Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9870
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9870, 477 aa
1>>>pF1KB9870 477 - 477 aa - 477 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1551+/-0.000877; mu= 19.1148+/- 0.053
mean_var=145.6442+/-57.065, 0's: 0 Z-trim(108.1): 228 B-trim: 1241 in 2/48
Lambda= 0.106274
statistics sampled from 9546 (10010) to 9546 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.673), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 3.150
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3405.1 DRD5 gene_id:1816|Hs108|chr4 ( 477) 3285 516.2 3e-146
CCDS4393.1 DRD1 gene_id:1812|Hs108|chr5 ( 446) 1045 172.7 7.1e-43
CCDS231.1 HTR1D gene_id:3352|Hs108|chr1 ( 377) 553 97.2 3.3e-20
CCDS13079.1 ADRA1D gene_id:146|Hs108|chr20 ( 572) 500 89.3 1.2e-17
CCDS7586.1 ADRB1 gene_id:153|Hs108|chr10 ( 477) 478 85.8 1.1e-16
CCDS4986.1 HTR1B gene_id:3351|Hs108|chr6 ( 390) 469 84.3 2.5e-16
CCDS6099.1 ADRB3 gene_id:155|Hs108|chr8 ( 408) 464 83.6 4.4e-16
CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 458) 457 82.6 9.9e-16
CCDS4347.1 ADRA1B gene_id:147|Hs108|chr5 ( 520) 456 82.5 1.2e-15
CCDS83269.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 342) 444 80.4 3.4e-15
CCDS33829.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 367) 444 80.4 3.5e-15
CCDS6052.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 429) 444 80.5 3.8e-15
CCDS6053.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 455) 444 80.6 3.9e-15
CCDS6054.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 466) 444 80.6 4e-15
CCDS34869.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 475) 444 80.6 4e-15
CCDS8362.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 414) 417 76.4 6.6e-14
CCDS34168.1 HTR1A gene_id:3350|Hs108|chr5 ( 422) 417 76.4 6.7e-14
CCDS4395.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 359) 416 76.1 6.8e-14
CCDS8361.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 443) 417 76.4 6.8e-14
CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 ( 465) 417 76.4 7e-14
CCDS47344.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 397) 416 76.2 7.2e-14
CCDS4292.1 ADRB2 gene_id:154|Hs108|chr5 ( 413) 414 75.9 9.1e-14
CCDS197.1 HTR6 gene_id:3362|Hs108|chr1 ( 440) 404 74.4 2.7e-13
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 ( 462) 400 73.8 4.3e-13
CCDS34273.2 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 360) 396 73.1 5.7e-13
CCDS2920.1 HTR1F gene_id:3355|Hs108|chr3 ( 366) 396 73.1 5.7e-13
CCDS34271.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 378) 396 73.1 5.8e-13
CCDS34270.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 387) 396 73.1 5.9e-13
CCDS4291.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 388) 396 73.1 5.9e-13
CCDS75353.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 411) 396 73.1 6.1e-13
CCDS34272.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 428) 396 73.2 6.3e-13
CCDS5006.1 HTR1E gene_id:3354|Hs108|chr6 ( 365) 389 72.0 1.2e-12
CCDS9405.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 471) 388 72.0 1.5e-12
CCDS56129.1 ADRA2B gene_id:151|Hs108|chr2 ( 450) 385 71.5 2.1e-12
CCDS7710.1 DRD4 gene_id:1815|Hs108|chr11 ( 419) 370 69.2 9.8e-12
CCDS2483.1 HTR2B gene_id:3357|Hs108|chr2 ( 481) 370 69.3 1.1e-11
CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 432) 368 68.9 1.2e-11
CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 445) 368 68.9 1.3e-11
CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 479) 368 68.9 1.3e-11
CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1 ( 590) 365 68.6 2e-11
CCDS2978.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 400) 361 67.8 2.5e-11
CCDS5936.1 HTR5A gene_id:3361|Hs108|chr7 ( 357) 357 67.1 3.6e-11
CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7 ( 466) 356 67.1 4.6e-11
>>CCDS3405.1 DRD5 gene_id:1816|Hs108|chr4 (477 aa)
initn: 3285 init1: 3285 opt: 3285 Z-score: 2739.0 bits: 516.2 E(32554): 3e-146
Smith-Waterman score: 3285; 100.0% identity (100.0% similar) in 477 aa overlap (1-477:1-477)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MLPPGSNGTAYPGQFALYQQLAQGNAVGGSAGAPPLGPSQVVTACLLTLLIIWTLLGNVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MLPPGSNGTAYPGQFALYQQLAQGNAVGGSAGAPPLGPSQVVTACLLTLLIIWTLLGNVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 VCAAIVRSRHLRANMTNVFIVSLAVSDLFVALLVMPWKAVAEVAGYWPFGAFCDVWVAFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VCAAIVRSRHLRANMTNVFIVSLAVSDLFVALLVMPWKAVAEVAGYWPFGAFCDVWVAFD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 IMCSTASILNLCVISVDRYWAISRPFRYKRKMTQRMALVMVGLAWTLSILISFIPVQLNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IMCSTASILNLCVISVDRYWAISRPFRYKRKMTQRMALVMVGLAWTLSILISFIPVQLNW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 HRDQAASWGGLDLPNNLANWTPWEEDFWEPDVNAENCDSSLNRTYAISSSLISFYIPVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HRDQAASWGGLDLPNNLANWTPWEEDFWEPDVNAENCDSSLNRTYAISSSLISFYIPVAI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 MIVTYTRIYRIAQVQIRRISSLERAAEHAQSCRSSAACAPDTSLRASIKKETKVLKTLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MIVTYTRIYRIAQVQIRRISSLERAAEHAQSCRSSAACAPDTSLRASIKKETKVLKTLSV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 IMGVFVCCWLPFFILNCMVPFCSGHPEGPPAGFPCVSETTFDVFVWFGWANSSLNPVIYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IMGVFVCCWLPFFILNCMVPFCSGHPEGPPAGFPCVSETTFDVFVWFGWANSSLNPVIYA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 FNADFQKVFAQLLGCSHFCSRTPVETVNISNELISYNQDIVFHKEIAAAYIHMMPNAVTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FNADFQKVFAQLLGCSHFCSRTPVETVNISNELISYNQDIVFHKEIAAAYIHMMPNAVTP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB9 GNREVDNDEEEGPFDRMFQIYQTSPDGDPVAESVWELDCEGEISLDKITPFTPNGFH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GNREVDNDEEEGPFDRMFQIYQTSPDGDPVAESVWELDCEGEISLDKITPFTPNGFH
430 440 450 460 470
>>CCDS4393.1 DRD1 gene_id:1812|Hs108|chr5 (446 aa)
initn: 1627 init1: 784 opt: 1045 Z-score: 883.2 bits: 172.7 E(32554): 7.1e-43
Smith-Waterman score: 1647; 58.2% identity (79.1% similar) in 450 aa overlap (40-477:23-444)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 AYPGQFALYQQLAQGNAVGGSAGAPPLGPSQVVTACLLTLLIIWTLLGNVLVCAAIVRSR
...:::.:.:::. :::::.:::::..: :
CCDS43 MRTLNTSAMDGTGLVVERDFSVRILTACFLSLLILSTLLGNTLVCAAVIRFR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 HLRANMTNVFIVSLAVSDLFVALLVMPWKAVAEVAGYWPFGAFCDVWVAFDIMCSTASIL
:::...:: :..:::::::.::.::::::::::.::.::::.::..::::::::::::::
CCDS43 HLRSKVTNFFVISLAVSDLLVAVLVMPWKAVAEIAGFWPFGSFCNIWVAFDIMCSTASIL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 NLCVISVDRYWAISRPFRYKRKMTQRMALVMVGLAWTLSILISFIPVQLNWHRDQAASWG
:::::::::::::: ::::.:::: . :......:::::.:::::::::.::. . .:
CCDS43 NLCVISVDRYWAISSPFRYERKMTPKAAFILISVAWTLSVLISFIPVQLSWHKAKPTS--
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 GLDLPNNLANWTPWEEDFWEPDVNAENCDSSLNRTYAISSSLISFYIPVAIMIVTYTRIY
:.. .: : : . .::::::.::::::::.::::::::::::::::::
CCDS43 ----PSD-GNATSLAETI-------DNCDSSLSRTYAISSSVISFYIPVAIMIVTYTRIY
180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 RIAQVQIRRISSLERAAEHAQSCRSSAA------CA-PDTSLRASIKKETKVLKTLSVIM
:::: :::::..::::: ::..:..... :. :..:.. :.:.::::::::::::
CCDS43 RIAQKQIRRIAALERAAVHAKNCQTTTGNGKPVECSQPESSFKMSFKRETKVLKTLSVIM
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 GVFVCCWLPFFILNCMVPFCSGHPEGPPAGFPCVSETTFDVFVWFGWANSSLNPVIYAFN
:::::::::::::::..::: : : : : :.. .:::::::::::::::::.:::::
CCDS43 GVFVCCWLPFFILNCILPFC-GSGETQP--F-CIDSNTFDVFVWFGWANSSLNPIIYAFN
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KB9 ADFQKVFAQLLGCSHFCSRT--PVETVNISNE---LISYNQDIVFHKEIAAAYIHMMPNA
:::.:.:. :::: ..: : .:::.:.:. ..: ... ....:.:
CCDS43 ADFRKAFSTLLGCYRLCPATNNAIETVSINNNGAAMFSSHHEPRGSISKECNLVYLIPHA
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 VTPGNREVDNDEEEGPFDRMFQIYQTSPDGDPVAESVWELDCEGEISLDKITPFTPNGFH
: :. : . :: . . : .. . :: : :: :: . ..::.:: :.: :: :
CCDS43 V--GSSEDLKKEEAAGIARPLE--KLSP-----ALSVI-LDYDTDVSLEKIQPITQNGQH
400 410 420 430 440
CCDS43 PT
>>CCDS231.1 HTR1D gene_id:3352|Hs108|chr1 (377 aa)
initn: 608 init1: 239 opt: 553 Z-score: 476.2 bits: 97.2 E(32554): 3.3e-20
Smith-Waterman score: 597; 31.7% identity (59.8% similar) in 410 aa overlap (1-373:1-371)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MLPPGSNGTAYPGQFALYQQLAQGNAVGGSAGAPP--LGPSQVVTACLLTLLIIWTLLGN
: : .... . : : : ..: ::. : . : : .. : .:... . :.:.:
CCDS23 MSPLNQSAEGLP-QEASNRSL---NATETSEAWDPRTLQALKISLAVVLSVITLATVLSN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 VLVCAAIVRSRHLRANMTNVFIVSLAVSDLFVALLVMPWKAVAEVAGYWPFGA-FCDVWV
..: ..:. .:.:.. .: .: :::..::.:..:::: . . .. : :: .::.:.
CCDS23 AFVLTTILLTRKLHTP-ANYLIGSLATTDLLVSILVMPISIAYTITHTWNFGQILCDIWL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 AFDIMCSTASILNLCVISVDRYWAISRPFRYKRKMTQRMALVMVGLAWTLSILISFIPVQ
. :: : :::::.::::..::::::. ..:... : : .:....:..:: ::. :
CCDS23 SSDITCCTASILHLCVIALDRYWAITDALEYSKRRTAGHAATMIAIVWAISICISIPP--
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LNWHRDQAASWGGLDLPNNLANWTPWEEDFWEPDVNAENCDSSLNRTYAISSSLISFYIP
: :.. .: .. . :.: :.. .:.: :. .::::
CCDS23 LFWRQAKAQE----EMSDCLVN------------------TSQI--SYTIYSTCGAFYIP
180 190 200
240 250 260 270
pF1KB9 VAIMIVTYTRIYRIAQVQI--------RRISSLERAAEHAQS--C---------RSSAAC
...:. : :::: :. .: .:... . . : : : .: .:
CCDS23 SVLLIILYGRIYRAARNRILNPPSLYGKRFTTAHLITGSAGSSLCSLNSSLHEGHSHSAG
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320
pF1KB9 AP-----------DTSL---RASIKKETKVLKTLSVIMGVFVCCWLPFFILNCMVPFCSG
.: :..: : : .: :. : :..:.:.:. ::::::... ..:.:
CCDS23 SPLFFNHVKIKLADSALERKRISAARERKATKILGIILGAFIICWLPFFVVSLVLPICRD
270 280 290 300 310 320
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 HPEGPPAGFPCVSETTFDVFVWFGWANSSLNPVIYA-FNADFQKVFAQLLGCSHFCSRTP
:: :: :.:.:. :: .::.::. :: .:...: ...
CCDS23 SCWIHPA--------LFDFFTWLGYLNSLINPIIYTVFNEEFRQAFQKIVPFRKAS
330 340 350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 VETVNISNELISYNQDIVFHKEIAAAYIHMMPNAVTPGNREVDNDEEEGPFDRMFQIYQT
>>CCDS13079.1 ADRA1D gene_id:146|Hs108|chr20 (572 aa)
initn: 636 init1: 241 opt: 500 Z-score: 430.5 bits: 89.3 E(32554): 1.2e-17
Smith-Waterman score: 678; 34.3% identity (63.9% similar) in 385 aa overlap (24-381:78-423)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MLPPGSNGTAYPGQFALYQQLAQGNAVGGSA--GAPPLGPSQVVTACLLTLLI
:. :.:.: :. .. . : .. .:. .:
CCDS13 GGAGGGGGVVGAGSGEDNRSSAGEPGSAGAGGDVNGTAAVGGLVVSAQGVGVGVFLAAFI
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 IWTLLGNVLVCAAIVRSRHLRANMTNVFIVSLAVSDLFVALLVMPWKAVAEVAGYWPFG-
. .. ::.:: ... .:::.. .:: :::.:::.::... :.:..:. :: :.: ::
CCDS13 LMAVAGNLLVILSVACNRHLQT-VTNYFIVNLAVADLLLSATVLPFSATMEVLGFWAFGR
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 AFCDVWVAFDIMCSTASILNLCVISVDRYWAISRPFRYKRKMTQRMALVMVGLAWTLSIL
::::::.: :..: :::::.::.:::::: .. . ..: ::.: : ....: :.....
CCDS13 AFCDVWAAVDVLCCTASILSLCTISVDRYVGVRHSLKYPAIMTERKAAAILALLWVVALV
170 180 190 200 210 220
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 ISFIPVQLNWHRDQAASWGGLDLPNNLANWTPWEEDFWEPDVNAENCDSSLNRTYAISSS
.: :. :.:.. : .: .: : : . . ::. ::
CCDS13 VSVGPL-LGWKE-----------P------VPPDERF---------CGITEEAGYAVFSS
230 240 250
240 250 260 270 280
pF1KB9 LISFYIPVAIMIVTYTRIYRIAQVQIRRI-SSLERAAEHAQS------CRSSAACAPDT-
. :::.:.:...: : :.: .:. : . ....: .:. ::..:. : .
CCDS13 VCSFYLPMAVIVVMYCRVYVVARSTTRSLEAGVKRERGKASEVVLRIHCRGAATGADGAH
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320
pF1KB9 --------SLRASIK-------KETKVLKTLSVIMGVFVCCWLPFFILNCMVPFCSGHPE
..:.:.. .: :. :::....:::: ::.:::.. .:. : :.
CCDS13 GMRSAKGHTFRSSLSVRLLKFSREKKAAKTLAIVVGVFVLCWFPFFFV---LPLGSLFPQ
320 330 340 350 360 370
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 GPPAGFPCVSETTFDVFVWFGWANSSLNPVIYAFNA-DFQKVFAQLLGCSHFCSRTPVET
: :: .: :. :.:. :: .::.:: .. .:...: .:: :. : :
CCDS13 LKP------SEGVFKVIFWLGYFNSCVNPLIYPCSSREFKRAFLRLLRCQ--CRRRRRRR
380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 VNISNELISYNQDIVFHKEIAAAYIHMMPNAVTPGNREVDNDEEEGPFDRMFQIYQTSPD
CCDS13 PLWRVYGHHWRASTSGLRQDCAPSSGDAPPGAPLALTALPDPDPEPPGTPEMQAPVASRR
430 440 450 460 470 480
>>CCDS7586.1 ADRB1 gene_id:153|Hs108|chr10 (477 aa)
initn: 399 init1: 287 opt: 478 Z-score: 413.1 bits: 85.8 E(32554): 1.1e-16
Smith-Waterman score: 752; 36.1% identity (59.9% similar) in 421 aa overlap (8-381:9-399)
10 20 30 40
pF1KB9 MLPPGSNGTAYPGQFALYQQLAQGNAVGGS---AGAPP---LGP--------SQVVTA-
:.. ::... : .: :... ..:: : : :: ::
CCDS75 MGAGVLVLGASEPGNLSSAAPLPDGAATAARLLVPASPPASLLPPASESPEPLSQQWTAG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 --CLLTLLIIWTLLGNVLVCAAIVRSRHLRANMTNVFIVSLAVSDLFVALLVMPWKAVAE
:..:... . ::::: .::... .:.. .::.::.::: .:: ..:::.:. :.
CCDS75 MGLLMALIVLLIVAGNVLVIVAIAKTPRLQT-LTNLFIMSLASADLVMGLLVVPFGATIV
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 VAGYWPFGAF-CDVWVAFDIMCSTASILNLCVISVDRYWAISRPFRYKRKMTQRMALVMV
: : : .:.: :..:.. :..: :::: .::::..::: ::. ::::. .:. : .:
CCDS75 VWGRWEYGSFFCELWTSVDVLCVTASIETLCVIALDRYLAITSPFRYQSLLTRARARGLV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 GLAWTLSILISFIPVQLNWHRDQAASWGGLDLPNNLANWTPWEEDFWEPDVNAENCDSSL
.:..: :.::.:. ..: : .. : : .: . ::
CCDS75 CTVWAISALVSFLPILMHWWRAES------DEARRCYN---------DP----KCCDFVT
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CCDS49 IRFKCTS
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CCDS14 SCNQK------LMEKLLNVFVWIGYVCSGINPLVYTLFNKIYRRAFSNYLRCNYKVEKKP
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CCDS14 PVRQIPRVAATALSGRELNVNIYRHTNEPVIEKASDNEPGIEMQVENLELPVNPSSVVSE
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CCDS43 FYIPLAVILVMYCRVYIVAKRTTKNLEAGVMKEMSNSKELTLRIHSKNFHEDTLSSTKAK
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pF1KB9 A--PDTSLRASI---KKETKVLKTLSVIMGVFVCCWLPFFILNCMVPFCSGHPEGPPAGF
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CCDS43 GHNPRSSIAVKLFKFSREKKAAKTLGIVVGMFILCWLPFFI---ALPLGSLFSTLKP---
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CCDS43 P---DAVFKVVFWLGYFNSCLNPIIYPCSSKEFKRAFVRILGCQCRGRGRRRRRRRRRLG
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CCDS83 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVL
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CCDS83 WAAVDVLCCTASIMGLCIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGP
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CCDS83 L-FGWRQ-------------------PAPED-------ETICQINEEPGYVLFSALGSFY
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CCDS83 LPLAIILVMYCRVYVVAKRESRGLKSGLKTDKSDSEQVTLRIHRKNAPAGGSGMASAKTK
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CCDS83 THFSVRLLKFSREKKAAKTLGIVVGCFVLCWLPFFLVMPIDEETEAQEGKNDSPSFKQPV
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