Result of FASTA (omim) for
pF1KB9100
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9100, 1108 aa
1>>>pF1KB9100 1108 - 1108 aa - 1108 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6248+/-0.000579; mu= 4.1244+/- 0.036
mean_var=390.8197+/-86.975, 0's: 0 Z-trim(115.8): 281 B-trim: 0 in 0/57
Lambda= 0.064876
statistics sampled from 26169 (26466) to 26169 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.31), width: 16
Scan time: 15.530
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004989 (OMIM: 601479,614131) unconventional myo (1108) 7406 709.2 3.3e-203
NP_036467 (OMIM: 601480) unconventional myosin-If (1098) 5365 518.2 1.1e-145
XP_016882310 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio (1094) 5336 515.5 6.9e-145
XP_011526328 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio (1090) 3390 333.3 4.7e-90
XP_011526326 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio (1119) 3315 326.3 6.2e-88
XP_011526327 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio (1115) 3286 323.6 4e-87
XP_011526330 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio ( 573) 2780 275.9 4.8e-73
XP_011526329 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio (1074) 2780 276.2 7.1e-73
NP_001094891 (OMIM: 614636) unconventional myosin- (1022) 1957 199.2 1.1e-49
XP_016874696 (OMIM: 614636) PREDICTED: unconventio (1027) 1957 199.2 1.1e-49
XP_011536525 (OMIM: 614636) PREDICTED: unconventio (1044) 1763 181.0 3.2e-44
NP_001120651 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) u (1178) 1627 168.4 2.3e-40
XP_016873276 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (1451) 1627 168.5 2.6e-40
XP_016873275 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2154) 1627 168.7 3.4e-40
NP_001120652 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) u (2175) 1627 168.7 3.4e-40
XP_016873273 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2206) 1627 168.7 3.4e-40
XP_016873277 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2207) 1627 168.7 3.4e-40
NP_000251 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) unco (2215) 1627 168.7 3.4e-40
XP_016873272 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2219) 1627 168.7 3.4e-40
XP_016873271 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2220) 1627 168.7 3.4e-40
XP_016873270 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2226) 1627 168.7 3.4e-40
XP_011543346 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2228) 1627 168.7 3.4e-40
XP_016873269 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2245) 1627 168.7 3.5e-40
XP_016873268 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2255) 1627 168.7 3.5e-40
XP_016873267 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2256) 1627 168.7 3.5e-40
XP_011543348 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2258) 1627 168.7 3.5e-40
XP_011543352 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2140) 1554 161.9 3.8e-38
NP_036355 (OMIM: 606537) unconventional myosin-Ib (1078) 1478 154.4 3.5e-36
NP_001317166 (OMIM: 606537) unconventional myosin- (1107) 1478 154.4 3.5e-36
NP_001317167 (OMIM: 606537) unconventional myosin- (1107) 1478 154.4 3.5e-36
XP_005246629 (OMIM: 606537) PREDICTED: unconventio (1136) 1478 154.4 3.6e-36
NP_001155291 (OMIM: 606537) unconventional myosin- (1136) 1478 154.4 3.6e-36
NP_001123630 (OMIM: 606537) unconventional myosin- (1136) 1478 154.4 3.6e-36
NP_001074419 (OMIM: 606538) unconventional myosin- (1044) 1442 151.0 3.5e-35
NP_001074248 (OMIM: 606538) unconventional myosin- (1063) 1442 151.0 3.5e-35
NP_203693 (OMIM: 606538) unconventional myosin-Ic (1028) 1437 150.5 4.8e-35
NP_036466 (OMIM: 601481) unconventional myosin-X [ (2058) 1438 151.0 6.9e-35
XP_011536675 (OMIM: 601478,607841) PREDICTED: unco ( 866) 1362 143.4 5.6e-33
NP_001242970 (OMIM: 601478,607841) unconventional (1043) 1362 143.5 6.3e-33
NP_005370 (OMIM: 601478,607841) unconventional myo (1043) 1362 143.5 6.3e-33
NP_001073936 (OMIM: 251850,606540) unconventional (1848) 1353 143.0 1.6e-32
XP_016877897 (OMIM: 610022) PREDICTED: unconventio (1697) 1352 142.8 1.6e-32
XP_016880174 (OMIM: 606539) PREDICTED: unconventio ( 955) 1340 141.4 2.5e-32
NP_001290208 (OMIM: 606539) unconventional myosin- ( 961) 1340 141.4 2.5e-32
NP_056009 (OMIM: 606539) unconventional myosin-Id (1006) 1340 141.4 2.6e-32
XP_011520083 (OMIM: 610022) PREDICTED: unconventio (1714) 1345 142.2 2.6e-32
NP_061198 (OMIM: 610022) unconventional myosin-Vc (1742) 1345 142.2 2.6e-32
XP_011519914 (OMIM: 160777,214450) PREDICTED: unco (1849) 1317 139.6 1.7e-31
XP_011519913 (OMIM: 160777,214450) PREDICTED: unco (1852) 1317 139.6 1.7e-31
XP_011519912 (OMIM: 160777,214450) PREDICTED: unco (1876) 1317 139.6 1.7e-31
>>NP_004989 (OMIM: 601479,614131) unconventional myosin- (1108 aa)
initn: 7406 init1: 7406 opt: 7406 Z-score: 3769.1 bits: 709.2 E(85289): 3.3e-203
Smith-Waterman score: 7406; 100.0% identity (100.0% similar) in 1108 aa overlap (1-1108:1-1108)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGSKGVYQYHWQSHNVKHSGVDDMVLLSKITENSIVENLKKRYMDDYIFTYIGSVLISVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MGSKGVYQYHWQSHNVKHSGVDDMVLLSKITENSIVENLKKRYMDDYIFTYIGSVLISVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 PFKQMPYFGEKEIEMYQGAAQYENPPHIYALADNMYRNMIIDRENQCVIISGESGAGKTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PFKQMPYFGEKEIEMYQGAAQYENPPHIYALADNMYRNMIIDRENQCVIISGESGAGKTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 AAKYIMSYISRVSGGGTKVQHVKDIILQSNPLLEAFGNAKTVRNNNSSRFGKYFEIQFSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AAKYIMSYISRVSGGGTKVQHVKDIILQSNPLLEAFGNAKTVRNNNSSRFGKYFEIQFSP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 GGEPDGGKISNFLLEKSRVVMRNPGERSFHIFYQLIEGASAEQKHSLGITSMDYYYYLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GGEPDGGKISNFLLEKSRVVMRNPGERSFHIFYQLIEGASAEQKHSLGITSMDYYYYLSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 SGSYKVDDIDDRREFQETLHAMNVIGIFAEEQTLVLQIVAGILHLGNISFKEVGNYAAVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SGSYKVDDIDDRREFQETLHAMNVIGIFAEEQTLVLQIVAGILHLGNISFKEVGNYAAVE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SEEFLAFPAYLLGINQDRLKEKLTSRQMDSKWGGKSESIHVTLNVEQACYTRDALAKALH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SEEFLAFPAYLLGINQDRLKEKLTSRQMDSKWGGKSESIHVTLNVEQACYTRDALAKALH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 ARVFDFLVDSINKAMEKDHEEYNIGVLDIYGFEIFQKNGFEQFCINFVNEKLQQIFIELT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ARVFDFLVDSINKAMEKDHEEYNIGVLDIYGFEIFQKNGFEQFCINFVNEKLQQIFIELT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 LKAEQEEYVQEGIRWTPIEYFNNKIVCDLIENKVNPPGIMSILDDVCATMHAVGEGADQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LKAEQEEYVQEGIRWTPIEYFNNKIVCDLIENKVNPPGIMSILDDVCATMHAVGEGADQT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 LLQKLQMQIGSHEHFNSWNQGFIIHHYAGKVSYDMDGFCERNRDVLFMDLIELMQSSELP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LLQKLQMQIGSHEHFNSWNQGFIIHHYAGKVSYDMDGFCERNRDVLFMDLIELMQSSELP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 FIKSLFPENLQADKKGRPTTAGSKIKKQANDLVSTLMKCTPHYIRCIKPNETKKPRDWEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FIKSLFPENLQADKKGRPTTAGSKIKKQANDLVSTLMKCTPHYIRCIKPNETKKPRDWEE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 SRVKHQVEYLGLKENIRVRRAGYAYRRIFQKFLQRYAILTKATWPSWQGEEKQGVLHLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SRVKHQVEYLGLKENIRVRRAGYAYRRIFQKFLQRYAILTKATWPSWQGEEKQGVLHLLQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 SVNMDSDQFQLGRSKVFIKAPESLFLLEEMRERKYDGYARVIQKSWRKFVARKKYVQMRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SVNMDSDQFQLGRSKVFIKAPESLFLLEEMRERKYDGYARVIQKSWRKFVARKKYVQMRE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 EASDLLLNKKERRRNSINRNFIGDYIGMEEHPELQQFVGKREKIDFADTVTKYDRRFKGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EASDLLLNKKERRRNSINRNFIGDYIGMEEHPELQQFVGKREKIDFADTVTKYDRRFKGV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB9 KRDLLLTPKCLYLIGREKVKQGPDKGLVKEVLKRKIEIERILSVSLSTMQDDIFILHEQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KRDLLLTPKCLYLIGREKVKQGPDKGLVKEVLKRKIEIERILSVSLSTMQDDIFILHEQE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB9 YDSLLESVFKTEFLSLLAKRYEEKTQKQLPLKFSNTLELKLKKENWGPWSAGGSRQVQFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YDSLLESVFKTEFLSLLAKRYEEKTQKQLPLKFSNTLELKLKKENWGPWSAGGSRQVQFH
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB9 QGFGDLAVLKPSNKVLQVSIGPGLPKNSRPTRRNTTQNTGYSSGTQNANYPVRAAPPPPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QGFGDLAVLKPSNKVLQVSIGPGLPKNSRPTRRNTTQNTGYSSGTQNANYPVRAAPPPPG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB9 YHQNGVIRNQYVPYPHAPGSQRSNQKSLYTSMARPPLPRQQSTSSDRVSQTPESLDFLKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YHQNGVIRNQYVPYPHAPGSQRSNQKSLYTSMARPPLPRQQSTSSDRVSQTPESLDFLKV
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB9 PDQGAAGVRRQTTSRPPPAGGRPKPQPKPKPQVPQCKALYAYDAQDTDELSFNANDIIDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PDQGAAGVRRQTTSRPPPAGGRPKPQPKPKPQVPQCKALYAYDAQDTDELSFNANDIIDI
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100
pF1KB9 IKEDPSGWWTGRLRGKQGLFPNNYVTKI
::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 IKEDPSGWWTGRLRGKQGLFPNNYVTKI
1090 1100
>>NP_036467 (OMIM: 601480) unconventional myosin-If [Hom (1098 aa)
initn: 5339 init1: 4738 opt: 5365 Z-score: 2736.8 bits: 518.2 E(85289): 1.1e-145
Smith-Waterman score: 5369; 71.7% identity (87.7% similar) in 1116 aa overlap (1-1108:1-1098)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGSKGVYQYHWQSHNVKHSGVDDMVLLSKITENSIVENLKKRYMDDYIFTYIGSVLISVN
:::: ..::::::::.::::::::: .:::..:. ::.::.:::::::::::::::::
NP_036 MGSK--ERFHWQSHNVKQSGVDDMVLLPQITEDAIAANLRKRFMDDYIFTYIGSVLISVN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 PFKQMPYFGEKEIEMYQGAAQYENPPHIYALADNMYRNMIIDRENQCVIISGESGAGKTV
:::::::: ..::..::::::::::::::::.:::::::.:: :::::::::::::::::
NP_036 PFKQMPYFTDREIDLYQGAAQYENPPHIYALTDNMYRNMLIDCENQCVIISGESGAGKTV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 AAKYIMSYISRVSGGGTKVQHVKDIILQSNPLLEAFGNAKTVRNNNSSRFGKYFEIQFSP
::::::.:::.::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 AAKYIMGYISKVSGGGEKVQHVKDIILQSNPLLEAFGNAKTVRNNNSSRFGKYFEIQFSR
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 GGEPDGGKISNFLLEKSRVVMRNPGERSFHIFYQLIEGASAEQKHSLGITSMDYYYYLSL
:::::::::::::::::::::.: .::.:::.:::.:::: ::...::. . ::::::.
NP_036 GGEPDGGKISNFLLEKSRVVMQNENERNFHIYYQLLEGASQEQRQNLGLMTPDYYYYLNQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 SGSYKVDDIDDRREFQETLHAMNVIGIFAEEQTLVLQIVAGILHLGNISFKEVGNYAAVE
: .:.:: ::: .: ::: ::.:::: : ::::.:::::::::::: : :::: ::
NP_036 SDTYQVDGTDDRSDFGETLSAMQVIGIPPSIQQLVLQLVAGILHLGNISFCEDGNYARVE
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SEEFLAFPAYLLGINQDRLKEKLTSRQMDSKWGGKSESIHVTLNVEQACYTRDALAKALH
: ..::::::::::.. ::.::::::.:::.:::.::::.:::::::: ::::::::.:.
NP_036 SVDLLAFPAYLLGIDSGRLQEKLTSRKMDSRWGGRSESINVTLNVEQAAYTRDALAKGLY
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 ARVFDFLVDSINKAMEKDHEEYNIGVLDIYGFEIFQKNGFEQFCINFVNEKLQQIFIELT
::.:::::..::.::.: .:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 ARLFDFLVEAINRAMQKPQEEYSIGVLDIYGFEIFQKNGFEQFCINFVNEKLQQIFIELT
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 LKAEQEEYVQEGIRWTPIEYFNNKIVCDLIENKVNPPGIMSILDDVCATMHAVGEGADQT
::::::::::::::::::.:::::.::::::::..::::::.::::::::::.: :::::
NP_036 LKAEQEEYVQEGIRWTPIQYFNNKVVCDLIENKLSPPGIMSVLDDVCATMHATGGGADQT
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 LLQKLQMQIGSHEHFNSWNQGFIIHHYAGKVSYDMDGFCERNRDVLFMDLIELMQSSELP
:::::: .:.:::::::. ::.:::::::::::..::::::::::: :::::::.::
NP_036 LLQKLQAAVGTHEHFNSWSAGFVIHHYAGKVSYDVSGFCERNRDVLFSDLIELMQTSEQA
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 FIKSLFPENLQADKKGRPTTAGSKIKKQANDLVSTLMKCTPHYIRCIKPNETKKPRDWEE
:.. ::::.:..::::::.::::::::::::::.:::.:::::::::::::::.::::::
NP_036 FLRMLFPEKLDGDKKGRPSTAGSKIKKQANDLVATLMRCTPHYIRCIKPNETKRPRDWEE
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 SRVKHQVEYLGLKENIRVRRAGYAYRRIFQKFLQRYAILTKATWPSWQGEEKQGVLHLLQ
.:::::::::::::::::::::.:::: : :::::::::: ::: :.:.:.::: :::.
NP_036 NRVKHQVEYLGLKENIRVRRAGFAYRRQFAKFLQRYAILTPETWPRWRGDERQGVQHLLR
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 SVNMDSDQFQLGRSKVFIKAPESLFLLEEMRERKYDGYARVIQKSWRKFVARKKYVQMRE
.:::. ::.:.: .:::.: :::::::::.::::.::.::.:::.::. :: .:: .:::
NP_036 AVNMEPDQYQMGSTKVFVKNPESLFLLEEVRERKFDGFARTIQKAWRRHVAVRKYEEMRE
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 EASDLLLNKKERRRNSINRNFIGDYIGMEEHPELQQFVGKREKIDFADTVTKYDRRFKGV
:::..::::::::::::::::.:::.:.::.:::.::.::::..::::.::::::::: .
NP_036 EASNILLNKKERRRNSINRNFVGDYLGLEERPELRQFLGKRERVDFADSVTKYDRRFKPI
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pF1KB9 GGEPDGGKISNFLLEKSRVVMRNPGERSFHIFYQLIEGASAEQKHSLGITSMDYYYYLSL
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XP_011 GGEPDGGKISNFLLEKSRVVMQNENERNFHIYYQLLEGASQEQRQNLGLMTPDYYYYLNQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]