Result of FASTA (omim) for
pF1KB9467
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9467, 1181 aa
1>>>pF1KB9467 1181 - 1181 aa - 1181 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8715+/-0.0006; mu= 19.0963+/- 0.037
mean_var=71.8594+/-14.928, 0's: 0 Z-trim(106.4): 177 B-trim: 482 in 1/52
Lambda= 0.151298
statistics sampled from 14316 (14514) to 14316 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.504), E-opt: 0.2 (0.17), width: 16
Scan time: 14.650
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002194 (OMIM: 192974,614200) integrin alpha-2 p (1181) 7727 1697.2 0
NP_003628 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isoform (1167) 2280 508.2 1.2e-142
XP_016858112 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1180) 2221 495.4 9.1e-139
XP_016858111 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1181) 2187 487.9 1.6e-136
XP_005277493 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1105) 2083 465.2 1e-129
NP_001004439 (OMIM: 604789) integrin alpha-11 prec (1188) 2042 456.3 5.3e-127
XP_016858113 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 2038 455.4 9.3e-127
XP_016858114 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 2010 449.3 6.5e-125
NP_001289970 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1024) 1886 422.2 8.2e-117
NP_001289969 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1036) 1886 422.2 8.3e-117
XP_011508385 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1002) 1862 417.0 3e-115
XP_005254285 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1086) 1859 416.3 5.2e-115
XP_016858115 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1100) 1801 403.7 3.4e-111
XP_016858116 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 835) 1791 401.4 1.2e-110
NP_852478 (OMIM: 192968) integrin alpha-1 precurso (1179) 1742 390.8 2.7e-107
XP_011519665 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1119) 1661 373.1 5.4e-102
XP_016858117 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 796) 1353 305.8 6.9e-82
XP_016878704 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1164) 1037 236.9 5.6e-61
XP_011544141 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1173) 1037 236.9 5.7e-61
XP_011522127 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1185) 1013 231.7 2.2e-59
XP_016880075 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1191) 1013 231.7 2.2e-59
XP_011522125 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1217) 1013 231.7 2.2e-59
NP_002199 (OMIM: 604682) integrin alpha-E precurso (1179) 1012 231.5 2.5e-59
XP_011544138 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 1001 229.1 1.3e-58
XP_011544148 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 790) 995 227.7 2.3e-58
XP_011544145 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1028) 995 227.7 2.9e-58
XP_011544139 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 995 227.8 3.3e-58
XP_011544137 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1190) 995 227.8 3.3e-58
XP_011508386 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 658) 980 224.4 1.9e-57
XP_011544147 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 813) 981 224.6 2e-57
XP_011544150 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 690) 975 223.3 4.2e-57
XP_011522130 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1137) 966 221.4 2.6e-56
XP_011522129 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1163) 966 221.4 2.6e-56
XP_016880076 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al ( 848) 923 212.0 1.3e-53
NP_000623 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha-M i (1152) 907 208.5 1.9e-52
XP_011544146 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 998) 848 195.6 1.3e-48
NP_000878 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isoform (1163) 843 194.6 3.1e-48
NP_001273304 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isofo (1169) 843 194.6 3.2e-48
XP_011544152 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte (1091) 793 183.6 5.7e-45
XP_011544153 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 622) 786 182.0 1e-44
NP_001107852 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isofo (1086) 777 180.2 6.4e-44
NP_001139280 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha- (1153) 777 180.2 6.8e-44
XP_005255370 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1169) 777 180.2 6.9e-44
XP_011544151 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1074) 769 178.4 2.1e-43
XP_006721107 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1087) 769 178.4 2.2e-43
NP_002200 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isoform (1170) 769 178.4 2.3e-43
XP_016878705 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 917) 767 177.9 2.5e-43
XP_011544154 (OMIM: 151510) PREDICTED: integrin al ( 798) 747 173.6 4.6e-42
NP_005344 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isoform (1161) 741 172.3 1.6e-41
XP_011544143 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1160) 740 172.1 1.8e-41
>>NP_002194 (OMIM: 192974,614200) integrin alpha-2 precu (1181 aa)
initn: 7727 init1: 7727 opt: 7727 Z-score: 9107.5 bits: 1697.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7727; 100.0% identity (100.0% similar) in 1181 aa overlap (1-1181:1-1181)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGPERTGAAPLPLLLVLALSQGILNCCLAYNVGLPEAKIFSGPSSEQFGYAVQQFINPKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MGPERTGAAPLPLLLVLALSQGILNCCLAYNVGLPEAKIFSGPSSEQFGYAVQQFINPKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 NWLLVGSPWSGFPENRMGDVYKCPVDLSTATCEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLILT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NWLLVGSPWSGFPENRMGDVYKCPVDLSTATCEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLILT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 RNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVCD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 ESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 QTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQCN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 HDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 IFSIEGTVQGGDNFQMEMSQVGFSADYSSQNDILMLGAVGAFGWSGTIVQKTSHGHLIFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IFSIEGTVQGGDNFQMEMSQVGFSADYSSQNDILMLGAVGAFGWSGTIVQKTSHGHLIFP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 KQAFDQILQDRNHSSYLGYSVAAISTGESTHFVAGAPRANYTGQIVLYSVNENGNITVIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KQAFDQILQDRNHSSYLGYSVAAISTGESTHFVAGAPRANYTGQIVLYSVNENGNITVIQ
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pF1KB9 AHRGDQIGSYFGSVLCSVDVDKDTITDVLLVGAPMYMSDLKKEEGRVYLFTIKEGILGQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AHRGDQIGSYFGSVLCSVDVDKDTITDVLLVGAPMYMSDLKKEEGRVYLFTIKEGILGQH
490 500 510 520 530 540
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pF1KB9 QFLEGPEGIENTRFGSAIAALSDINMDGFNDVIVGSPLENQNSGAVYIYNGHQGTIRTKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QFLEGPEGIENTRFGSAIAALSDINMDGFNDVIVGSPLENQNSGAVYIYNGHQGTIRTKY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 SQKILGSDGAFRSHLQYFGRSLDGYGDLNGDSITDVSIGAFGQVVQLWSQSIADVAIEAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SQKILGSDGAFRSHLQYFGRSLDGYGDLNGDSITDVSIGAFGQVVQLWSQSIADVAIEAS
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pF1KB9 FTPEKITLVNKNAQIILKLCFSAKFRPTKQNNQVAIVYNITLDADGFSSRVTSRGLFKEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FTPEKITLVNKNAQIILKLCFSAKFRPTKQNNQVAIVYNITLDADGFSSRVTSRGLFKEN
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pF1KB9 NERCLQKNMVVNQAQSCPEHIIYIQEPSDVVNSLDLRVDISLENPGTSPALEAYSETAKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NERCLQKNMVVNQAQSCPEHIIYIQEPSDVVNSLDLRVDISLENPGTSPALEAYSETAKV
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pF1KB9 FSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDVRQIPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAYNTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDVRQIPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAYNTG
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pF1KB9 IVVDFSENLFFASFSLPVDGTEVTCQVAASQKSVACDVGYPALKREQQVTFTINFDFNLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IVVDFSENLFFASFSLPVDGTEVTCQVAASQKSVACDVGYPALKREQQVTFTINFDFNLQ
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910 920 930 940 950 960
pF1KB9 NLQNQASLSFQALSESQEENKADNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDGNVPSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NLQNQASLSFQALSESQEENKADNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDGNVPSI
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pF1KB9 VHSFEDVGPKFIFSLKVTTGSVPVSMATVIIHIPQYTKEKNPLMYLTGVQTDKAGDISCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VHSFEDVGPKFIFSLKVTTGSVPVSMATVIIHIPQYTKEKNPLMYLTGVQTDKAGDISCN
970 980 990 1000 1010 1020
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pF1KB9 ADINPLKIGQTSSSVSFKSENFRHTKELNCRTASCSNVTCWLKDVHMKGEYFVNVTTRIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ADINPLKIGQTSSSVSFKSENFRHTKELNCRTASCSNVTCWLKDVHMKGEYFVNVTTRIW
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KB9 NGTFASSTFQTVQLTAAAEINTYNPEIYVIEDNTVTIPLMIMKPDEKAEVPTGVIIGSII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NGTFASSTFQTVQLTAAAEINTYNPEIYVIEDNTVTIPLMIMKPDEKAEVPTGVIIGSII
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180
pF1KB9 AGILLLLALVAILWKLGFFKRKYEKMTKNPDEIDETTELSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AGILLLLALVAILWKLGFFKRKYEKMTKNPDEIDETTELSS
1150 1160 1170 1180
>>NP_003628 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isoform 1 p (1167 aa)
initn: 1870 init1: 954 opt: 2280 Z-score: 2682.0 bits: 508.2 E(85289): 1.2e-142
Smith-Waterman score: 2347; 34.8% identity (65.6% similar) in 1186 aa overlap (13-1172:9-1158)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGPERTGAAPLPLLLVLALSQGILNCCLAYNVGLPEAKIFSGPSSEQFGYAVQQFINPKG
:.: :.. :. : .:. . ..: :: .:::.: : ..
NP_003 MELPFVTHLFLPLVFLTGL---CSPFNLDEHHPRLFPGPPEAEFGYSVLQHVGGGQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB9 NWLLVGSPWSGFPENRMGDVYKCPVDLS-TATCEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLIL
:.:::.::.: .: ::::.::: . .: : : .: . .. : .. .:: ::. :
NP_003 RWMLVGAPWDGPSGDRRGDVYRCPVGGAHNAPCAKGHLG-DYQLGNSSHPAVNMHLGMSL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 TRNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVC
.. : :::..:.:::.. ::.. ...:.:. .. .:: ..:..:..: ::. .:::.:
NP_003 LETDGDGGFMACAPLWSRACGSSVFSSGICARVDASFQPQGSLAPTAQRCPTYMDVVIVL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 DESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVAT
: :::::::. :..::...: : : : . ::::.::...: ..:. ..::::.. :.
NP_003 DGSNSIYPWSEVQTFLRRLVGKLFIDPEQIQVGLVQYGESPVHEWSLGDFRTKEEVVRAA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 SQTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQC
.. :. : :.: ::. : ..: . ::: :....::::::::::: : :.. :
NP_003 KNLSRREGRETKTAQAIMVACTEGFSQSHGGRPEAARLLVVVTDGESHDGEELPAALKAC
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 NHDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGE
. . :.::::::. : : .....::..::: : ::.::::.::::: . . .::.
NP_003 EAGRVTRYGIAVLGHYLRRQRDPSSFLREIRTIASDPDERFFFNVTDEAALTDIVDALGD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 QIFSIEGT-VQGGDNFQMEMSQVGFSADYSSQNDILMLGAVGAFGWSGTIVQKTSHGHLI
.::..::. ... ..: .::::.:::. .: ...: :::. :.:... :: .
NP_003 RIFGLEGSHAENESSFGLEMSQIGFSTHR--LKDGILFGMVGAYDWGGSVLW-LEGGHRL
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 FP-----KQAFDQILQDRNHSSYLGYSVAAIST-GESTHFVAGAPRANYTGQIVLYSVNE
:: .. : :: ::..::::::... : :..:::: . :... .....
NP_003 FPPRMALEDEFPPALQ--NHAAYLGYSVSSMLLRGGRRLFLSGAPRFRHRGKVIAFQLKK
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 NGNITVIQAHRGDQIGSYFGSVLCSVDVDKDTITDVLLVGAPMYMSDLKKEEGRVYLFTI
.: . : :. .:.:::::::: :: .:.:.: ::::::.:::... .:: ::::.. .
NP_003 DGAVRVAQSLQGEQIGSYFGSELCPLDTDRDGTTDVLLVAAPMFLGPQNKETGRVYVYLV
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 KEGILGQHQFLEGPEGIENTRFGSAIAALSDINMDGFNDVIVGSPLENQNSGAVYIYNGH
. : : :: ...::: :..:: :.:.::: :: ::.:::. ..::.:.:.:
NP_003 GQQSLLTLQGTLQPEPPQDARFGFAMGALPDLNQDGFADVAVGAPLEDGHQGALYLYHGT
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KB9 QGTIRTKYSQKILGSDGAFRSHLQYFGRSLDGYGDLNGDSITDVSIGAFGQVVQLWSQSI
:. .: . .:.: .. .. :.:::::.:: ::.::...::..:: : .. : :. :
NP_003 QSGVRPHPAQRIAAA--SMPHALSYFGRSVDGRLDLDGDDLVDVAVGAQGAAILLSSRPI
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700
pF1KB9 ADVAIEASFTPEKITLVNKNAQ--------IILKLCFSAKFR-PTKQNNQVAIVYNITLD
. .. ::. :..:... . . :::.. : : . ..: . .. .::
NP_003 VHLTPSLEVTPQAISVVQRDCRRRGQEAVCLTAALCFQVTSRTPGRWDHQFYMRFTASLD
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750 760
pF1KB9 ADGFSSRVTSRGLFKENNERCLQKNMVVNQAQSCPEHIIYIQEPSDVVNSLDLRVDISLE
..:.. : .. . : :. . :... .: . ... . :: . . : : ..:.
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NP_001 QRDPSSFLREIRTIASDPDERFFFNVTDEAALTDIVDALGDRIFGLEGSHAENESSFGLE
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