Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9461
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9461, 558 aa
1>>>pF1KB9461 558 - 558 aa - 558 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5211+/-0.00111; mu= 17.2749+/- 0.067
mean_var=70.2899+/-13.705, 0's: 0 Z-trim(103.0): 24 B-trim: 0 in 0/46
Lambda= 0.152978
statistics sampled from 7191 (7207) to 7191 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.221), width: 16
Scan time: 2.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9700.1 ATL1 gene_id:51062|Hs108|chr14 ( 558) 3676 821.0 0
CCDS32077.1 ATL1 gene_id:51062|Hs108|chr14 ( 553) 3625 809.8 0
CCDS1795.1 ATL2 gene_id:64225|Hs108|chr2 ( 579) 2540 570.3 2.2e-162
CCDS77402.1 ATL2 gene_id:64225|Hs108|chr2 ( 565) 2517 565.2 7.2e-161
CCDS46260.1 ATL2 gene_id:64225|Hs108|chr2 ( 583) 2517 565.2 7.4e-161
CCDS73309.1 ATL3 gene_id:25923|Hs108|chr11 ( 523) 2262 508.9 5.9e-144
CCDS41663.1 ATL3 gene_id:25923|Hs108|chr11 ( 541) 2262 509.0 6.1e-144
CCDS82436.1 ATL2 gene_id:64225|Hs108|chr2 ( 413) 1995 450.0 2.6e-126
CCDS58529.1 RNF112 gene_id:7732|Hs108|chr17 ( 631) 324 81.3 3.9e-15
>>CCDS9700.1 ATL1 gene_id:51062|Hs108|chr14 (558 aa)
initn: 3676 init1: 3676 opt: 3676 Z-score: 4384.1 bits: 821.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3676; 100.0% identity (100.0% similar) in 558 aa overlap (1-558:1-558)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAKNRRDRNSWGGFSEKTYEWSSEEEEPVKKAGPVQVLIVKDDHSFELDETALNRILLSE
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CCDS97 MAKNRRDRNSWGGFSEKTYEWSSEEEEPVKKAGPVQVLIVKDDHSFELDETALNRILLSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 AVRDKEVVAVSVAGAFRKGKSFLMDFMLRYMYNQESVDWVGDYNEPLTGFSWRGGSERET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 AVRDKEVVAVSVAGAFRKGKSFLMDFMLRYMYNQESVDWVGDYNEPLTGFSWRGGSERET
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TGIQIWSEIFLINKPDGKKVAVLLMDTQGTFDSQSTLRDSATVFALSTMISSIQVYNLSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TGIQIWSEIFLINKPDGKKVAVLLMDTQGTFDSQSTLRDSATVFALSTMISSIQVYNLSQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 NVQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEETFLKPFQSLIFLVRDWSFPYEFSYGADGGAKFLEKRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 NVQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEETFLKPFQSLIFLVRDWSFPYEFSYGADGGAKFLEKRL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 KVSGNQHEELQNVRKHIHSCFTNISCFLLPHPGLKVATNPNFDGKLKEIDDEFIKNLKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 KVSGNQHEELQNVRKHIHSCFTNISCFLLPHPGLKVATNPNFDGKLKEIDDEFIKNLKIL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 IPWLLSPESLDIKEINGNKITCRGLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEANNLAAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 IPWLLSPESLDIKEINGNKITCRGLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEANNLAAV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 ATAKDTYNKKMEEICGGDKPFLAPNDLQTKHLQLKEESVKLFRGVKKMGGEEFSRRYLQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 ATAKDTYNKKMEEICGGDKPFLAPNDLQTKHLQLKEESVKLFRGVKKMGGEEFSRRYLQQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 LESEIDELYIQYIKHNDSKNIFHAARTPATLFVVIFITYVIAGVTGFIGLDIIASLCNMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 LESEIDELYIQYIKHNDSKNIFHAARTPATLFVVIFITYVIAGVTGFIGLDIIASLCNMI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 MGLTLITLCTWAYIRYSGEYRELGAVIDQVAAALWDQGSTNEALYKLYSAAATHRHLYHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MGLTLITLCTWAYIRYSGEYRELGAVIDQVAAALWDQGSTNEALYKLYSAAATHRHLYHQ
490 500 510 520 530 540
550
pF1KB9 AFPTPKSESTEQSEKKKM
::::::::::::::::::
CCDS97 AFPTPKSESTEQSEKKKM
550
>>CCDS32077.1 ATL1 gene_id:51062|Hs108|chr14 (553 aa)
initn: 3412 init1: 3412 opt: 3625 Z-score: 4323.3 bits: 809.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3625; 99.1% identity (99.1% similar) in 558 aa overlap (1-558:1-553)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAKNRRDRNSWGGFSEKTYEWSSEEEEPVKKAGPVQVLIVKDDHSFELDETALNRILLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MAKNRRDRNSWGGFSEKTYEWSSEEEEPVKKAGPVQVLIVKDDHSFELDETALNRILLSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 AVRDKEVVAVSVAGAFRKGKSFLMDFMLRYMYNQESVDWVGDYNEPLTGFSWRGGSERET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AVRDKEVVAVSVAGAFRKGKSFLMDFMLRYMYNQESVDWVGDYNEPLTGFSWRGGSERET
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TGIQIWSEIFLINKPDGKKVAVLLMDTQGTFDSQSTLRDSATVFALSTMISSIQVYNLSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TGIQIWSEIFLINKPDGKKVAVLLMDTQGTFDSQSTLRDSATVFALSTMISSIQVYNLSQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 NVQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEETFLKPFQSLIFLVRDWSFPYEFSYGADGGAKFLEKRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NVQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEETFLKPFQSLIFLVRDWSFPYEFSYGADGGAKFLEKRL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 KVSGNQHEELQNVRKHIHSCFTNISCFLLPHPGLKVATNPNFDGKLKEIDDEFIKNLKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KVSGNQHEELQNVRKHIHSCFTNISCFLLPHPGLKVATNPNFDGKLKEIDDEFIKNLKIL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 IPWLLSPESLDIKEINGNKITCRGLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEANNLAAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IPWLLSPESLDIKEINGNKITCRGLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEANNLAAV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 ATAKDTYNKKMEEICGGDKPFLAPNDLQTKHLQLKEESVKLFRGVKKMGGEEFSRRYLQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ATAKDTYNKKMEEICGGDKPFLAPNDLQTKHLQLKEESVKLFRGVKKMGGEEFSRRYLQQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 LESEIDELYIQYIKHNDSKNIFHAARTPATLFVVIFITYVIAGVTGFIGLDIIASLCNMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LESEIDELYIQYIKHNDSKNIFHAARTPATLFVVIFITYVIAGVTGFIGLDIIASLCNMI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 MGLTLITLCTWAYIRYSGEYRELGAVIDQVAAALWDQGSTNEALYKLYSAAATHRHLYHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS32 MGLTLITLCTWAYIRYSGEYRELGAVIDQVAAALWDQ-----ALYKLYSAAATHRHLYHQ
490 500 510 520 530
550
pF1KB9 AFPTPKSESTEQSEKKKM
::::::::::::::::::
CCDS32 AFPTPKSESTEQSEKKKM
540 550
>>CCDS1795.1 ATL2 gene_id:64225|Hs108|chr2 (579 aa)
initn: 2589 init1: 2491 opt: 2540 Z-score: 3028.9 bits: 570.3 E(32554): 2.2e-162
Smith-Waterman score: 2540; 68.1% identity (89.3% similar) in 533 aa overlap (26-557:52-577)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAKNRRDRNSWGGFSEKTYEWSSEEEEPVKKAGPVQVLIV-KDDHSFELDETALN
.: .:: :::.... .:::.::::: ::.
CCDS17 RTSDPSAAVNHVSSTTSLGENYEDDDLVNSDEVMKKPCPVQIVLAHEDDHNFELDEEALE
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 RILLSEAVRDKEVVAVSVAGAFRKGKSFLMDFMLRYMYNQESVDWVGDYNEPLTGFSWRG
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CCDS17 QILLQEHIRDLNIVVVSVAGAFRKGKSFLLDFMLRYMYNKDSQSWIGGNNEPLTGFTWRG
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GSERETTGIQIWSEIFLINKPDGKKVAVLLMDTQGTFDSQSTLRDSATVFALSTMISSIQ
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CCDS17 GCERETTGIQVWNEVFVIDRPNGTKVAVLLMDTQGAFDSQSTIKDCATVFALSTMTSSVQ
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 VYNLSQNVQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEETFLKPFQSLIFLVRDWSFPYEFSYGADGGAK
:::::::.::::::::::::::::::::: . ::::.:.::.::::.::: ::: .:: .
CCDS17 VYNLSQNIQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEEIYQKPFQTLMFLIRDWSYPYEHSYGLEGGKQ
210 220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FLEKRLKVSGNQHEELQNVRKHIHSCFTNISCFLLPHPGLKVATNPNFDGKLKEIDDEFI
::::::.:. ::::::::::::::.::.:..:::::::::::::::.:::.::.::..:
CCDS17 FLEKRLQVKQNQHEELQNVRKHIHNCFSNLGCFLLPHPGLKVATNPSFDGRLKDIDEDFK
270 280 290 300 310 320
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KNLKILIPWLLSPESLDIKEINGNKITCRGLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEA
..:. :.: ::.::.: :::.:.:.::: ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 RELRNLVPLLLAPENLVEKEISGSKVTCRDLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEA
330 340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 NNLAAVATAKDTYNKKMEEICGGDKPFLAPNDLQTKHLQLKEESVKLFRGVKKMGGEEFS
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CCDS17 NNLAAVAGARDTYCKSMEQVCGGDKPYIAPSDLERKHLDLKEVAIKQFRSVKKMGGDEFC
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 RRYLQQLESEIDELYIQYIKHNDSKNIFHAARTPATLFVVIFITYVIAGVTGFIGLDIIA
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CCDS17 RRYQDQLEAEIEETYANFIKHNDGKNIFYAARTPATLFAVMFAMYIISGLTGFIGLNSIA
450 460 470 480 490 500
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 SLCNMIMGLTLITLCTWAYIRYSGEYRELGAVIDQVAAALWDQGSTNEALYKLYSAAATH
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CCDS17 VLCNLVMGLALIFLCTWAYVKYSGEFREIGTVIDQIAETLWEQ-----VFSKLFE--VTR
510 520 530 540 550
540 550
pF1KB9 RHLYHQAFPTPKSESTEQSEKKKM
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CCDS17 RRMVHRALSSAQRQRLSSNNNKKKN
560 570
>>CCDS77402.1 ATL2 gene_id:64225|Hs108|chr2 (565 aa)
initn: 2589 init1: 2491 opt: 2517 Z-score: 3001.6 bits: 565.2 E(32554): 7.2e-161
Smith-Waterman score: 2517; 72.0% identity (91.7% similar) in 493 aa overlap (26-517:34-526)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAKNRRDRNSWGGFSEKTYEWSSEEEEPVKKAGPVQVLIV-KDDHSFELDETALN
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CCDS77 KKGIKFFQRLINSKSLRFGENYEDDDLVNSDEVMKKPCPVQIVLAHEDDHNFELDEEALE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 RILLSEAVRDKEVVAVSVAGAFRKGKSFLMDFMLRYMYNQESVDWVGDYNEPLTGFSWRG
.:::.: .:: ..:.::::::::::::::.:::::::::..: .:.: :::::::.:::
CCDS77 QILLQEHIRDLNIVVVSVAGAFRKGKSFLLDFMLRYMYNKDSQSWIGGNNEPLTGFTWRG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GSERETTGIQIWSEIFLINKPDGKKVAVLLMDTQGTFDSQSTLRDSATVFALSTMISSIQ
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CCDS77 GCERETTGIQVWNEVFVIDRPNGTKVAVLLMDTQGAFDSQSTIKDCATVFALSTMTSSVQ
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 VYNLSQNVQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEETFLKPFQSLIFLVRDWSFPYEFSYGADGGAK
:::::::.::::::::::::::::::::: . ::::.:.::.::::.::: ::: .:: .
CCDS77 VYNLSQNIQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEEIYQKPFQTLMFLIRDWSYPYEHSYGLEGGKQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FLEKRLKVSGNQHEELQNVRKHIHSCFTNISCFLLPHPGLKVATNPNFDGKLKEIDDEFI
::::::.:. ::::::::::::::.::.:..:::::::::::::::.:::.::.::..:
CCDS77 FLEKRLQVKQNQHEELQNVRKHIHNCFSNLGCFLLPHPGLKVATNPSFDGRLKDIDEDFK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KNLKILIPWLLSPESLDIKEINGNKITCRGLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEA
..:. :.: ::.::.: :::.:.:.::: ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 RELRNLVPLLLAPENLVEKEISGSKVTCRDLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEA
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 NNLAAVATAKDTYNKKMEEICGGDKPFLAPNDLQTKHLQLKEESVKLFRGVKKMGGEEFS
::::::: :.::: :.::..::::::..::.::. :::.::: ..: ::.::::::.::
CCDS77 NNLAAVAGARDTYCKSMEQVCGGDKPYIAPSDLERKHLDLKEVAIKQFRSVKKMGGDEFC
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 RRYLQQLESEIDELYIQYIKHNDSKNIFHAARTPATLFVVIFITYVIAGVTGFIGLDIIA
::: .:::.::.: : ..:::::.::::.:::::::::.:.: :.:.:.::::::. ::
CCDS77 RRYQDQLEAEIEETYANFIKHNDGKNIFYAARTPATLFAVMFAMYIISGLTGFIGLNSIA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 SLCNMIMGLTLITLCTWAYIRYSGEYRELGAVIDQVAAALWDQGSTNEALYKLYSAAATH
:::..:::.:: ::::::..::::.::.:.::::.: .::.:
CCDS77 VLCNLVMGLALIFLCTWAYVKYSGEFREIGTVIDQIAETLWEQVLKPLGDNLMEENIRQS
490 500 510 520 530 540
540 550
pF1KB9 RHLYHQAFPTPKSESTEQSEKKKM
CCDS77 VTNSIKAGLTDQVSHHARLKTD
550 560
>>CCDS46260.1 ATL2 gene_id:64225|Hs108|chr2 (583 aa)
initn: 2589 init1: 2491 opt: 2517 Z-score: 3001.4 bits: 565.2 E(32554): 7.4e-161
Smith-Waterman score: 2517; 72.0% identity (91.7% similar) in 493 aa overlap (26-517:52-544)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAKNRRDRNSWGGFSEKTYEWSSEEEEPVKKAGPVQVLIV-KDDHSFELDETALN
.: .:: :::.... .:::.::::: ::.
CCDS46 RTSDPSAAVNHVSSTTSLGENYEDDDLVNSDEVMKKPCPVQIVLAHEDDHNFELDEEALE
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 RILLSEAVRDKEVVAVSVAGAFRKGKSFLMDFMLRYMYNQESVDWVGDYNEPLTGFSWRG
.:::.: .:: ..:.::::::::::::::.:::::::::..: .:.: :::::::.:::
CCDS46 QILLQEHIRDLNIVVVSVAGAFRKGKSFLLDFMLRYMYNKDSQSWIGGNNEPLTGFTWRG
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 GSERETTGIQIWSEIFLINKPDGKKVAVLLMDTQGTFDSQSTLRDSATVFALSTMISSIQ
: ::::::::.:.:.:.:..:.: :::::::::::.::::::..: ::::::::: ::.:
CCDS46 GCERETTGIQVWNEVFVIDRPNGTKVAVLLMDTQGAFDSQSTIKDCATVFALSTMTSSVQ
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 VYNLSQNVQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEETFLKPFQSLIFLVRDWSFPYEFSYGADGGAK
:::::::.::::::::::::::::::::: . ::::.:.::.::::.::: ::: .:: .
CCDS46 VYNLSQNIQEDDLQHLQLFTEYGRLAMEEIYQKPFQTLMFLIRDWSYPYEHSYGLEGGKQ
210 220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FLEKRLKVSGNQHEELQNVRKHIHSCFTNISCFLLPHPGLKVATNPNFDGKLKEIDDEFI
::::::.:. ::::::::::::::.::.:..:::::::::::::::.:::.::.::..:
CCDS46 FLEKRLQVKQNQHEELQNVRKHIHNCFSNLGCFLLPHPGLKVATNPSFDGRLKDIDEDFK
270 280 290 300 310 320
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KNLKILIPWLLSPESLDIKEINGNKITCRGLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEA
..:. :.: ::.::.: :::.:.:.::: ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RELRNLVPLLLAPENLVEKEISGSKVTCRDLVEYFKAYIKIYQGEELPHPKSMLQATAEA
330 340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 NNLAAVATAKDTYNKKMEEICGGDKPFLAPNDLQTKHLQLKEESVKLFRGVKKMGGEEFS
::::::: :.::: :.::..::::::..::.::. :::.::: ..: ::.::::::.::
CCDS46 NNLAAVAGARDTYCKSMEQVCGGDKPYIAPSDLERKHLDLKEVAIKQFRSVKKMGGDEFC
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 RRYLQQLESEIDELYIQYIKHNDSKNIFHAARTPATLFVVIFITYVIAGVTGFIGLDIIA
::: .:::.::.: : ..:::::.::::.:::::::::.:.: :.:.:.::::::. ::
CCDS46 RRYQDQLEAEIEETYANFIKHNDGKNIFYAARTPATLFAVMFAMYIISGLTGFIGLNSIA
450 460 470 480 490 500
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 SLCNMIMGLTLITLCTWAYIRYSGEYRELGAVIDQVAAALWDQGSTNEALYKLYSAAATH
:::..:::.:: ::::::..::::.::.:.::::.: .::.:
CCDS46 VLCNLVMGLALIFLCTWAYVKYSGEFREIGTVIDQIAETLWEQVLKPLGDNLMEENIRQS
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540 550
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CCDS73 RPSMDKKAQ
520
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CCDS41 DHIRDLDVVVVSVAGAFRKGKSFILDFMLRYLYSQKESGHSNWLGDPEEPLTGFSWRGGS
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CCDS41 DPETTGIQIWSEVFTVEKPGGKKVAVVLMDTQGAFDSQSTVKDCATIFALSTMTSSVQIY
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CCDS41 LAAAASAKDIYYNNMEEVCGGEKPYLSPDILEEKHCEFKQLALDHFKKTKKMGGKDFSFR
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CCDS41 YQQELEEEIKELYENFCKHNGSKNVFSTFRTPAVLFTGIVALYIASGLTGFIGLEVVAQL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]