Result of FASTA (omim) for
pF1KB9624
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9624, 358 aa
1>>>pF1KB9624 358 - 358 aa - 358 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0188+/-0.000308; mu= 11.3260+/- 0.019
mean_var=164.0636+/-33.323, 0's: 0 Z-trim(122.5): 114 B-trim: 663 in 1/55
Lambda= 0.100131
statistics sampled from 40675 (40795) to 40675 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.795), E-opt: 0.2 (0.478), width: 16
Scan time: 9.480
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_758527 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 is ( 306) 969 151.2 2.9e-36
XP_016877694 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox pr ( 306) 969 151.2 2.9e-36
NP_002390 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 is ( 381) 969 151.3 3.4e-36
XP_006720588 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox pr ( 393) 969 151.3 3.4e-36
NP_733774 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 is ( 394) 969 151.3 3.5e-36
XP_016859635 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 246) 953 148.8 1.2e-35
XP_005264382 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 325) 953 148.9 1.5e-35
NP_002389 (OMIM: 601739) homeobox protein Meis1 [H ( 390) 953 149.0 1.7e-35
XP_005264380 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 406) 953 149.0 1.8e-35
NP_733776 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 is ( 470) 910 142.8 1.4e-33
NP_001207411 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 ( 470) 910 142.8 1.4e-33
XP_016859633 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 321) 895 140.5 4.9e-33
XP_016859634 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 321) 895 140.5 4.9e-33
XP_005264381 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 400) 895 140.6 5.8e-33
XP_005264379 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 465) 895 140.7 6.4e-33
XP_005264378 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 481) 895 140.7 6.6e-33
XP_006720592 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox pr ( 255) 882 138.5 1.5e-32
XP_011519893 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox pr ( 331) 882 138.6 1.9e-32
XP_006720590 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox pr ( 331) 882 138.6 1.9e-32
NP_758526 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 is ( 388) 882 138.7 2.1e-32
XP_006720589 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox pr ( 389) 882 138.7 2.1e-32
XP_006720587 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox pr ( 400) 882 138.7 2.1e-32
NP_733777 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 is ( 401) 882 138.7 2.1e-32
XP_006720586 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox pr ( 476) 882 138.8 2.4e-32
NP_733775 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 is ( 477) 882 138.8 2.4e-32
XP_016859632 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 352) 822 130.0 7.9e-30
XP_016859631 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 417) 822 130.1 8.9e-30
XP_016859630 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox pr ( 433) 822 130.1 9.1e-30
XP_006718957 (OMIM: 613066) PREDICTED: homeobox pr ( 339) 367 64.3 4.7e-10
XP_011541249 (OMIM: 613066) PREDICTED: homeobox pr ( 339) 367 64.3 4.7e-10
XP_016873600 (OMIM: 613066) PREDICTED: homeobox pr ( 339) 367 64.3 4.7e-10
XP_005271700 (OMIM: 613066) PREDICTED: homeobox pr ( 443) 367 64.4 5.7e-10
XP_011541247 (OMIM: 613066) PREDICTED: homeobox pr ( 472) 367 64.4 5.9e-10
XP_011541246 (OMIM: 613066) PREDICTED: homeobox pr ( 472) 367 64.4 5.9e-10
XP_016873599 (OMIM: 613066) PREDICTED: homeobox pr ( 472) 367 64.4 5.9e-10
XP_005271699 (OMIM: 613066) PREDICTED: homeobox pr ( 472) 367 64.4 5.9e-10
NP_071345 (OMIM: 613066) homeobox protein PKNOX2 [ ( 472) 367 64.4 5.9e-10
NP_001273187 (OMIM: 602100) homeobox protein PKNOX ( 319) 352 62.1 2e-09
NP_001307623 (OMIM: 602100) homeobox protein PKNOX ( 435) 352 62.2 2.5e-09
NP_004562 (OMIM: 602100) homeobox protein PKNOX1 i ( 436) 352 62.2 2.5e-09
NP_620410 (OMIM: 300411) homeobox protein TGIF2LX ( 241) 263 49.1 1.2e-05
NP_631960 (OMIM: 400025) homeobox protein TGIF2LY ( 185) 257 48.1 1.9e-05
NP_001186442 (OMIM: 607294) homeobox protein TGIF2 ( 237) 257 48.2 2.2e-05
NP_001186443 (OMIM: 607294) homeobox protein TGIF2 ( 237) 257 48.2 2.2e-05
NP_068581 (OMIM: 607294) homeobox protein TGIF2 [H ( 237) 257 48.2 2.2e-05
NP_001186444 (OMIM: 607294) homeobox protein TGIF2 ( 237) 257 48.2 2.2e-05
NP_775299 (OMIM: 142946,602630) homeobox protein T ( 286) 246 46.7 7.6e-05
NP_001265615 (OMIM: 142946,602630) homeobox protei ( 252) 239 45.6 0.00014
NP_775303 (OMIM: 142946,602630) homeobox protein T ( 252) 239 45.6 0.00014
NP_777480 (OMIM: 142946,602630) homeobox protein T ( 252) 239 45.6 0.00014
>>NP_758527 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 isofor (306 aa)
initn: 793 init1: 638 opt: 969 Z-score: 772.1 bits: 151.2 E(85289): 2.9e-36
Smith-Waterman score: 1322; 65.9% identity (82.8% similar) in 314 aa overlap (69-358:1-306)
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 RPPQPLPPGLDSDGLKRDKDEIYGHPLFPLLALVFEKCELATCSPRDGAGAGLGTPRGGD
.::::::::::::.::. . : :::
NP_758 MALVFEKCELATCTPREPGVA------GGD
10 20
100 110 120 130 140
pF1KB9 VCSSDSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEK---------
:::::::::: ..::::::.:.:.:::::::::::::::::::::::::::
NP_758 VCSSDSFNEDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFC
30 40 50 60 70 80
150 160 170 180 190
pF1KB9 --------GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPDQN-NIWIRDHEDSGSVH-LG
:::::::::..:::. . : :. .: .: :.: . : :::.:. :.: :
NP_758 HRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSW-RDHDDATSTHSAG
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 TPGPSSGGLASQSGDNSSDQGVGLDTSVASPSSGGEDEDLDQEPRRNKKRGIFPKVATNI
:::::::: :::::::::.:: :::.:::::..: .:.: :.. .:.:::::::::::::
NP_758 TPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTG-DDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNI
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 MRAWLFQHLWHPYPSEEQKKQLVQDTGLTILQVNNWFINARRRMVQPMIDQSNR-IGQGA
::::::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::: ..:::
NP_758 MRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGA
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350
pF1KB9 AFSPEGQPIGGYT-ETEPHVAFRP--PAS-VGMSLNLEGEWHYL
:.::::::.:... . . :...:: : : .::.....:.:::.
NP_758 AYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
270 280 290 300
>>XP_016877694 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox protei (306 aa)
initn: 793 init1: 638 opt: 969 Z-score: 772.1 bits: 151.2 E(85289): 2.9e-36
Smith-Waterman score: 1322; 65.9% identity (82.8% similar) in 314 aa overlap (69-358:1-306)
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 RPPQPLPPGLDSDGLKRDKDEIYGHPLFPLLALVFEKCELATCSPRDGAGAGLGTPRGGD
.::::::::::::.::. . : :::
XP_016 MALVFEKCELATCTPREPGVA------GGD
10 20
100 110 120 130 140
pF1KB9 VCSSDSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEK---------
:::::::::: ..::::::.:.:.:::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VCSSDSFNEDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFC
30 40 50 60 70 80
150 160 170 180 190
pF1KB9 --------GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPDQN-NIWIRDHEDSGSVH-LG
:::::::::..:::. . : :. .: .: :.: . : :::.:. :.: :
XP_016 HRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSW-RDHDDATSTHSAG
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 TPGPSSGGLASQSGDNSSDQGVGLDTSVASPSSGGEDEDLDQEPRRNKKRGIFPKVATNI
:::::::: :::::::::.:: :::.:::::..: .:.: :.. .:.:::::::::::::
XP_016 TPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTG-DDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNI
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 MRAWLFQHLWHPYPSEEQKKQLVQDTGLTILQVNNWFINARRRMVQPMIDQSNR-IGQGA
::::::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::: ..:::
XP_016 MRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGA
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350
pF1KB9 AFSPEGQPIGGYT-ETEPHVAFRP--PAS-VGMSLNLEGEWHYL
:.::::::.:... . . :...:: : : .::.....:.:::.
XP_016 AYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
270 280 290 300
>>NP_002390 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 isofor (381 aa)
initn: 953 init1: 638 opt: 969 Z-score: 770.9 bits: 151.3 E(85289): 3.4e-36
Smith-Waterman score: 1481; 62.7% identity (78.3% similar) in 383 aa overlap (18-358:7-381)
10 20 30 40
pF1KB9 MARRYDELPHYPSIADGPAALAGFPEAV-PAAP------GP-------YGPHRP-PQPLP
::.. : :.: : : :: :: : : :. .:
NP_002 MDGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPNVMP
10 20 30 40
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 PGLDS---DGLKRDKDEIYGHPLFPLLALVFEKCELATCSPRDGAGAGLGTPRGGDVCSS
.. : :.:::::: ::::::::::::::::::::::.::. . :: ::::::
NP_002 ASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVAG------GDVCSS
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140
pF1KB9 DSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEK-------------
:::::: ..::::::.:.:.:::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DSFNEDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYI
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 ----GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPDQN-NIWIRDHEDSGSVH-LGTPGP
:::::::::..:::. . : :. .: .: :.: . : :::.:. :.: :::::
NP_002 SCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSW-RDHDDATSTHSAGTPGP
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 SSGGLASQSGDNSSDQGVGLDTSVASPSSGGEDEDLDQEPRRNKKRGIFPKVATNIMRAW
:::: :::::::::.:: :::.:::::..: .:.: :.. .:.:::::::::::::::::
NP_002 SSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTG-DDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAW
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 LFQHLWHPYPSEEQKKQLVQDTGLTILQVNNWFINARRRMVQPMIDQSNR-IGQGAAFSP
::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::: ..::::.::
NP_002 LFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSP
290 300 310 320 330 340
330 340 350
pF1KB9 EGQPIGGYT-ETEPHVAFRP--PAS-VGMSLNLEGEWHYL
::::.:... . . :...:: : : .::.....:.:::.
NP_002 EGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
350 360 370 380
>>XP_006720588 (OMIM: 601740) PREDICTED: homeobox protei (393 aa)
initn: 994 init1: 638 opt: 969 Z-score: 770.7 bits: 151.3 E(85289): 3.4e-36
Smith-Waterman score: 1524; 62.4% identity (77.9% similar) in 399 aa overlap (5-358:4-393)
10 20 30 40
pF1KB9 MARRYDELPHYPSIADG---PAALAGFPEAV-PAAP------GP-------YGPHRP-PQ
::::::: .. :: ::.. : :.: : : :: :: : : :.
XP_006 MFLYDELPHYGGM-DGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPN
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB9 PLPPGLDS---DGLKRDKDEIYGHPLFPLLALVFEKCELATCSPRDGAGAGLGTPRGGDV
.: .. : :.:::::: ::::::::::::::::::::::.::. . :: :::
XP_006 VMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVAG------GDV
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140
pF1KB9 CSSDSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEK----------
::::::::: ..::::::.:.:.:::::::::::::::::::::::::::
XP_006 CSSDSFNEDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCH
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 -------GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPDQN-NIWIRDHEDSGSVH-LGT
:::::::::..:::. . : :. .: .: :.: . : :::.:. :.: ::
XP_006 RYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSW-RDHDDATSTHSAGT
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 PGPSSGGLASQSGDNSSDQGVGLDTSVASPSSGGEDEDLDQEPRRNKKRGIFPKVATNIM
::::::: :::::::::.:: :::.:::::..: .:.: :.. .:.::::::::::::::
XP_006 PGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTG-DDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIM
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KB9 RAWLFQHLWHPYPSEEQKKQLVQDTGLTILQVNNWFINARRRMVQPMIDQSNR-IGQGAA
:::::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::: ..::::
XP_006 RAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGAA
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350
pF1KB9 FSPEGQPIGGYT-ETEPHVAFRP--PAS-VGMSLNLEGEWHYL
.::::::.:... . . :...:: : : .::.....:.:::.
XP_006 YSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
360 370 380 390
>>NP_733774 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 isofor (394 aa)
initn: 1014 init1: 638 opt: 969 Z-score: 770.7 bits: 151.3 E(85289): 3.5e-36
Smith-Waterman score: 1544; 62.5% identity (78.2% similar) in 403 aa overlap (1-358:1-394)
10 20 30 40
pF1KB9 MARRYDELPHYPSIADG---PAALAGFPEAV-PAAP------GP-------YGPHRP-PQ
::.:::::::: .. :: ::.. : :.: : : :: :: : : :.
NP_733 MAQRYDELPHYGGM-DGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPN
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB9 PLPPGLDS---DGLKRDKDEIYGHPLFPLLALVFEKCELATCSPRDGAGAGLGTPRGGDV
.: .. : :.:::::: ::::::::::::::::::::::.::. . :: :::
NP_733 VMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVAG------GDV
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140
pF1KB9 CSSDSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEK----------
::::::::: ..::::::.:.:.:::::::::::::::::::::::::::
NP_733 CSSDSFNEDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCH
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 -------GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPDQN-NIWIRDHEDSGSVH-LGT
:::::::::..:::. . : :. .: .: :.: . : :::.:. :.: ::
NP_733 RYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSW-RDHDDATSTHSAGT
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 PGPSSGGLASQSGDNSSDQGVGLDTSVASPSSGGEDEDLDQEPRRNKKRGIFPKVATNIM
::::::: :::::::::.:: :::.:::::..: .:.: :.. .:.::::::::::::::
NP_733 PGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTG-DDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIM
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KB9 RAWLFQHLWHPYPSEEQKKQLVQDTGLTILQVNNWFINARRRMVQPMIDQSNR-IGQGAA
:::::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::: ..::::
NP_733 RAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGAA
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350
pF1KB9 FSPEGQPIGGYT-ETEPHVAFRP--PAS-VGMSLNLEGEWHYL
.::::::.:... . . :...:: : : .::.....:.:::.
NP_733 YSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQWHYM
360 370 380 390
>>XP_016859635 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox protei (246 aa)
initn: 972 init1: 489 opt: 953 Z-score: 760.8 bits: 148.8 E(85289): 1.2e-35
Smith-Waterman score: 1007; 63.1% identity (81.5% similar) in 249 aa overlap (133-358:1-246)
110 120 130 140
pF1KB9 DSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEK-------------
:::::::::::::::::
XP_016 MIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYI
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 ----GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPDQNNIWIRDHEDSGSVHLG-TPGPS
:::::::::.::.:: . : :: : .: :: . : :::.:..:.. : :::::
XP_016 SCLKGKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDITRSA-NLTDQPS-WNRDHDDTASTRSGGTPGPS
40 50 60 70 80
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 SGGLASQSGDNSSDQGVGLDTSVASPSSGGEDEDLDQEPRRNKKRGIFPKVATNIMRAWL
::: .:.::::::.:: :::.::::::.: .:.: :.. .:.::::::::::::::::::
XP_016 SGGHTSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTG-DDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWL
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270 280 290 300 310 320
pF1KB9 FQHLWHPYPSEEQKKQLVQDTGLTILQVNNWFINARRRMVQPMIDQSNR-IGQGAAFSPE
:::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::: ..::. ..:.
XP_016 FQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGTPYNPD
150 160 170 180 190 200
330 340 350
pF1KB9 GQPIGGYT-ETEPHVAFRPP---ASVGMSLNLEGEWHYL
:::.::.. . . :...: : ...::....::.:::.
XP_016 GQPMGGFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
210 220 230 240
>>XP_005264382 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox protei (325 aa)
initn: 1181 init1: 489 opt: 953 Z-score: 759.2 bits: 148.9 E(85289): 1.5e-35
Smith-Waterman score: 1350; 63.1% identity (82.0% similar) in 333 aa overlap (50-358:2-325)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 ALAGFPEAVPAAPGPYGPHRPPQPLPPGLDSDGLKRDKDEIYG-HPLFPLLALVFEKCEL
..::. . .. : :::::::::.::::::
XP_005 MAQGLRLQGSRRKGRHPLFPLLALIFEKCEL
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB9 ATCSPRDGAGAGLGTPRGGDVCSSDSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQ
:::.::. . :: ::::::.::::: ..::::.:.:.:.::::::::::::::::
XP_005 ATCTPREPGVAG------GDVCSSESFNEDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQ
40 50 60 70 80
140 150 160 170 180
pF1KB9 VLRFHLLELEK-----------------GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPD
::::::::::: :::::::::.::.:: . : :: : .: :
XP_005 VLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDITRSA-NLTD
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: . : :::.:..:.. : :::::::: .:.::::::.:: :::.::::::.: .:.: :
XP_005 QPS-WNRDHDDTASTRSGGTPGPSSGGHTSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTG-DDDDPD
150 160 170 180 190 200
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.. .:.:::::::::::::::::::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::
XP_005 KDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINAR
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350
pF1KB9 RRMVQPMIDQSNR-IGQGAAFSPEGQPIGGYT-ETEPHVAFRPP---ASVGMSLNLEGEW
::.:::::::::: ..::. ..:.:::.::.. . . :...: : ...::....::.:
XP_005 RRIVQPMIDQSNRAVSQGTPYNPDGQPMGGFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQW
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 HYL
::.
XP_005 HYM
>>NP_002389 (OMIM: 601739) homeobox protein Meis1 [Homo (390 aa)
initn: 1238 init1: 489 opt: 953 Z-score: 758.2 bits: 149.0 E(85289): 1.7e-35
Smith-Waterman score: 1490; 59.8% identity (78.2% similar) in 400 aa overlap (1-358:1-390)
10 20 30 40
pF1KB9 MARRYDELPHYPSIADG---PAALAGFPEAV----PAAPGPYGP----HRPPQP-----L
::.:::.:::: .. :: :... : :.:. :. .:: :. :. .
NP_002 MAQRYDDLPHYGGM-DGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQYPHTAHTNAM
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 PPGLDS---DGLKRDKDEIYGHPLFPLLALVFEKCELATCSPRDGAGAGLGTPRGGDVCS
:.. : :.:::::: ::::::::::::.:::::::::.::. . :: :::::
NP_002 APSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAG------GDVCS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140
pF1KB9 SDSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEK------------
:.::::: ..::::.:.:.:.:::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SESFNEDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRY
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 -----GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPDQNNIWIRDHEDSGSVHLG-TPGP
:::::::::.::.:: . : :: : .: :: . : :::.:..:.. : ::::
NP_002 ISCLKGKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDITRSA-NLTDQPS-WNRDHDDTASTRSGGTPGP
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 SSGGLASQSGDNSSDQGVGLDTSVASPSSGGEDEDLDQEPRRNKKRGIFPKVATNIMRAW
:::: .:.::::::.:: :::.::::::.: .:.: :.. .:.:::::::::::::::::
NP_002 SSGGHTSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTG-DDDDPDKDKKRHKKRGIFPKVATNIMRAW
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 LFQHLWHPYPSEEQKKQLVQDTGLTILQVNNWFINARRRMVQPMIDQSNR-IGQGAAFSP
::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::: ..::. ..:
NP_002 LFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGTPYNP
300 310 320 330 340 350
330 340 350
pF1KB9 EGQPIGGYT-ETEPHVAFRPP---ASVGMSLNLEGEWHYL
.:::.::.. . . :...: : ...::....::.:::.
NP_002 DGQPMGGFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
360 370 380 390
>>XP_005264380 (OMIM: 601739) PREDICTED: homeobox protei (406 aa)
initn: 1218 init1: 489 opt: 953 Z-score: 758.0 bits: 149.0 E(85289): 1.8e-35
Smith-Waterman score: 1470; 59.6% identity (78.0% similar) in 396 aa overlap (5-358:21-406)
10 20 30
pF1KB9 MARRYDELPHYPSIADG---PAALAGFPEAV----PAAPGPYGP
::.:::: .. :: :... : :.:. :. .::
XP_005 MAQRRKMESCAFAFEFALNLYDDLPHYGGM-DGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGP
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80
pF1KB9 ----HRPPQP-----LPPGLDS---DGLKRDKDEIYGHPLFPLLALVFEKCELATCSPRD
:. :. . :.. : :.:::::: ::::::::::::.:::::::::.::.
XP_005 PLHSHQYPHTAHTNAMAPSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPRE
60 70 80 90 100 110
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pF1KB9 GAGAGLGTPRGGDVCSSDSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLL
. :: ::::::.::::: ..::::.:.:.:.:::::::::::::::::::::::
XP_005 PGVAG------GDVCSSESFNEDIAVFAKQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLL
120 130 140 150 160 170
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pF1KB9 ELEK-----------------GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPDQNNIWIR
:::: :::::::::.::.:: . : :: : .: :: . : :
XP_005 ELEKVHELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDDREGGSKSDSEDITRSA-NLTDQPS-WNR
180 190 200 210 220 230
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pF1KB9 DHEDSGSVHLG-TPGPSSGGLASQSGDNSSDQGVGLDTSVASPSSGGEDEDLDQEPRRNK
::.:..:.. : :::::::: .:.::::::.:: :::.::::::.: .:.: :.. .:.:
XP_005 DHDDTASTRSGGTPGPSSGGHTSHSGDNSSEQGDGLDNSVASPSTG-DDDDPDKDKKRHK
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pF1KB9 KRGIFPKVATNIMRAWLFQHLWHPYPSEEQKKQLVQDTGLTILQVNNWFINARRRMVQPM
::::::::::::::::::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::
XP_005 KRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPM
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350
pF1KB9 IDQSNR-IGQGAAFSPEGQPIGGYT-ETEPHVAFRPP---ASVGMSLNLEGEWHYL
:::::: ..::. ..:.:::.::.. . . :...: : ...::....::.:::.
XP_005 IDQSNRAVSQGTPYNPDGQPMGGFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM
360 370 380 390 400
>>NP_733776 (OMIM: 601740) homeobox protein Meis2 isofor (470 aa)
initn: 940 init1: 638 opt: 910 Z-score: 723.6 bits: 142.8 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1485; 63.7% identity (78.1% similar) in 383 aa overlap (1-341:1-374)
10 20 30 40
pF1KB9 MARRYDELPHYPSIADG---PAALAGFPEAV-PAAP------GP-------YGPHRP-PQ
::.:::::::: .. :: ::.. : :.: : : :: :: : : :.
NP_733 MAQRYDELPHYGGM-DGVGVPASMYGDPHAPRPIPPVHHLNHGPPLHATQHYGAHAPHPN
10 20 30 40 50
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pF1KB9 PLPPGLDS---DGLKRDKDEIYGHPLFPLLALVFEKCELATCSPRDGAGAGLGTPRGGDV
.: .. : :.:::::: ::::::::::::::::::::::.::. . : ::::
NP_733 VMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPREPGVA------GGDV
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pF1KB9 CSSDSFNEDNTAFAKQVRSERPFFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEK----------
::::::::: ..::::::.:.:.:::::::::::::::::::::::::::
NP_733 CSSDSFNEDIAVFAKQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCH
120 130 140 150 160 170
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pF1KB9 -------GKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDYPASCLSLPDQN-NIWIRDHEDSGSVH-LGT
:::::::::..:::. . : :. .: .: :.: . : :::.:. :.: ::
NP_733 RYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSW-RDHDDATSTHSAGT
180 190 200 210 220 230
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pF1KB9 PGPSSGGLASQSGDNSSDQGVGLDTSVASPSSGGEDEDLDQEPRRNKKRGIFPKVATNIM
::::::: :::::::::.:: :::.:::::..: .:.: :.. .:.::::::::::::::
NP_733 PGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTG-DDDDPDKDKKRQKKRGIFPKVATNIM
240 250 260 270 280 290
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pF1KB9 RAWLFQHLWHPYPSEEQKKQLVQDTGLTILQVNNWFINARRRMVQPMIDQSNR-IGQGAA
:::::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::: ..::::
NP_733 RAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQGAA
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350
pF1KB9 FSPEGQPIGGYT-ETEPHVAFRPPASVGMSLNLEGEWHYL
.::::::.:... . . :...::
NP_733 YSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGLQSMPGDYVSQGGPMGMSMAQPSYTPPQMTPHPTQ
360 370 380 390 400 410
358 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 17:46:51 2016 done: Fri Nov 4 17:46:53 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]