Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9409
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9409, 289 aa
1>>>pF1KB9409 289 - 289 aa - 289 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5601+/-0.000841; mu= 13.7680+/- 0.050
mean_var=63.6845+/-12.679, 0's: 0 Z-trim(106.6): 34 B-trim: 220 in 1/50
Lambda= 0.160715
statistics sampled from 9027 (9060) to 9027 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16
Scan time: 2.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8524.1 CCND2 gene_id:894|Hs108|chr12 ( 289) 1928 455.6 2e-128
CCDS8191.1 CCND1 gene_id:595|Hs108|chr11 ( 295) 1190 284.5 6.5e-77
CCDS4863.1 CCND3 gene_id:896|Hs108|chr6 ( 292) 1174 280.7 8.5e-76
CCDS75452.1 CCND3 gene_id:896|Hs108|chr6 ( 242) 923 222.5 2.4e-58
CCDS47426.1 CCND3 gene_id:896|Hs108|chr6 ( 211) 819 198.4 3.8e-51
CCDS47425.1 CCND3 gene_id:896|Hs108|chr6 ( 220) 548 135.5 3.2e-32
CCDS45031.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 ( 421) 303 78.8 7.3e-15
CCDS45030.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 ( 464) 303 78.9 8e-15
CCDS9357.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 ( 465) 303 78.9 8e-15
CCDS47427.1 CCND3 gene_id:896|Hs108|chr6 ( 96) 288 75.1 2.2e-14
CCDS6264.1 CCNE2 gene_id:9134|Hs108|chr8 ( 404) 295 77.0 2.5e-14
CCDS3723.1 CCNA2 gene_id:890|Hs108|chr4 ( 432) 293 76.5 3.7e-14
CCDS12419.1 CCNE1 gene_id:898|Hs108|chr19 ( 410) 271 71.4 1.2e-12
CCDS3997.1 CCNB1 gene_id:891|Hs108|chr5 ( 433) 244 65.2 9.8e-11
>>CCDS8524.1 CCND2 gene_id:894|Hs108|chr12 (289 aa)
initn: 1928 init1: 1928 opt: 1928 Z-score: 2419.2 bits: 455.6 E(32554): 2e-128
Smith-Waterman score: 1928; 100.0% identity (100.0% similar) in 289 aa overlap (1-289:1-289)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MELLCHEVDPVRRAVRDRNLLRDDRVLQNLLTIEERYLPQCSYFKCVQKDIQPYMRRMVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 MELLCHEVDPVRRAVRDRNLLRDDRVLQNLLTIEERYLPQCSYFKCVQKDIQPYMRRMVA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 TWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLGAVCMFLASKLKETSPLTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 TWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLGAVCMFLASKLKETSPLTA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 EKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFIEHILRKLPQQREKLSLIRKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 EKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFIEHILRKLPQQREKLSLIRKH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 AQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDEEVSSLTCDALTELLAKITNTDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 AQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDEEVSSLTCDALTELLAKITNTDV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB9 DCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQRDGSKSEDELDQASTPTDVRDIDL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 DCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQRDGSKSEDELDQASTPTDVRDIDL
250 260 270 280
>>CCDS8191.1 CCND1 gene_id:595|Hs108|chr11 (295 aa)
initn: 1176 init1: 1059 opt: 1190 Z-score: 1494.3 bits: 284.5 E(32554): 6.5e-77
Smith-Waterman score: 1190; 61.8% identity (81.9% similar) in 293 aa overlap (2-289:4-295)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MELLCHEVDPVRRAVRDRNLLRDDRVLQNLLTIEERYLPQCSYFKCVQKDIQPYMRRM
.::: ::. .::: : ::: .::::. .: :: :. ::::::::.. : ::..
CCDS81 MEHQLLCCEVETIRRAYPDANLL-NDRVLRAMLKAEETCAPSVSYFKCVQKEVLPSMRKI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 VATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLGAVCMFLASKLKETSPL
::::::::::::::::::::::::::::::. :. ::.::::::.:::.:::.::: ::
CCDS81 VATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLSLEPVKKSRLQLLGATCMFVASKMKETIPL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 TAEKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFIEHILRKLPQQREKLSLIR
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CCDS81 TAEKLCIYTDNSIRPEELLQMELLLVNKLKWNLAAMTPHDFIEHFLSKMPEAEENKQIIR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 KHAQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDEEVSSLTCDALTELLAKITNT
::::::.:::::: :: ::::.:.::: ::. ::. . :. ::..:... .
CCDS81 KHAQTFVALCATDVKFISNPPSMVAAGSVVAAVQGLNLRSPNNFLSYYRLTRFLSRVIKC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB9 DVDCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQ-----RDGSKSEDELDQASTPTDVRDIDL
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CCDS81 DPDCLRACQEQIEALLESSLRQAQQNMDPKAAEEEEEEEEEVDLACTPTDVRDVDI
240 250 260 270 280 290
>>CCDS4863.1 CCND3 gene_id:896|Hs108|chr6 (292 aa)
initn: 1171 init1: 977 opt: 1174 Z-score: 1474.3 bits: 280.7 E(32554): 8.5e-76
Smith-Waterman score: 1174; 61.6% identity (81.8% similar) in 297 aa overlap (1-289:1-292)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MELLCHE-VDPVRRAVRDRNLLRDDRVLQNLLTIEERYLPQCSYFKCVQKDIQPYMRRMV
::::: : . . :: : :: :.::::.:: .::::.:. :::.:::..:.:.::.:.
CCDS48 MELLCCEGTRHAPRAGPDPRLLGDQRVLQSLLRLEERYVPRASYFQCVQREIKPHMRKML
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLGAVCMFLASKLKETSPLT
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CCDS48 AYWMLEVCEEQRCEEEVFPLAMNYLDRYLSCVPTRKAQLQLLGAVCMLLASKLRETTPLT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 AEKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFIEHILRKLPQQREKLSLIRK
::::::::....:..: .::..:::::::.:::: :::. ::..: :.. .:..:
CCDS48 IEKLCIYTDHAVSPRQLRDWEVLVLGKLKWDLAAVIAHDFLAFILHRLSLPRDRQALVKK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 HAQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDEEVSSLTCDALTELLAKITNTD
:::::.::::::. :::::::::::::.:::. :: . :.. : :::::: ::.:.
CCDS48 HAQTFLALCATDYTFAMYPPSMIATGSIGAAVQGLG----ACSMSGDELTELLAGITGTE
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB9 VDCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQRD-------GSKSEDELDQASTPTDVRDIDL
::::.::::::::.: .::.. : . . ::.:. .:.:::::: : :
CCDS48 VDCLRACQEQIEAALRESLREASQTSSSPAPKAPRGSSSQGP-SQTSTPTDVTAIHL
240 250 260 270 280 290
>>CCDS75452.1 CCND3 gene_id:896|Hs108|chr6 (242 aa)
initn: 915 init1: 746 opt: 923 Z-score: 1161.1 bits: 222.5 E(32554): 2.4e-58
Smith-Waterman score: 923; 62.3% identity (82.3% similar) in 231 aa overlap (66-289:17-242)
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 RYLPQCSYFKCVQKDIQPYMRRMVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPK
:::::.:::::::::::::::.:. ::: :
CCDS75 MKSAGGSGRSLLPSPRVCEEQRCEEEVFPLAMNYLDRYLSCVPTRK
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 SHLQLLGAVCMFLASKLKETSPLTAEKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVT
..:::::::::.:::::.::.::: ::::::::....:..: .::..:::::::.::::
CCDS75 AQLQLLGAVCMLLASKLRETTPLTIEKLCIYTDHAVSPRQLRDWEVLVLGKLKWDLAAVI
50 60 70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 PHDFIEHILRKLPQQREKLSLIRKHAQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQ
:::. ::..: :.. .:..::::::.::::::. :::::::::::::.:::. ::
CCDS75 AHDFLAFILHRLSLPRDRQALVKKHAQTFLALCATDYTFAMYPPSMIATGSIGAAVQGLG
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260
pF1KB9 QDEEVSSLTCDALTELLAKITNTDVDCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQRD-------G
. :.. : :::::: ::.:.::::.::::::::.: .::.. : . . :
CCDS75 ----ACSMSGDELTELLAGITGTEVDCLRACQEQIEAALRESLREASQTSSSPAPKAPRG
170 180 190 200 210 220
270 280
pF1KB9 SKSEDELDQASTPTDVRDIDL
:.:. .:.:::::: : :
CCDS75 SSSQGP-SQTSTPTDVTAIHL
230 240
>>CCDS47426.1 CCND3 gene_id:896|Hs108|chr6 (211 aa)
initn: 811 init1: 642 opt: 819 Z-score: 1031.7 bits: 198.4 E(32554): 3.8e-51
Smith-Waterman score: 819; 60.2% identity (81.0% similar) in 216 aa overlap (81-289:1-211)
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 IQPYMRRMVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLGAVCMFLAS
::::::.:. ::: :..:::::::::.:::
CCDS47 MNYLDRYLSCVPTRKAQLQLLGAVCMLLAS
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 KLKETSPLTAEKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFIEHILRKLPQQ
::.::.::: ::::::::....:..: .::..:::::::.:::: :::. ::..:
CCDS47 KLRETTPLTIEKLCIYTDHAVSPRQLRDWEVLVLGKLKWDLAAVIAHDFLAFILHRLSLP
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 REKLSLIRKHAQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDEEVSSLTCDALTE
:.. .:..::::::.::::::. :::::::::::::.:::. :: . :.. : :::
CCDS47 RDRQALVKKHAQTFLALCATDYTFAMYPPSMIATGSIGAAVQGLG----ACSMSGDELTE
100 110 120 130 140
240 250 260 270 280
pF1KB9 LLAKITNTDVDCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQRD-------GSKSEDELDQASTPTD
::: ::.:.::::.::::::::.: .::.. : . . ::.:. .:.:::::
CCDS47 LLAGITGTEVDCLRACQEQIEAALRESLREASQTSSSPAPKAPRGSSSQGP-SQTSTPTD
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 VRDIDL
: : :
CCDS47 VTAIHL
210
>>CCDS47425.1 CCND3 gene_id:896|Hs108|chr6 (220 aa)
initn: 565 init1: 371 opt: 548 Z-score: 691.8 bits: 135.5 E(32554): 3.2e-32
Smith-Waterman score: 643; 43.4% identity (58.9% similar) in 297 aa overlap (1-289:1-220)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MELLCHE-VDPVRRAVRDRNLLRDDRVLQNLLTIEERYLPQCSYFKCVQKDIQPYMRRMV
::::: : . . :: : :: :.::::.:: .::::.:. :::.:::..:.:.::.:.
CCDS47 MELLCCEGTRHAPRAGPDPRLLGDQRVLQSLLRLEERYVPRASYFQCVQREIKPHMRKML
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLGAVCMFLASKLKETSPLT
: ::::
CCDS47 AYWMLE------------------------------------------------------
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 AEKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFIEHILRKLPQQREKLSLIRK
.::..:::::::.:::: :::. ::..: :.. .:..:
CCDS47 ------------------DWEVLVLGKLKWDLAAVIAHDFLAFILHRLSLPRDRQALVKK
70 80 90 100
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 HAQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDEEVSSLTCDALTELLAKITNTD
:::::.::::::. :::::::::::::.:::. :: . :.. : :::::: ::.:.
CCDS47 HAQTFLALCATDYTFAMYPPSMIATGSIGAAVQGLG----ACSMSGDELTELLAGITGTE
110 120 130 140 150 160
240 250 260 270 280
pF1KB9 VDCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQRD-------GSKSEDELDQASTPTDVRDIDL
::::.::::::::.: .::.. : . . ::.:. .:.:::::: : :
CCDS47 VDCLRACQEQIEAALRESLREASQTSSSPAPKAPRGSSSQGP-SQTSTPTDVTAIHL
170 180 190 200 210 220
>>CCDS45031.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 (421 aa)
initn: 251 init1: 251 opt: 303 Z-score: 380.3 bits: 78.8 E(32554): 7.3e-15
Smith-Waterman score: 309; 29.1% identity (59.4% similar) in 254 aa overlap (24-275:169-407)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MELLCHEVDPVRRAVRDRNLLRDDRVLQNLLTIEERYLPQCSYFKCVQKDIQP
... : : : :. :. :.: : ::
CCDS45 SPMLVDSSLLSQSEDISSLGTDVINVTEYAEEIYQYLREAEIRHRPKAHYMKK-QPDITE
140 150 160 170 180 190
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 YMRRMVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLGAVCMFLASKLK
:: ... :..:: :: : . :.. ::.:.:::::. . . ...:::.:.. :.:::: .
CCDS45 GMRTILVDWLVEVGEEYKLRAETLYLAVNFLDRFLSCMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKYE
200 210 220 230 240 250
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 ETSPLTAEKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFIEHILRKLPQQREK
: : .... ::.. ..::. : ..: : ..:.. : ..:. . ::. .
CCDS45 EIYPPEVDEFVYITDDTYTKRQLLKMEHLLLKVLAFDLTVPTTNQFLLQYLRRQGVCVRT
260 270 280 290 300 310
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LSLIRKHAQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDEEVSSLTCDA--LTEL
.: . :. ..: .: : : ::.::. ::.: ... : . :
CCDS45 ENLAKYVAE--LSLLEAD-PFLKYLPSLIAA----AAFC-------LANYTVNKHFWPET
320 330 340 350 360
240 250 260 270 280
pF1KB9 LAKITNTDVDCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQRDGSKSEDELDQASTPTDVRDIDL
:: .:. ... . : ... . :. .. .: :. :. :
CCDS45 LAAFTGYSLSEIVPCLSELHKAYLDIPHRPQQAIREKYKASKYLCVSLMEPPAVLLLQ
370 380 390 400 410 420
>>CCDS45030.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 (464 aa)
initn: 251 init1: 251 opt: 303 Z-score: 379.6 bits: 78.9 E(32554): 8e-15
Smith-Waterman score: 309; 29.1% identity (59.4% similar) in 254 aa overlap (24-275:212-450)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MELLCHEVDPVRRAVRDRNLLRDDRVLQNLLTIEERYLPQCSYFKCVQKDIQP
... : : : :. :. :.: : ::
CCDS45 SPMLVDSSLLSQSEDISSLGTDVINVTEYAEEIYQYLREAEIRHRPKAHYMKK-QPDITE
190 200 210 220 230 240
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 YMRRMVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLGAVCMFLASKLK
:: ... :..:: :: : . :.. ::.:.:::::. . . ...:::.:.. :.:::: .
CCDS45 GMRTILVDWLVEVGEEYKLRAETLYLAVNFLDRFLSCMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKYE
250 260 270 280 290 300
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 ETSPLTAEKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFIEHILRKLPQQREK
: : .... ::.. ..::. : ..: : ..:.. : ..:. . ::. .
CCDS45 EIYPPEVDEFVYITDDTYTKRQLLKMEHLLLKVLAFDLTVPTTNQFLLQYLRRQGVCVRT
310 320 330 340 350 360
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LSLIRKHAQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDEEVSSLTCDA--LTEL
.: . :. ..: .: : : ::.::. ::.: ... : . :
CCDS45 ENLAKYVAE--LSLLEAD-PFLKYLPSLIAA----AAFC-------LANYTVNKHFWPET
370 380 390 400
240 250 260 270 280
pF1KB9 LAKITNTDVDCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQRDGSKSEDELDQASTPTDVRDIDL
:: .:. ... . : ... . :. .. .: :. :. :
CCDS45 LAAFTGYSLSEIVPCLSELHKAYLDIPHRPQQAIREKYKASKYLCVSLMEPPAVLLLQ
410 420 430 440 450 460
>>CCDS9357.1 CCNA1 gene_id:8900|Hs108|chr13 (465 aa)
initn: 251 init1: 251 opt: 303 Z-score: 379.6 bits: 78.9 E(32554): 8e-15
Smith-Waterman score: 309; 29.1% identity (59.4% similar) in 254 aa overlap (24-275:213-451)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MELLCHEVDPVRRAVRDRNLLRDDRVLQNLLTIEERYLPQCSYFKCVQKDIQP
... : : : :. :. :.: : ::
CCDS93 SPMLVDSSLLSQSEDISSLGTDVINVTEYAEEIYQYLREAEIRHRPKAHYMKK-QPDITE
190 200 210 220 230 240
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 YMRRMVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLGAVCMFLASKLK
:: ... :..:: :: : . :.. ::.:.:::::. . . ...:::.:.. :.:::: .
CCDS93 GMRTILVDWLVEVGEEYKLRAETLYLAVNFLDRFLSCMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKYE
250 260 270 280 290 300
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 ETSPLTAEKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFIEHILRKLPQQREK
: : .... ::.. ..::. : ..: : ..:.. : ..:. . ::. .
CCDS93 EIYPPEVDEFVYITDDTYTKRQLLKMEHLLLKVLAFDLTVPTTNQFLLQYLRRQGVCVRT
310 320 330 340 350 360
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LSLIRKHAQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDEEVSSLTCDA--LTEL
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CCDS93 ENLAKYVAE--LSLLEAD-PFLKYLPSLIAA----AAFC-------LANYTVNKHFWPET
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