Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9852
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9852, 382 aa
1>>>pF1KB9852 382 - 382 aa - 382 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7615+/-0.000752; mu= 15.0885+/- 0.046
mean_var=78.9360+/-15.335, 0's: 0 Z-trim(109.6): 21 B-trim: 35 in 1/50
Lambda= 0.144357
statistics sampled from 10990 (11010) to 10990 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.707), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 2.700
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 2573 545.1 3.8e-155
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 995 216.5 2.9e-56
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 942 205.5 7.5e-53
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 900 196.7 3.2e-50
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 883 193.2 3.2e-49
CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 847 185.8 8.1e-47
CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 832 182.6 6.8e-46
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 436 100.0 2.7e-21
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 433 99.3 3.5e-21
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 426 97.9 1.2e-20
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 413 95.2 7.2e-20
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 407 94.0 1.7e-19
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 405 93.6 3.2e-19
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 392 90.8 1.5e-18
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 390 90.4 1.7e-18
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 385 89.5 6.3e-18
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 367 85.6 6e-17
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 358 83.8 2.4e-16
CCDS34697.1 GJC3 gene_id:349149|Hs108|chr7 ( 279) 313 74.4 1.4e-13
>>CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 (382 aa)
initn: 2573 init1: 2573 opt: 2573 Z-score: 2898.9 bits: 545.1 E(32554): 3.8e-155
Smith-Waterman score: 2573; 100.0% identity (100.0% similar) in 382 aa overlap (1-382:1-382)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSALGKLLDKVQAYSTAGGKVWLSVLFIFRILLLGTAVESAWGDEQSAFRCNTQQPG
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CCDS51 MGDWSALGKLLDKVQAYSTAGGKVWLSVLFIFRILLLGTAVESAWGDEQSAFRCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRKEEKLNKKEEELKVAQTDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRKEEKLNKKEEELKVAQTDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 VNVDMHLKQIEIKKFKYGIEEHGKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIYGFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 VNVDMHLKQIEIKKFKYGIEEHGKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIYGFS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 LSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVSLVSLALNIIELFYVFFKGVKDRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 LSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVSLVSLALNIIELFYVFFKGVKDRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 KGKSDPYHATSGALSPAKDCGSQKYAYFNGCSSPTAPLSPMSPPGYKLVTGDRNNSSCRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 KGKSDPYHATSGALSPAKDCGSQKYAYFNGCSSPTAPLSPMSPPGYKLVTGDRNNSSCRN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 YNKQASEQNWANYSAEQNRMGQAGSTISNSHAQPFDFPDDNQNSKKLAAGHELQPLAIVD
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CCDS51 YNKQASEQNWANYSAEQNRMGQAGSTISNSHAQPFDFPDDNQNSKKLAAGHELQPLAIVD
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB9 QRPSSRASSRASSRPRPDDLEI
::::::::::::::::::::::
CCDS51 QRPSSRASSRASSRPRPDDLEI
370 380
>>CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 1039 init1: 967 opt: 995 Z-score: 1123.7 bits: 216.5 E(32554): 2.9e-56
Smith-Waterman score: 1024; 45.6% identity (69.3% similar) in 375 aa overlap (1-370:1-330)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSALGKLLDKVQAYSTAGGKVWLSVLFIFRILLLGTAVESAWGDEQSAFRCNTQQPG
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CCDS30 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRKEEKLNKKEEELKVAQTDG
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CCDS30 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQKEGELRALPAKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 VNVDMHLKQIEIKKFKYGIEEHGKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIYGFS
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CCDS30 PQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLYGWT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KB9 LSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVSLVSLALNIIELFYVFFK----GV
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CCDS30 MEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLSRGM
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 KDRVKGKSDPYHATSGALSPAKDCGSQKYAYFNGCSSPTAPLSPMSPPGYKLVTGDRNNS
. : . : ..::. .: : : . :. :.. .: :::
CCDS30 RARQGQDAPPTQGTSS--DPYTD---QVFFYL-----PVGQ-GPSSPP------------
250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 SCRNYNK-QASEQNWANYSAEQNRMGQAGSTISNSHAQPFDFPDDNQNSKKLAAGHELQP
: .:: ..::::::: ..:. :.. : :. . ::..: :
CCDS30 -CPTYNGLSSSEQNWANLTTEE-RLA--------SSRPPLFLDPPPQNGQK--------P
280 290 300 310
360 370 380
pF1KB9 LAIVDQRPSSRASSRASSRPRPDDLEI
.:::: ::..
CCDS30 ----PSRPSSSASKKQYV
320 330
>>CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 (435 aa)
initn: 1117 init1: 583 opt: 942 Z-score: 1062.3 bits: 205.5 E(32554): 7.5e-53
Smith-Waterman score: 985; 42.2% identity (67.2% similar) in 412 aa overlap (1-382:1-398)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSALGKLLDKVQAYSTAGGKVWLSVLFIFRILLLGTAVESAWGDEQSAFRCNTQQPG
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CCDS92 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRKEEKLNKKEEELKVAQTDG
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CCDS92 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKEREEEEQLKRESP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 VNVDMHLKQIEIKKFKYGIEEHGKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIYGFS
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CCDS92 SPKEPPQDNPSSR------DDRGRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFE
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB9 LSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVSLVSLALNIIELFYVFFK----GV
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CCDS92 LKPLYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB9 KDRVK--------GKSDPYHATSGALSPAKDCGSQKYAYFNGCSSPTAPLS----PMSPP
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CCDS92 TSRLGPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPY--YAHTAAPLGQARAVGYPGAPP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KB9 ---GYKLV--TGDRNNS-SCRNYNKQ----ASEQNWANYSAEQNRMGQAGSTISNSHAQP
.::. : :... : . :: . .:::::: .::.. . . ... : :
CCDS92 PAADFKLLALTEARGKGQSAKLYNGHHHLLMTEQNWANQAAERQPPALKAYPAASTPAAP
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KB9 FDFPDDNQNSKKLAAGHELQ----PLAIVDQRPSSRASSRASSRPRPDDLEI
...: :: :: . :: ..: :: .: .. :. .. .
CCDS92 SPV---GSSSPPLA--HEAEAGAAPL-LLDGSGSSLEGSALAGTPEEEEQAVTTAAQMHQ
360 370 380 390 400
CCDS92 PPLPLGDPGRASKASRASSGRARPEDLAI
410 420 430
>>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa)
initn: 959 init1: 544 opt: 900 Z-score: 1015.1 bits: 196.7 E(32554): 3.2e-50
Smith-Waterman score: 900; 55.2% identity (81.3% similar) in 241 aa overlap (1-241:1-237)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSALGKLLDKVQAYSTAGGKVWLSVLFIFRILLLGTAVESAWGDEQSAFRCNTQQPG
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CCDS30 MGDWSFLGNILEEVNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRKEEKLNKKEEELKVAQTDG
:::::::..:::::.:.:::::::::.:.:.:..:. . .: ::: ...: : ...: :
CCDS30 CENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLMYVGHAVHYVRMEEKRKSREAE-ELGQQAG
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 VNVDMHLKQIEIKKFKYGIEEHGKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIYGFS
.: : .:: . : . : ...: :::::: :.::..:::.:.. ....:::
CCDS30 TNGGP--DQGSVKK-SSGSKGTKKFRLEGTLLRTYICHIIFKTLFEVGFIVGHYFLYGFR
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 LSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVSLVSLALNIIELFYVFFKGVKDRV
. .: :.: :::. ::::.::::::::::.::: :. ::: ::..:: .. .::... .
CCDS30 ILPLYRCSRWPCPNVVDCFVSRPTEKTIFILFMLSVASVSLFLNVMELGHLGLKGIRSAL
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 KGKSDPYHATSGALSPAKDCGSQKYAYFNGCSSPTAPLSPMSPPGYKLVTGDRNNSSCRN
:
CCDS30 KRPVEQPLGEIPEKSLHSIAVSSIQKAKGYQLLEEEKIVSHYFPLTEVGMVETSPLPAKP
240 250 260 270 280 290
>>CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 (358 aa)
initn: 938 init1: 538 opt: 883 Z-score: 997.2 bits: 193.2 E(32554): 3.2e-49
Smith-Waterman score: 921; 40.6% identity (69.9% similar) in 389 aa overlap (1-382:1-358)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSALGKLLDKVQAYSTAGGKVWLSVLFIFRILLLGTAVESAWGDEQSAFRCNTQQPG
::::: ::..:..:. .::. :::::.::::::.:.::::.::.:::::. :::.: :::
CCDS92 MGDWSFLGNFLEEVHKHSTVVGKVWLTVLFIFRMLVLGTAAESSWGDEQADFRCDTIQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB9 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRKEEKLNKKE-EELKVAQTD
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CCDS92 CQNVCYDQAFPISHIRYWVLQIIFVSTPSLVYMGHAMHTVRMQEKRKLREAERAKEVRGS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GVNVDMHLKQIEIKKFKYGIEEHGKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIYGF
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CCDS92 GSYEYPVAEKAELSCWEEG---NGRIALQGTLLNTYVCSILIRTTMEVGFIVGQYFIYGI
130 140 150 160 170
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pF1KB9 SLSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVSLVSLALNIIELFYVFFKGVKDR
:.....:.:.:::: :.:..::::::..::.:::.:. .:: :.. ::... .: ...:
CCDS92 FLTTLHVCRRSPCPHPVNCYVSRPTEKNVFIVFMLAVAALSLLLSLAELYHLGWKKIRQR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 -VKGKSDPYHATSGALSPAKDCGSQKYAYFNGCSSPTAPLSPM-SPPGYKLVTGDRNNSS
:: .. : .. :: . . . ..:. : . . . :: :. . ::
CCDS92 FVKPRQ---HMAKCQLS------GPSVGIVQSCTPPPDFNQCLENGPGGKFFNPFSNN--
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 CRNYNKQASEQNWANYSAEQNRMGQAGST----ISNSHAQPFDFPDDNQNSKKLAAGHEL
.::.:: : .:: : :: . :. ..: . :. .. ::.:
CCDS92 ------MASQQNTDNLVTEQVR-GQEQTPGEGFIQVRYGQKPEVPNG------VSPGHRL
290 300 310 320 330
360 370 380
pF1KB9 QPLAIVDQRPSSRASSRASSRPRPDDLEI
:.: :.:::.: : ::: .
CCDS92 PHGYHSDKRRLSKASSKA----RSDDLSV
340 350
>>CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 (543 aa)
initn: 846 init1: 512 opt: 847 Z-score: 954.0 bits: 185.8 E(32554): 8.1e-47
Smith-Waterman score: 847; 42.5% identity (73.1% similar) in 294 aa overlap (1-289:1-291)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSALGKLLDKVQAYSTAGGKVWLSVLFIFRILLLGTAVESAWGDEQSAFRCNTQQPG
::::. :: .:..:...:: ::.::..:::::.:.: .:.:..: :::::: :::.:::
CCDS50 MGDWNLLGGILEEVHSHSTIVGKIWLTILFIFRMLVLRVAAEDVWDDEQSAFACNTRQPG
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRKEEKLNKKEEELKVAQTDG
:.:.::: .:::: .::::::::::: :.:.:..:..: .: :: .... :: ..
CCDS50 CNNICYDDAFPISLIRFWVLQIIFVSSPSLVYMGHALYRLRAFEKDRQRKKSHLRAQMEN
70 80 90 100 110 120
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pF1KB9 VNVDMHLKQI---EIKKFKYGIEEHGKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIY
..:.. .: :..... . : :: ..: :::::.. :: .:..::.:.. :. .:
CCDS50 PDLDLEEQQRIDRELRRLEEQKRIH-KVPLKGCLLRTYVLHILTRSVLEVGFMIGQYILY
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 GFSLSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVSLVSLALNIIELFYVFFKGVK
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CCDS50 GFQMHPLYKCTQPPCPNAVDCFVSRPTEKTIFMLFMHSIAAISLLLNILEIFHLGIRKIM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 DRV--KGKSDPYHATSGALSPAKDCGSQKYAYFNGCSSPTAPLSPMSPPGYKLVTGDRNN
. :..:. . .: : . . .. ::: .::.. . . :
CCDS50 RTLYKKSSSEGIEDETGPPFHLKKYSVAQQCMI--CSSLPERISPLQANNQQQVIRVNVP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 SSCRNYNKQASEQNWANYSAEQNRMGQAGSTISNSHAQPFDFPDDNQNSKKLAAGHELQP
CCDS50 KSKTMWQIPQPRQLEVDPSNGKKDWSEKDQHSGQLHVHSPCPWAGSAGNQHLGQQSDHSS
300 310 320 330 340 350
>>CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 (515 aa)
initn: 816 init1: 483 opt: 832 Z-score: 937.4 bits: 182.6 E(32554): 6.8e-46
Smith-Waterman score: 850; 36.5% identity (69.6% similar) in 392 aa overlap (1-376:1-385)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSALGKLLDKVQAYSTAGGKVWLSVLFIFRILLLGTAVESAWGDEQSAFRCNTQQPG
::::. :: :..:. .:: ::.::..:::::.:.::.:.:..:.::::.: :::.:::
CCDS43 MGDWNLLGDTLEEVHIHSTMIGKIWLTILFIFRMLVLGVAAEDVWNDEQSGFICNTEQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB9 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRK-EEKLNKKEEELKVAQTD
:.:::::..:::: .:.::::.:::: :.:.:..:..: .: ::. .. . .:.: . .
CCDS43 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMKAQLRV-ELE
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GVNVDMHLKQIEIKKFKYGIEEH--GKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIY
:. .: . .... .:.. .:. .:: :: ::.: :. .:. ::.:.. :. .:
CCDS43 EVEFEMPRDRRRLEQELCQLEKRKLNKAPLRGTLLCTYVIHIFTRSVVEVGFMIGQYLLY
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:
CCDS92 SKKPV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]