATGVPAVSMDELA--AFADSYGQR
: :: . .. ..: .::..: : : .:.:. . :.: :.:
CCDS12 RSPRGWDQEPAREQAGGGWRARRPRARS-----------VDA--LDDLTPPSTAES-GSR
400 410 420 430 440
450 460 470 480 490 500
pF1KE0 PRRADGNSHEARGGSRFERSESRAHSGFYQDDSLEEYYGQRSRSREPLTDADRGWAFSPA
..:. .: : ::... .:..:. ... :::.: : : .
CCDS12 SPTSNGGRSRAYMPPR-----SRSRDDLYDQDDSRDF----PRSRDPHYDDFR------S
450 460 470 480
510 520 530 540 550
pF1KE0 RRRPAEDAHLPRLVSRTP--GTAPKYDHSYLGSARERQARPEGASRGGSLETPSKRSAQL
:.:: : . . .: : . . . : : : :. .: .:. . . : :. .
CCDS12 RERPPADPRSHHHRTRDPRDNGSRSGDLPYDGRLLEEAVRKKGSEE---RRRPHKEEEE-
490 500 510 520 530 540
560 570 580 590 600 610
pF1KE0 GPRSASYYAWSPPGTYKAGSSQDDQEDASDDALPPYSELELTRGPSYRGRDLPYHSNSEK
.:: .:: :. .:: ..:
CCDS12 ----EAYYPPAPP-PYSETDSQASRERRLKKNLALSRESLVV
550 560 570 580
>>CCDS12449.1 LSR gene_id:51599|Hs108|chr19 (630 aa)
initn: 727 init1: 415 opt: 453 Z-score: 345.8 bits: 74.2 E(32554): 6.1e-13
Smith-Waterman score: 1148; 37.8% identity (60.6% similar) in 617 aa overlap (2-584:70-614)
10 20 30
pF1KE0 MDRVLLRWISL-FWLTAMVEGLQVTVPDKKK
: :.. :. : : :: ....:::: . .
CCDS12 RARRAQTAAMALLAGGLSRGLGSHPAAAGRDAVVFVWLLLSTWCTAPARAIQVTVSNPYH
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80
pF1KE0 VAMLFQPTVLRCHFSTSSH--QPAVVQWKFKSYCQDRMGESLGMSSTRAQ---SLSKRNL
:..::::..: : .. .: :: :. ::.::.:.::...... .:. : .:. :
CCDS12 VVILFQPVTLPCTYQMTSTPTQPIVI-WKYKSFCRDRIADAFSPASVDNQLNAQLAAGNP
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 EWDPYLDCLDSRRTVRVVASKQGSTVTLGDFYRGREITIVHDADLQIGKLMWGDSGLYYC
..::..: :: :::::::.:::..:::::.:.::.:::. .::: . . :::::.:::
CCDS12 GYNPYVECQDSVRTVRVVATKQGNAVTLGDYYQGRRITITGNADLTFDQTAWGDSGVYYC
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 IITTPDDLEGKNEDSVELLVLGRTGLLADLLPSFAVEIMPEWVFVGLVLLGVFLFFVLVG
... .::.:.:: .::.:: .:.:: .: :..::.:.:.:
CCDS12 SVVSAQDLQGNNEAYAELIVL-------------------DWLFVVVVCLAAFLIFLLLG
220 230 240 250
210 220 230 240 250
pF1KE0 ICWCQCCPHSCCCYVRCPCCPDSCCCPQALYEAGKAAKAGYP----PSVSG-------VP
:::::::::.::::::::::::.::::.::: ::::: .: : ::. . :
CCDS12 ICWCQCCPHTCCCYVRCPCCPDKCCCPEALYAAGKAATSGVPSIYAPSTYAHLSPAKTPP
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300
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:::.: : : .:.:: : . . .: : . . . : : : :. .
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