Result of FASTA (omim) for
pF1KB9965
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9965, 549 aa
1>>>pF1KB9965 549 - 549 aa - 549 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8382+/-0.000409; mu= 15.0007+/- 0.025
mean_var=62.1974+/-12.122, 0's: 0 Z-trim(109.6): 104 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.162625
statistics sampled from 17650 (17758) to 17650 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.574), E-opt: 0.2 (0.208), width: 16
Scan time: 7.670
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056273 (OMIM: 606260) myotubularin-related prot ( 549) 3717 881.2 0
XP_011542132 (OMIM: 606260) PREDICTED: myotubulari ( 442) 3019 717.4 2.2e-206
XP_011542133 (OMIM: 606260) PREDICTED: myotubulari ( 353) 2392 570.3 3.4e-162
XP_016869242 (OMIM: 606260) PREDICTED: myotubulari ( 326) 2188 522.4 8.2e-148
NP_004677 (OMIM: 603562) myotubularin-related prot ( 660) 1187 287.6 8e-77
XP_016874007 (OMIM: 601382,603557) PREDICTED: myot ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
NP_958438 (OMIM: 601382,603557) myotubularin-relat ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
XP_006718999 (OMIM: 601382,603557) PREDICTED: myot ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
NP_001230500 (OMIM: 601382,603557) myotubularin-re ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
XP_005274431 (OMIM: 601382,603557) PREDICTED: myot ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
XP_006718997 (OMIM: 601382,603557) PREDICTED: myot ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
XP_006718998 (OMIM: 601382,603557) PREDICTED: myot ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
XP_005274432 (OMIM: 601382,603557) PREDICTED: myot ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
XP_016874006 (OMIM: 601382,603557) PREDICTED: myot ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
NP_958435 (OMIM: 601382,603557) myotubularin-relat ( 571) 1149 278.7 3.3e-74
XP_011541361 (OMIM: 601382,603557) PREDICTED: myot ( 596) 1149 278.7 3.5e-74
XP_011541360 (OMIM: 601382,603557) PREDICTED: myot ( 596) 1149 278.7 3.5e-74
NP_057240 (OMIM: 601382,603557) myotubularin-relat ( 643) 1149 278.7 3.7e-74
NP_004676 (OMIM: 603561) myotubularin-related prot ( 621) 1144 277.6 8.2e-74
XP_011529511 (OMIM: 300171) PREDICTED: myotubulari ( 571) 1135 275.4 3.3e-73
XP_016885410 (OMIM: 300171) PREDICTED: myotubulari ( 571) 1135 275.4 3.3e-73
XP_016885411 (OMIM: 300171) PREDICTED: myotubulari ( 571) 1135 275.4 3.3e-73
XP_006724918 (OMIM: 300171) PREDICTED: myotubulari ( 665) 1135 275.4 3.8e-73
NP_003819 (OMIM: 300171) myotubularin-related prot ( 665) 1135 275.4 3.8e-73
NP_001293073 (OMIM: 300171) myotubularin-related p ( 673) 1135 275.4 3.8e-73
XP_005274824 (OMIM: 300171) PREDICTED: myotubulari ( 682) 1135 275.4 3.9e-73
XP_005274823 (OMIM: 300171) PREDICTED: myotubulari ( 682) 1135 275.4 3.9e-73
XP_005274822 (OMIM: 300171) PREDICTED: myotubulari ( 699) 1135 275.4 4e-73
XP_016885412 (OMIM: 300171) PREDICTED: myotubulari ( 552) 1132 274.7 5.1e-73
XP_016876334 (OMIM: 603561) PREDICTED: myotubulari ( 535) 1082 263.0 1.7e-69
XP_016885038 (OMIM: 300415,310400) PREDICTED: myot ( 602) 1045 254.3 7.8e-67
XP_011529475 (OMIM: 300415,310400) PREDICTED: myot ( 603) 1043 253.9 1.1e-66
NP_000243 (OMIM: 300415,310400) myotubularin [Homo ( 603) 1043 253.9 1.1e-66
XP_005274744 (OMIM: 300415,310400) PREDICTED: myot ( 603) 1043 253.9 1.1e-66
XP_016885036 (OMIM: 300415,310400) PREDICTED: myot ( 617) 1026 249.9 1.8e-65
XP_011529473 (OMIM: 300415,310400) PREDICTED: myot ( 618) 1024 249.4 2.4e-65
XP_011529474 (OMIM: 300415,310400) PREDICTED: myot ( 618) 1024 249.4 2.4e-65
XP_016885037 (OMIM: 300415,310400) PREDICTED: myot ( 618) 1024 249.4 2.4e-65
XP_016885039 (OMIM: 300415,310400) PREDICTED: myot ( 566) 1017 247.7 7e-65
XP_016885409 (OMIM: 300171) PREDICTED: myotubulari ( 602) 960 234.4 7.9e-61
XP_016885040 (OMIM: 300415,310400) PREDICTED: myot ( 355) 736 181.8 3.1e-45
XP_011542994 (OMIM: 603562) PREDICTED: myotubulari ( 439) 727 179.7 1.7e-44
XP_016876335 (OMIM: 603561) PREDICTED: myotubulari ( 426) 710 175.7 2.6e-43
XP_011533608 (OMIM: 603561) PREDICTED: myotubulari ( 659) 710 175.7 3.9e-43
XP_006716477 (OMIM: 603562) PREDICTED: myotubulari ( 423) 703 174.1 8e-43
XP_011542995 (OMIM: 603562) PREDICTED: myotubulari ( 423) 703 174.1 8e-43
XP_005257843 (OMIM: 603559) PREDICTED: myotubulari (1195) 696 172.5 6.7e-42
XP_006722231 (OMIM: 603559) PREDICTED: myotubulari (1195) 696 172.5 6.7e-42
NP_004678 (OMIM: 603559) myotubularin-related prot (1195) 696 172.5 6.7e-42
XP_005257842 (OMIM: 603559) PREDICTED: myotubulari (1199) 696 172.5 6.7e-42
>>NP_056273 (OMIM: 606260) myotubularin-related protein (549 aa)
initn: 3717 init1: 3717 opt: 3717 Z-score: 4709.6 bits: 881.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3717; 100.0% identity (100.0% similar) in 549 aa overlap (1-549:1-549)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MEFAELIKTPRVDNVVLHRPFYPAVEGTLCLTGHHLILSSRQDNTEELWLLHSNIDAIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MEFAELIKTPRVDNVVLHRPFYPAVEGTLCLTGHHLILSSRQDNTEELWLLHSNIDAIDK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 RFVGSLGTIIIKCKDFRIIQLDIPGMEECLNIASSIEALSTLDSITLMYPFFYRPMFEVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RFVGSLGTIIIKCKDFRIIQLDIPGMEECLNIASSIEALSTLDSITLMYPFFYRPMFEVI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 EDGWHSFLPEQEFELYSSATSEWRLSYVNKEFAVCPSYPPIVTVPKSIDDEALRKVATFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EDGWHSFLPEQEFELYSSATSEWRLSYVNKEFAVCPSYPPIVTVPKSIDDEALRKVATFR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 HGGRFPVLSYYHKKNGMVIMRSGQPLTGTNGRRCKEDEKLINATLRAGKRGYIIDTRSLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HGGRFPVLSYYHKKNGMVIMRSGQPLTGTNGRRCKEDEKLINATLRAGKRGYIIDTRSLN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 VAQQTRAKGGGFEQEAHYPQWRRIHKSIERYHILQESLIKLVEACNDQTHNMDRWLSKLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VAQQTRAKGGGFEQEAHYPQWRRIHKSIERYHILQESLIKLVEACNDQTHNMDRWLSKLE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 ASNWLTHIKEILTTACLAAQCIDREGASILIHGTEGTDSTLQVTSLAQIILEPRSRTIRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 ASNWLTHIKEILTTACLAAQCIDREGASILIHGTEGTDSTLQVTSLAQIILEPRSRTIRG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 FEALIEREWLQAGHPFQQRCAQSAYCNTKQKWEAPVFLLFLDCVWQILRQFPCSFEFNEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 FEALIEREWLQAGHPFQQRCAQSAYCNTKQKWEAPVFLLFLDCVWQILRQFPCSFEFNEN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 FLIMLFEHAYASQFGTFLGNNESERCKLKLQQKTMSLWSWVNQPSELSKFTNPLFEANNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 FLIMLFEHAYASQFGTFLGNNESERCKLKLQQKTMSLWSWVNQPSELSKFTNPLFEANNL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 VIWPSVAPQSLPLWEGIFLRWNRSSKYLDEAYEEMVNIIEYNKELQAKVNILRRQLAELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VIWPSVAPQSLPLWEGIFLRWNRSSKYLDEAYEEMVNIIEYNKELQAKVNILRRQLAELE
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 TEDGMQESP
:::::::::
NP_056 TEDGMQESP
>>XP_011542132 (OMIM: 606260) PREDICTED: myotubularin-re (442 aa)
initn: 3019 init1: 3019 opt: 3019 Z-score: 3826.2 bits: 717.4 E(85289): 2.2e-206
Smith-Waterman score: 3019; 100.0% identity (100.0% similar) in 442 aa overlap (108-549:1-442)
80 90 100 110 120 130
pF1KB9 IIQLDIPGMEECLNIASSIEALSTLDSITLMYPFFYRPMFEVIEDGWHSFLPEQEFELYS
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MYPFFYRPMFEVIEDGWHSFLPEQEFELYS
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 SATSEWRLSYVNKEFAVCPSYPPIVTVPKSIDDEALRKVATFRHGGRFPVLSYYHKKNGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SATSEWRLSYVNKEFAVCPSYPPIVTVPKSIDDEALRKVATFRHGGRFPVLSYYHKKNGM
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 VIMRSGQPLTGTNGRRCKEDEKLINATLRAGKRGYIIDTRSLNVAQQTRAKGGGFEQEAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VIMRSGQPLTGTNGRRCKEDEKLINATLRAGKRGYIIDTRSLNVAQQTRAKGGGFEQEAH
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 YPQWRRIHKSIERYHILQESLIKLVEACNDQTHNMDRWLSKLEASNWLTHIKEILTTACL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YPQWRRIHKSIERYHILQESLIKLVEACNDQTHNMDRWLSKLEASNWLTHIKEILTTACL
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 AAQCIDREGASILIHGTEGTDSTLQVTSLAQIILEPRSRTIRGFEALIEREWLQAGHPFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AAQCIDREGASILIHGTEGTDSTLQVTSLAQIILEPRSRTIRGFEALIEREWLQAGHPFQ
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 QRCAQSAYCNTKQKWEAPVFLLFLDCVWQILRQFPCSFEFNENFLIMLFEHAYASQFGTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QRCAQSAYCNTKQKWEAPVFLLFLDCVWQILRQFPCSFEFNENFLIMLFEHAYASQFGTF
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 LGNNESERCKLKLQQKTMSLWSWVNQPSELSKFTNPLFEANNLVIWPSVAPQSLPLWEGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LGNNESERCKLKLQQKTMSLWSWVNQPSELSKFTNPLFEANNLVIWPSVAPQSLPLWEGI
340 350 360 370 380 390
500 510 520 530 540
pF1KB9 FLRWNRSSKYLDEAYEEMVNIIEYNKELQAKVNILRRQLAELETEDGMQESP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FLRWNRSSKYLDEAYEEMVNIIEYNKELQAKVNILRRQLAELETEDGMQESP
400 410 420 430 440
>>XP_011542133 (OMIM: 606260) PREDICTED: myotubularin-re (353 aa)
initn: 2392 init1: 2392 opt: 2392 Z-score: 3032.8 bits: 570.3 E(85289): 3.4e-162
Smith-Waterman score: 2392; 100.0% identity (100.0% similar) in 353 aa overlap (197-549:1-353)
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 SIDDEALRKVATFRHGGRFPVLSYYHKKNGMVIMRSGQPLTGTNGRRCKEDEKLINATLR
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MVIMRSGQPLTGTNGRRCKEDEKLINATLR
10 20 30
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 AGKRGYIIDTRSLNVAQQTRAKGGGFEQEAHYPQWRRIHKSIERYHILQESLIKLVEACN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AGKRGYIIDTRSLNVAQQTRAKGGGFEQEAHYPQWRRIHKSIERYHILQESLIKLVEACN
40 50 60 70 80 90
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 DQTHNMDRWLSKLEASNWLTHIKEILTTACLAAQCIDREGASILIHGTEGTDSTLQVTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DQTHNMDRWLSKLEASNWLTHIKEILTTACLAAQCIDREGASILIHGTEGTDSTLQVTSL
100 110 120 130 140 150
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 AQIILEPRSRTIRGFEALIEREWLQAGHPFQQRCAQSAYCNTKQKWEAPVFLLFLDCVWQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AQIILEPRSRTIRGFEALIEREWLQAGHPFQQRCAQSAYCNTKQKWEAPVFLLFLDCVWQ
160 170 180 190 200 210
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 ILRQFPCSFEFNENFLIMLFEHAYASQFGTFLGNNESERCKLKLQQKTMSLWSWVNQPSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILRQFPCSFEFNENFLIMLFEHAYASQFGTFLGNNESERCKLKLQQKTMSLWSWVNQPSE
220 230 240 250 260 270
470 480 490 500 510 520
pF1KB9 LSKFTNPLFEANNLVIWPSVAPQSLPLWEGIFLRWNRSSKYLDEAYEEMVNIIEYNKELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LSKFTNPLFEANNLVIWPSVAPQSLPLWEGIFLRWNRSSKYLDEAYEEMVNIIEYNKELQ
280 290 300 310 320 330
530 540
pF1KB9 AKVNILRRQLAELETEDGMQESP
:::::::::::::::::::::::
XP_011 AKVNILRRQLAELETEDGMQESP
340 350
>>XP_016869242 (OMIM: 606260) PREDICTED: myotubularin-re (326 aa)
initn: 2188 init1: 2188 opt: 2188 Z-score: 2774.7 bits: 522.4 E(85289): 8.2e-148
Smith-Waterman score: 2188; 100.0% identity (100.0% similar) in 324 aa overlap (1-324:1-324)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MEFAELIKTPRVDNVVLHRPFYPAVEGTLCLTGHHLILSSRQDNTEELWLLHSNIDAIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MEFAELIKTPRVDNVVLHRPFYPAVEGTLCLTGHHLILSSRQDNTEELWLLHSNIDAIDK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 RFVGSLGTIIIKCKDFRIIQLDIPGMEECLNIASSIEALSTLDSITLMYPFFYRPMFEVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RFVGSLGTIIIKCKDFRIIQLDIPGMEECLNIASSIEALSTLDSITLMYPFFYRPMFEVI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 EDGWHSFLPEQEFELYSSATSEWRLSYVNKEFAVCPSYPPIVTVPKSIDDEALRKVATFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EDGWHSFLPEQEFELYSSATSEWRLSYVNKEFAVCPSYPPIVTVPKSIDDEALRKVATFR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 HGGRFPVLSYYHKKNGMVIMRSGQPLTGTNGRRCKEDEKLINATLRAGKRGYIIDTRSLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HGGRFPVLSYYHKKNGMVIMRSGQPLTGTNGRRCKEDEKLINATLRAGKRGYIIDTRSLN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 VAQQTRAKGGGFEQEAHYPQWRRIHKSIERYHILQESLIKLVEACNDQTHNMDRWLSKLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VAQQTRAKGGGFEQEAHYPQWRRIHKSIERYHILQESLIKLVEACNDQTHNMDRWLSKLE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 ASNWLTHIKEILTTACLAAQCIDREGASILIHGTEGTDSTLQVTSLAQIILEPRSRTIRG
::::::::::::::::::::::::
XP_016 ASNWLTHIKEILTTACLAAQCIDRVH
310 320
>>NP_004677 (OMIM: 603562) myotubularin-related protein (660 aa)
initn: 1003 init1: 389 opt: 1187 Z-score: 1500.3 bits: 287.6 E(85289): 8e-77
Smith-Waterman score: 1187; 36.2% identity (66.9% similar) in 553 aa overlap (5-540:2-546)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MEFAELIKTPRVDNVVLHRPFYP--AVEGTLCLTGHHLIL-SSRQDNTEELWLLHSNIDA
: :.::.:.:: : : :. ::: ::. :.:. . : .: :.:::.:..
NP_004 MEHIRTPKVENVRLVDRVSPKKAALGTLYLTATHVIFVENSPDPRKETWILHSQIST
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