Result of FASTA (omim) for
pF1KB9921
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9921, 337 aa
1>>>pF1KB9921 337 - 337 aa - 337 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9893+/-0.000571; mu= 17.8735+/- 0.035
mean_var=67.7818+/-14.068, 0's: 0 Z-trim(104.8): 41 B-trim: 611 in 1/46
Lambda= 0.155782
statistics sampled from 13057 (13092) to 13057 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.486), E-opt: 0.2 (0.154), width: 16
Scan time: 5.880
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006407 (OMIM: 603585,605634) CMP-sialic acid tr ( 337) 2109 483.8 2.3e-136
NP_001161870 (OMIM: 603585,605634) CMP-sialic acid ( 278) 1213 282.3 8.1e-76
NP_001035963 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose t ( 393) 893 210.5 4.7e-54
NP_005651 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose tran ( 396) 893 210.5 4.8e-54
NP_001269579 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose t ( 406) 893 210.5 4.9e-54
NP_001269580 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose t ( 421) 893 210.6 5e-54
NP_001269578 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose t ( 332) 805 190.7 3.7e-48
XP_011539438 (OMIM: 605632,615553) PREDICTED: UDP- ( 325) 793 188.0 2.4e-47
XP_005270748 (OMIM: 605632,615553) PREDICTED: UDP- ( 325) 793 188.0 2.4e-47
NP_036375 (OMIM: 605632,615553) UDP-N-acetylglucos ( 325) 793 188.0 2.4e-47
NP_001258614 (OMIM: 605632,615553) UDP-N-acetylglu ( 367) 793 188.0 2.6e-47
XP_016856359 (OMIM: 605632,615553) PREDICTED: UDP- ( 269) 635 152.4 1e-36
XP_011539439 (OMIM: 605632,615553) PREDICTED: UDP- ( 311) 635 152.5 1.1e-36
NP_001258613 (OMIM: 605632,615553) UDP-N-acetylglu ( 220) 526 127.9 2e-29
XP_011539440 (OMIM: 605632,615553) PREDICTED: UDP- ( 262) 526 127.9 2.3e-29
XP_016856361 (OMIM: 605632,615553) PREDICTED: UDP- ( 195) 495 120.9 2.3e-27
XP_016856358 (OMIM: 605632,615553) PREDICTED: UDP- ( 284) 440 108.6 1.6e-23
XP_011539437 (OMIM: 605632,615553) PREDICTED: UDP- ( 326) 440 108.7 1.8e-23
XP_016856360 (OMIM: 605632,615553) PREDICTED: UDP- ( 228) 282 73.0 6.8e-13
NP_001269576 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose t ( 224) 252 66.3 7.1e-11
NP_001269577 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose t ( 218) 247 65.2 1.5e-10
NP_001027460 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose t ( 242) 247 65.2 1.7e-10
>>NP_006407 (OMIM: 603585,605634) CMP-sialic acid transp (337 aa)
initn: 2109 init1: 2109 opt: 2109 Z-score: 2569.3 bits: 483.8 E(85289): 2.3e-136
Smith-Waterman score: 2109; 100.0% identity (100.0% similar) in 337 aa overlap (1-337:1-337)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSV
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NP_006 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 GILAKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GILAKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 YQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQWKPAQATKVVVEQNPLLGFGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 YQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQWKPAQATKVVVEQNPLLGFGA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 IAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGIIVTLAGVYLSDGAEIKEKGFFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 IAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGIIVTLAGVYLSDGAEIKEKGFFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 GYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAAIVLSTIASVMLFGLQITLTFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAAIVLSTIASVMLFGLQITLTFA
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB9 LGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
310 320 330
>>NP_001161870 (OMIM: 603585,605634) CMP-sialic acid tra (278 aa)
initn: 1700 init1: 1197 opt: 1213 Z-score: 1482.1 bits: 282.3 E(85289): 8.1e-76
Smith-Waterman score: 1585; 82.2% identity (82.2% similar) in 337 aa overlap (1-337:1-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 GILAKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GILAKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 YQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQWKPAQATKVVVEQNPLLGFGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQWKPAQATKVVVEQNPLLGFGA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 IAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGIIVTLAGVYLSDGAEIKEKGFFY
:::::::::::
NP_001 IAIAVLCSGFA-------------------------------------------------
190
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 GYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAAIVLSTIASVMLFGLQITLTFA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ----------VLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAAIVLSTIASVMLFGLQITLTFA
200 210 220 230 240
310 320 330
pF1KB9 LGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
250 260 270
>>NP_001035963 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose trans (393 aa)
initn: 885 init1: 505 opt: 893 Z-score: 1091.4 bits: 210.5 E(85289): 4.7e-54
Smith-Waterman score: 893; 46.5% identity (76.4% similar) in 314 aa overlap (12-323:35-348)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKEL
.: :::.... : ...::.:: .
NP_001 GAGGSTAAPGPGAVSAGALEPGTASAAHRRLKYISLAVLVVQNASLILSIRYARTLPGDR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 YFSTTAVCITEVIKLLLSVGIL-AKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAV
.:.:::: ..::.: : . .: :.. :.. .. :.: :: . . :::.::::.:..
NP_001 FFATTAVVMAEVLKGLTCLLLLFAQKRGNVKHLVLFLHEAVLVQYVDTLKLAVPSLIYTL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 QNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQW
:::. ..:.::: ::..:::::::: ::: .::::::.::.:::.:...: .::..::
NP_001 QNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQWASLLLLFTGVAIVQA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB9 KPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGII
. : . ..::: :..:.. . : ::::::::::.::.:. :.:.::.:. : :
NP_001 QQAGGGGPRPLDQNPGAGLAAVVASCLSSGFAGVYFEKILKGSSGSVWLRNLQLGLFGTA
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 VTLAGVYLSDGAEIKEKGFFYGYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAA
. :.:.. ..:. . .:::.::: :: :.. . ::: ..:::::.:::.:::... .
NP_001 LGLVGLWWAEGTAVATRGFFFGYTPAVWGVVLNQAFGGLLVAVVVKYADNILKGFATSLS
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 IVLSTIASVMLFGLQITLTFALGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::.::. :::... ::::. :: ..:::.::: . .:
NP_001 IVLSTVASIRLFGFHVDPLFALGAGLVIGAVYLYSLPRGAAKAIASASASASGPCVHQQP
310 320 330 340 350 360
NP_001 PGQPPPPQLSSHRGDLITEPFLPKSVLVK
370 380 390
>>NP_005651 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose transloc (396 aa)
initn: 885 init1: 505 opt: 893 Z-score: 1091.3 bits: 210.5 E(85289): 4.8e-54
Smith-Waterman score: 893; 46.5% identity (76.4% similar) in 314 aa overlap (12-323:35-348)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKEL
.: :::.... : ...::.:: .
NP_005 GAGGSTAAPGPGAVSAGALEPGTASAAHRRLKYISLAVLVVQNASLILSIRYARTLPGDR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 YFSTTAVCITEVIKLLLSVGIL-AKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAV
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NP_005 FFATTAVVMAEVLKGLTCLLLLFAQKRGNVKHLVLFLHEAVLVQYVDTLKLAVPSLIYTL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 QNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQW
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NP_005 QNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQWASLLLLFTGVAIVQA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB9 KPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGII
. : . ..::: :..:.. . : ::::::::::.::.:. :.:.::.:. : :
NP_005 QQAGGGGPRPLDQNPGAGLAAVVASCLSSGFAGVYFEKILKGSSGSVWLRNLQLGLFGTA
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 VTLAGVYLSDGAEIKEKGFFYGYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAA
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NP_005 LGLVGLWWAEGTAVATRGFFFGYTPAVWGVVLNQAFGGLLVAVVVKYADNILKGFATSLS
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 IVLSTIASVMLFGLQITLTFALGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::.::. :::... ::::. :: ..:::.::: . .:
NP_005 IVLSTVASIRLFGFHVDPLFALGAGLVIGAVYLYSLPRGAAKAIASASASASGPCVHQQP
310 320 330 340 350 360
NP_005 PGQPPPPQLSSHRGDLITEPFLPKLLTKVKGS
370 380 390
>>NP_001269579 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose trans (406 aa)
initn: 885 init1: 505 opt: 893 Z-score: 1091.2 bits: 210.5 E(85289): 4.9e-54
Smith-Waterman score: 893; 46.5% identity (76.4% similar) in 314 aa overlap (12-323:48-361)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKEL
.: :::.... : ...::.:: .
NP_001 VSAGALEPGTASAGETVCPSSRMGGGAHRRLKYISLAVLVVQNASLILSIRYARTLPGDR
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 YFSTTAVCITEVIKLLLSVGIL-AKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAV
.:.:::: ..::.: : . .: :.. :.. .. :.: :: . . :::.::::.:..
NP_001 FFATTAVVMAEVLKGLTCLLLLFAQKRGNVKHLVLFLHEAVLVQYVDTLKLAVPSLIYTL
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 QNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQW
:::. ..:.::: ::..:::::::: ::: .::::::.::.:::.:...: .::..::
NP_001 QNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQWASLLLLFTGVAIVQA
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210
pF1KB9 KPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGII
. : . ..::: :..:.. . : ::::::::::.::.:. :.:.::.:. : :
NP_001 QQAGGGGPRPLDQNPGAGLAAVVASCLSSGFAGVYFEKILKGSSGSVWLRNLQLGLFGTA
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 VTLAGVYLSDGAEIKEKGFFYGYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAA
. :.:.. ..:. . .:::.::: :: :.. . ::: ..:::::.:::.:::... .
NP_001 LGLVGLWWAEGTAVATRGFFFGYTPAVWGVVLNQAFGGLLVAVVVKYADNILKGFATSLS
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 IVLSTIASVMLFGLQITLTFALGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::.::. :::... ::::. :: ..:::.::: . .:
NP_001 IVLSTVASIRLFGFHVDPLFALGAGLVIGAVYLYSLPRGAAKAIASASASASGPCVHQQP
320 330 340 350 360 370
NP_001 PGQPPPPQLSSHRGDLITEPFLPKSVLVK
380 390 400
>>NP_001269580 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose trans (421 aa)
initn: 885 init1: 505 opt: 893 Z-score: 1090.9 bits: 210.6 E(85289): 5e-54
Smith-Waterman score: 893; 46.5% identity (76.4% similar) in 314 aa overlap (12-323:63-376)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKEL
.: :::.... : ...::.:: .
NP_001 LLTWEEAEARGQGLPQPLPDTSVRIPAHRRLKYISLAVLVVQNASLILSIRYARTLPGDR
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 YFSTTAVCITEVIKLLLSVGIL-AKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAV
.:.:::: ..::.: : . .: :.. :.. .. :.: :: . . :::.::::.:..
NP_001 FFATTAVVMAEVLKGLTCLLLLFAQKRGNVKHLVLFLHEAVLVQYVDTLKLAVPSLIYTL
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 QNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQW
:::. ..:.::: ::..:::::::: ::: .::::::.::.:::.:...: .::..::
NP_001 QNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQWASLLLLFTGVAIVQA
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210
pF1KB9 KPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGII
. : . ..::: :..:.. . : ::::::::::.::.:. :.:.::.:. : :
NP_001 QQAGGGGPRPLDQNPGAGLAAVVASCLSSGFAGVYFEKILKGSSGSVWLRNLQLGLFGTA
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 VTLAGVYLSDGAEIKEKGFFYGYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAA
. :.:.. ..:. . .:::.::: :: :.. . ::: ..:::::.:::.:::... .
NP_001 LGLVGLWWAEGTAVATRGFFFGYTPAVWGVVLNQAFGGLLVAVVVKYADNILKGFATSLS
280 290 300 310 320 330
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 IVLSTIASVMLFGLQITLTFALGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::.::. :::... ::::. :: ..:::.::: . .:
NP_001 IVLSTVASIRLFGFHVDPLFALGAGLVIGAVYLYSLPRGAAKAIASASASASGPCVHQQP
340 350 360 370 380 390
NP_001 PGQPPPPQLSSHRGDLITEPFLPKSVLVK
400 410 420
>>NP_001269578 (OMIM: 300896,314375) UDP-galactose trans (332 aa)
initn: 801 init1: 505 opt: 805 Z-score: 985.5 bits: 190.7 E(85289): 3.7e-48
Smith-Waterman score: 805; 48.9% identity (76.3% similar) in 270 aa overlap (58-323:18-287)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 TIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSVGILAKETGSLGRFKAS---LRENVLGS
.:.: : :.: : : :.: :: .
NP_001 MAAVGAGGSTAAPGPGAVSAGALEPGTASAGNVKHLVLFLHEAVLVQ
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 PKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQ
. :::.::::.:..:::. ..:.::: ::..:::::::: ::: .::::::.::.::
NP_001 YVDTLKLAVPSLIYTLQNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQ
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 WVSVFMLCAGVTLVQWKPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]