Result of FASTA (omim) for
pF1KB9538
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9538, 352 aa
1>>>pF1KB9538 352 - 352 aa - 352 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0868+/-0.000868; mu= 9.3741+/- 0.053
mean_var=324.5577+/-66.782, 0's: 0 Z-trim(109.8): 2031 B-trim: 113 in 2/49
Lambda= 0.071192
statistics sampled from 15709 (18017) to 15709 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.528), E-opt: 0.2 (0.211), width: 16
Scan time: 7.270
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 568) 1218 140.2 1.1e-32
NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 i ( 604) 1218 140.2 1.1e-32
XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger ( 609) 1218 140.3 1.1e-32
NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 620) 1218 140.3 1.1e-32
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1211 139.6 1.9e-32
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1211 139.6 1.9e-32
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1211 139.6 1.9e-32
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1211 139.6 1.9e-32
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1211 139.6 1.9e-32
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1211 139.6 1.9e-32
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 1211 139.7 2e-32
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 1211 139.7 2e-32
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1211 139.7 2.1e-32
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1211 139.7 2.1e-32
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311077 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311082 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311080 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1211 139.7 2.1e-32
XP_006724618 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1211 139.7 2.1e-32
XP_016885305 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1211 139.7 2.1e-32
XP_016885304 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1211 139.7 2.1e-32
XP_016885299 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1211 139.7 2.1e-32
XP_016885303 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1211 139.7 2.1e-32
XP_016885300 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1211 139.7 2.1e-32
XP_006724613 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1211 139.7 2.1e-32
XP_016885301 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1211 139.7 2.1e-32
XP_016885302 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311083 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 813) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001311084 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 821) 1211 139.7 2.1e-32
NP_001007089 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 620) 1200 138.4 4e-32
NP_008893 (OMIM: 314993) zinc finger protein 182 i ( 639) 1200 138.4 4.1e-32
NP_001171570 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 639) 1200 138.4 4.1e-32
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1192 137.5 6.5e-32
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1192 137.5 6.5e-32
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1192 137.5 6.5e-32
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1192 137.5 6.5e-32
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1192 137.6 7.2e-32
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1192 137.7 7.4e-32
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1192 137.7 7.4e-32
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1192 137.7 7.4e-32
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1192 137.7 7.4e-32
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1192 137.7 7.6e-32
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1192 137.7 7.6e-32
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1192 137.7 7.6e-32
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1192 137.7 7.6e-32
>>NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 is (568 aa)
initn: 1173 init1: 1173 opt: 1218 Z-score: 708.1 bits: 140.2 E(85289): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 1218; 56.5% identity (81.1% similar) in 301 aa overlap (56-352:240-540)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 ERGDLFGKALNLNTDFVSLRQVPYKYDLYEKTLKYNSDLLNSNRSYAGKQTDECNEFGKA
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NP_001 CGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQLIVHQRIHTGKKPYDCGACGKA
210 220 230 240 250 260
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 L---LYLK-QEKTHSGVEYSEYNKSGKALSHKAAIFKHQKIKNLVQPFICTYCDKAFSFK
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NP_001 FSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQRVHTGEKPYECSECGKAFSQK
270 280 290 300 310 320
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 SLLISHKRIHTGEKPYECNVCKKTFSHKANLIKHQRIHTGEKPFECPECGKAFTHQSNLI
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NP_001 SPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHTGEKPYECTECGKAFCEKSHLI
330 340 350 360 370 380
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 VHQRAHMEKKPYECSECGKTFAQKFELTTHQRIHTGERPYECNECAKTFFKKSNLIIHQK
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NP_001 IHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKPYECTECGKTFSRKSQLIIHQR
390 400 410 420 430 440
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 IHTGEKRYECSECGKSFIQNSQLIIHMRTHTGEKPYECTECGKTFSQRSTLRLHLRIHTG
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NP_001 THTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICTECGKAFSQKSHLPGHQRIHTG
450 460 470 480 490 500
330 340 350
pF1KB9 EKPYECSECGKAFSRKSRLSVHQRVHIGEKP
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NP_001 EKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGKAFIQKSQLTVHQRIHTVVKS
510 520 530 540 550 560
>>NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 isofo (604 aa)
initn: 1173 init1: 1173 opt: 1218 Z-score: 707.8 bits: 140.2 E(85289): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 1218; 56.5% identity (81.1% similar) in 301 aa overlap (56-352:276-576)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 ERGDLFGKALNLNTDFVSLRQVPYKYDLYEKTLKYNSDLLNSNRSYAGKQTDECNEFGKA
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NP_443 CGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQLIVHQRIHTGKKPYDCGACGKA
250 260 270 280 290 300
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 L---LYLK-QEKTHSGVEYSEYNKSGKALSHKAAIFKHQKIKNLVQPFICTYCDKAFSFK
. ..: ...::.: . . .. :::.:.:.... ::.... .:. :. : :::: :
NP_443 FSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQRVHTGEKPYECSECGKAFSQK
310 320 330 340 350 360
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 SLLISHKRIHTGEKPYECNVCKKTFSHKANLIKHQRIHTGEKPFECPECGKAFTHQSNLI
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NP_443 SPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHTGEKPYECTECGKAFCEKSHLI
370 380 390 400 410 420
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 VHQRAHMEKKPYECSECGKTFAQKFELTTHQRIHTGERPYECNECAKTFFKKSNLIIHQK
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NP_443 IHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKPYECTECGKTFSRKSQLIIHQR
430 440 450 460 470 480
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 IHTGEKRYECSECGKSFIQNSQLIIHMRTHTGEKPYECTECGKTFSQRSTLRLHLRIHTG
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NP_443 THTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICTECGKAFSQKSHLPGHQRIHTG
490 500 510 520 530 540
330 340 350
pF1KB9 EKPYECSECGKAFSRKSRLSVHQRVHIGEKP
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NP_443 EKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGKAFIQKSQLTVHQRIHTVVKS
550 560 570 580 590 600
>>XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger pro (609 aa)
initn: 1173 init1: 1173 opt: 1218 Z-score: 707.8 bits: 140.3 E(85289): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 1218; 56.5% identity (81.1% similar) in 301 aa overlap (56-352:281-581)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 ERGDLFGKALNLNTDFVSLRQVPYKYDLYEKTLKYNSDLLNSNRSYAGKQTDECNEFGKA
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XP_011 CGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQLIVHQRIHTGKKPYDCGACGKA
260 270 280 290 300 310
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 L---LYLK-QEKTHSGVEYSEYNKSGKALSHKAAIFKHQKIKNLVQPFICTYCDKAFSFK
. ..: ...::.: . . .. :::.:.:.... ::.... .:. :. : :::: :
XP_011 FSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQRVHTGEKPYECSECGKAFSQK
320 330 340 350 360 370
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 SLLISHKRIHTGEKPYECNVCKKTFSHKANLIKHQRIHTGEKPFECPECGKAFTHQSNLI
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XP_011 SPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHTGEKPYECTECGKAFCEKSHLI
380 390 400 410 420 430
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 VHQRAHMEKKPYECSECGKTFAQKFELTTHQRIHTGERPYECNECAKTFFKKSNLIIHQK
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XP_011 IHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKPYECTECGKTFSRKSQLIIHQR
440 450 460 470 480 490
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 IHTGEKRYECSECGKSFIQNSQLIIHMRTHTGEKPYECTECGKTFSQRSTLRLHLRIHTG
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XP_011 THTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICTECGKAFSQKSHLPGHQRIHTG
500 510 520 530 540 550
330 340 350
pF1KB9 EKPYECSECGKAFSRKSRLSVHQRVHIGEKP
:::: :.:::::::.:: : .:::.: ::.:
XP_011 EKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGKAFIQKSQLTVHQRIHTVVKS
560 570 580 590 600
>>NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 is (620 aa)
initn: 1173 init1: 1173 opt: 1218 Z-score: 707.7 bits: 140.3 E(85289): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 1218; 56.5% identity (81.1% similar) in 301 aa overlap (56-352:292-592)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 ERGDLFGKALNLNTDFVSLRQVPYKYDLYEKTLKYNSDLLNSNRSYAGKQTDECNEFGKA
:.. .:.:. .: ..::. .:. :::
NP_001 CGNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKSQLIVHQRIHTGKKPYDCGACGKA
270 280 290 300 310 320
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 L---LYLK-QEKTHSGVEYSEYNKSGKALSHKAAIFKHQKIKNLVQPFICTYCDKAFSFK
. ..: ...::.: . . .. :::.:.:.... ::.... .:. :. : :::: :
NP_001 FSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQRVHTGEKPYECSECGKAFSQK
330 340 350 360 370 380
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 SLLISHKRIHTGEKPYECNVCKKTFSHKANLIKHQRIHTGEKPFECPECGKAFTHQSNLI
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NP_001 SPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHTGEKPYECTECGKAFCEKSHLI
390 400 410 420 430 440
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 VHQRAHMEKKPYECSECGKTFAQKFELTTHQRIHTGERPYECNECAKTFFKKSNLIIHQK
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NP_001 IHKRIHTGEKPYKCAQCEEAFSRKTELITHQLVHTGEKPYECTECGKTFSRKSQLIIHQR
450 460 470 480 490 500
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 IHTGEKRYECSECGKSFIQNSQLIIHMRTHTGEKPYECTECGKTFSQRSTLRLHLRIHTG
::::: :.::::::.: :.:.:: :.: ::::::: ::::::.:::.: : : :::::
NP_001 THTGEKPYKCSECGKAFCQKSHLIGHQRIHTGEKPYICTECGKAFSQKSHLPGHQRIHTG
510 520 530 540 550 560
330 340 350
pF1KB9 EKPYECSECGKAFSRKSRLSVHQRVHIGEKP
:::: :.:::::::.:: : .:::.: ::.:
NP_001 EKPYICAECGKAFSQKSDLVLHQRIHTGERPYQCAICGKAFIQKSQLTVHQRIHTVVKS
570 580 590 600 610 620
>>NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 iso (693 aa)
initn: 1148 init1: 1148 opt: 1211 Z-score: 703.4 bits: 139.6 E(85289): 1.9e-32
Smith-Waterman score: 1218; 51.4% identity (77.6% similar) in 331 aa overlap (32-352:247-576)
10 20 30 40 50
pF1KB9 ERDHRNPDEQARQFLILKNQTPIEERGDLFGKALNLNTDFVSLRQV-----PYKYDLYEK
::...:...... ... ::: . :
NP_001 KSNKVFPQKPQVDVHPSVYTGEKPYLCTQCGKVFTLKSNLITHQKIHTGQKPYKCSECGK
220 230 240 250 260 270
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 TLKYNSDLLNSNRSYAGKQTDECNEFGKAL-----LYLKQEKTHSGVEYSEYNKSGKALS
.. :::. : ..:.. ::.: ::.. : ..: :::.: .. : :. :::..
NP_001 AFFQRSDLFRHLRIHTGEKPYECSECGKGFSQNSDLSIHQ-KTHTGEKHYECNECGKAFT
280 290 300 310 320 330
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 HKAAIFKHQKIKNLVQPFICTYCDKAFSFKSLLISHKRIHTGEKPYECNVCKKTFSHKAN
.:.:. ::.:.. .:..:. : ::: :: . .:.:::::::::::. : :.:..:..
NP_001 RKSALRMHQRIHTGEKPYVCADCGKAFIQKSHFNTHQRIHTGEKPYECSDCGKSFTKKSQ
340 350 360 370 380 390
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LIKHQRIHTGEKPFECPECGKAFTHQSNLIVHQRAHMEKKPYECSECGKTFAQKFELTTH
: ::::::::::. : ::::.:::..:: .::..: .::: :.::::.:... .: :
NP_001 LHVHQRIHTGEKPYICTECGKVFTHRTNLTTHQKTHTGEKPYMCAECGKAFTDQSNLIKH
400 410 420 430 440 450
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 QRIHTGERPYECNECAKTFFKKSNLIIHQKIHTGEKRYECSECGKSFIQNSQLIIHMRTH
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.:.:. : . : : :.: :. . :..: .. : ..
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.:: : .. : . .:. ::::: :: : :.:: .: :.:.:. :.: :.
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::: :: . .:.: :. . .: ..:::::: :..:
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pF1KB9 P
:
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pF1KB9 AAIFKHQKIKNLVQPFICTYCDKAFSFKSLLISHKRIHTGEKPYECNVCKKTFSHKANLI
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pF1KB9 RIHTGERPYECNECAKTFFKKSNLIIHQKIHTGEKRYECSECGKSFIQNSQLIIHMRTHT
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NP_001 NAKTGANSCEHDHYEKHLSHKQAPTHHQKIHPEEKLYVCTECVMGFTQKSHLFEHQRIHA
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NP_001 RKSALRMHQRIHTGEKPYVCADCGKAFIQKSHFNTHQRIHTGEKPYECSDCGKSFTKKSQ
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pF1KB9 P
:
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pF1KB9 TFFKKSNLIIHQKIHTGEKRYECSECGKSFIQNSQLIIHMRTHTGEKPYECTECGKTFSQ
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NP_001 AFTDRSNLIKHQKMHSGEKRYKASD
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pF1KB9 AAIFKHQKIKNLVQPFICTYCDKAFSFKSLLISHKRIHTGEKPYECNVCKKTFSHKANLI
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NP_001 PIGEDSLCSILEELWQDNDQLEQRQENQNNLLSHVKVLIKERGYEHKNIEKIIHVTTKLV
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 KH-QRIHTGEKPFECPECGKAFTHQSNLIVHQRAHMEKKPYECSECGKTFAQKFELTTHQ
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NP_001 PSIKRLHN---------CDTILKHTLNSHNHNRNSATKNLGKIFGNGNNFPHSPSSTKNE
100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 RIHTGERPYECNECAKTFFKKSNLIIHQKIHTGEKRYECSECGKSFIQNSQLIIHMRTHT
.:: : .. : . .:. ::::: :: : :.:: .: :.:.:. :.: :.
NP_001 NAKTGANSCEHDHYEKHLSHKQAPTHHQKIHPEEKLYVCTECVMGFTQKSHLFEHQRIHA
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 GEKPYECTECGKTFSQRSTLRLHLRIHTGEKPYECSECGKAFSRKSRLSVHQRVHIGEKP
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NP_001 GEKSRECDKSNKVFPQKPQVDVHPSVYTGEKPYLCTQCGKVFTLKSNLITHQKIHTGQKP
210 220 230 240 250 260
NP_001 YKCSECGKAFFQRSDLFRHLRIHTGEKPYECSECGKGFSQNSDLSIHQKTHTGEKHYECN
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352 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]