Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9989
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9989, 579 aa
1>>>pF1KB9989 579 - 579 aa - 579 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3461+/-0.00108; mu= 9.9177+/- 0.064
mean_var=159.6235+/-33.601, 0's: 0 Z-trim(108.4): 147 B-trim: 430 in 1/49
Lambda= 0.101514
statistics sampled from 10047 (10214) to 10047 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.314), width: 16
Scan time: 3.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5081.1 CDC40 gene_id:51362|Hs108|chr6 ( 579) 3961 592.7 4.2e-169
CCDS32157.1 WDR25 gene_id:79446|Hs108|chr14 ( 544) 529 90.0 8.2e-18
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 463 80.2 4.6e-15
CCDS340.1 SNRNP40 gene_id:9410|Hs108|chr1 ( 357) 411 72.6 9.5e-13
>>CCDS5081.1 CDC40 gene_id:51362|Hs108|chr6 (579 aa)
initn: 3961 init1: 3961 opt: 3961 Z-score: 3149.3 bits: 592.7 E(32554): 4.2e-169
Smith-Waterman score: 3961; 100.0% identity (100.0% similar) in 579 aa overlap (1-579:1-579)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSAAIAALAASYGSGSGSESDSDSESSRCPLPAADSLMHLTKSPSSKPSLAVAVDSAPEV
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CCDS50 MSAAIAALAASYGSGSGSESDSDSESSRCPLPAADSLMHLTKSPSSKPSLAVAVDSAPEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 AVKEDLETGVHLDPAVKEVQYNPTYETMFAPEFGPENPFRTQQMAAPRNMLSGYAEPAHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 AVKEDLETGVHLDPAVKEVQYNPTYETMFAPEFGPENPFRTQQMAAPRNMLSGYAEPAHI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 NDFMFEQQRRTFATYGYALDPSLDNHQVSAKYIGSVEEAEKNQGLTVFETGQKKTEKRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 NDFMFEQQRRTFATYGYALDPSLDNHQVSAKYIGSVEEAEKNQGLTVFETGQKKTEKRKK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 FKENDASNIDGFLGPWAKYVDEKDVAKPSEEEQKELDEITAKRQKKGKQEEEKPGEEKTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 FKENDASNIDGFLGPWAKYVDEKDVAKPSEEEQKELDEITAKRQKKGKQEEEKPGEEKTI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LHVKEMYDYQGRSYLHIPQDVGVNLRSTMPPEKCYLPKKQIHVWSGHTKGVSAVRLFPLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LHVKEMYDYQGRSYLHIPQDVGVNLRSTMPPEKCYLPKKQIHVWSGHTKGVSAVRLFPLS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 GHLLLSCSMDCKIKLWEVYGERRCLRTFIGHSKAVRDICFNTAGTQFLSAAYDRYLKLWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 GHLLLSCSMDCKIKLWEVYGERRCLRTFIGHSKAVRDICFNTAGTQFLSAAYDRYLKLWD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 TETGQCISRFTNRKVPYCVKFNPDEDKQNLFVAGMSDKKIVQWDIRSGEIVQEYDRHLGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 TETGQCISRFTNRKVPYCVKFNPDEDKQNLFVAGMSDKKIVQWDIRSGEIVQEYDRHLGA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 VNTIVFVDENRRFVSTSDDKSLRVWEWDIPVDFKYIAEPSMHSMPAVTLSPNGKWLACQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 VNTIVFVDENRRFVSTSDDKSLRVWEWDIPVDFKYIAEPSMHSMPAVTLSPNGKWLACQS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 MDNQILIFGAQNRFRLNKKKIFKGHMVAGYACQVDFSPDMSYVISGDGNGKLNIWDWKTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 MDNQILIFGAQNRFRLNKKKIFKGHMVAGYACQVDFSPDMSYVISGDGNGKLNIWDWKTT
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KB9 KLYSRFKAHDKVCIGAVWHPHETSKVITCGWDGLIKLWD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 KLYSRFKAHDKVCIGAVWHPHETSKVITCGWDGLIKLWD
550 560 570
>>CCDS32157.1 WDR25 gene_id:79446|Hs108|chr14 (544 aa)
initn: 381 init1: 190 opt: 529 Z-score: 433.3 bits: 90.0 E(32554): 8.2e-18
Smith-Waterman score: 537; 25.8% identity (59.9% similar) in 387 aa overlap (209-578:163-543)
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 KKFKENDASNIDGFLGPWAKYVDEKDVAKPSEEEQKELDEITAKRQKKGKQEEEKPGEEK
: ...: : .. .. .:.. :
CCDS32 RFKQVKLSRNFPKSSFHAQSESETVGKNGSSFQKKKCEDCVVPYTPRRLRQRQALSTETG
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 TILHVKEMYDYQGRSYLHIPQDVGVNLRSTMPP------EKCYLPKKQIHVWSGHTKGVS
:. . ::. : :: .. . : .. .:.: . :: :.
CCDS32 KGKDVEPQGPPAGRA--PAPLYVGPGVSEFIQPYLNSHYKETTVPRKVLFHLRGHRGPVN
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 AVRLFPL--SGHLLLSCSMDCKIKLWEVYGERRCLRTFIGHSKAVRDICFNTAGTQFLSA
... :. ..:.::: ::: .:.:.. .::.:. :..::: . : ..::.
CCDS32 TIQWCPVLSKSHMLLSTSMDKTFKVWNAVDSGHCLQTYSLHTEAVRAARWAPCGRRILSG
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400
pF1KB9 AYDRYLKLWDTETG-QCISRFTNRKVPYCVKFNPDEDKQNLFVAGMSDKKIVQWDIRSGE
..: :.: : ::: : .: .. .. .::.: . .:.:. : .... ::::.:.
CCDS32 GFDFALHLTDLETGTQLFSGRSDFRIT-TLKFHPKD--HNIFLCGGFSSEMKAWDIRTGK
320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 IVQEYDRHLGAVNTIVFVDENRRFVSTSD----DKSLR-VWEWDIPVDFKYIAEPSMH--
... : . . :.:. :. .:.:..: :.. : . ::. .. : :.. .:
CCDS32 VMRSYKATIQQTLDILFLREGSEFLSSTDASTRDSADRTIIAWDFRTSAK-ISNQIFHER
370 380 390 400 410 420
470 480 490 500 510 520
pF1KB9 -SMPAVTLSPNGKWLACQSMDNQILIFGAQNRFRLNKKKIFKGHMVAGYACQVDFSPDMS
. :...: : . :. : . .:.. .:..... ..:: : ::. . :: .
CCDS32 FTCPSLALHPREPVFLAQTNGNYLALFSTVWPYRMSRRRRYEGHKVEGYSVGCECSPGGD
430 440 450 460 470 480
530 540 550 560 570
pF1KB9 YVISGDGNGKLNIWDWKTTKLYSRFKAHDKVCIGAVWHPHETSKVITCGWDGLIKLWD
...:...:.. .....:.. ...: ..:.:...:: : . ::.: : .:.:
CCDS32 LLVTGSADGRVLMYSFRTASRACTLQGHTQACVGTTYHPVLPSVLATCSWGGDMKIWH
490 500 510 520 530 540
>>CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 (334 aa)
initn: 552 init1: 164 opt: 463 Z-score: 383.9 bits: 80.2 E(32554): 4.6e-15
Smith-Waterman score: 463; 27.8% identity (62.2% similar) in 299 aa overlap (285-578:42-330)
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 LHIPQDVGVNLRSTMPPEKCYLPKKQIHVWSGHTKGVSAVRLFPLSGHLLLSCSMDCKIK
.::::.::.:.. : .:. : : : : ::
CCDS69 AARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSP-NGEWLASSSADKLIK
20 30 40 50 60 70
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 LWEVYGERRCLRTFIGHSKAVRDICFNTAGTQFLSAAYDRYLKLWDTETGQCISRFTNRK
.: .: . . .:. ::. .. :. ... .. ..::. :. ::.::. .:.:.. . ...
CCDS69 IWGAY-DGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHS
80 90 100 110 120
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 -VPYCVKFNPDEDKQNLFVAGMSDKKIVQWDIRSGEIVQEYDRHLGAVNTIVFVDENRRF
.: .::: ..::.:.: :... ::...:. .. : :... : .. .
CCDS69 NYVFCCNFNP---QSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNRDGSLI
130 140 150 160 170 180
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 VSTSDDKSLRVWEWDIPVDFKYIAEPSMHSMPAVTLSPNGKWLACQSMDNQILIFGAQNR
::.: : :.:. .: . . . . : .:::::.. ..:: . .. .
CCDS69 VSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLW---DY
190 200 210 220 230 240
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 FRLNKKKIFKGHMVAGYACQVDFS-PDMSYVISGDGNGKLNIWDWKTTKLYSRFKAHDKV
. . : . :: : ..:: ....::. .. . ::. .: .. .....: :
CCDS69 SKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDV
250 260 270 280 290 300
560 570
pF1KB9 CIGAVWHPHETSKVITCGW---DGLIKLWD
:... :: :. .:. . : ::::
CCDS69 VISTACHPTEN--IIASAALENDKTIKLWKSDC
310 320 330
>>CCDS340.1 SNRNP40 gene_id:9410|Hs108|chr1 (357 aa)
initn: 272 init1: 166 opt: 411 Z-score: 342.3 bits: 72.6 E(32554): 9.5e-13
Smith-Waterman score: 411; 26.4% identity (58.1% similar) in 296 aa overlap (271-562:49-339)
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 LHVKEMYDYQGRSYLHIPQDVGVNLRSTMPPEKCYLPKKQIHVWSGHTKGVSAVRLFPLS
: .: . : . ::: : .. : .
CCDS34 RQRHELLLGAGSGPGAGQQQATPGALLQAGPPRCSSLQAPIMLLSGHEGEVYCCKFHP-N
20 30 40 50 60 70
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 GHLLLSCSMDCKIKLWEVYGERRCLRTFIGHSKAVRDICFNTAGTQFLSAAYDRYLKLWD
: : : ..: : ::.:::. :. ::: :: .. .:: :....::. :. . .::
CCDS34 GSTLASAGFDRLILLWNVYGDCDNYATLKGHSGAVMELHYNTDGSMLFSASTDKTVAVWD
80 90 100 110 120 130
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 TETGQCISRFTNRKVPYCVKFNPDEDKQNLFVAGMSDKKIVQWDIRSGEIVQEYDRHLGA
.:::. ..:. .. . . . : . .: .: .: . ::::. .: . ..
CCDS34 SETGERVKRLKGH-TSFVNSCYPARRGPQLVCTGSDDGTVKLWDIRKKAAIQTF-QNTYQ
140 150 160 170 180 190
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 VNTIVFVDENRRFVSTSDDKSLRVWEWDIPVDFKYIAEPSMHSMPAVTLSPNGKWLACQS
: ...: : . ...: . :....::. . : . :. ...:: .:..: ..
CCDS34 VLAVTFNDTSDQIISGGIDNDIKVWDLR-QNKLTYTMRGHADSVTGLSLSSEGSYLLSNA
200 210 220 230 240 250
490 500 510 520 530
pF1KB9 MDNQILIFGAQNRFRLNKK--KIFKG--HMVAGYACQVDFSPDMSYVISGDGNGKLNIWD
::: . .. .. : ... :::.: : . ..::: : . .:... . .::
CCDS34 MDNTVRVWDVRP-FAPKERCVKIFQGNVHNFEKNLLRCSWSPDGSKIAAGSADRFVYVWD
260 270 280 290 300 310
540 550 560 570
pF1KB9 WKTTKLYSRFKAHDKVCIGAVWHPHETSKVITCGWDGLIKLWD
. .. .. .: ...:: :
CCDS34 TTSRRILYKLPGHAGSINEVAFHPDEPIIISASSDKRLYMGEIQ
320 330 340 350
579 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 18:49:47 2016 done: Sat Nov 5 18:49:48 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]