Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0035
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0035, 336 aa
1>>>pF1KE0035 336 - 336 aa - 336 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8509+/-0.000812; mu= 18.7268+/- 0.049
mean_var=68.9210+/-13.839, 0's: 0 Z-trim(107.7): 54 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.154489
statistics sampled from 9710 (9763) to 9710 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.68), E-opt: 0.2 (0.3), width: 16
Scan time: 2.720
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1693.1 RDH14 gene_id:57665|Hs108|chr2 ( 336) 2192 497.4 6.6e-141
CCDS54320.1 RDH13 gene_id:112724|Hs108|chr19 ( 331) 794 185.9 4.1e-47
CCDS42627.1 RDH13 gene_id:112724|Hs108|chr19 ( 260) 789 184.7 7.4e-47
CCDS9787.1 RDH12 gene_id:145226|Hs108|chr14 ( 316) 744 174.7 8.9e-44
CCDS32104.1 RDH11 gene_id:51109|Hs108|chr14 ( 318) 726 170.7 1.4e-42
CCDS11246.2 DHRS13 gene_id:147015|Hs108|chr17 ( 377) 615 146.0 4.6e-35
CCDS35195.1 DHRSX gene_id:207063|Hs108|chrX ( 330) 603 143.3 2.7e-34
CCDS35195.1 DHRSX gene_id:207063|Hs108|chrY ( 330) 603 143.3 2.7e-34
CCDS42196.1 WWOX gene_id:51741|Hs108|chr16 ( 414) 517 124.2 1.9e-28
CCDS58326.1 RDH11 gene_id:51109|Hs108|chr14 ( 248) 256 65.8 4.1e-11
>>CCDS1693.1 RDH14 gene_id:57665|Hs108|chr2 (336 aa)
initn: 2192 init1: 2192 opt: 2192 Z-score: 2643.2 bits: 497.4 E(32554): 6.6e-141
Smith-Waterman score: 2192; 100.0% identity (100.0% similar) in 336 aa overlap (1-336:1-336)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVATAAAVLAALGGALWLAARRFVGPRVQRLRRGGDPGLMHGKTVLITGANSGLGRATA
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CCDS16 MAVATAAAVLAALGGALWLAARRFVGPRVQRLRRGGDPGLMHGKTVLITGANSGLGRATA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 AELLRLGARVIMGCRDRARAEEAAGQLRRELRQAAECGPEPGVSGVGELIVRELDLASLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 AELLRLGARVIMGCRDRARAEEAAGQLRRELRQAAECGPEPGVSGVGELIVRELDLASLR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SVRAFCQEMLQEEPRLDVLINNAGIFQCPYMKTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLGLLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 SVRAFCQEMLQEEPRLDVLINNAGIFQCPYMKTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLGLLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 SSAPSRIVVVSSKLYKYGDINFDDLNSEQSYNKSFCYSRSKLANILFTRELARRLEGTNV
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CCDS16 SSAPSRIVVVSSKLYKYGDINFDDLNSEQSYNKSFCYSRSKLANILFTRELARRLEGTNV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 TVNVLHPGIVRTNLGRHIHIPLLVKPLFNLVSWAFFKTPVEGAQTSIYLASSPEVEGVSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 TVNVLHPGIVRTNLGRHIHIPLLVKPLFNLVSWAFFKTPVEGAQTSIYLASSPEVEGVSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE0 RYFGDCKEEELLPKAMDESVARKLWDISEVMVGLLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 RYFGDCKEEELLPKAMDESVARKLWDISEVMVGLLK
310 320 330
>>CCDS54320.1 RDH13 gene_id:112724|Hs108|chr19 (331 aa)
initn: 796 init1: 427 opt: 794 Z-score: 959.3 bits: 185.9 E(32554): 4.1e-47
Smith-Waterman score: 915; 50.5% identity (72.5% similar) in 295 aa overlap (43-334:38-319)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 LGGALWLAARRFVGPRVQRLRRGGDPGLMHGKTVLITGANSGLGRATAAELLRLGARVIM
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CCDS54 LSALGTVAGAAVLLKDYVTGGACPSKATIPGKTVIVTGANTGIGKQTALELARRGGNIIL
10 20 30 40 50 60
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 GCRDRARAEEAAGQLRRELRQAAECGPEPGVSGVGELIVRELDLASLRSVRAFCQEMLQE
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CCDS54 ACRDMEKCEAAAKDIR-------------GETLNHHVNARHLDLASLKSIREFAAKIIEE
70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KE0 EPRLDVLINNAGIFQCPYMKTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLGLLKSSAPSRIVVVSS
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CCDS54 EERVDILINNAGVMRCPHWTTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLDKLKASAPSRIINLSS
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 KLYKYGDINFDDLN-SEQSYNKSFCYSRSKLANILFTRELARRLEGTNVTVNVLHPGIVR
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CCDS54 LAHVAGHIDFDDLNWQTRKYNTKAAYCQSKLAIVLFTKELSRRLQGSGVTVNALHPGVAR
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300
pF1KE0 TNLGRH--IHIPLLVKPLFNLVSWAFFKTPVEGAQTSIYLASSPEVEGVSGRYFGDCKEE
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CCDS54 TELGRHTGIHGSTFSSTTLGPIFWLLVKSPELAAQPSTYLAVAEELADVSGKYFDGLKQK
240 250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KE0 ELLPKAMDESVARKLWDISEVMVGLLK
:.: :: :::.:: : .:::
CCDS54 APAPEAEDEEVARRLWAESARLVGLEAPSVREQPLPR
300 310 320 330
>>CCDS42627.1 RDH13 gene_id:112724|Hs108|chr19 (260 aa)
initn: 789 init1: 427 opt: 789 Z-score: 954.7 bits: 184.7 E(32554): 7.4e-47
Smith-Waterman score: 789; 54.9% identity (76.5% similar) in 226 aa overlap (112-334:23-248)
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 EAAGQLRRELRQAAECGPEPGVSGVGELIVRELDLASLRSVRAFCQEMLQEEPRLDVLIN
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CCDS42 MEKCEAAAKDIRGETLNHHVNARHLDLASLKSIREFAAKIIEEEERVDILIN
10 20 30 40 50
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 NAGIFQCPYMKTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLGLLKSSAPSRIVVVSSKLYKYGDIN
:::...::. :::::::::::::::::::::::: ::.::::::. .:: . : :.
CCDS42 NAGVMRCPHWTTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLDKLKASAPSRIINLSSLAHVAGHID
60 70 80 90 100 110
210 220 230 240 250
pF1KE0 FDDLN-SEQSYNKSFCYSRSKLANILFTRELARRLEGTNVTVNVLHPGIVRTNLGRH--I
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CCDS42 FDDLNWQTRKYNTKAAYCQSKLAIVLFTKELSRRLQGSGVTVNALHPGVARTELGRHTGI
120 130 140 150 160 170
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 HIPLLVKPLFNLVSWAFFKTPVEGAQTSIYLASSPEVEGVSGRYFGDCKEEELLPKAMDE
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CCDS42 HGSTFSSTTLGPIFWLLVKSPELAAQPSTYLAVAEELADVSGKYFDGLKQKAPAPEAEDE
180 190 200 210 220 230
320 330
pF1KE0 SVARKLWDISEVMVGLLK
:::.:: : .:::
CCDS42 EVARRLWAESARLVGLEAPSVREQPLPR
240 250 260
>>CCDS9787.1 RDH12 gene_id:145226|Hs108|chr14 (316 aa)
initn: 880 init1: 583 opt: 744 Z-score: 899.4 bits: 174.7 E(32554): 8.9e-44
Smith-Waterman score: 883; 46.3% identity (72.8% similar) in 313 aa overlap (25-334:18-313)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MAVATAAAVLAALGGALWLAARRFVGPRVQRLRRGG---DPGLMHGKTVLITGANSGLGR
:.: .... :: . ::.:.:::::.:.:.
CCDS97 MLVTLGLLTSFFSFLYMVAPSIRKFFAGGVCRTNVQLPGKVVVITGANTGIGK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 ATAAELLRLGARVIMGCRDRARAEEAAGQLRRELRQAAECGPEPGVSGVGELIVRELDLA
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CCDS97 ETARELASRGARVYIACRDVLKGESAASEIRVDTKNS-------------QVLVRKLDLS
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 SLRSVRAFCQEMLQEEPRLDVLINNAGIFQCPYMKTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLG
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CCDS97 DTKSIRAFAEGFLAEEKQLHILINNAGVMMCPYSKTADGFETHLGVNHLGHFLLTYLLLE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LLKSSAPSRIVVVSSKLYKYGDINFDDLNSEQSYNKSFCYSRSKLANILFTRELARRLEG
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CCDS97 RLKVSAPARVVNVSSVAHHIGKIPFHDLQSEKRYSRGFAYCHSKLANVLFTRELAKRLQG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 TNVTVNVLHPGIVRTNLGRHIHIPLLVKPLFNLVSWAFFKTPVEGAQTSIYLASSPEVEG
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CCDS97 TGVTTYAVHPGVVRSELVRHSSLLCLLWRLFS----PFVKTAREGAQTSLHCALAEGLEP
230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KE0 VSGRYFGDCKEEELLPKAMDESVARKLWDISEVMVGLLK
.::.::.:::. . :.: ....:..::..: ..:.
CCDS97 LSGKYFSDCKRTWVSPRARNNKTAERLWNVSCELLGIRWE
280 290 300 310
>>CCDS32104.1 RDH11 gene_id:51109|Hs108|chr14 (318 aa)
initn: 867 init1: 564 opt: 726 Z-score: 877.7 bits: 170.7 E(32554): 1.4e-42
Smith-Waterman score: 845; 45.7% identity (73.3% similar) in 311 aa overlap (27-334:22-315)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MAVATAAAVLAALGGALWLAARRFVGPRVQRLRRGG---DPGLMHGKTVLITGANSGLGR
:..... .: . . ::.:..::::.:.:.
CCDS32 MVELMFPLLLLLLPFLLYMAAPQIRKMLSSGVCTSTVQLPGKVVVVTGANTGIGK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 ATAAELLRLGARVIMGCRDRARAEEAAGQLRRELRQAAECGPEPGVSGVGELIVRELDLA
:: :: . :::: ..::: ..: .: ... ..: ...::.:::.
CCDS32 ETAKELAQRGARVYLACRDVEKGELVAKEIQT-------------TTGNQQVLVRKLDLS
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 SLRSVRAFCQEMLQEEPRLDVLINNAGIFQCPYMKTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLG
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CCDS32 DTKSIRAFAKGFLAEEKHLHVLINNAGVMMCPYSKTADGFEMHIGVNHLGHFLLTHLLLE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LLKSSAPSRIVVVSSKLYKYGDINFDDLNSEQSYNKSFCYSRSKLANILFTRELARRLEG
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CCDS32 KLKESAPSRIVNVSSLAHHLGRIHFHNLQGEKFYNAGLAYCHSKLANILFTQELARRLKG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 TNVTVNVLHPGIVRTNLGRHIHIPLLVKPLFNLVSWAFFKTPVEGAQTSIYLASSPEVEG
..::. .::: :...: :: ... .. : :. :.::: .:::::.. : . .:
CCDS32 SGVTTYSVHPGTVQSELVRH---SSFMRWMWWLFSF-FIKTPQQGAQTSLHCALTEGLEI
230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KE0 VSGRYFGDCKEEELLPKAMDESVARKLWDISEVMVGLLK
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CCDS32 LSGNHFSDCHVAWVSAQARNETIARRLWDVSCDLLGLPID
280 290 300 310
>>CCDS11246.2 DHRS13 gene_id:147015|Hs108|chr17 (377 aa)
initn: 591 init1: 225 opt: 615 Z-score: 743.0 bits: 146.0 E(32554): 4.6e-35
Smith-Waterman score: 782; 43.2% identity (69.4% similar) in 324 aa overlap (13-334:6-313)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVATAAAVLAALGGALWLAARRFVGPRVQRLRRGGDPGLMHGKTVLITGANSGLGRATA
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CCDS11 MEALLLGAGLLLGAYVLVYYNLVKAPPCGGMGNLRGRTAVVTGANSGIGKMTA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 AELLRLGARVIMGCRDRARAEEAAGQLRRELRQAAECGPEPGVSGVGELIVRELDLASLR
:: : ::::...::.. :.: :: .::.: :: .:.: ::::::
CCDS11 LELARRGARVVLACRSQERGEAAAFDLRQE-------------SGNNEVIFMALDLASLA
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SVRAFCQEMLQEEPRLDVLINNAGIFQCPYMKTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTNLLLGLLK
::::: .:. :::::.::.:::: .: .:...:.. . :::.: ::::.::: ::
CCDS11 SVRAFATAFLSSEPRLDILIHNAGISSCG--RTREAFNLLLRVNHIGPFLLTHLLLPCLK
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE0 SSAPSRIVVVSSKLYKYGDINFDDLNSEQ-SYNKSF-CYSRSKLANILFTRELARRLEGT
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CCDS11 ACAPSRVVVVASAAHCRGRLDFKRLDRPVVGWRQELRAYADTKLANVLFARELANQLEAT
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NVTVNVLHPGIVRTNLGRHIHIPLLVKPLFNLVSWAFFKTPVEGAQTSIYLASSPEVEGV
.:: . ::: : ..: . :.: ..::. ..: ...: :::: .: : . .: .
CCDS11 GVTCYAAHPGPVNSELFLR-HVPGWLRPLLRPLAWLVLRAPRGGAQTPLYCALQEGIEPL
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KE0 SGRYFGDCKEEELLPKAMDESVARKLWDISEVMVGLLK
:::::..:. ::. : : :. .:..::. :. ..::
CCDS11 SGRYFANCHVEEVPPAARDDRAAHRLWEASKRLAGLGPGEDAEPDEDPQSEDSEAPSSLS
280 290 300 310 320 330
CCDS11 TPHPEEPTVSQPYPSPQSSPDLSKMTHRIQAKVEPEIQLS
340 350 360 370
>>CCDS35195.1 DHRSX gene_id:207063|Hs108|chrX (330 aa)
initn: 671 init1: 280 opt: 603 Z-score: 729.3 bits: 143.3 E(32554): 2.7e-34
Smith-Waterman score: 674; 38.7% identity (68.5% similar) in 346 aa overlap (1-335:4-326)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MAVATAAAVLAALGGALWLAARRFVGPRVQRLRRGG--DPGL--MHGKTVLITGANS
...: :: . :.:.:. :: .. : ::: .: . .....::...
CCDS35 MSPLSAARAALRVYAVGAAVILA-------QLLRRCRGGFLEPVFPPRPDRVAIVTGGTD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 GLGRATAAELLRLGARVIMGCRDRARAEEAAGQLRRELRQAAECGPEPGVSGVGELIVRE
:.: .:: .: ::: .::.. . ..:.........: .. :..
CCDS35 GIGYSTAKHLARLGMHVIIAGNNDSKAKQVVSKIKEET-----------LNDKVEFLY--
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LDLASLRSVRAFCQEMLQEEPRLDVLINNAGIFQCPYMKTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTN
::::. :.: : :.. ... : :::::::... : ::.:::: .::.:.::::::::
CCDS35 CDLASMTSIRQFVQKFKMKKIPLHVLINNAGVMMVPQRKTRDGFEEHFGLNYLGHFLLTN
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE0 LLLGLLK-SSAP---SRIVVVSSKLYKYGDINFDDLNSEQSYNKSFCYSRSKLANILFTR
::: :: :..: .:.:.::: . ...:.:::.: :. :..:::: .:::
CCDS35 LLLDTLKESGSPGHSARVVTVSSATHYVAELNMDDLQSSACYSPHAAYAQSKLALVLFTY
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ELARRL--EGTNVTVNVLHPGIVRTNLGRHIHIPL-LVKPLFNLVSWAFFKTPVEGAQTS
.: : : ::..::.::. ::.: :.. .:. :.: .:..: .:::: ::: ::
CCDS35 HLQRLLAAEGSHVTANVVDPGVVNTDVYKHVFWATRLAK---KLLGWLLFKTPDEGAWTS
230 240 250 260 270
290 300 310 320 330
pF1KE0 IYLASSPEVEGVSGRYFGDCKEEELLPKAMDESVARKLWDISEVMVGLLK
:: : .::.:::.:.:. . :: . : ...... ..::. : :.:.:
CCDS35 IYAAVTPELEGVGGHYLYNEKETKSLHVTYNQKLQQQLWSKSCEMTGVLDVTL
280 290 300 310 320 330
>>CCDS35195.1 DHRSX gene_id:207063|Hs108|chrY (330 aa)
initn: 671 init1: 280 opt: 603 Z-score: 729.3 bits: 143.3 E(32554): 2.7e-34
Smith-Waterman score: 674; 38.7% identity (68.5% similar) in 346 aa overlap (1-335:4-326)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MAVATAAAVLAALGGALWLAARRFVGPRVQRLRRGG--DPGL--MHGKTVLITGANS
...: :: . :.:.:. :: .. : ::: .: . .....::...
CCDS35 MSPLSAARAALRVYAVGAAVILA-------QLLRRCRGGFLEPVFPPRPDRVAIVTGGTD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 GLGRATAAELLRLGARVIMGCRDRARAEEAAGQLRRELRQAAECGPEPGVSGVGELIVRE
:.: .:: .: ::: .::.. . ..:.........: .. :..
CCDS35 GIGYSTAKHLARLGMHVIIAGNNDSKAKQVVSKIKEET-----------LNDKVEFLY--
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LDLASLRSVRAFCQEMLQEEPRLDVLINNAGIFQCPYMKTEDGFEMQFGVNHLGHFLLTN
::::. :.: : :.. ... : :::::::... : ::.:::: .::.:.::::::::
CCDS35 CDLASMTSIRQFVQKFKMKKIPLHVLINNAGVMMVPQRKTRDGFEEHFGLNYLGHFLLTN
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE0 LLLGLLK-SSAP---SRIVVVSSKLYKYGDINFDDLNSEQSYNKSFCYSRSKLANILFTR
::: :: :..: .:.:.::: . ...:.:::.: :. :..:::: .:::
CCDS35 LLLDTLKESGSPGHSARVVTVSSATHYVAELNMDDLQSSACYSPHAAYAQSKLALVLFTY
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
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280 290 300 310 320 330
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. ... ::: :. :. ....: . :.:::: ::::. :: ::: .:: :.
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..: . :.:..: .:: :: .:: ..
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]