Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0002
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0002, 579 aa
1>>>pF1KE0002 579 - 579 aa - 579 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1418+/-0.000694; mu= 12.6905+/- 0.042
mean_var=141.6075+/-28.522, 0's: 0 Z-trim(115.0): 11 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.107778
statistics sampled from 15592 (15600) to 15592 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.781), E-opt: 0.2 (0.479), width: 16
Scan time: 3.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5689.1 GPC2 gene_id:221914|Hs108|chr7 ( 579) 3944 624.5 1.1e-178
CCDS9469.1 GPC6 gene_id:10082|Hs108|chr13 ( 555) 1566 254.7 2.2e-67
CCDS14637.1 GPC4 gene_id:2239|Hs108|chrX ( 556) 1388 227.0 4.8e-59
CCDS2534.1 GPC1 gene_id:2817|Hs108|chr2 ( 558) 1005 167.5 4.1e-41
CCDS9468.1 GPC5 gene_id:2262|Hs108|chr13 ( 572) 514 91.1 4e-18
CCDS14638.1 GPC3 gene_id:2719|Hs108|chrX ( 580) 459 82.6 1.5e-15
CCDS55496.1 GPC3 gene_id:2719|Hs108|chrX ( 603) 409 74.8 3.4e-13
CCDS55495.1 GPC3 gene_id:2719|Hs108|chrX ( 526) 360 67.2 6e-11
>>CCDS5689.1 GPC2 gene_id:221914|Hs108|chr7 (579 aa)
initn: 3944 init1: 3944 opt: 3944 Z-score: 3321.2 bits: 624.5 E(32554): 1.1e-178
Smith-Waterman score: 3944; 99.8% identity (100.0% similar) in 579 aa overlap (1-579:1-579)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
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CCDS56 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRGLEPDWSNYLDGL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS56 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRGLEPDWGNYLDGL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 LILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPARNRRAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPARNRRAP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 PPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRMAA
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CCDS56 PPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRMAA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 DASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAATAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAATAR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 MKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGKGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGKGG
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KE0 GGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
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CCDS56 GGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
550 560 570
>>CCDS9469.1 GPC6 gene_id:10082|Hs108|chr13 (555 aa)
initn: 1067 init1: 593 opt: 1566 Z-score: 1323.1 bits: 254.7 E(32554): 2.2e-67
Smith-Waterman score: 1566; 45.5% identity (77.0% similar) in 508 aa overlap (6-511:11-504)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALIS
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CCDS94 MPSWIGAVILPLLGLLLSL-----PA-GADVKA-RSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 GEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEML
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CCDS94 GEHLRICPQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 SVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVF
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CCDS94 ENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGR
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CCDS94 QLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGR
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWS
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CCDS94 EVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWN
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 NYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA
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CCDS94 LFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 -RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVC
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CCDS94 LRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTIC
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 GDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQ
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CCDS94 KDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMA
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 LRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRD
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CCDS94 LRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRRE
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570
pF1KE0 GSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
CCDS94 VDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
530 540 550
>>CCDS14637.1 GPC4 gene_id:2239|Hs108|chrX (556 aa)
initn: 1250 init1: 474 opt: 1388 Z-score: 1173.5 bits: 227.0 E(32554): 4.8e-59
Smith-Waterman score: 1388; 42.6% identity (74.7% similar) in 479 aa overlap (29-505:27-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
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CCDS14 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
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CCDS14 ICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
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CCDS14 SLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
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CCDS14 QYHFTDEYLECVSKYTEQ----LKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWSNYLDG
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CCDS14 VSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 LLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA-RNRR
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CCDS14 MLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 APPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRM
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CCDS14 SISESAFSARFRPH-HPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERM
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 AADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAAT
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CCDS14 AAGNGNED-DCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMT
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 ARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGK
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CCDS14 SKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEKADSAGV
480 490 500 510 520 530
>>CCDS2534.1 GPC1 gene_id:2817|Hs108|chr2 (558 aa)
initn: 1281 init1: 544 opt: 1005 Z-score: 851.7 bits: 167.5 E(32554): 4.1e-41
Smith-Waterman score: 1340; 41.1% identity (70.6% similar) in 506 aa overlap (23-527:23-513)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
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CCDS25 MELRARGWWLLCAAAALVACARGDPASKSRSCGEVRQIYGAKGFSLSDVPQAEISGEHLR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
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CCDS25 ICPQGYTCCTSEMEENLANRSHAELETALRDSSRVLQAMLATQLRSFDDHFQHLLNDSER
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
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CCDS25 TLQATFPGAFGELYTQNARAFRDLYSELRLYYRGANLHLEETLAEFWARLLERLFKQLHP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
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CCDS25 QLLLPDDYLDCLGKQAEA----LRPFGEAPRELRLRATRAFVAARSFVQGLGVASDVVRK
190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWSNYLDG
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CCDS25 VAQVPLGPECSRAVMKLVYCAHCLGVPGARPCPDYCRNVLKGCLANQADLDAEWRNLLDS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 LLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPARNRRA
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CCDS25 MVLITDKFWGTSGVESVIGSVHTWLAEAINALQDNRDTLTAKVIQGCGNPKVNP----QG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 PPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRMA
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CCDS25 PGPEEKRRR--GKLAPRERPPS--GT-LEKLVSEAKAQLRDVQDFWISLPGTLCSEKMAL
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 ADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAATA
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CCDS25 STASDDR--CWNGMARGRYLPEVMGDGLANQINNPEVEVDITKPDMTIRQQIMQLKIMTN
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 RMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGKG
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CCDS25 RLRSAYNGNDVDFQDASDDGSGSGSGDGCLDDLCSRKVSRKSSSSRTPLTHALPGLSEQE
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570
pF1KE0 GGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
CCDS25 GQKTSAASCPQPPTFLLPLLLFLALTVARPRWR
530 540 550
>>CCDS9468.1 GPC5 gene_id:2262|Hs108|chr13 (572 aa)
initn: 335 init1: 264 opt: 514 Z-score: 438.9 bits: 91.1 E(32554): 4e-18
Smith-Waterman score: 569; 25.9% identity (56.3% similar) in 533 aa overlap (9-513:13-522)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGY-SLNLIPPALIS
:::: : : . . : ...: :.:... : .. .: . .
CCDS94 MDAQTWPVGFRCLLLLALV-GSARSEG-----VQTCEEVRKLFQWRLLGAVRGLPDSPRA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 GEHLRVC-PQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEM
: :.:: .. :::. . :.: .. .. ... :.: : .. :.: . .
CCDS94 GPDLQVCISKKPTCCTRKMEERYQIAARQDMQQFLQTSSSTLKFLISRNAAAFQETLETL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGE---GLDDTLADFWAQLL
.. :.. . :: .: . . : . ...:. . : : : . .: ...
CCDS94 IKQAENYTSILFCSTYRNMALEAA-------ASVQEFFTDVGLYLFGADVNPEEFVNRFF
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE0 ERVFPLLHPQYSFP--PDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQ
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CCDS94 DSLFPLVYNHLINPGVTDSSLEYSECIRMARRDVSPFGNIPQRVMGQMGRSLLPSRTFLQ
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 GLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-
.:. : .:.. . . :. ::.::... :: :.:. ::.:.::::.::::. .
CCDS94 ALNLGIEVINTTDYLHFSKECSRALLKMQYCPHCQGLALTKPCMGYCLNVMRGCLAHMAE
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGP
:.: : :. .: :.: ..: ... . .. . ...... . :. :. :: . ::
CCDS94 LNPHWHAYIRSLEELSDAMHGTYDIGHVLLNFHLLVNDAVLQAHLNGQKLLEQVNRICGR
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 PDPVPARNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARL
: .:... : . . . . .:.. . : : : .. :. . : .:.:.. :
CCDS94 PVRTPTQSPRCSFDQSKEKHGMKTTTRNSEETLA---NRRK---EFINSLRLYRSFYGGL
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 SLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGR-YLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGP---D
. .:.. ::: . :::.: . : :::.. : .:::.:: . : .
CCDS94 ADQLCANELAAAD----GLPCWNGEDIVKSYTQRVVGNGIKAQSGNPEVKVKGIDPVINQ
410 420 430 440 450
470 480 490 500
pF1KE0 VPTRRRR----LQLRAATA-RMKTAALG------HDLDGQDADEDA-SGSGGGQ----QY
. . .. :: :. . . :: ....:. :::. .:::.:.
CCDS94 IIDKLKHVVQLLQGRSPKPDKWELLQLGSGGGMVEQVSGDCDDEDGCGGSGSGEVKRTLK
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