FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9127, 819 aa
1>>>pF1KB9127 819 - 819 aa - 819 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6741+/-0.00256; mu= 9.9166+/- 0.149
mean_var=263.8222+/-54.399, 0's: 0 Z-trim(99.4): 965 B-trim: 2 in 1/48
Lambda= 0.078962
statistics sampled from 4703 (5722) to 4703 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.436), E-opt: 0.2 (0.176), width: 16
Scan time: 3.440
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS75605.1 ZNF107 gene_id:51427|Hs108|chr7 ( 852) 2340 282.3 2.4e-75
CCDS62706.1 ZNF229 gene_id:7772|Hs108|chr19 ( 819) 2320 280.0 1.1e-74
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CCDS82341.1 ZNF569 gene_id:148266|Hs108|chr19 ( 527) 2269 273.9 4.9e-73
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CCDS12413.2 ZNF43 gene_id:7594|Hs108|chr19 ( 809) 2268 274.1 6.8e-73
CCDS74321.1 ZNF43 gene_id:7594|Hs108|chr19 ( 818) 2268 274.1 6.9e-73
CCDS35067.1 ZNF484 gene_id:83744|Hs108|chr9 ( 816) 2259 273.0 1.4e-72
CCDS35066.1 ZNF484 gene_id:83744|Hs108|chr9 ( 852) 2259 273.1 1.4e-72
CCDS59136.1 ZNF484 gene_id:83744|Hs108|chr9 ( 854) 2259 273.1 1.4e-72
>>CCDS75846.1 ZNF658 gene_id:26149|Hs108|chr9 (1059 aa)
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10 20 30
pF1KB9 MMNLEKNFDKTTLFNHMRTDKRGKCSDLNEYGT
..::::: ::::::::: ::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SCDKTTAVEYNKVHMAMTHYECNERGINFSRKSPLTQSQRTITGWSAFESNKCEENFSQS
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. .:::::::::::::::
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: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YRKAHLIQHQRPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQNS
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220 230 240 250 260 270
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NLSKHLRIHTKEKPCDNNGCGRSYKSPLIGHQKTDAEMELCGGSEYGKTSHLKGHQRILM
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280 290 300 310 320 330
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GEKPYECIECGKTFSKTSHLRAHQRIHTGEKPYECVECEKTFSHKTHLSVHQRVHTGEKP
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340 350 360 370 380 390
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CCDS75 YECNDCGKSFTYNSALRAHQRIHTGEKPYECSDCEKTFAHNSALRAHHRIHTGEKPYECN
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CCDS75 ECGRSFAHISVLKAHQRIHTGEKPYECNECGRSFTYNSALRAHQRIHTGRKPYECSDCEK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KTRLSTHRRIHTGEKPYECSKCGKTFSQKSYLSGHERIHTGEKPYECNVCGKTFVYKAAL
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::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GEKPYECNVCGKPFAHNSTLRVHQRIHTGEKSYECNDCGKTFSQKSHLSAHQRIHTGEKP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YECNECGKAFAQNSTLRVHQRIHTGEKPYECDECGKTFVRKAALRVHHTRMHTREKTLAC
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pF1KB9 GTSCDKTTAVEYNKVHMAMTHYECNERGINFSRKSPLTQSQRTITGWSAFESNKCEENFS
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pF1KB9 QSSAHIVHQKTQAGDKFGEHNECTDALYQKLDFTAHQRIHTDFTAHQKFYLSDEHGKCRK
.: .:.:..:.:. . .:: :... .. :::::: .: :.::
CCDS74 YGSELTQQQETHTGEKLYKCKECGKAFHHFSYLVKHQRIHTG----EKPCACKEYGK---
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160 170 180 190 200 210
pF1KB9 SFYWKAHLIQHERPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQ
.: .:::::.. .. :. .. .: .:.: :.: ::: ..: : :::.::::.: .
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.:.:..: .::: ::: . ::.:. .: : : ::.:
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:::::.: ::::.:.. : : :::::::::::.: :: :.:. .. : :::.::::
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:::.:..::::::. :.: .:: ::::::::.:..: :.:. .:.: :.:::::::::.
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:.:::.::: :.: :::::: :::: :.:::.:::. :. :::::::.:::.:..:
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:.:: .::: :::::::::::.:.:: :.:. :.: .:: .::::: :.:.::::.:
CCDS74 GKSFASGSALLQHQRIHTGEKPYHCKECGKSFTFRSGLIGHQAVHTGEKPYDCKECGKSF
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... : :.:::::::::.:..:::.:. : : :..::::::::.:. :::.: .
CCDS74 TSRSALIQHQRIHTGEKPYHCKECGKSFTVGSTLLQHQQIHTGEKPYDCKECGKAFRLRL
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: ::.::::::::.:.::::.: . . : :.::::::::::: .:::.: . . :
CCDS74 RLTQHQQIHTGEKPYQCQECGKAFVSVSGLTQHHRIHTGEKPYECPDCGKAFRQRTYLNQ
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:.:::::::::::..:::.:. : : : .... ::::. .::::.:. .: . ::..
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:::::::.:. ::: :. .::: ::.:::::: :.:..:::.:...: : :: .::::
CCDS74 HTGEKPYDCKECGKSFTSHSTLIQHQQIHTGEKLYDCKECGKSFTSHSTLIQHQPLHTGE
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:::.:.::::.:. :.: :. .::::: : : ::::.:. ...: ..: :.:: ::
CCDS74 KPYHCKECGKSFTLRSALIQHRPVHTGEKRYSCKECGKSFTSRSTL-IEHQRIHTGEKPY
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pF1KB9 ACNGFGKS
:. :::
CCDS74 HCKECGKSFAFRSAIIQHRRIHTGEKPYDCKECGKAFRRRSKLTQHQRIHTGEKPYRCHE
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>--
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Smith-Waterman score: 979; 61.0% identity (80.0% similar) in 210 aa overlap (567-776:846-1055)
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pF1KB9 KTFSQKSYLSGHERIHTGEKPYECNVCGKTFVYKAALIVHQRIHTGEKPYECNECGKTFS
:....:.: :.:::::::::.:.::::.:
CCDS74 KSFTSRSTLIEHQRIHTGEKPYHCKECGKSFAFRSAIIQHRRIHTGEKPYDCKECGKAFR
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.:..: :::::::::::.:.::::.:. :.: :: ::::::::::. :::.: . .:
CCDS74 RRSKLTQHQRIHTGEKPYRCHECGKAFVRFSGLTKHHSIHTGEKPYECKTCGKSFRQRTH
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pF1KB9 LRAHLRTRSGEKPYECSECGKTFSEKSYVSAHQRVHTGEKPYECNVCGKPFAHNSTLRVH
: : : ..:..::::.::::.:. : . :::.:::::::.:. ::: : : : :
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CCDS59 DLT
1090
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CCDS74 SNLTIHKFIHTGEKPYKCEECGKAFNWSSSLTKHKRFHT----REKPFKCKE---CGKAF
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CCDS74 GKAFKHSSALAKHKIIHAGEKLYKCEECGKAFNQSSNLTTHKIIHTKEKPSKSEECDKAF
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pF1KB9 VYKAALIVHQRIHTGEKPYECNECGKTFSQRTHLCAHQRIHTGEKPYECNECGKTFADNS
.....: :.:::: :: :.:.::::.::: .:: .:.:.:::::::.:.::::.:...:
CCDS74 IWSSTLTEHKRIHTREKTYKCEECGKAFSQPSHLTTHKRMHTGEKPYKCEECGKAFSQSS
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.: .:. ::::::::.:..:::.: :.: : : ..:::::.: ::::.::..: ..
CCDS74 TLTTHKIIHTGEKPYKCEECGKAFRKSSTLTEHKIIHTGEKPYKCEECGKAFSQSSTLTR
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CCDS74 HTRMHTGEKPYKCEECGKAFNRSSKLTTHKIIHTGEKPYKCEECGKAFISSSTLNGHKRI
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CCDS74 HTREKPYKCEECGKAFSQSSTLTRHKRLHTGEKPYKCGECGKAFKESSAL-TKHKIIHTG
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CCDS74 EKPYKCEKCGKAFNQSSILTNHKKIHTITPVIPLLWEAEAGGSRGQEMETILANTVKPLL
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CCDS74 ICPHFPQDFWPEQSMEDSFQKVLLRKYEKCGHENLQLRKGCKSVDEC--KVHKEGYNKLN
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. :: .:..::::: .:.: :..::: .:::.:.:::..: ..:.: .:. : ..:
CCDS74 YITEKSCKCKECEKTFHWSSTLTNHKEIHTEDKPYKCEECGKAFKQLSTLTTHKIICAKE
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pF1KB9 KPYECNECGRSFTYNSALRAHQRIHTGRKPYECSDCEKTFAHNSALKIHQRIHTGEKPYK
: :.:.:::..: ..:.: :.:::::.:::.: .: :.:.:.:.: :.::::::::::
CCDS74 KIYKCEECGKAFLWSSTLTRHKRIHTGEKPYKCEECGKAFSHSSTLAKHKRIHTGEKPYK
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:.::
CCDS74 CEECGKAFSRSSTLAKHKRIHTGEKPYKCKECGKAFSNSSTLANHKITHTEEKPYKCKEC
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...... .:. : :.:.: :.: : ::. . .: . .. ..: . :..:
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: .:. ..:.: . .:: :. . ..: :.:.:: ..: . : : :.:
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:.. : .:.: :.::: :. :::.:.: .:: .: ..: : :. .:::::: :.
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.:.:: ::..::: . ::...: : : :. : .: : :. ....: :.
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:. : ::: :.: ::::.: .: :: :.:::::::::.: :: :.:::.. :. :.:.
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:::::::.:..:::.:. .:.: :. :: ::::.:..:.::: . :.: :. ::.::
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: :.:.:::..: . : : :. ::: ::::.:.:::..:...:.: :.:::: .::..
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pF1KB9 CSDCEKTFAHNSALKIHQRIHTGEKPYKCNECEKTFAHNSALRAHQNIHTGEKLYECSEC
:..: :.: .:.: :.:::::::::::.:: :.:...:.: :..:::::: :.:.::
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pF1KB9 GKTFFQKTRLSTHRRIHTGEKPYECSKCGKTFSQKSYLSGHERIHTGEKPYECNVCGKTF
::.: ... :. :. ::.::: :.: .:::.:.:.: :. :. ::: ::: . . : :.:
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.....: :.:::: :: :.:.::::.::: .:: .:.:.:::::::.:.::::.:...:
CCDS42 IWSSTLTEHKRIHTREKTYKCEECGKAFSQPSHLTTHKRMHTGEKPYKCEECGKAFSQSS
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CCDS42 TLTTHKIIHTGEKPYKCEECGKAFRKSSTLTEHKIIHTGEKPYKCEECGKAFSQSSTLTR
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:: ::::.:.::::::.:.::: :.:.:::::::.: ::::.: ...:: ..: .::
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pF1KB9 EKTLACNGFGKS
:: :. ::.
CCDS42 EKPYKCEKCGKAFNQSSILTNHKKIHTITPVIPLLWEAEAGGSRGQEMETILANTVKPLL
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CCDS42 KIYKCEECGKAFLWSSTLTRHKRIHTGEKPYKCEECGKAFSHSSTLAKHKRIHTGEKPYK
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:.:.:: ::: .:: . ::....: :. :. . . : :: . . ..::
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: .:::::::.:..:::.: ..: : .:. ::::::: .: .: :.: : :::: :. ::
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: :: :.:.:::..: . :.: :. ::: .:::.:.:::..: .: : :. ::::.:
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:::: :. ::::.:::.:..:::.::..: :: : .::::::.: ::::.:. :
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...:. .::.::: .:. ::: : : :.:: :. ::::.: :.:..:::.:...: : :
CCDS59 LTVHKVIHTAEKPCKCEECGKAFKHFSALRKHKIIHTGKKPYKCEECGKAFNDSSTLMKH
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. ::::.:::.: :::::: :.: : :. ::::::::.:.:::: : ...:. .: .
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::::: :
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CCDS59 CEECGKDFNNSSTLKKHKLIHTREKLYKCEECVKAFNNFSALMKHKIIHTGEKPYKCEEC
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CCDS59 GKAFKWSSKLTEHKVIHTGEKPCKCEECDKAFKHFSALRKHKVIHTGKKPYQCDECGKAF
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CCDS59 NNSSTLTKHKIIHTGEKPYKCEECGKAFSQSSILTKHKIIHSVEKPYKCEECGKAFNQSS
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.:. :. ::::::::.:. :::.:. . :: :. ::: ::: . .. : .:. :
CCDS59 HLTRHKTIHTGEKPYKCEECGKAFIQCSYLIRHKTIHTREKPTNVKKVPKLLSN-PHTLL
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. ::::::::.:.::.:.:
CCDS59 DKTIHTGEKPYKCEECAKAF
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CCDS46 DLEFQWKDGEINYKEVPMTYKNNLNGKRGQHSQEDVENKCIE-NQLTLSF-QSRLTELQK
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pF1KB9 VHMAMTHYECNERGINFSRKSPLTQSQRTITGWSAFESNKCEENFSQSSAHIVHQKTQAG
. ::::. . . .: .. :: . . .. :.: :..: : : .::.
CCDS46 FQTEGKIYECNQSEKTVNNSSLVSPLQRILPSVQTNISKKYENEFLQLSLPTQLEKTHIR
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pF1KB9 DKFGEHNECTDALYQKLDFTAHQRIHTDFTAHQKFYLSDEHGKCRKSFYWKAHLIQHERP
.: . : :. . .. :: .:: .: : .: : :.:. . : :.
CCDS46 EKPYMCKGCGKAFRVSSSLINHQMVHTT----EKPYKCNE---CGKAFHRGSLLTIHQIV
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pF1KB9 HSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQNSNLSKHLRIHTKE
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CCDS46 HTRGKPYQCGVCGKIFRQNSDLVNHRRSHTGEKPYKCNECGKSFSQSYNLAIHQRIHTGE
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pF1KB9 KPCDNNGCGRSYK--SPLIGHQ-----KTDAEMELCGGSEYGKTSHLKGHQRILMGEKPY
:: : ::...: : : :: . . ..:: . . ..:.: .:::: :::::
CCDS46 KPYKCNECGKTFKQGSCLTTHQIIHTGEKPYQCDICG-KVFRQNSNLVNHQRIHTGEKPY
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pF1KB9 ECIECGKTFSKTSHLRAHQRIHTGEKPYECVECEKTFSHKTHLSVHQRVHTGEKPYECND
.: :::.::..:.: .:: .:.:.:::.: :: :::.... :..:: .::::::: :.
CCDS46 KCNICGKSFSQSSNLATHQTVHSGNKPYKCDECGKTFKRSSSLTTHQIIHTGEKPYTCDV
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: : :. : : ::: :::::::.:..: :.:...: : .:.:::::::::.:..::..
CCDS46 CDKVFSQRSQLARHQRSHTGEKPYKCNECGKVFSQTSHLVGHRRIHTGEKPYKCDKCGKA
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CCDS46 GNLSIHKRIHTGEKPFQCNECGTVFRNYSCLARHLRIHTGQKPYKCNVCGKVFNDSGNLS
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CCDS46 EMPYKCIECGQVFNSTSNLARHRRIHTGEKPYKCNECGKVFRHQSTLARHRSIHTGEKPY
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CCDS46 VCNECGKAFRVRSILVNHQKMHTGDKPYKCNECGKAFIERSKLVYHQRNHTGEKPYKCIE
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CCDS46 CGKAFGRFSCLNKHQMIHSGEKPYKCNECGKSFISRSGLTKHQTK-HTAESLKTKFNVEK
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CCDS46 PLDVLLTSGFK
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CCDS82 NECGKLFTQNSHLISHWRIHTGEKPYKCNECGKAFSVRSSLAIHQTIHTGEKPYKCNECG
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CCDS82 NECGKVFRQSSNLASHH-RMHTGEKPYK
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CCDS12 ----DDTGNYKGVLMAQKEGKRDQRDRRDIENKLMNNQLGVSFHSHLPELQ---LFQGEG
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pF1KB9 KLYECNECGKAFCQNSNLSKHLRIHTKEKPCDNNGCGRSYKSPLIGH-----QKTDAEME
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CCDS12 KMYECNQVEKSTNNGSSVSPLQQIPSSVQT------HRSKKYHELNHFSLLTQRRKANS-
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pF1KB9 LCG--------GSEYGKTSHLKGHQRILMGEKPYECIECGKTFSKTSHLRAHQRIHTGEK
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CCDS12 -CGKPYKCNECGKAFTQNSNLTSHRRIHSGEKPYKCSECGKTFTVRSNLTIHQVIHTGEK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]