Result of FASTA (omim) for
pF1KB9928
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9928, 626 aa
1>>>pF1KB9928 626 - 626 aa - 626 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5580+/-0.000438; mu= 18.6581+/- 0.027
mean_var=83.5989+/-16.855, 0's: 0 Z-trim(111.2): 63 B-trim: 857 in 1/55
Lambda= 0.140273
statistics sampled from 19704 (19736) to 19704 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 10.730
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_071336 (OMIM: 300315) nuclear RNA export factor ( 626) 4249 870.4 0
NP_006353 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor ( 619) 2410 498.2 3.5e-140
NP_116564 (OMIM: 300319) nuclear RNA export factor ( 365) 1809 376.4 9.4e-104
NP_001074960 (OMIM: 602647) nuclear RNA export fac ( 356) 1214 256.0 1.6e-67
NP_071335 (OMIM: 300316) nuclear RNA export factor ( 531) 1181 249.5 2.3e-65
>>NP_071336 (OMIM: 300315) nuclear RNA export factor 2 [ (626 aa)
initn: 4249 init1: 4249 opt: 4249 Z-score: 4649.0 bits: 870.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4249; 100.0% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTFQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQE
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NP_071 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTFQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 NDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 NDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 SYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 PDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 PDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 LSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEAC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 FSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 FSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQHD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 LSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 VRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNEWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 VRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNEWN
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB9 YTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
::::::::::::::::::::::::::
NP_071 YTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
610 620
>>NP_006353 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor 1 i (619 aa)
initn: 2303 init1: 2303 opt: 2410 Z-score: 2637.8 bits: 498.2 E(85289): 3.5e-140
Smith-Waterman score: 2410; 59.3% identity (82.8% similar) in 609 aa overlap (16-622:9-617)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTF-QGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQ
.: :. .: : .::: . :: .. . . . .:: :. .
NP_006 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMK-WHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQD
:.::.: : :.. ..:..::. : .:: ::..:.:..:. :.: :::: . ..::
NP_006 EDDGDVAMSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALK
: ..::::.::::: :::::::.. :::.:: :::..::: .:: :::.:::.:::::
NP_006 GTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 DVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLR
:.::: : ::..: :..: :. :... :.::: :.:.::: :.:::. :::::::..::
NP_006 AVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKV
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NP_006 SDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDG
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NP_006 KILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 RELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDE
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NP_006 HELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 ACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQ
:: ::.::: :.. : ::: .::.::::.: :::: :. .::..:. ..: :. :::::
NP_006 ACCSLSIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQ
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 HDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDE
::..:..::. :: .::::::::::::.:.:. :. ::::::::.:.:.:.:::::::
NP_006 HDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDE
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 LFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNE
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NP_006 LFVRNASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNN
540 550 560 570 580 590
600 610 620
pF1KB9 WNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
:.:::..:::: :...:.:: ::
NP_006 WDYTRSAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK
600 610
>>NP_116564 (OMIM: 300319) nuclear RNA export factor 5 [ (365 aa)
initn: 2063 init1: 1809 opt: 1809 Z-score: 1983.7 bits: 376.4 E(85289): 9.4e-104
Smith-Waterman score: 1996; 81.5% identity (85.9% similar) in 389 aa overlap (112-498:1-351)
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 SIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLM
: .:::: :.::::::::::::::::::
NP_116 MRRNTQDENMRKWFKVTIPYGIKYDKAWLM
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 NSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVNHSTA
:::::.:: ::::::::.::::::::: ::::::::::::::::::::::::::.: ::
NP_116 NSIQSNCSVPFTPVDFHYIRNRACFFVQVASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVSHFTA
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 PYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 PYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAAT
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 LKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLK
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 LKITERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLK
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 LEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 LEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKEN
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 FTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYF
::::::::::::::::: :.:::::
NP_116 FTGSETLKHLVLQFLQQ------------------------------------SNLCKYF
280 290
450 460 470 480 490
pF1KB9 EDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTK--RDIVDSLSALPKTQHDLSSILVDVWCQTERMLCFS
.::::.: ::::::. .::..:: :. ::::::::.::::..:::::.: :: ::
NP_116 KDSRNIKILKDPYLQRKLLKHTKCPRN-VDSLSALPETQHDFTSILVDMWYQTVNT-CFL
300 310 320 330 340 350
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 VNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELFVRDASPQETQSAFSIPVST
NP_116 PRAGPESQSLRPL
360
>>NP_001074960 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor (356 aa)
initn: 1207 init1: 1099 opt: 1214 Z-score: 1333.0 bits: 256.0 E(85289): 1.6e-67
Smith-Waterman score: 1214; 54.5% identity (80.4% similar) in 336 aa overlap (16-349:9-344)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTF-QGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQ
.: :. .: : .::: . :: .. . . . .:: :. .
NP_001 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMK-WHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQD
:.::.: : :.. ..:..::. : .:: ::..:.:..:. :.: :::: . ..::
NP_001 EDDGDVAMSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALK
: ..::::.::::: :::::::.. :::.:: :::..::: .:: :::.:::.:::::
NP_001 GTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 DVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLR
:.::: : ::..: :..: :. :... :.::: :.:.::: :.:::. :::::::..::
NP_001 AVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKV
::::....::..::::.::::::.:::.:.:::::::: ::.::.:: .:.:..:::..
NP_001 SDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDG
: :::: :.:.: :: :.::::::::::.:: ::.:: :::.:. .. :
NP_001 KILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYIRSVVACVSPPGDLHP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 RELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDE
NP_001 LGG
>>NP_071335 (OMIM: 300316) nuclear RNA export factor 3 [ (531 aa)
initn: 1852 init1: 1181 opt: 1181 Z-score: 1294.5 bits: 249.5 E(85289): 2.3e-65
Smith-Waterman score: 1800; 52.1% identity (73.1% similar) in 562 aa overlap (19-576:7-529)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGST---FQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSH
: : : : : . . .. :..:: . : . ::
NP_071 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHS--SSH
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 CQENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIR-CERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNT
:..::.. :. .: :. .:.:::.: .:. .....:. ... :..:::::.: :
NP_071 -QQQDGDAAMHGAHMDSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNM
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 QDGYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASA
:: .:::.:.:.::::.. ::.: ::..:: :.::.::: .: :::..:: : :
NP_071 PDGTLGSWFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYA
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LKDVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQN
::.:: ::.:..:.:: :::: . :. :. .:: ..:..::.::.. .:::.:::.:
NP_071 LKNVSGKIWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 LRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAP
: : ::...:: . : :.::::.: . :.:.: ..:
NP_071 LPFYPDMVNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMS----------------------
230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRL
: :. : ::.. : . .:.:.:::: :. ...: . ::::: :
NP_071 --------------AGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCL
270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 DGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYH
::.. .. .. . . :: .: ::: ::.:::::::::: :::::::::::.:::
NP_071 DGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYH
310 320 330 340 350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 DEACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPK
:::::::.:::.:.::::::.::.:.::::.: ::::::.::::..:: :::::::::::
NP_071 DEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDIVDSLSALPK
370 380 390 400 410 420
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 TQHDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
:::::::.:::.: ::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
430 440 450 460 470 480
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 DELFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQD
:.:::::.: : ::::. : : ::: :..:::::.:.
NP_071 DKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
490 500 510 520 530
600 610 620
pF1KB9 NEWNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
626 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 08:09:35 2016 done: Sat Nov 5 08:09:36 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]