Result of FASTA (omim) for
pF1KB9563
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9563, 2322 aa
1>>>pF1KB9563 2322 - 2322 aa - 2322 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5164+/-0.000391; mu= 20.8417+/- 0.025
mean_var=109.0959+/-22.475, 0's: 0 Z-trim(114.7): 170 B-trim: 1215 in 2/58
Lambda= 0.122792
statistics sampled from 24505 (24683) to 24505 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16
Scan time: 23.030
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001888 (OMIM: 601172) chondroitin sulfate prote (2322) 15395 2739.6 0
NP_001159605 (OMIM: 219000,607830) extracellular m (1976) 312 67.6 1.8e-09
XP_006714379 (OMIM: 219000,607830) PREDICTED: extr (3936) 312 67.8 3.1e-09
NP_079350 (OMIM: 219000,607830) extracellular matr (4012) 312 67.8 3.1e-09
NP_001161707 (OMIM: 608946) FRAS1-related extracel (2139) 258 58.0 1.4e-06
XP_016876043 (OMIM: 219000,608945) PREDICTED: FRAS (1764) 251 56.7 2.9e-06
NP_997244 (OMIM: 219000,608945) FRAS1-related extr (3169) 251 56.9 4.7e-06
XP_016869819 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (1337) 232 53.3 2.4e-05
XP_016869818 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (1816) 232 53.4 3.1e-05
XP_016869817 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (1836) 232 53.4 3.1e-05
XP_016869816 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (1880) 232 53.4 3.2e-05
XP_016869815 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2052) 232 53.4 3.4e-05
XP_016869814 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2099) 232 53.4 3.5e-05
XP_016869813 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2138) 232 53.4 3.5e-05
NP_659403 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) FRAS (2179) 232 53.4 3.6e-05
XP_005251439 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2179) 232 53.4 3.6e-05
XP_016869810 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2188) 232 53.4 3.6e-05
XP_016869807 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2188) 232 53.4 3.6e-05
XP_016869812 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2188) 232 53.4 3.6e-05
XP_016869811 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2188) 232 53.4 3.6e-05
XP_016869808 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2188) 232 53.4 3.6e-05
XP_016869809 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2188) 232 53.4 3.6e-05
XP_016869805 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2188) 232 53.4 3.6e-05
XP_016869806 (OMIM: 248450,608944,608980,614485) P (2188) 232 53.4 3.6e-05
>>NP_001888 (OMIM: 601172) chondroitin sulfate proteogly (2322 aa)
initn: 15395 init1: 15395 opt: 15395 Z-score: 14730.6 bits: 2739.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 15395; 100.0% identity (100.0% similar) in 2322 aa overlap (1-2322:1-2322)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MQSGPRPPLPAPGLALALTLTMLARLASAASFFGENHLEVPVATALTDIDLQLQFSTSQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MQSGPRPPLPAPGLALALTLTMLARLASAASFFGENHLEVPVATALTDIDLQLQFSTSQP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 EALLLLAAGPADHLLLQLYSGRLQVRLVLGQEELRLQTPAETLLSDSIPHTVVLTVVEGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EALLLLAAGPADHLLLQLYSGRLQVRLVLGQEELRLQTPAETLLSDSIPHTVVLTVVEGW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 ATLSVDGFLNASSAVPGAPLEVPYGLFVGGTGTLGLPYLRGTSRPLRGCLHAATLNGRSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATLSVDGFLNASSAVPGAPLEVPYGLFVGGTGTLGLPYLRGTSRPLRGCLHAATLNGRSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 LRPLTPDVHEGCAEEFSASDDVALGFSGPHSLAAFPAWGTQDEGTLEFTLTTQSRQAPLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRPLTPDVHEGCAEEFSASDDVALGFSGPHSLAAFPAWGTQDEGTLEFTLTTQSRQAPLA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 FQAGGRRGDFIYVDIFEGHLRAVVEKGQGTVLLHNSVPVADGQPHEVSVHINAHRLEISV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FQAGGRRGDFIYVDIFEGHLRAVVEKGQGTVLLHNSVPVADGQPHEVSVHINAHRLEISV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 DQYPTHTSNRGVLSYLEPRGSLLLGGLDAEASRHLQEHRLGLTPEATNASLLGCMEDLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DQYPTHTSNRGVLSYLEPRGSLLLGGLDAEASRHLQEHRLGLTPEATNASLLGCMEDLSV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 NGQRRGLREALLTRNMAAGCRLEEEEYEDDAYGHYEAFSTLAPEAWPAMELPEPCVPEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGQRRGLREALLTRNMAAGCRLEEEEYEDDAYGHYEAFSTLAPEAWPAMELPEPCVPEPG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 LPPVFANFTQLLTISPLVVAEGGTAWLEWRHVQPTLDLMEAELRKSQVLFSVTRGARHGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPPVFANFTQLLTISPLVVAEGGTAWLEWRHVQPTLDLMEAELRKSQVLFSVTRGARHGE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 LELDIPGAQARKMFTLLDVVNRKARFIHDGSEDTSDQLVLEVSVTARVPMPSCLRRGQTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LELDIPGAQARKMFTLLDVVNRKARFIHDGSEDTSDQLVLEVSVTARVPMPSCLRRGQTY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 LLPIQVNPVNDPPHIIFPHGSLMVILEHTQKPLGPEVFQAYDPDSACEGLTFQVLGTSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLPIQVNPVNDPPHIIFPHGSLMVILEHTQKPLGPEVFQAYDPDSACEGLTFQVLGTSSG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 LPVERRDQPGEPATEFSCRELEAGSLVYVHRGGPAQDLTFRVSDGLQASPPATLKVVAIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPVERRDQPGEPATEFSCRELEAGSLVYVHRGGPAQDLTFRVSDGLQASPPATLKVVAIR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 PAIQIHRSTGLRLAQGSAMPILPANLSVETNAVGQDVSVLFRVTGALQFGELQKQGAGGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PAIQIHRSTGLRLAQGSAMPILPANLSVETNAVGQDVSVLFRVTGALQFGELQKQGAGGV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 EGAEWWATQAFHQRDVEQGRVRYLSTDPQHHAYDTVENLALEVQVGQEILSNLSFPVTIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGAEWWATQAFHQRDVEQGRVRYLSTDPQHHAYDTVENLALEVQVGQEILSNLSFPVTIQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB9 RATVWMLRLEPLHTQNTQQETLTTAHLEATLEEAGPSPPTFHYEVVQAPRKGNLQLQGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RATVWMLRLEPLHTQNTQQETLTTAHLEATLEEAGPSPPTFHYEVVQAPRKGNLQLQGTR
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB9 LSDGQGFTQDDIQAGRVTYGATARASEAVEDTFRFRVTAPPYFSPLYTFPIHIGGDPDAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSDGQGFTQDDIQAGRVTYGATARASEAVEDTFRFRVTAPPYFSPLYTFPIHIGGDPDAP
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB9 VLTNVLLVVPEGGEGVLSADHLFVKSLNSASYLYEVMERPRHGRLAWRGTQDKTTMVTSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLTNVLLVVPEGGEGVLSADHLFVKSLNSASYLYEVMERPRHGRLAWRGTQDKTTMVTSF
910 920 930 940 950 960
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pF1KB9 TNEDLLRGRLVYQHDDSETTEDDIPFVATRQGESSGDMAWEEVRGVFRVAIQPVNDHAPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TNEDLLRGRLVYQHDDSETTEDDIPFVATRQGESSGDMAWEEVRGVFRVAIQPVNDHAPV
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB9 QTISRIFHVARGGRRLLTTDDVAFSDADSGFADAQLVLTRKDLLFGSIVAVDEPTRPIYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QTISRIFHVARGGRRLLTTDDVAFSDADSGFADAQLVLTRKDLLFGSIVAVDEPTRPIYR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KB9 FTQEDLRKRRVLFVHSGADRGWIQLQVSDGQHQATALLEVQASEPYLRVANGSSLVVPQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FTQEDLRKRRVLFVHSGADRGWIQLQVSDGQHQATALLEVQASEPYLRVANGSSLVVPQG
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB9 GQGTIDTAVLHLDTNLDIRSGDEVHYHVTAGPRWGQLVRAGQPATAFSQQDLLDGAVLYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GQGTIDTAVLHLDTNLDIRSGDEVHYHVTAGPRWGQLVRAGQPATAFSQQDLLDGAVLYS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB9 HNGSLSPRDTMAFSVEAGPVHTDATLQVTIALEGPLAPLKLVRHKKIYVFQGEAAEIRRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HNGSLSPRDTMAFSVEAGPVHTDATLQVTIALEGPLAPLKLVRHKKIYVFQGEAAEIRRD
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB9 QLEAAQEAVPPADIVFSVKSPPSAGYLVMVSRGALADEPPSLDPVQSFSQEAVDTGRVLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLEAAQEAVPPADIVFSVKSPPSAGYLVMVSRGALADEPPSLDPVQSFSQEAVDTGRVLY
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pF1KB9 LHSRPEAWSDAFSLDVASGLGAPLEGVLVELEVLPAAIPLEAQNFSVPEGGSLTLAPPLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LHSRPEAWSDAFSLDVASGLGAPLEGVLVELEVLPAAIPLEAQNFSVPEGGSLTLAPPLL
1330 1340 1350 1360 1370 1380
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pF1KB9 RVSGPYFPTLLGLSLQVLEPPQHGALQKEDGPQARTLSAFSWRMVEEQLIRYVHDGSETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RVSGPYFPTLLGLSLQVLEPPQHGALQKEDGPQARTLSAFSWRMVEEQLIRYVHDGSETL
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pF1KB9 TDSFVLMANASEMDRQSHPVAFTVTVLPVNDQPPILTTNTGLQMWEGATAPIPAEALRST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TDSFVLMANASEMDRQSHPVAFTVTVLPVNDQPPILTTNTGLQMWEGATAPIPAEALRST
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pF1KB9 DGDSGSEDLVYTIEQPSNGRVVLRGAPGTEVRSFTQAQLDGGLVLFSHRGTLDGGFRFRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DGDSGSEDLVYTIEQPSNGRVVLRGAPGTEVRSFTQAQLDGGLVLFSHRGTLDGGFRFRL
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pF1KB9 SDGEHTSPGHFFRVTAQKQVLLSLKGSQTLTVCPGSVQPLSSQTLRASSSAGTDPQLLLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDGEHTSPGHFFRVTAQKQVLLSLKGSQTLTVCPGSVQPLSSQTLRASSSAGTDPQLLLY
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pF1KB9 RVVRGPQLGRLFHAQQDSTGEALVNFTQAEVYAGNILYEHEMPPEPFWEAHDTLELQLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RVVRGPQLGRLFHAQQDSTGEALVNFTQAEVYAGNILYEHEMPPEPFWEAHDTLELQLSS
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pF1KB9 PPARDVAATLAVAVSFEAACPQRPSHLWKNKGLWVPEGQRARITVAALDASNLLASVPSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPARDVAATLAVAVSFEAACPQRPSHLWKNKGLWVPEGQRARITVAALDASNLLASVPSP
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pF1KB9 QRSEHDVLFQVTQFPSRGQLLVSEEPLHAGQPHFLQSQLAAGQLVYAHGGGGTQQDGFHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRSEHDVLFQVTQFPSRGQLLVSEEPLHAGQPHFLQSQLAAGQLVYAHGGGGTQQDGFHF
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pF1KB9 RAHLQGPAGASVAGPQTSEAFAITVRDVNERPPQPQASVPLRLTRGSRAPISRAQLSVVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAHLQGPAGASVAGPQTSEAFAITVRDVNERPPQPQASVPLRLTRGSRAPISRAQLSVVD
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pF1KB9 PDSAPGEIEYEVQRAPHNGFLSLVGGGLGPVTRFTQADVDSGRLAFVANGSSVAGIFQLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PDSAPGEIEYEVQRAPHNGFLSLVGGGLGPVTRFTQADVDSGRLAFVANGSSVAGIFQLS
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pF1KB9 MSDGASPPLPMSLAVDILPSAIEVQLRAPLEVPQALGRSSLSQQQLRVVSDREEPEAAYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSDGASPPLPMSLAVDILPSAIEVQLRAPLEVPQALGRSSLSQQQLRVVSDREEPEAAYR
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pF1KB9 LIQGPQYGHLLVGGRPTSAFSQFQIDQGEVVFAFTNFSSSHDHFRVLALARGVNASAVVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LIQGPQYGHLLVGGRPTSAFSQFQIDQGEVVFAFTNFSSSHDHFRVLALARGVNASAVVN
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2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KB9 VTVRALLHVWAGGPWPQGATLRLDPTVLDAGELANRTGSVPRFRLLEGPRHGRVVRVPRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTVRALLHVWAGGPWPQGATLRLDPTVLDAGELANRTGSVPRFRLLEGPRHGRVVRVPRA
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2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KB9 RTEPGGSQLVEQFTQQDLEDGRLGLEVGRPEGRAPGPAGDSLTLELWAQGVPPAVASLDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RTEPGGSQLVEQFTQQDLEDGRLGLEVGRPEGRAPGPAGDSLTLELWAQGVPPAVASLDF
2110 2120 2130 2140 2150 2160
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pF1KB9 ATEPYNAARPYSVALLSVPEAARTEAGKPESSTPTGEPGPMASSPEPAVAKGGFLSFLEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATEPYNAARPYSVALLSVPEAARTEAGKPESSTPTGEPGPMASSPEPAVAKGGFLSFLEA
2170 2180 2190 2200 2210 2220
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pF1KB9 NMFSVIIPMCLVLLLLALILPLLFYLRKRNKTGKHDVQVLTAKPRNGLAGDTETFRKVEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NMFSVIIPMCLVLLLLALILPLLFYLRKRNKTGKHDVQVLTAKPRNGLAGDTETFRKVEP
2230 2240 2250 2260 2270 2280
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pF1KB9 GQAIPLTAVPGQGPPPGGQPDPELLQFCRTPNPALKNGQYWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GQAIPLTAVPGQGPPPGGQPDPELLQFCRTPNPALKNGQYWV
2290 2300 2310 2320
>>NP_001159605 (OMIM: 219000,607830) extracellular matri (1976 aa)
initn: 195 init1: 121 opt: 312 Z-score: 291.1 bits: 67.6 E(85289): 1.8e-09
Smith-Waterman score: 529; 23.1% identity (52.3% similar) in 903 aa overlap (1125-1950:1103-1964)
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KB9 HSGADRGWIQLQVSDGQHQATALLEVQASEPYLRVANGSSLVVPQGGQGTIDTAVLHLDT
: :.: ::: :..: :. .: ..:...
NP_001 FLKSGLCVYNCVPGFSVHTSNETCSGKIHTPSLHV-NGS-LILPIGSIKPLDFSLLNVQ-
1080 1090 1100 1110 1120
1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB9 NLDIRSGDEVHYHVTAGPRWGQLV--RAGQP-----ATAFSQQDLLDGAVLYSHNGSLSP
. . : : . .::.. : :::: : :. : :: .:. . : . :.
NP_001 DQEGRVED-LLFHVVSTPTNGQLVLSRNGKEVQLDKAGRFSWKDVNEKKVRFVHSKEKLR
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB9 RDTMAFSVEAGPVHTDATLQVTIALEGPLAPLKLVRHKKIYVFQGEAAEIRRDQLEAAQE
. . ... .. : ..: . :: ..:.. ... .:: : : ..:. ..
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