FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9458, 837 aa
1>>>pF1KB9458 837 - 837 aa - 837 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7689+/-0.00101; mu= 10.1444+/- 0.061
mean_var=147.2669+/-29.954, 0's: 0 Z-trim(110.3): 33 B-trim: 489 in 2/49
Lambda= 0.105687
statistics sampled from 11460 (11484) to 11460 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.353), width: 16
Scan time: 3.580
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45576.1 TRPV1 gene_id:7442|Hs108|chr17 ( 839) 4545 705.2 1.2e-202
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CCDS9134.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 ( 871) 2201 347.8 4.6e-95
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CCDS53828.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 ( 824) 1862 296.1 1.6e-79
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CCDS53827.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 ( 764) 1280 207.4 7.8e-53
CCDS9135.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 ( 811) 728 123.2 1.8e-27
CCDS5875.1 TRPV5 gene_id:56302|Hs108|chr7 ( 729) 519 91.3 6.4e-18
CCDS5874.2 TRPV6 gene_id:55503|Hs108|chr7 ( 765) 513 90.4 1.2e-17
>>CCDS45576.1 TRPV1 gene_id:7442|Hs108|chr17 (839 aa)
initn: 4545 init1: 4545 opt: 4545 Z-score: 3751.9 bits: 705.2 E(32554): 1.2e-202
Smith-Waterman score: 4550; 88.5% identity (91.8% similar) in 809 aa overlap (47-837:35-839)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 RPRAAPGSLGRVTRRRLSRWIALTRKVSWTPARPSQSALLSPSR--GQ---ETAPPVPGC
::.:. :. : .: :. : : :: :
CCDS45 SSTDLGAAADPLQKDTCPDPLDGDPNSRPPPAKPQLSTAKSRTRLFGKGDSEEAFPVD-C
10 20 30 40 50 60
80 90 100 110
pF1KB9 ---------CPR-TLSPPAP-RRPSGSMIAGVSLKPLLRITARIWRACCSSCRRA--RST
:: :.:: .:: :. .:. : ..: .. ::. ...
CCDS45 PHEEGELDSCPTITVSPVITIQRP-GDGPTGARLLSQDSVAASTEKTLRLYDRRSIFEAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
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CCDS45 AQNNCQDLESLLLFLQKSKKHLTDNEF--KDPETGKTCLLKAMLNLHDGQNTTIPLLLEI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
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CCDS45 ARQTDSLKELVNASYTDSYYKGQTALHIAIERRNMALVTLLVENGADVQAAAHGDFFKKT
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KGRPGFYFGELPLSLAACTNQLGIVKFLLQNSWQTADISARDSVGNTVLHALVEVADNTA
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
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::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DNTKFVTSMYNEILMLGAKLHPTLKLEELTNKKGMTPLALAAGTGKIGVLAYILQREIQE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PECRHLSRKFTEWAYGPVHSSLYDLSCIDTCEKNSVLEVIAYSSSETPNRHDMLLVEPLN
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 RLLQDKWDRFVKRIFYFNFLVYCLYMIIFTMAAYYRPVDGLPPFKMEKTGDYFRVTGEIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RLLQDKWDRFVKRIFYFNFLVYCLYMIIFTMAAYYRPVDGLPPFKMEKTGDYFRVTGEIL
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 SVLGGVYFFFRGIQYFLQRRPSMKTLFVDSYSEMLFFLQSLFMLATVVLYFSHLKEYVAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SVLGGVYFFFRGIQYFLQRRPSMKTLFVDSYSEMLFFLQSLFMLATVVLYFSHLKEYVAS
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 MVFSLALGWTNMLYYTRGFQQMGIYAVMIEKMILRDLCRFMFVYIVFLFGFSTAVVTLIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MVFSLALGWTNMLYYTRGFQQMGIYAVMIEKMILRDLCRFMFVYIVFLFGFSTAVVTLIE
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB9 DGKNDSLPSESTSHRWRGPACRPPDSSYNSLYSTCLELFKFTIGMGDLEFTENYDFKAVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DGKNDSLPSESTSHRWRGPACRPPDSSYNSLYSTCLELFKFTIGMGDLEFTENYDFKAVF
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB9 IILLLAYVILTYILLLNMLIALMGETVNKIAQESKNIWKLQRAITILDTEKSFLKCMRKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 IILLLAYVILTYILLLNMLIALMGETVNKIAQESKNIWKLQRAITILDTEKSFLKCMRKA
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KB9 FRSGKLLQVGYTPDGKDDYRWCFRVDEVNWTTWNTNVGIINEDPGNCEGVKRTLSFSLRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FRSGKLLQVGYTPDGKDDYRWCFRVDEVNWTTWNTNVGIINEDPGNCEGVKRTLSFSLRS
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KB9 SRVSGRHWKNFALVPLLREASARDRQSAQPEEVYLRQFSGSLKPEDAEVFKSPAASGEK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SRVSGRHWKNFALVPLLREASARDRQSAQPEEVYLRQFSGSLKPEDAEVFKSPAASGEK
790 800 810 820 830
>>CCDS53829.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 (837 aa)
initn: 1880 init1: 1236 opt: 2201 Z-score: 1820.4 bits: 347.8 E(32554): 4.5e-95
Smith-Waterman score: 2201; 50.3% identity (78.1% similar) in 668 aa overlap (149-811:153-807)
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 SQTTSSKVAPALGSGRAPALACPDPPLCLSDPETGKTCLLKAMLNLHDGQNTTIPLLLEI
.: :::::: ::.::: .:.: :::.::.:
CCDS53 IVSRGSTADLDGLLPFLLTHKKRLTDEEFREPSTGKTCLPKALLNLSNGRNDTIPVLLDI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 ARQTDSLKELVNASYTDSYYKGQTALHIAIERRNMALVTLLVENGADVQAAAHGDFFKKT
:..: ...:..:. . : ::.:::::::::::: : ::: .::::.: :.: ::.
CCDS53 AERTGNMREFINSPFRDIYYRGQTALHIAIERRCKHYVELLVAQGADVHAQARGRFFQP-
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 KGRPG-FYFGELPLSLAACTNQLGIVKFLLQNSWQTADISARDSVGNTVLHALVEVADNT
: . : :::::::::::::::: ::..: .: . ::. .:: ::::::::: .::::
CCDS53 KDEGGYFYFGELPLSLAACTNQPHIVNYLTENPHKKADMRRQDSRGNTVLHALVAIADNT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 ADNTKFVTSMYNEILILGAKLHPTLKLEELTNKKGMTPLALAAGTGKIGVLAYILQREIQ
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CCDS53 RENTKFVTKMYDLLLLKCARLFPDSNLEAVLNNDGLSPLMMAAKTGKIGIFQHIIRREVT
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 EPECRHLSRKFTEWAYGPVHSSLYDLSCIDTC-EKNSVLEVIAYSSSETPNRHDMLLVEP
. . ::::::: .::::::.::::::: .::: :. ::::...:.: . :::.:: :::
CCDS53 DEDTRHLSRKFKDWAYGPVYSSLYDLSSLDTCGEEASVLEILVYNS-KIENRHEMLAVEP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 LNRLLQDKWDRFVKRIFYFNFLVYCLYMIIFTMAAYYRPVDGLPPFKMEKTGDYFRVTGE
.:.::.::: .: ::.: . : :.:::..:::.:..: ::. .. : ::.:..::
CCDS53 INELLRDKWRKFGAVSFYINVVSYLCAMVIFTLTAYYQPLEGTPPYPYRTTVDYLRLAGE
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 ILSVLGGVYFFFRGIQ-YFLQRRPSMKTLFVDSYSEMLFFLQSLFMLATVVLYFSHLKEY
..... :: ::: .:. :... :....::.:. ..:.:. :........::.. .. :
CCDS53 VITLFTGVLFFFTNIKDLFMKKCPGVNSLFIDGSFQLLYFIYSVLVIVSAALYLAGIEAY
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 VASMVFSLALGWTNMLYYTRGFQQMGIYAVMIEKMILRDLCRFMFVYIVFLFGFSTAVVT
.: :::.:.::: : ::.:::.. : :..::.:....:: ::..::..:..:...:.:.
CCDS53 LAVMVFALVLGWMNALYFTRGLKLTGTYSIMIQKILFKDLFRFLLVYLLFMIGYASALVS
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB9 LIEDGKNDSLPSESTSHRW--RGPACRPPDSSYNSLYSTCLELFKFTIGMGDLEFTENYD
:.. : .. .:. .. :.:: :: ... . :.:::.::::::::. .
CCDS53 LLNPCANMKVCNEDQTNCTVPTYPSCR--DS--ETFSTFLLDLFKLTIGMGDLEMLSSTK
610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KB9 FKAVFIILLLAYVILTYILLLNMLIALMGETVNKIAQESKNIWKLQRAITILDTEKSFLK
. .::::::..:.:::..::::::::::::::.....:::.::::: : :::: :.::
CCDS53 YPVVFIILLVTYIILTFVLLLNMLIALMGETVGQVSKESKHIWKLQWATTILDIERSFPV
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KB9 CMRKAFRSGKLLQVGYTPDGKDDYRWCFRVDEVNWTTWNTNVGIINEDPGNCEGVKRTLS
.:::::::... :: . :: : :::::::::::. :: :.::::::::. : . .
CCDS53 FLRKAFRSGEMVTVGKSSDGTPDRRWCFRVDEVNWSHWNQNLGIINEDPGKNETYQY-YG
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KB9 FSLRSSRVSGRHWKNFALVPLLREASARDRQSAQPEEVYLRQFSGSLKPEDAEVFKSPAA
:: .:. .:.. .:: . : . ....:.::
CCDS53 FSHTVGRLRRDRWSS--VVPRVVELN----KNSNPDEVVVPLDSMGNPRCDGHQQGYPRK
780 790 800 810 820
pF1KB9 SGEK
CCDS53 WRTDDAPL
830
>>CCDS9134.1 TRPV4 gene_id:59341|Hs108|chr12 (871 aa)
initn: 1910 init1: 1236 opt: 2201 Z-score: 1820.1 bits: 347.8 E(32554): 4.6e-95
Smith-Waterman score: 2201; 50.3% identity (78.1% similar) in 668 aa overlap (149-811:187-841)
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 SQTTSSKVAPALGSGRAPALACPDPPLCLSDPETGKTCLLKAMLNLHDGQNTTIPLLLEI
.: :::::: ::.::: .:.: :::.::.:
CCDS91 IVSRGSTADLDGLLPFLLTHKKRLTDEEFREPSTGKTCLPKALLNLSNGRNDTIPVLLDI
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180 190 200 210 220 230
pF1KB9 ARQTDSLKELVNASYTDSYYKGQTALHIAIERRNMALVTLLVENGADVQAAAHGDFFKKT
:..: ...:..:. . : ::.:::::::::::: : ::: .::::.: :.: ::.
CCDS91 AERTGNMREFINSPFRDIYYRGQTALHIAIERRCKHYVELLVAQGADVHAQARGRFFQP-
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 KGRPG-FYFGELPLSLAACTNQLGIVKFLLQNSWQTADISARDSVGNTVLHALVEVADNT
: . : :::::::::::::::: ::..: .: . ::. .:: ::::::::: .::::
CCDS91 KDEGGYFYFGELPLSLAACTNQPHIVNYLTENPHKKADMRRQDSRGNTVLHALVAIADNT
280 290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 ADNTKFVTSMYNEILILGAKLHPTLKLEELTNKKGMTPLALAAGTGKIGVLAYILQREIQ
.::::::.::. .:. :.: : .:: . :. :..:: .:: :::::.. .:..::.
CCDS91 RENTKFVTKMYDLLLLKCARLFPDSNLEAVLNNDGLSPLMMAAKTGKIGIFQHIIRREVT
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 EPECRHLSRKFTEWAYGPVHSSLYDLSCIDTC-EKNSVLEVIAYSSSETPNRHDMLLVEP
. . ::::::: .::::::.::::::: .::: :. ::::...:.: . :::.:: :::
CCDS91 DEDTRHLSRKFKDWAYGPVYSSLYDLSSLDTCGEEASVLEILVYNS-KIENRHEMLAVEP
400 410 420 430 440 450
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 LNRLLQDKWDRFVKRIFYFNFLVYCLYMIIFTMAAYYRPVDGLPPFKMEKTGDYFRVTGE
.:.::.::: .: ::.: . : :.:::..:::.:..: ::. .. : ::.:..::
CCDS91 INELLRDKWRKFGAVSFYINVVSYLCAMVIFTLTAYYQPLEGTPPYPYRTTVDYLRLAGE
460 470 480 490 500 510
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 ILSVLGGVYFFFRGIQ-YFLQRRPSMKTLFVDSYSEMLFFLQSLFMLATVVLYFSHLKEY
..... :: ::: .:. :... :....::.:. ..:.:. :........::.. .. :
CCDS91 VITLFTGVLFFFTNIKDLFMKKCPGVNSLFIDGSFQLLYFIYSVLVIVSAALYLAGIEAY
520 530 540 550 560 570
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 VASMVFSLALGWTNMLYYTRGFQQMGIYAVMIEKMILRDLCRFMFVYIVFLFGFSTAVVT
.: :::.:.::: : ::.:::.. : :..::.:....:: ::..::..:..:...:.:.
CCDS91 LAVMVFALVLGWMNALYFTRGLKLTGTYSIMIQKILFKDLFRFLLVYLLFMIGYASALVS
580 590 600 610 620 630
600 610 620 630 640 650
pF1KB9 LIEDGKNDSLPSESTSHRW--RGPACRPPDSSYNSLYSTCLELFKFTIGMGDLEFTENYD
:.. : .. .:. .. :.:: :: ... . :.:::.::::::::. .
CCDS91 LLNPCANMKVCNEDQTNCTVPTYPSCR--DS--ETFSTFLLDLFKLTIGMGDLEMLSSTK
640 650 660 670 680 690
660 670 680 690 700 710
pF1KB9 FKAVFIILLLAYVILTYILLLNMLIALMGETVNKIAQESKNIWKLQRAITILDTEKSFLK
. .::::::..:.:::..::::::::::::::.....:::.::::: : :::: :.::
CCDS91 YPVVFIILLVTYIILTFVLLLNMLIALMGETVGQVSKESKHIWKLQWATTILDIERSFPV
700 710 720 730 740 750
720 730 740 750 760 770
pF1KB9 CMRKAFRSGKLLQVGYTPDGKDDYRWCFRVDEVNWTTWNTNVGIINEDPGNCEGVKRTLS
.:::::::... :: . :: : :::::::::::. :: :.::::::::. : . .
CCDS91 FLRKAFRSGEMVTVGKSSDGTPDRRWCFRVDEVNWSHWNQNLGIINEDPGKNETYQY-YG
760 770 780 790 800
780 790 800 810 820 830
pF1KB9 FSLRSSRVSGRHWKNFALVPLLREASARDRQSAQPEEVYLRQFSGSLKPEDAEVFKSPAA
:: .:. .:.. .:: . : . ....:.::
CCDS91 FSHTVGRLRRDRWSS--VVPRVVELN----KNSNPDEVVVPLDSMGNPRCDGHQQGYPRK
810 820 830 840 850 860
pF1KB9 SGEK
CCDS91 WRTDDAPL
870
>>CCDS32576.1 TRPV2 gene_id:51393|Hs108|chr17 (764 aa)
initn: 1294 init1: 586 opt: 2023 Z-score: 1674.3 bits: 320.7 E(32554): 6.1e-87
Smith-Waterman score: 2023; 50.9% identity (76.7% similar) in 632 aa overlap (148-772:111-734)
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 TSQTTSSKVAPALGSGRAPALACPDPPLCLSDPETGKTCLLKAMLNLHDGQNTTIPLLLE
.. ::::::.::.:::.:: :. : ::.
CCDS32 NAVSRGVPEDLAGLPEYLSKTSKYLTDSEYTEGSTGKTCLMKAVLNLKDGVNACILPLLQ
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 IARQTDSLKELVNASYTDSYYKGQTALHIAIERRNMALVTLLVENGADVQAAAHGDFFKK
: :.. . . ::::. ::.::.:..:::::::.:.. : :::::::.:.: : : ::.:
CCDS32 IDRDSGNPQPLVNAQCTDDYYRGHSALHIAIEKRSLQCVKLLVENGANVHARACGRFFQK
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 TKGRPGFYFGELPLSLAACTNQLGIVKFLLQNSWQTADISARDSVGNTVLHALVEVADNT
.: ::::::::::::::.: .:..::.: : :...: :: ::::::::: ..::.
CCDS32 GQGT-CFYFGELPLSLAACTKQWDVVSYLLENPHQPASLQATDSQGNTVLHALVMISDNS
210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 ADNTKFVTSMYNEILILGAKLHPTLKLEELTNKKGMTPLALAAGTGKIGVLAYILQREIQ
:.: .:::::. .: ::.: ::..::.. : . .::: ::: ::: .. .:::::..
CCDS32 AENIALVTSMYDGLLQAGARLCPTVQLEDIRNLQDLTPLKLAAKEGKIEIFRHILQREFS
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 EPECRHLSRKFTEWAYGPVHSSLYDLSCIDTCEKNSVLEVIAYSSSETPNRHDMLLVEPL
::::::::: ::::. :::::. .:.::.:::::.::. ..:.:: :...:::
CCDS32 G--LSHLSRKFTEWCYGPVRVSLYDLASVDSCEENSVLEIIAFHC-KSPHRHRMVVLEPL
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 NRLLQDKWDRFVKRIFYFNFLVYCLYMIIFTMAAYYRPV---DGLPPFKMEKTGDYFRVT
:.::: ::: .. . :..::: .::.::: .::..:. .. : .: : .:. . .:
CCDS32 NKLLQAKWDLLIPK-FFLNFLCNLIYMFIFTAVAYHQPTLKKQAAPHLKAE-VGNSMLLT
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 GEILSVLGGVYFFFRGIQYFLQRRPSMKTLFVDSYSEMLFFLQSLFMLATVVLYFSHLKE
:.:: .:::.:.. . :: .:. . :.::: :.::..:.:. ... :: : ..
CCDS32 GHILILLGGIYLLVGQLWYFWRRHVFIWISFIDSYFEILFLFQALLTVVSQVLCFLAIEW
440 450 460 470 480 490
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.: ... :. .. . : : ..: .. . :::::::::::.: : :
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. : :: :.: .: :: :::. : ::::::.::::..:. .. . :::.. :: :
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::
CCDS32 TLENPVLASPPKEDEDGASEENYVPVQLLQSN
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CCDS53 LRKAFRSGEMVTVGKSSDGTPDRRWCFRVDEVNWSHWNQNLGIINEDPGKNETYQY-YGF
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pF1KB9 GEK
CCDS53 RTDDAPL
820
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CCDS58 -IDNRHEMLTLEPLHTLLHMKWKKFAKHMFFLSFCFYFFYNITLTLVSYYRPREEEAIPH
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CCDS53 AERTGNMREFINSPFRDIYYRG--------------------------------------
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CCDS53 ---------ELPLSLAACTNQPHIVNYLTENPHKKADMRRQDSRGNTVLHALVAIADNTR
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CCDS53 ENTKFVTKMYDLLLLKCARLFPDSNLEAVLNNDGLSPLMMAAKTGKIG------------
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pF1KB9 PECRHLSRKFTEWAYGPVHSSLYDLSCIDTCEKNSVLEVIAYSSSETPNRHDMLLVEPLN
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CCDS53 ------------------------------------------------NRHEMLAVEPIN
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CCDS53 ELLRDKWRKFGAVSFYINVVSYLCAMVIFTLTAYYQPLEGTPPYPYRTTVDYLRLAGEVI
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CCDS53 VMVFALVLGWMNALYFTRGLKLTGTYSIMIQKILFKDLFRFLLVYLLFMIGYASALVSLL
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CCDS53 NPCANMKVCNEDQTNCTVPTYPSCR--DS--ETFSTFLLDLFKLTIGMGDLEMLSSTKYP
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pF1KB9 GEK
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CCDS58 LIYFGEHPLSFAACVNSEEIVRLLIEHG---ADIRAQDSLGNTVLHILI-----LQPNKT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]