Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9610
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9610, 523 aa
1>>>pF1KB9610 523 - 523 aa - 523 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1927+/-0.000911; mu= 6.1546+/- 0.055
mean_var=174.3897+/-34.284, 0's: 0 Z-trim(111.7): 28 B-trim: 8 in 1/53
Lambda= 0.097121
statistics sampled from 12548 (12570) to 12548 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.386), width: 16
Scan time: 2.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8302.1 KDM4D gene_id:55693|Hs108|chr11 ( 523) 3644 522.8 3.7e-148
CCDS44713.1 KDM4E gene_id:390245|Hs108|chr11 ( 506) 2197 320.0 3.9e-87
CCDS12138.1 KDM4B gene_id:23030|Hs108|chr19 (1096) 1909 279.9 1e-74
CCDS55286.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 ( 813) 1734 255.3 1.9e-67
CCDS55285.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 ( 835) 1734 255.3 2e-67
CCDS6471.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 (1056) 1734 255.4 2.4e-67
CCDS491.1 KDM4A gene_id:9682|Hs108|chr1 (1064) 1713 252.4 1.8e-66
CCDS78379.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 ( 151) 632 100.4 1.5e-21
CCDS41736.1 KDM5A gene_id:5927|Hs108|chr12 (1690) 494 81.8 6.9e-15
CCDS55555.1 KDM5D gene_id:8284|Hs108|chrY (1570) 489 81.1 1.1e-14
CCDS55417.1 KDM5C gene_id:8242|Hs108|chrX (1379) 466 77.8 8.9e-14
CCDS65269.1 KDM5C gene_id:8242|Hs108|chrX (1559) 466 77.8 9.8e-14
CCDS14351.1 KDM5C gene_id:8242|Hs108|chrX (1560) 466 77.8 9.9e-14
CCDS55554.1 KDM5D gene_id:8284|Hs108|chrY (1482) 461 77.1 1.5e-13
CCDS14794.1 KDM5D gene_id:8284|Hs108|chrY (1539) 461 77.1 1.6e-13
CCDS30974.1 KDM5B gene_id:10765|Hs108|chr1 (1544) 446 75.0 6.8e-13
CCDS81417.1 KDM5B gene_id:10765|Hs108|chr1 (1580) 446 75.0 6.9e-13
>>CCDS8302.1 KDM4D gene_id:55693|Hs108|chr11 (523 aa)
initn: 3644 init1: 3644 opt: 3644 Z-score: 2773.3 bits: 522.8 E(32554): 3.7e-148
Smith-Waterman score: 3644; 100.0% identity (100.0% similar) in 523 aa overlap (1-523:1-523)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 METMKSKANCAQNPNCNIMIFHPTKEEFNDFDKYIAYMESQGAHRAGLAKIIPPKEWKAR
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CCDS83 METMKSKANCAQNPNCNIMIFHPTKEEFNDFDKYIAYMESQGAHRAGLAKIIPPKEWKAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 ETYDNISEILIATPLQQVASGRAGVFTQYHKKKKAMTVGEYRHLANSKKYQTPPHQNFED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ETYDNISEILIATPLQQVASGRAGVFTQYHKKKKAMTVGEYRHLANSKKYQTPPHQNFED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LERKYWKNRIYNSPIYGADISGSLFDENTKQWNLGHLGTIQDLLEKECGVVIEGVNTPYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LERKYWKNRIYNSPIYGADISGSLFDENTKQWNLGHLGTIQDLLEKECGVVIEGVNTPYL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHLGEPKTWYVVPPEHGQRLERLARELFPGSSRGCGA
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CCDS83 YFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHLGEPKTWYVVPPEHGQRLERLARELFPGSSRGCGA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 FLRHKVALISPTVLKENGIPFNRITQEAGEFMVTFPYGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FLRHKVALISPTVLKENGIPFNRITQEAGEFMVTFPYGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRW
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 IDYGKMASQCSCGEARVTFSMDAFVRILQPERYDLWKRGQDRAVVDHMEPRVPASQELST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 IDYGKMASQCSCGEARVTFSMDAFVRILQPERYDLWKRGQDRAVVDHMEPRVPASQELST
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 QKEVQLPRRAALGLRQLPSHWARHSPWPMAARSGTRCHTLVCSSLPRRSAVSGTATQPRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 QKEVQLPRRAALGLRQLPSHWARHSPWPMAARSGTRCHTLVCSSLPRRSAVSGTATQPRA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 AAVHSSKKPSSTPSSTPGPSAQIIHPSNGRRGRGRPPQKLRAQELTLQTPAKRPLLAGTT
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CCDS83 AAVHSSKKPSSTPSSTPGPSAQIIHPSNGRRGRGRPPQKLRAQELTLQTPAKRPLLAGTT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB9 CTASGPEPEPLPEDGALMDKPVPLSPGLQHPVKASGCSWAPVP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 CTASGPEPEPLPEDGALMDKPVPLSPGLQHPVKASGCSWAPVP
490 500 510 520
>>CCDS44713.1 KDM4E gene_id:390245|Hs108|chr11 (506 aa)
initn: 2261 init1: 2123 opt: 2197 Z-score: 1677.8 bits: 320.0 E(32554): 3.9e-87
Smith-Waterman score: 2219; 67.6% identity (80.3% similar) in 513 aa overlap (4-494:1-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 METMKSKANCAQNPNCNIMIFHPTKEEFNDFDKYIAYMESQGAHRAGLAKIIPPKEWKAR
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CCDS44 MKSVHSSPQNTSHTIMTFYPTMEEFADFNTYVAYMESQGAHQAGLAKVIPPKEWKAR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 ETYDNISEILIATPLQQVASGRAGVFTQYHKKKKAMTVGEYRHLANSKKYQTPPHQNFED
. ::.: .::::::::::.::..::::::::::::: ::.::.::::::::::::::: :
CCDS44 QMYDDIEDILIATPLQQVTSGQGGVFTQYHKKKKAMRVGQYRRLANSKKYQTPPHQNFAD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LERKYWKNRIYNSPIYGADISGSLFDENTKQWNLGHLGTIQDLLEKECGVVIEGVNTPYL
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CCDS44 LEQRYWKSHPGNPPIYGADISGSLFEESTKQWNLGHLGTILDLLEQECGVVIEGVNTPYL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHLGEPKTWYVVPPEHGQRLERLARELFPGSSRGCGA
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CCDS44 YFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKTWYVVPPEHGQHLERLARELFPDISRGCEA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 FLRHKVALISPTVLKENGIPFNRITQEAGEFMVTFPYGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRW
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CCDS44 FLRHKVALISPTVLKENGIPFNCMTQEAGEFMVTFPYGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRW
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 IDYGKMASQCSCGEARVTFSMDAFVRILQPERYDLWKRGQDRAVVDHMEPRVPASQELST
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CCDS44 IDYGKMASQCSCGESTVTFSMDPFVRIVQPESYELWKHRQDLAIVEHTEPRVAESQELSN
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KB9 QKEVQLPRRAALGLRQLPSHWARHSPWPMAARSGTRCHTLV-CSSLPRRSAVSGTATQPR
.. . :::::::: ::. :. :.. :: .:.. :.. .:: :.: :
CCDS44 WRDDIVLRRAALGLRLLPNLTAQCPTQPVS--SG-HCYNPKGCGT----DAVPGSAFQ--
360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KB9 AAAVHSSKKPSSTPSSTPGPSAQIIHPSNGR----RGRGRPP----------------QK
..: :.. : : : : ::... ::.: ::::: ..
CCDS44 SSAYHTQ-----TQSLTLGMSARVLLPSTGSWGSGRGRGRGQGQGRGCSRGRGHGCCTRE
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 LRAQELTLQTPAKRPLLAGTTCTASGPEPE-PLPEDGALMDKPVPLSPGLQHPVKASGCS
: ..: :.: .:: :: :: :.: .:. :: .:
CCDS44 LGTEEPTVQPASKRRLLMGTRSRAQGHRPQLPLANDLMTNLSL
470 480 490 500
520
pF1KB9 WAPVP
>>CCDS12138.1 KDM4B gene_id:23030|Hs108|chr19 (1096 aa)
initn: 1962 init1: 1882 opt: 1909 Z-score: 1454.9 bits: 279.9 E(32554): 1e-74
Smith-Waterman score: 1929; 54.8% identity (74.9% similar) in 546 aa overlap (4-515:1-539)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 METMKSKANCAQNPNCNIMIFHPTKEEFNDFDKYIAYMESQGAHRAGLAKIIPPKEWKAR
: :. . ::::.:.:: :.:: :::.::.::.::.:::::::::::::::::::: :
CCDS12 MGSEDHGAQNPSCKIMTFRPTMEEFKDFNKYVAYIESQGAHRAGLAKIIPPKEWKPR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 ETYDNISEILIATPLQQVASGRAGVFTQYHKKKKAMTVGEYRHLANSKKYQTPPHQNFED
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CCDS12 QTYDDIDDVVIPAPIQQVVTGQSGLFTQYNIQKKAMTVGEYRRLANSEKYCTPRHQDFDD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LERKYWKNRIYNSPIYGADISGSLFDENTKQWNLGHLGTIQDLLEKECGVVIEGVNTPYL
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CCDS12 LERKYWKNLTFVSPIYGADISGSLYDDDVAQWNIGSLRTILDMVERECGTIIEGVNTPYL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHLGEPKTWYVVPPEHGQRLERLARELFPGSSRGCGA
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CCDS12 YFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKSWYAIPPEHGKRLERLAIGFFPGSSQGCDA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 FLRHKVALISPTVLKENGIPFNRITQEAGEFMVTFPYGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRW
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CCDS12 FLRHKMTLISPIILKKYGIPFSRITQEAGEFMITFPYGYHAGFNHGFNCAESTNFATLRW
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 IDYGKMASQCSCGEARVTFSMDAFVRILQPERYDLWKRGQDRAVVDHMEPRVPASQELST
:::::.:.::.: . : .:::.::::::::::.:::.:.: .:.:: .: . .: :::.
CCDS12 IDYGKVATQCTCRKDMVKISMDVFVRILQPERYELWKQGKDLTVLDHTRPTALTSPELSS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KB9 QKEVQLPRRAALGLRQLPSHWARHSPW------PMAARSGTRCHTLVCSSLPRRSAVSGT
. . .: : ::. :: : .: : :: .:. . . .:
CCDS12 WSASRASLKAKL-LRR--SHRKRSQPKKPKPEDPKFPGEGTAGAALLEEAGGSVKEEAGP
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450
pF1KB9 ATQPRAAAVHSSKKPSSTPSSTPGPSAQ-----IIHPSNGRRGRGR------------PP
..:. . ..:. : . . .:. ..:.... : . ::
CCDS12 EVDPE----EEEEEPQPLPHGREAEGAEEDGRGKLRPTKAKSERKKKSFGLLPPQLPPPP
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KB9 QKLRAQE-LTLQTPAKRPLLA-GTTCTASGPEPEPL----PE--DGALMDKPVPLSPGLQ
.. ..: : : .: . :.:. : . .: : :: :: . : :: :. : :
CCDS12 AHFPSEEALWLPSPLEPPVLGPGPAAMEESPLPAPLNVVPPEVPSEELEAKPRPIIPMLY
480 490 500 510 520 530
510 520
pF1KB9 ---HPVKASGCSWAPVP
.: ::.
CCDS12 VVPRPGKAAFNQEHVSCQQAFEHFAQKGPTWKEPVSPMELTGPEDGAASSGAGRMETKAR
540 550 560 570 580 590
>>CCDS55286.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 (813 aa)
initn: 1728 init1: 1728 opt: 1734 Z-score: 1324.3 bits: 255.3 E(32554): 1.9e-67
Smith-Waterman score: 1741; 51.2% identity (74.4% similar) in 516 aa overlap (13-523:11-511)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 METMKSKANCAQNPNCNIMIFHPTKEEFNDFDKYIAYMESQGAHRAGLAKIIPPKEWKAR
::.:.:: :.:. ::: .:.::.:::::.:::::::::.::::::: :
CCDS55 MEVAEVESPLNPSCKIMTFRPSMEEFREFNKYLAYMESKGAHRAGLAKVIPPKEWKPR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 ETYDNISEILIATPLQQVASGRAGVFTQYHKKKKAMTVGEYRHLANSKKYQTPPHQNFED
. ::.:...:: .:.::...:..:.::::. .:::::: :.:.:::: :: :: . ..::
CCDS55 QCYDDIDNLLIPAPIQQMVTGQSGLFTQYNIQKKAMTVKEFRQLANSGKYCTPRYLDYED
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LERKYWKNRIYNSPIYGADISGSLFDENTKQWNLGHLGTIQDLLEKECGVVIEGVNTPYL
:::::::: . .:::::::.::..::.. .::...:.:. :..:.:::. :::::::::
CCDS55 LERKYWKNLTFVAPIYGADINGSIYDEGVDEWNIARLNTVLDVVEEECGISIEGVNTPYL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHLGEPKTWYVVPPEHGQRLERLARELFPGSSRGCGA
:::::::::::::::::::::::::.::::.::..:::::.::::::. .::.::.:: :
CCDS55 YFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKSWYAIPPEHGKRLERLAQGFFPSSSQGCDA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 FLRHKVALISPTVLKENGIPFNRITQEAGEFMVTFPYGYHAGFNHGFNCAEAINFATPRW
:::::..::::.:::. ::::..:::::::::.::::::::::::::::::. :::: ::
CCDS55 FLRHKMTLISPSVLKKYGIPFDKITQEAGEFMITFPYGYHAGFNHGFNCAESTNFATVRW
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 IDYGKMASQCSCGEARVTFSMDAFVRILQPERYDLWKRGQDRAVVDHMEPRVPASQELST
:::::.:. :.: . : .::: ::: .::.::.:::.:.: ..:: .: .::: .
CCDS55 IDYGKVAKLCTCRKDMVKISMDIFVRKFQPDRYQLWKQGKDIYTIDHTKP-TPAS---TP
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KB9 QKEVQLPRRAALGLRQLPSHWARH-SPWPMAARSGTRCHTLVCSSLPRRSAVSGT--ATQ
. .. : :: . . . :: : : : . . . .: ..:. ...
CCDS55 EVKAWLQRRRKVRKASRSFQCARSTSKRPKADEEEEVSDEVDGAEVPNPDSVTDDLKVSE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 PRAAAVHSSKKPSSTPSSTPGPSAQIIHPSNGRRGRGRPPQKLRAQELTLQTPAKRPLLA
:::. . .:. . . :. . . . :: .. :.: . . .
CCDS55 KSEAAVKLRNTEASSEEESSASRMQVEQNLSDH-------IKLSGNS-CLSTSVTEDI--
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KB9 GTTCTASGPEPEPLPEDGALMDKPVPLSPGLQHPVKA--SGCSWAPVP
: .. . .: .. : .::: : ..: :. : :: :
CCDS55 -KTEDDKAYAYRSVPSISSEADDSIPLSSGYEKPEKSDPSELSWPKSPESCSSVAESNGV
470 480 490 500 510 520
CCDS55 LTEGEESDVESHGNGLEPGEIPAVPSGERNSFKVPSIAEGENKTSKSWRHPLSRPPARSP
530 540 550 560 570 580
>>CCDS55285.1 KDM4C gene_id:23081|Hs108|chr9 (835 aa)
initn: 1728 init1: 1728 opt: 1734 Z-score: 1324.1 bits: 255.3 E(32554): 2e-67
Smith-Waterman score: 1741; 51.2% identity (74.4% similar) in 516 aa overlap (13-523:33-533)
10 20 30 40
pF1KB9 METMKSKANCAQNPNCNIMIFHPTKEEFNDFDKYIAYMESQG
::.:.:: :.:. ::: .:.::.:::::.:
CCDS55 HYGLPWKRTEEAAADTALTIMEVAEVESPLNPSCKIMTFRPSMEEFREFNKYLAYMESKG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 AHRAGLAKIIPPKEWKARETYDNISEILIATPLQQVASGRAGVFTQYHKKKKAMTVGEYR
::::::::.::::::: :. ::.:...:: .:.::...:..:.::::. .:::::: :.:
CCDS55 AHRAGLAKVIPPKEWKPRQCYDDIDNLLIPAPIQQMVTGQSGLFTQYNIQKKAMTVKEFR
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 HLANSKKYQTPPHQNFEDLERKYWKNRIYNSPIYGADISGSLFDENTKQWNLGHLGTIQD
.:::: :: :: . ..:::::::::: . .:::::::.::..::.. .::...:.:. :
CCDS55 QLANSGKYCTPRYLDYEDLERKYWKNLTFVAPIYGADINGSIYDEGVDEWNIARLNTVLD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 LLEKECGVVIEGVNTPYLYFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHLGEPKTWYVVPPEHGQR
..:.:::. ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::..:::::.:
CCDS55 VVEEECGISIEGVNTPYLYFGMWKTTFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKSWYAIPPEHGKR
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 LERLARELFPGSSRGCGAFLRHKVALISPTVLKENGIPFNRITQEAGEFMVTFPYGYHAG
:::::. .::.::.:: ::::::..::::.:::. ::::..:::::::::.:::::::::
CCDS55 LERLAQGFFPSSSQGCDAFLRHKMTLISPSVLKKYGIPFDKITQEAGEFMITFPYGYHAG
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 FNHGFNCAEAINFATPRWIDYGKMASQCSCGEARVTFSMDAFVRILQPERYDLWKRGQDR
:::::::::. :::: :::::::.:. :.: . : .::: ::: .::.::.:::.:.:
CCDS55 FNHGFNCAESTNFATVRWIDYGKVAKLCTCRKDMVKISMDIFVRKFQPDRYQLWKQGKDI
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350 360 370 380 390 400
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]