Result of FASTA (omim) for
pF1KB9608
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9608, 284 aa
1>>>pF1KB9608 284 - 284 aa - 284 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6533+/-0.000436; mu= 11.3082+/- 0.027
mean_var=276.6132+/-58.090, 0's: 0 Z-trim(118.9): 1954 B-trim: 177 in 2/52
Lambda= 0.077115
statistics sampled from 30183 (32435) to 30183 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.731), E-opt: 0.2 (0.38), width: 16
Scan time: 7.020
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016873758 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 882 111.7 3.3e-24
XP_005253186 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 882 111.7 3.3e-24
XP_006718372 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 882 111.7 3.3e-24
XP_011518659 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 592) 882 111.7 3.3e-24
XP_006718371 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 606) 882 111.7 3.4e-24
XP_005253185 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 606) 882 111.7 3.4e-24
NP_037381 (OMIM: 605015) zinc finger protein 214 [ ( 606) 882 111.7 3.4e-24
XP_011518657 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger ( 617) 882 111.8 3.4e-24
NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 364) 876 110.7 4.1e-24
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 876 110.9 4.7e-24
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 876 110.9 4.7e-24
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 876 110.9 4.7e-24
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 876 110.9 4.7e-24
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 876 110.9 4.8e-24
NP_001275690 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 868 109.8 7.5e-24
XP_016882741 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 868 109.8 7.5e-24
NP_001275691 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 868 109.8 7.5e-24
XP_016882739 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 868 109.8 7.5e-24
XP_016882742 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 868 109.8 7.5e-24
XP_016882740 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 868 109.8 7.5e-24
NP_001275689 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 868 109.8 7.5e-24
XP_016882744 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 868 109.8 7.5e-24
XP_016882743 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 868 109.8 7.5e-24
XP_016882745 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 868 109.8 7.5e-24
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 872 110.7 7.6e-24
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 872 110.7 7.6e-24
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 872 110.7 7.7e-24
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 872 110.7 7.8e-24
NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 872 110.7 7.8e-24
XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 872 110.8 8e-24
NP_003447 (OMIM: 603436) zinc finger protein 205 [ ( 554) 858 109.0 2.1e-23
XP_005255615 (OMIM: 603436) PREDICTED: zinc finger ( 554) 858 109.0 2.1e-23
NP_001265087 (OMIM: 603436) zinc finger protein 20 ( 554) 858 109.0 2.1e-23
NP_001035893 (OMIM: 603436) zinc finger protein 20 ( 554) 858 109.0 2.1e-23
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 857 109.1 2.5e-23
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 857 109.1 2.5e-23
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 857 109.1 2.5e-23
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 857 109.1 2.5e-23
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 857 109.1 2.5e-23
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 857 109.1 2.5e-23
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 857 109.1 2.6e-23
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 857 109.1 2.6e-23
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 857 109.1 2.6e-23
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 857 109.1 2.6e-23
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 857 109.1 2.6e-23
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 857 109.1 2.6e-23
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 857 109.1 2.6e-23
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 857 109.1 2.6e-23
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 857 109.1 2.6e-23
NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 857 109.1 2.6e-23
>>XP_016873758 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger pro (592 aa)
initn: 3811 init1: 870 opt: 882 Z-score: 555.5 bits: 111.7 E(85289): 3.3e-24
Smith-Waterman score: 882; 50.2% identity (72.4% similar) in 243 aa overlap (38-278:296-538)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 SPEPHLPEEGEGGKPWRVDDSEGSWIPPGEKEHGQESLSDELQETHPKKPWQKVTVRARE
: .: : . :..: .. . :.
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pF1KB9 LGDPI--AHPRHEADEKPFICAQCGKTFNNTSNLRTHQRIHTGEKPYKCSECGKSFSRSS
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pF1KB9 NRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDICGKSFSQSATLAV
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: :::::.: ::: ::.:::: ::..: ::.
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XP_016 KPYKCREYYKGFDHNSHLHNNHRRGNL
570 580 590
>>XP_005253186 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger pro (592 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB9 SPEPHLPEEGEGGKPWRVDDSEGSWIPPGEKEHGQESLSDELQETHPKKPWQKVTVRARE
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pF1KB9 LGDPI--AHPRHEADEKPFICAQCGKTFNNTSNLRTHQRIHTGEKPYKCSECGKSFSRSS
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pF1KB9 NRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDICGKSFSQSATLAV
: :. .: :: ::: : ..: .::.: ::. : :..::.:: :::.::.:. : .
XP_005 NLRIHQLVHTGEKSYKCEDCGKGFTQRSNLQIHQRVHTGEKPYKCDDCGKDFSHSSDLRI
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pF1KB9 HHRTHLEPAPYICCECGKSFSNSSSFGVHHRTHTGERPYECTECGRTFSDISNFGAHQRT
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250 260 270 280
pF1KB9 HRGEKPYRCTVCGKHFSRSSNLIRHQKTHLGEQAGKDSS
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>>XP_006718372 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger pro (592 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB9 SPEPHLPEEGEGGKPWRVDDSEGSWIPPGEKEHGQESLSDELQETHPKKPWQKVTVRARE
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pF1KB9 NRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDICGKSFSQSATLAV
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pF1KB9 HRGEKPYRCTVCGKHFSRSSNLIRHQKTHLGEQAGKDSS
: :::::.: ::: ::.:::: ::..: ::.
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510 520 530 540 550 560
XP_006 KPYKCREYYKGFDHNSHLHNNHRRGNL
570 580 590
>>XP_011518659 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger pro (592 aa)
initn: 3811 init1: 870 opt: 882 Z-score: 555.5 bits: 111.7 E(85289): 3.3e-24
Smith-Waterman score: 882; 50.2% identity (72.4% similar) in 243 aa overlap (38-278:296-538)
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pF1KB9 SPEPHLPEEGEGGKPWRVDDSEGSWIPPGEKEHGQESLSDELQETHPKKPWQKVTVRARE
: .: : . :..: .. . :.
XP_011 VDGNFHQSSGVHFHQRVHIGEVPYSCNACGKSFSQISSLHNHQRVHTEEKFYKIECDKDL
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pF1KB9 LGDPI--AHPRHEADEKPFICAQCGKTFNNTSNLRTHQRIHTGEKPYKCSECGKSFSRSS
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XP_011 SRNSLLHIHQRLHIGEKPFKCNQCGKSFNRSSVLHVHQRVHTGEKPYKCDECGKGFSQSS
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130 140 150 160 170 180
pF1KB9 NRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDICGKSFSQSATLAV
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XP_011 NLRIHQLVHTGEKSYKCEDCGKGFTQRSNLQIHQRVHTGEKPYKCDDCGKDFSHSSDLRI
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pF1KB9 HHRTHLEPAPYICCECGKSFSNSSSFGVHHRTHTGERPYECTECGRTFSDISNFGAHQRT
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XP_011 HQRVHTGEKPYTCPECGKGFSKSSKLHTHQRVHTGEKPYKCEECGKGFSQRSHLLIHQRV
450 460 470 480 490 500
250 260 270 280
pF1KB9 HRGEKPYRCTVCGKHFSRSSNLIRHQKTHLGEQAGKDSS
: :::::.: ::: ::.:::: ::..: ::.
XP_011 HTGEKPYKCHDCGKGFSHSSNLHIHQRVHTGEKPYQCAKCGKGFSHSSALRIHQRVHAGE
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XP_011 KPYKCREYYKGFDHNSHLHNNHRRGNL
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>>XP_006718371 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger pro (606 aa)
initn: 3811 init1: 870 opt: 882 Z-score: 555.4 bits: 111.7 E(85289): 3.4e-24
Smith-Waterman score: 882; 50.2% identity (72.4% similar) in 243 aa overlap (38-278:310-552)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 SPEPHLPEEGEGGKPWRVDDSEGSWIPPGEKEHGQESLSDELQETHPKKPWQKVTVRARE
: .: : . :..: .. . :.
XP_006 VDGNFHQSSGVHFHQRVHIGEVPYSCNACGKSFSQISSLHNHQRVHTEEKFYKIECDKDL
280 290 300 310 320 330
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LGDPI--AHPRHEADEKPFICAQCGKTFNNTSNLRTHQRIHTGEKPYKCSECGKSFSRSS
. . : : . :::: : ::::.:: .: :..:::.:::::::::.::::.::.::
XP_006 SRNSLLHIHQRLHIGEKPFKCNQCGKSFNRSSVLHVHQRVHTGEKPYKCDECGKGFSQSS
340 350 360 370 380 390
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pF1KB9 NRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDICGKSFSQSATLAV
: :. .: :: ::: : ..: .::.: ::. : :..::.:: :::.::.:. : .
XP_006 NLRIHQLVHTGEKSYKCEDCGKGFTQRSNLQIHQRVHTGEKPYKCDDCGKDFSHSSDLRI
400 410 420 430 440 450
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 HHRTHLEPAPYICCECGKSFSNSSSFGVHHRTHTGERPYECTECGRTFSDISNFGAHQRT
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XP_006 HQRVHTGEKPYTCPECGKGFSKSSKLHTHQRVHTGEKPYKCEECGKGFSQRSHLLIHQRV
460 470 480 490 500 510
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pF1KB9 HRGEKPYRCTVCGKHFSRSSNLIRHQKTHLGEQAGKDSS
: :::::.: ::: ::.:::: ::..: ::.
XP_006 HTGEKPYKCHDCGKGFSHSSNLHIHQRVHTGEKPYQCAKCGKGFSHSSALRIHQRVHAGE
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XP_006 KPYKCREYYKGFDHNSHLHNNHRRGNL
580 590 600
>>XP_005253185 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger pro (606 aa)
initn: 3811 init1: 870 opt: 882 Z-score: 555.4 bits: 111.7 E(85289): 3.4e-24
Smith-Waterman score: 882; 50.2% identity (72.4% similar) in 243 aa overlap (38-278:310-552)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 SPEPHLPEEGEGGKPWRVDDSEGSWIPPGEKEHGQESLSDELQETHPKKPWQKVTVRARE
: .: : . :..: .. . :.
XP_005 VDGNFHQSSGVHFHQRVHIGEVPYSCNACGKSFSQISSLHNHQRVHTEEKFYKIECDKDL
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pF1KB9 LGDPI--AHPRHEADEKPFICAQCGKTFNNTSNLRTHQRIHTGEKPYKCSECGKSFSRSS
. . : : . :::: : ::::.:: .: :..:::.:::::::::.::::.::.::
XP_005 SRNSLLHIHQRLHIGEKPFKCNQCGKSFNRSSVLHVHQRVHTGEKPYKCDECGKGFSQSS
340 350 360 370 380 390
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pF1KB9 NRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDICGKSFSQSATLAV
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pF1KB9 HHRTHLEPAPYICCECGKSFSNSSSFGVHHRTHTGERPYECTECGRTFSDISNFGAHQRT
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XP_005 KPYKCREYYKGFDHNSHLHNNHRRGNL
580 590 600
>>NP_037381 (OMIM: 605015) zinc finger protein 214 [Homo (606 aa)
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NP_037 SRNSLLHIHQRLHIGEKPFKCNQCGKSFNRSSVLHVHQRVHTGEKPYKCDECGKGFSQSS
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pF1KB9 NRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDICGKSFSQSATLAV
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NP_037 NLRIHQLVHTGEKSYKCEDCGKGFTQRSNLQIHQRVHTGEKPYKCDDCGKDFSHSSDLRI
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pF1KB9 HHRTHLEPAPYICCECGKSFSNSSSFGVHHRTHTGERPYECTECGRTFSDISNFGAHQRT
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NP_037 HQRVHTGEKPYTCPECGKGFSKSSKLHTHQRVHTGEKPYKCEECGKGFSQRSHLLIHQRV
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NP_037 HTGEKPYKCHDCGKGFSHSSNLHIHQRVHTGEKPYQCAKCGKGFSHSSALRIHQRVHAGE
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NP_037 KPYKCREYYKGFDHNSHLHNNHRRGNL
580 590 600
>>XP_011518657 (OMIM: 605015) PREDICTED: zinc finger pro (617 aa)
initn: 3811 init1: 870 opt: 882 Z-score: 555.4 bits: 111.8 E(85289): 3.4e-24
Smith-Waterman score: 882; 50.2% identity (72.4% similar) in 243 aa overlap (38-278:321-563)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 SPEPHLPEEGEGGKPWRVDDSEGSWIPPGEKEHGQESLSDELQETHPKKPWQKVTVRARE
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XP_011 VDGNFHQSSGVHFHQRVHIGEVPYSCNACGKSFSQISSLHNHQRVHTEEKFYKIECDKDL
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pF1KB9 LGDPI--AHPRHEADEKPFICAQCGKTFNNTSNLRTHQRIHTGEKPYKCSECGKSFSRSS
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XP_011 SRNSLLHIHQRLHIGEKPFKCNQCGKSFNRSSVLHVHQRVHTGEKPYKCDECGKGFSQSS
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pF1KB9 NRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDICGKSFSQSATLAV
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XP_011 NLRIHQLVHTGEKSYKCEDCGKGFTQRSNLQIHQRVHTGEKPYKCDDCGKDFSHSSDLRI
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pF1KB9 HHRTHLEPAPYICCECGKSFSNSSSFGVHHRTHTGERPYECTECGRTFSDISNFGAHQRT
:.:.: :: : ::::.::.::.. .:.:.::::.::.: :::. ::. :.. :::.
XP_011 HQRVHTGEKPYTCPECGKGFSKSSKLHTHQRVHTGEKPYKCEECGKGFSQRSHLLIHQRV
480 490 500 510 520 530
250 260 270 280
pF1KB9 HRGEKPYRCTVCGKHFSRSSNLIRHQKTHLGEQAGKDSS
: :::::.: ::: ::.:::: ::..: ::.
XP_011 HTGEKPYKCHDCGKGFSHSSNLHIHQRVHTGEKPYQCAKCGKGFSHSSALRIHQRVHAGE
540 550 560 570 580 590
XP_011 KPYKCREYYKGFDHNSHLHNNHRRGNL
600 610
>>NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 iso (364 aa)
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pF1KB9 SEKEQSPEPHLPEEGEGGKPWRVDDSEGSWIPPGEKEHGQESLSDELQETHPKKPWQKVT
.:::...:: .: .. .: :.:
NP_001 MPPGDSDHGTSDLEKSFNLRPVLSPQQRVP
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pF1KB9 VRAREL----------GDPIAHPRHEADEKPFICAQCGKTFNNTSNLRTHQRIHTGEKPY
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NP_001 VEARPRKCETHTESFKNSEILKP-HRA--KPYACNECGKAFSYCSSLSQHQKSHTGEKPY
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pF1KB9 KCSECGKSFSRSSNRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDI
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NP_001 ECSECGKAFSQSSSLIQHQRIHTGEKPYKCSECGRAFSQNANLTKHQRTHTGEKPYRCSE
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pF1KB9 CGKSFSQSATLAVHHRTHLEPAPYICCECGKSFSNSSSFGVHHRTHTGERPYECTECGRT
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NP_001 CEKAFSDCSALVQHQRIHTGEKPYECSDCGKAFRHSANLTNHQRTHTGEKPYKCSECGKA
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pF1KB9 FSDISNFGAHQRTHRGEKPYRCTVCGKHFSRSSNLIRHQKTHLGEQAGKDSS
:: . : ::: : :::::::..::: ::.:.:: ::.:: ::. : :
NP_001 FSYCAAFIQHQRIHTGEKPYRCAACGKAFSQSANLTNHQRTHTGEKPYKCSECGKAFSQS
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270 280 290 300 310 320
>--
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pF1KB9 PKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDICGKSFSQSATLAVHHRTHLEPAPYICCECG
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NP_001 AACGKAFSQSANLTNHQRTHTGEKPYKCSECGKAFSQSTNLIIHQKTHTGEKPYKCNECG
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pF1KB9 KSFSNSSSFGVHHRTHTGERPYECTECGRTFSDISNFGAHQRTHRGEKPYRCTVCGKHFS
: ::.::.. :: ::::.::::.:::..:.. :... ::: : : :::.:. ::: :
NP_001 KFFSESSALIRHHIIHTGEKPYECNECGKAFNQSSSLSQHQRIHTGVKPYECSECGKAFR
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pF1KB9 RSSNLIRHQKTHLGEQAGKDSS
:: ..:::. : ::
NP_001 CSSAFVRHQRLHAGE
350 360
>>NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 iso (474 aa)
initn: 2509 init1: 859 opt: 876 Z-score: 552.8 bits: 110.9 E(85289): 4.7e-24
Smith-Waterman score: 892; 47.9% identity (71.3% similar) in 261 aa overlap (33-283:111-368)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 SEKEQSPEPHLPEEGEGGKPWRVDDSEGSWIPPGEKEHGQESLSDELQETHPKKPWQKVT
.:::...:: .: .. .: :.:
NP_001 RSPSPGWKIISGSPPEQALSEASFQDPCVEMPPGDSDHGTSDLEKSFNLRPVLSPQQRVP
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pF1KB9 VRAREL----------GDPIAHPRHEADEKPFICAQCGKTFNNTSNLRTHQRIHTGEKPY
:.:: .. : .: :.: ::. : .:::.:. :.: ::. :::::::
NP_001 VEARPRKCETHTESFKNSEILKP-HRA--KPYACNECGKAFSYCSSLSQHQKSHTGEKPY
150 160 170 180 190
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pF1KB9 KCSECGKSFSRSSNRIRHERIHLEEKHYKCPKCQESFRRRSDLTTHQQDHLGKRPYRCDI
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NP_001 ECSECGKAFSQSSSLIQHQRIHTGEKPYKCSECGRAFSQNANLTKHQRTHTGEKPYRCSE
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 CGKSFSQSATLAVHHRTHLEPAPYICCECGKSFSNSSSFGVHHRTHTGERPYECTECGRT
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NP_001 CEKAFSDCSALVQHQRIHTGEKPYECSDCGKAFRHSANLTNHQRTHTGEKPYKCSECGKA
260 270 280 290 300 310
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pF1KB9 FSDISNFGAHQRTHRGEKPYRCTVCGKHFSRSSNLIRHQKTHLGEQAGKDSS
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NP_001 FSYCAAFIQHQRIHTGEKPYRCAACGKAFSQSANLTNHQRTHTGEKPYKCSECGKAFSQS
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>--
initn: 447 init1: 447 opt: 447 Z-score: 294.9 bits: 63.2 E(85289): 1.1e-09
Smith-Waterman score: 447; 55.2% identity (77.1% similar) in 105 aa overlap (173-277:370-474)
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NP_001 KFFSESSALIRHHIIHTGEKPYECNECGKAFNQSSSLSQHQRIHTGVKPYECSECGKAFR
400 410 420 430 440 450
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pF1KB9 RSSNLIRHQKTHLGEQAGKDSS
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NP_001 CSSAFVRHQRLHAGE
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284 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Fri Nov 4 17:40:53 2016 done: Fri Nov 4 17:40:54 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]