Result of FASTA (omim) for
pF1KB9545
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9545, 543 aa
1>>>pF1KB9545 543 - 543 aa - 543 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5723+/-0.00049; mu= 4.6417+/- 0.030
mean_var=401.1281+/-99.112, 0's: 0 Z-trim(116.8): 733 B-trim: 2967 in 2/54
Lambda= 0.064037
statistics sampled from 27119 (28242) to 27119 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.682), E-opt: 0.2 (0.331), width: 16
Scan time: 8.840
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011507633 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1291) 990 107.2 3.2e-22
NP_665739 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable (1315) 990 107.2 3.2e-22
NP_001181867 (OMIM: 614787,616364) pogo transposab (1348) 990 107.2 3.3e-22
XP_005245063 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1357) 990 107.2 3.3e-22
XP_016856237 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1357) 990 107.2 3.3e-22
NP_997054 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable (1357) 990 107.2 3.3e-22
XP_016856238 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1357) 990 107.2 3.3e-22
XP_005245062 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1357) 990 107.2 3.3e-22
XP_016856234 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1401) 990 107.3 3.3e-22
XP_016856235 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1401) 990 107.3 3.3e-22
NP_001181866 (OMIM: 614787,616364) pogo transposab (1401) 990 107.3 3.3e-22
XP_005245057 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1410) 990 107.3 3.4e-22
NP_055915 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable (1410) 990 107.3 3.4e-22
XP_005245056 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1410) 990 107.3 3.4e-22
XP_005245058 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1410) 990 107.3 3.4e-22
XP_016856233 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1417) 990 107.3 3.4e-22
XP_016856236 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1361) 543 65.9 8.9e-10
XP_011540388 (OMIM: 604084) PREDICTED: zinc finger ( 728) 316 44.6 0.0013
XP_011540389 (OMIM: 604084) PREDICTED: zinc finger ( 728) 316 44.6 0.0013
XP_016857731 (OMIM: 604084) PREDICTED: zinc finger ( 728) 316 44.6 0.0013
XP_005246044 (OMIM: 604084) PREDICTED: zinc finger ( 734) 316 44.6 0.0013
XP_011540387 (OMIM: 604084) PREDICTED: zinc finger ( 734) 316 44.6 0.0013
XP_005246043 (OMIM: 604084) PREDICTED: zinc finger ( 747) 316 44.6 0.0013
NP_001274532 (OMIM: 604084) zinc finger and BTB do ( 810) 316 44.6 0.0014
XP_011540390 (OMIM: 604084) PREDICTED: zinc finger ( 721) 306 43.6 0.0024
NP_001229813 (OMIM: 604084) zinc finger and BTB do ( 721) 306 43.6 0.0024
NP_001311066 (OMIM: 604084) zinc finger and BTB do ( 727) 306 43.6 0.0025
NP_001274533 (OMIM: 604084) zinc finger and BTB do ( 727) 306 43.6 0.0025
NP_001311067 (OMIM: 604084) zinc finger and BTB do ( 740) 306 43.7 0.0025
NP_003434 (OMIM: 604084) zinc finger and BTB domai ( 803) 306 43.7 0.0026
>>XP_011507633 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo tra (1291 aa)
initn: 944 init1: 816 opt: 990 Z-score: 519.9 bits: 107.2 E(85289): 3.2e-22
Smith-Waterman score: 1018; 36.7% identity (61.9% similar) in 528 aa overlap (33-536:81-602)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 QSCEEEKEPEPQKNIQETKQVDDEDAELIFVGVEHVNEDAELIFVGVTSNSKPVVSNILN
::: .: . . : : .:. .: ..
XP_011 VGIVLNVQQGQTVRPITLVPAPGTQFVKPTVGVPQVFSQMTPVRPGSTMPVRPT-TNTFT
60 70 80 90 100
70 80 90 100 110
pF1KB9 RVTPGSWSRRKKYDHLRKDTARKLQPKSHETVTSEAVTVLPA----SQLESRSTDSPIII
: :.. . :. . .. : :.. : :. : : : .: .: .: .
XP_011 TVIPATLTIRSTVPQ-SQSQQTKSTPSTSTTPTATQPTSLGQLAVQSPGQSNQTTNPKLA
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160
pF1KB9 EPLSKPDYRN-------SSPQVVPNNSSE---LPSPLITFTDSLHHPVSTALSVGG-INE
. .: . . : :. .::.: : . : :. . . : ...: .. .
XP_011 PSFPSPPAVSIASFVTVKRPGVTGENSNEVAKLVNTLNTIPSLGQSPGPVVVSNNSSAHG
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 SPRVSKQLSTFEVNSINPKRAKLRDG--IIEGNSSASFPSDTFHTMNTQQSTPSNNVHTS
: :.: :...:.: : :.:: : .:.: . : . .
XP_011 SQRTSGPESSMKVTSSIPVF-DLQDGGRKICPRCNAQFRVTEALRGHMCYCCPEMVEYQK
230 240 250 260 270 280
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 LSHVQNGAP-FP-AAFPKDNIHFKPINTNLDRANELAKTDILSLTSQNKTF-DPKKENPI
.. .. : : :: : . . :. .. . . : . .. :.. : . . :
XP_011 KGKSLDSEPSVPSAAKPPSPEKTAPVASTPSSTPIPALSPPTKVPEPNENVGDAVQTKLI
290 300 310 320 330 340
290 300 310 320 330
pF1KB9 VLLSDFYYGQHKGE-GQPEQ--KTHTTFKCLSCVKVLKN-VKFMNHVKHHLEFEKQRNDS
.:..:::::. :. .: . :. :.:.: :.: ::: ..::::.:::.:...: :
XP_011 MLVDDFYYGRDGGKVAQLTNFPKVATSFRCPHCTKRLKNNIRFMNHMKHHVELDQQ-NGE
350 360 370 380 390 400
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 WENHTTCQHCHRQFPTPFQLQCHIENVHTAQEPSTVCKICELSFETDQVLLQHMKDHHKP
..:: ::::.::: ::::::::.::::. : .: ::::: .::.. ..:::::: :::
XP_011 VDGHTICQHCYRQFSTPFQLQCHLENVHSPYESTTKCKICEWAFESEPLFLQHMKDTHKP
410 420 430 440 450 460
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 GEMPYVCQVCHYRSSVFADVETHFRTCHENTKNLLCPFCLKIFKTATPYMCHYRGHWGKS
::::::::::.::::....:..::: ::.:..::::.:::.::... .. :: : ..
XP_011 GEMPYVCQVCQYRSSLYSEVDVHFRMIHEDTRHLLCPYCLKVFKNGNAFQQHYMRHQKRN
470 480 490 500 510 520
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 AHQCSKCRLQFLTFKEKMEHKTQCHQMFKKPKQLEGLPPETKVTIQVSLEPLQPGSVDVA
...:.::::::: :.:.::: : :. :.:::::::: : :::::..: :: .: :.
XP_011 VYHCNKCRLQFLFAKDKIEHKLQHHKTFRKPKQLEGLKPGTKVTIRASRG--QPRTVPVS
530 540 550 560 570 580
520 530 540
pF1KB9 SITVSTSDSEPSLPRSKSKISKKSH
: . : . . : ..:
XP_011 SNDTPPSALQEAAPLTSSMDPLPVFLYPPVQRSIQKRAVRKMSVMGRQTCLECSFEIPDF
590 600 610 620 630 640
>>NP_665739 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable elem (1315 aa)
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Smith-Waterman score: 1018; 36.7% identity (61.9% similar) in 528 aa overlap (33-536:105-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 QSCEEEKEPEPQKNIQETKQVDDEDAELIFVGVEHVNEDAELIFVGVTSNSKPVVSNILN
::: .: . . : : .:. .: ..
NP_665 GAQNSDSTKKTLVTLIANNNAPGTQFVKPTVGVPQVFSQMTPVRPGSTMPVRPT-TNTFT
80 90 100 110 120 130
70 80 90 100 110
pF1KB9 RVTPGSWSRRKKYDHLRKDTARKLQPKSHETVTSEAVTVLPA----SQLESRSTDSPIII
: :.. . :. . .. : :.. : :. : : : .: .: .: .
NP_665 TVIPATLTIRSTVPQ-SQSQQTKSTPSTSTTPTATQPTSLGQLAVQSPGQSNQTTNPKLA
140 150 160 170 180 190
120 130 140 150 160
pF1KB9 EPLSKPDYRN-------SSPQVVPNNSSE---LPSPLITFTDSLHHPVSTALSVGG-INE
. .: . . : :. .::.: : . : :. . . : ...: .. .
NP_665 PSFPSPPAVSIASFVTVKRPGVTGENSNEVAKLVNTLNTIPSLGQSPGPVVVSNNSSAHG
200 210 220 230 240 250
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 SPRVSKQLSTFEVNSINPKRAKLRDG--IIEGNSSASFPSDTFHTMNTQQSTPSNNVHTS
: :.: :...:.: : :.:: : .:.: . : . .
NP_665 SQRTSGPESSMKVTSSIPVF-DLQDGGRKICPRCNAQFRVTEALRGHMCYCCPEMVEYQK
260 270 280 290 300 310
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 LSHVQNGAP-FP-AAFPKDNIHFKPINTNLDRANELAKTDILSLTSQNKTF-DPKKENPI
.. .. : : :: : . . :. .. . . : . .. :.. : . . :
NP_665 KGKSLDSEPSVPSAAKPPSPEKTAPVASTPSSTPIPALSPPTKVPEPNENVGDAVQTKLI
320 330 340 350 360 370
290 300 310 320 330
pF1KB9 VLLSDFYYGQHKGE-GQPEQ--KTHTTFKCLSCVKVLKN-VKFMNHVKHHLEFEKQRNDS
.:..:::::. :. .: . :. :.:.: :.: ::: ..::::.:::.:...: :
NP_665 MLVDDFYYGRDGGKVAQLTNFPKVATSFRCPHCTKRLKNNIRFMNHMKHHVELDQQ-NGE
380 390 400 410 420 430
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 WENHTTCQHCHRQFPTPFQLQCHIENVHTAQEPSTVCKICELSFETDQVLLQHMKDHHKP
..:: ::::.::: ::::::::.::::. : .: ::::: .::.. ..:::::: :::
NP_665 VDGHTICQHCYRQFSTPFQLQCHLENVHSPYESTTKCKICEWAFESEPLFLQHMKDTHKP
440 450 460 470 480 490
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 GEMPYVCQVCHYRSSVFADVETHFRTCHENTKNLLCPFCLKIFKTATPYMCHYRGHWGKS
::::::::::.::::....:..::: ::.:..::::.:::.::... .. :: : ..
NP_665 GEMPYVCQVCQYRSSLYSEVDVHFRMIHEDTRHLLCPYCLKVFKNGNAFQQHYMRHQKRN
500 510 520 530 540 550
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 AHQCSKCRLQFLTFKEKMEHKTQCHQMFKKPKQLEGLPPETKVTIQVSLEPLQPGSVDVA
...:.::::::: :.:.::: : :. :.:::::::: : :::::..: :: .: :.
NP_665 VYHCNKCRLQFLFAKDKIEHKLQHHKTFRKPKQLEGLKPGTKVTIRASRG--QPRTVPVS
560 570 580 590 600
520 530 540
pF1KB9 SITVSTSDSEPSLPRSKSKISKKSH
: . : . . : ..:
NP_665 SNDTPPSALQEAAPLTSSMDPLPVFLYPPVQRSIQKRAVRKMSVMGRQTCLECSFEIPDF
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>>NP_001181867 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable e (1348 aa)
initn: 944 init1: 816 opt: 990 Z-score: 519.8 bits: 107.2 E(85289): 3.3e-22
Smith-Waterman score: 1023; 37.2% identity (62.4% similar) in 521 aa overlap (33-536:147-659)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 QSCEEEKEPEPQKNIQETKQVDDEDAELIFVGVEHVNEDAELIFVGVTSNSKPVVSNILN
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NP_001 VGIVLNVQQGQTVRPITLVPAPGTQFVKPTVGVPQVFSQMTPVRPGSTMPVRPT-TNTFT
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pF1KB9 RVTPGSWSRRKKYDHLRKDTARKLQPKSHETVTSEAVTVLPA----SQLESRSTDSPIII
: :.. . :. . .. : :.. : :. : : : .: .: .: ..
NP_001 TVIPATLTIRSTVPQ-SQSQQTKSTPSTSTTPTATQPTSLGQLAVQSPGQSNQTTNPKLV
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120 130 140 150 160 170
pF1KB9 EPLSKPDYRNSSPQVVPNNSSE---LPSPLITFTDSLHHPVSTALSVGG-INESPRVSKQ
: . : :. .::.: : . : :. . . : ...: .. . : :.:
NP_001 SIASFVTVKR--PGVTGENSNEVAKLVNTLNTIPSLGQSPGPVVVSNNSSAHGSQRTSGP
240 250 260 270 280 290
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LSTFEVNSINPKRAKLRDG--IIEGNSSASFPSDTFHTMNTQQSTPSNNVHTSLSHVQNG
:...:.: : :.:: : .:.: . : . . .. ..
NP_001 ESSMKVTSSIPVF-DLQDGGRKICPRCNAQFRVTEALRGHMCYCCPEMVEYQKKGKSLDS
300 310 320 330 340 350
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pF1KB9 AP-FP-AAFPKDNIHFKPINTNLDRANELAKTDILSLTSQNKTF-DPKKENPIVLLSDFY
: : :: : . . :. .. . . : . .. :.. : . . :.:..:::
NP_001 EPSVPSAAKPPSPEKTAPVASTPSSTPIPALSPPTKVPEPNENVGDAVQTKLIMLVDDFY
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pF1KB9 YGQHKGE-GQPEQ--KTHTTFKCLSCVKVLKN-VKFMNHVKHHLEFEKQRNDSWENHTTC
::. :. .: . :. :.:.: :.: ::: ..::::.:::.:...: : ..:: :
NP_001 YGRDGGKVAQLTNFPKVATSFRCPHCTKRLKNNIRFMNHMKHHVELDQQ-NGEVDGHTIC
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pF1KB9 QHCHRQFPTPFQLQCHIENVHTAQEPSTVCKICELSFETDQVLLQHMKDHHKPGEMPYVC
:::.::: ::::::::.::::. : .: ::::: .::.. ..:::::: ::::::::::
NP_001 QHCYRQFSTPFQLQCHLENVHSPYESTTKCKICEWAFESEPLFLQHMKDTHKPGEMPYVC
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pF1KB9 QVCHYRSSVFADVETHFRTCHENTKNLLCPFCLKIFKTATPYMCHYRGHWGKSAHQCSKC
:::.::::....:..::: ::.:..::::.:::.::... .. :: : .....:.::
NP_001 QVCQYRSSLYSEVDVHFRMIHEDTRHLLCPYCLKVFKNGNAFQQHYMRHQKRNVYHCNKC
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pF1KB9 RLQFLTFKEKMEHKTQCHQMFKKPKQLEGLPPETKVTIQVSLEPLQPGSVDVASITVSTS
::::: :.:.::: : :. :.:::::::: : :::::..: :: .: :.: . :
NP_001 RLQFLFAKDKIEHKLQHHKTFRKPKQLEGLKPGTKVTIRASRG--QPRTVPVSSNDTPPS
600 610 620 630 640
530 540
pF1KB9 DSEPSLPRSKSKISKKSH
. . : ..:
NP_001 ALQEAAPLTSSMDPLPVFLYPPVQRSIQKRAVRKMSVMGRQTCLECSFEIPDFPNHFPTY
650 660 670 680 690 700
>>XP_005245063 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo tra (1357 aa)
initn: 944 init1: 816 opt: 990 Z-score: 519.7 bits: 107.2 E(85289): 3.3e-22
Smith-Waterman score: 1018; 36.7% identity (61.9% similar) in 528 aa overlap (33-536:147-668)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 QSCEEEKEPEPQKNIQETKQVDDEDAELIFVGVEHVNEDAELIFVGVTSNSKPVVSNILN
::: .: . . : : .:. .: ..
XP_005 VGIVLNVQQGQTVRPITLVPAPGTQFVKPTVGVPQVFSQMTPVRPGSTMPVRPT-TNTFT
120 130 140 150 160 170
70 80 90 100 110
pF1KB9 RVTPGSWSRRKKYDHLRKDTARKLQPKSHETVTSEAVTVLPA----SQLESRSTDSPIII
: :.. . :. . .. : :.. : :. : : : .: .: .: .
XP_005 TVIPATLTIRSTVPQ-SQSQQTKSTPSTSTTPTATQPTSLGQLAVQSPGQSNQTTNPKLA
180 190 200 210 220 230
120 130 140 150 160
pF1KB9 EPLSKPDYRN-------SSPQVVPNNSSE---LPSPLITFTDSLHHPVSTALSVGG-INE
. .: . . : :. .::.: : . : :. . . : ...: .. .
XP_005 PSFPSPPAVSIASFVTVKRPGVTGENSNEVAKLVNTLNTIPSLGQSPGPVVVSNNSSAHG
240 250 260 270 280 290
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 SPRVSKQLSTFEVNSINPKRAKLRDG--IIEGNSSASFPSDTFHTMNTQQSTPSNNVHTS
: :.: :...:.: : :.:: : .:.: . : . .
XP_005 SQRTSGPESSMKVTSSIPVF-DLQDGGRKICPRCNAQFRVTEALRGHMCYCCPEMVEYQK
300 310 320 330 340 350
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 LSHVQNGAP-FP-AAFPKDNIHFKPINTNLDRANELAKTDILSLTSQNKTF-DPKKENPI
.. .. : : :: : . . :. .. . . : . .. :.. : . . :
XP_005 KGKSLDSEPSVPSAAKPPSPEKTAPVASTPSSTPIPALSPPTKVPEPNENVGDAVQTKLI
360 370 380 390 400 410
290 300 310 320 330
pF1KB9 VLLSDFYYGQHKGE-GQPEQ--KTHTTFKCLSCVKVLKN-VKFMNHVKHHLEFEKQRNDS
.:..:::::. :. .: . :. :.:.: :.: ::: ..::::.:::.:...: :
XP_005 MLVDDFYYGRDGGKVAQLTNFPKVATSFRCPHCTKRLKNNIRFMNHMKHHVELDQQ-NGE
420 430 440 450 460 470
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 WENHTTCQHCHRQFPTPFQLQCHIENVHTAQEPSTVCKICELSFETDQVLLQHMKDHHKP
..:: ::::.::: ::::::::.::::. : .: ::::: .::.. ..:::::: :::
XP_005 VDGHTICQHCYRQFSTPFQLQCHLENVHSPYESTTKCKICEWAFESEPLFLQHMKDTHKP
480 490 500 510 520 530
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 GEMPYVCQVCHYRSSVFADVETHFRTCHENTKNLLCPFCLKIFKTATPYMCHYRGHWGKS
::::::::::.::::....:..::: ::.:..::::.:::.::... .. :: : ..
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