Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9874
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9874, 515 aa
1>>>pF1KB9874 515 - 515 aa - 515 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7445+/-0.000876; mu= 10.8780+/- 0.053
mean_var=84.0254+/-16.908, 0's: 0 Z-trim(108.1): 28 B-trim: 280 in 1/48
Lambda= 0.139916
statistics sampled from 9976 (9996) to 9976 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.677), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 2.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 3508 718.0 6.4e-207
CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 1213 254.7 1.9e-67
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 949 201.4 1.7e-51
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 945 200.6 3e-51
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 909 193.3 3.8e-49
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 887 188.9 7.8e-48
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 832 177.8 2e-44
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 478 106.3 3.9e-23
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 438 98.2 1.2e-20
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 434 97.4 3.4e-20
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 432 97.0 4.1e-20
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 412 93.0 4.7e-19
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 409 92.4 7.4e-19
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 408 92.2 8.1e-19
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 391 88.7 1e-17
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 385 87.5 1.7e-17
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 376 85.7 7.3e-17
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 373 85.1 1.2e-16
CCDS34697.1 GJC3 gene_id:349149|Hs108|chr7 ( 279) 300 70.4 3.1e-12
CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 ( 370) 298 70.0 5.3e-12
>>CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 (515 aa)
initn: 3508 init1: 3508 opt: 3508 Z-score: 3828.4 bits: 718.0 E(32554): 6.4e-207
Smith-Waterman score: 3508; 100.0% identity (100.0% similar) in 515 aa overlap (1-515:1-515)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWNLLGDTLEEVHIHSTMIGKIWLTILFIFRMLVLGVAAEDVWNDEQSGFICNTEQPG
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CCDS43 MGDWNLLGDTLEEVHIHSTMIGKIWLTILFIFRMLVLGVAAEDVWNDEQSGFICNTEQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMKAQLRVELEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMKAQLRVELEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 VEFEMPRDRRRLEQELCQLEKRKLNKAPLRGTLLCTYVIHIFTRSVVEVGFMIGQYLLYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VEFEMPRDRRRLEQELCQLEKRKLNKAPLRGTLLCTYVIHIFTRSVVEVGFMIGQYLLYG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 FHLEPLFKCHGHPCPNIIDCFVSRPTEKTIFLLFMQSIATISLFLNILEIFHLGFKKIKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FHLEPLFKCHGHPCPNIIDCFVSRPTEKTIFLLFMQSIATISLFLNILEIFHLGFKKIKR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 GLWGKYKLKKEHNEFHANKAKQNVAKYQSTSANSLKRLPSAPDYNLLVEKQTHTAVYPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GLWGKYKLKKEHNEFHANKAKQNVAKYQSTSANSLKRLPSAPDYNLLVEKQTHTAVYPSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 NSSSVFQPNPDNHSVNDEKCILDEQETVLSNEISTLSTSCSHFQHISSNNNKDTHKIFGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NSSSVFQPNPDNHSVNDEKCILDEQETVLSNEISTLSTSCSHFQHISSNNNKDTHKIFGK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 ELNGNQLMEKRETEGKDSKRNYYSRGHRSIPGVAIDGENNMRQSPQTVFSLPANCDWKPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ELNGNQLMEKRETEGKDSKRNYYSRGHRSIPGVAIDGENNMRQSPQTVFSLPANCDWKPR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 WLRATWGSSTEHENRGSPPKGNLKGQFRKGTVRTLPPSQGDSQSLDIPNTADSLGGLSFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 WLRATWGSSTEHENRGSPPKGNLKGQFRKGTVRTLPPSQGDSQSLDIPNTADSLGGLSFE
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB9 PGLVRTCNNPVCPPNHVVSLTNNLIGRRVPTDLQI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PGLVRTCNNPVCPPNHVVSLTNNLIGRRVPTDLQI
490 500 510
>>CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 (543 aa)
initn: 1190 init1: 1190 opt: 1213 Z-score: 1324.3 bits: 254.7 E(32554): 1.9e-67
Smith-Waterman score: 1219; 47.7% identity (70.1% similar) in 461 aa overlap (1-453:1-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWNLLGDTLEEVHIHSTMIGKIWLTILFIFRMLVLGVAAEDVWNDEQSGFICNTEQPG
:::::::: ::::: :::..:::::::::::::::: :::::::.::::.: :::.:::
CCDS50 MGDWNLLGGILEEVHSHSTIVGKIWLTILFIFRMLVLRVAAEDVWDDEQSAFACNTRQPG
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMKAQLRVELEE
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CCDS50 CNNICYDDAFPISLIRFWVLQIIFVSSPSLVYMGHALYRLRAFEKDRQRKKSHLRAQMEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB9 VEFEMPRDRRRLEQELCQLEKRK-LNKAPLRGTLLCTYVIHIFTRSVVEVGFMIGQYLLY
.... ....:...:: .::..: ..:.::.: :: :::.::.::::.:::::::::.::
CCDS50 PDLDL-EEQQRIDRELRRLEEQKRIHKVPLKGCLLRTYVLHILTRSVLEVGFMIGQYILY
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 GFHLEPLFKCHGHPCPNIIDCFVSRPTEKTIFLLFMQSIATISLFLNILEIFHLGFKKIK
::...::.:: :::: .:::::::::::::.:::.:::.:::.::::::::::..::
CCDS50 GFQMHPLYKCTQPPCPNAVDCFVSRPTEKTIFMLFMHSIAAISLLLNILEIFHLGIRKIM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 RGLWGKYKLKKEHNE----FHANKAKQNVAKYQSTSANSLKRLPSAPDYNLLVEKQTHTA
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CCDS50 RTLYKKSSSEGIEDETGPPFHLKK--YSVAQ-QCMICSSLPERISPLQAN--NQQQVIRV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 VYPSLNSSSVFQ-PNPDNHSVNDEKCILDEQETVLSNEISTLSTSCSHFQHISSNNNKDT
:. :....: :.: . :. ::..::
CCDS50 NVPK--SKTMWQIPQPRQLEVDP------------------------------SNGKKDW
300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 HKIFGKELNGNQLMEKRETEGKDSKRNYYSRGHRSIPGVAIDGENNMRQSPQTVFSLPAN
. :. ...:: . : : . :..: .. .:.: :: . . : :
CCDS50 SE---KDQHSGQLHVHSPCPWAGSAGNQHL-GQQS-DHSSFGLQNTMSQSWLGTTTAPRN
330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 CDWKPRWLRATWGSSTEHENRGSPPKGNLKGQFR--KGTVRTLPPSQGDSQSLDIPNTAD
: : . .:: .: . : : : .:... : .:..:
CCDS50 C---PSFAVGTWEQSQDPEPSGEP-LTDLHSHCRDSEGSMRESGVWIDRSRPGSRKASFL
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510
pF1KB9 SLGGLSFEPGLVRTCNNPVCPPNHVVSLTNNLIGRRVPTDLQI
CCDS50 SRLLSEKRHLHSDSGSSGSRNSSCLDFPHWENSPSPLPSVTGHRTSMVRQAALPIMELSQ
440 450 460 470 480 490
>>CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 (435 aa)
initn: 955 init1: 555 opt: 949 Z-score: 1037.9 bits: 201.4 E(32554): 1.7e-51
Smith-Waterman score: 949; 54.5% identity (83.1% similar) in 242 aa overlap (1-242:1-234)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWNLLGDTLEEVHIHSTMIGKIWLTILFIFRMLVLGVAAEDVWNDEQSGFICNTEQPG
::::..:: ::... :::.:::.:::.:::::.::::.::::::.:::: : :::.:::
CCDS92 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMKAQLRVELEE
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CCDS92 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKERE------EEEQ
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 VEFEMPRDRRRLEQELCQLEKRKLNKAPLRGTLLCTYVIHIFTRSVVEVGFMIGQYLLYG
.. : : .. ... . . : ... . :.:: :::..:. ... ::::. :::.:::
CCDS92 LKRESPSPKEPPQDNPSSRDDR--GRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 FHLEPLFKCHGHPCPNIIDCFVSRPTEKTIFLLFMQSIATISLFLNILEIFHLGFKKIKR
:.:.::..: :::: .:::.:::::::::..:: ..: ::.::.:::.:::.::.:.
CCDS92 FELKPLYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 GLWGKYKLKKEHNEFHANKAKQNVAKYQSTSANSLKRLPSAPDYNLLVEKQTHTAVYPSL
:.
CCDS92 GVTSRLGPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPP
240 250 260 270 280 290
>>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa)
initn: 997 init1: 559 opt: 945 Z-score: 1033.6 bits: 200.6 E(32554): 3e-51
Smith-Waterman score: 956; 39.8% identity (69.2% similar) in 425 aa overlap (1-413:1-398)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWNLLGDTLEEVHIHSTMIGKIWLTILFIFRMLVLGVAAEDVWNDEQSGFICNTEQPG
::::..::. ::::. :::.::..:::.:::::.:.::.::: ::.:::: :.:::.:::
CCDS30 MGDWSFLGNILEEVNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMKAQLRVEL-E
:.:::::.::::: :: ::::.::::.:::.:.:::.. .: .::.:. .:. :: .
CCDS30 CENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLMYVGHAVHYVR-MEEKRKSREAE---ELGQ
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 EVEFEMPRDRRRLEQELCQLEKRKLNKAPLRGTLLCTYVIHIFTRSVVEVGFMIGQYLLY
.. . :. ... . .:. :.:::: ::. ::. ... ::::..:.:.::
CCDS30 QAGTNGGPDQGSVKKSSGSKGTKKFR---LEGTLLRTYICHIIFKTLFEVGFIVGHYFLY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 GFHLEPLFKCHGHPCPNIIDCFVSRPTEKTIFLLFMQSIATISLFLNILEIFHLGFKKIK
::.. ::..: ::::..:::::::::::::.::: :.:..:::::..:. :::.: :.
CCDS30 GFRILPLYRCSRWPCPNVVDCFVSRPTEKTIFILFMLSVASVSLFLNVMELGHLGLKGIR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 RGLWGKYKLKKEHNEFHANKAKQNVAKYQSTSANSLKRLPSAPDYNLLVEKQTHTAVYPS
.: : ... .:. .:. ...: ..:... : :.:: :.. . .:
CCDS30 SAL--KRPVEQPLGEI-PEKSLHSIA------VSSIQK---AKGYQLLEEEKIVSHYFP-
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 LNSSSVFQPNPDNHSVNDEKCILDEQETVLSNEISTLSTSCSHFQHISSNNNKDTHKIFG
:. .. . .: : . . .: . .. .. :: . . . . : . .... :
CCDS30 LTEVGMVETSP-----LPAKPFNQFEEKISTGPLGDLSRG--YQETLPSYAQVGAQEVEG
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB9 K-----ELNGNQLMEKRETEGK----DSKRNYYSRGHR-SIPGVAIDGENNMRQSPQ-TV
. : .. ::.: . .... .:.. ::: .::.. :: . .
CCDS30 EGPPAEEGAEPEVGEKKEEAERLTTEEQEKVAVPEGEKVETPGVDKEGEKEEPQSEKVSK
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 FSLPANCDWKPRWLRATWGSSTEHENRGSPPKGNLKGQFRKGTVRTLPPSQGDSQSLDIP
.:::
CCDS30 QGLPAEKTPSLCPELTTDDARPLSRLSKASSRARSDDLTV
400 410 420 430
>>CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 (358 aa)
initn: 914 init1: 578 opt: 909 Z-score: 995.7 bits: 193.3 E(32554): 3.8e-49
Smith-Waterman score: 930; 45.9% identity (71.7% similar) in 314 aa overlap (1-312:1-295)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWNLLGDTLEEVHIHSTMIGKIWLTILFIFRMLVLGVAAEDVWNDEQSGFICNTEQPG
::::..::. ::::: :::..::.:::.::::::::::.:::. :.:::. : :.: :::
CCDS92 MGDWSFLGNFLEEVHKHSTVVGKVWLTVLFIFRMLVLGTAAESSWGDEQADFRCDTIQPG
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMKAQLRVELEE
:.::::::::::: :::::::.::::.:::::::::.. .:. :... : . .
CCDS92 CQNVCYDQAFPISHIRYWVLQIIFVSTPSLVYMGHAMHTVRMQEKRKLREAERAKEVRGS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 VEFEMPRDRRRLEQELCQLEKRKLNKAPLRGTLLCTYVIHIFTRSVVEVGFMIGQYLLYG
.:.: .. :: :. . .. :.:::: ::: :. :...::::..:::..::
CCDS92 GSYEYPVAEK---AELSCWEEGN-GRIALQGTLLNTYVCSILIRTTMEVGFIVGQYFIYG
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 FHLEPLFKCHGHPCPNIIDCFVSRPTEKTIFLLFMQSIATISLFLNILEIFHLGFKKIKR
. : : :. :::. ..:.:::::::..:..:: ..:..::.:.. :..:::.:::..
CCDS92 IFLTTLHVCRRSPCPHPVNCYVSRPTEKNVFIVFMLAVAALSLLLSLAELYHLGWKKIRQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB9 GLWGKYKLKKEHNEFHANKAKQNVAKYQST--SANSLKRLPSAPDYNLLVEKQTHTAVYP
.: : .:..:: : . :.. .. ::.: .:. .
CCDS92 -------------RF--VKPRQHMAKCQLSGPSVGIVQSCTPPPDFNQCLENGPGGKFFN
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 SLNSSSVFQPNPDNHSVNDEKCILDEQETVLSNEISTLSTSCSHFQHISSNNNKDTHKIF
.... . : : ::
CCDS92 PFSNNMASQQNTDNLVTEQVRGQEQTPGEGFIQVRYGQKPEVPNGVSPGHRLPHGYHSDK
290 300 310 320 330 340
>>CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 903 init1: 529 opt: 887 Z-score: 972.3 bits: 188.9 E(32554): 7.8e-48
Smith-Waterman score: 887; 52.7% identity (78.6% similar) in 243 aa overlap (1-242:1-240)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWNLLGDTLEEVHIHSTMIGKIWLTILFIFRMLVLGVAAEDVWNDEQSGFICNTEQPG
::::..: :..:. :::..::::::.:::::.:.::.:.:.::.:::: : ::: :::
CCDS30 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMK-AQLRVELE
: ::::::::::: ::::::: .:::.:.:::.::..: : .::: :.: ..::. :
CCDS30 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSR--REERLRQKEGELRA-LP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 EVEFEMPRDRRRLEQELCQLEKRKLNKAPLRGTLLCTYVIHIFTRSVVEVGFMIGQYLLY
. .. : .:... .. . .. .::.:. ::: .. .::.:.::. ::. ::
CCDS30 AKDPQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 GFHLEPLFKCHGHPCPNIIDCFVSRPTEKTIFLLFMQSIATISLFLNILEIFHLGFKKIK
:. .::.: :. ::: ..:::::::::::::..:: .. ::: ::.::. :: . ..
CCDS30 GWTMEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLS
180 190 200 210 220 230
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pF1KB9 RGLWGKYKLKKEHNEFHANKAKQNVAKYQSTSANSLKRLPSAPDYNLLVEKQTHTAVYPS
::.
CCDS30 RGMRARQGQDAPPTQGTSSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWANLTTE
240 250 260 270 280 290
>>CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 (382 aa)
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CCDS92 GKSKKPV
220
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pF1KB9 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMKAQLRVELEE
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CCDS92 CKNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRH--ETTRKFRRGEKRNDFKD
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CCDS92 RRS--KRAQTQKNHPNHALKESKQNEMNELISDSGQNAITGFPS
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CCDS15 MTNMSWSFLTRLLEEIHNHSTFVGKVWLTVLVVFRIVLTAVGGEAIYSDEQAKFTCNTRQ
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CCDS15 PGCDNVCYDAFAPLSHVRFWVFQIVVISTPSVMYLGYAVHRLARASEQERRRALRRRPGP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]