FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9044, 530 aa
1>>>pF1KB9044 530 - 530 aa - 530 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5373+/-0.000924; mu= 14.3120+/- 0.057
mean_var=345.2690+/-71.166, 0's: 0 Z-trim(111.1): 2069 B-trim: 93 in 1/47
Lambda= 0.069023
statistics sampled from 17195 (19577) to 17195 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.556), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 7.640
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016867177 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 569) 2848 299.2 2.2e-80
NP_066971 (OMIM: 604756) zinc finger protein 273 [ ( 569) 2848 299.2 2.2e-80
NP_689839 (OMIM: 603974) zinc finger protein 92 is ( 586) 2669 281.4 5.2e-75
NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 ( 572) 2655 280.0 1.3e-74
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 2599 274.4 6.5e-73
XP_016867180 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
XP_016867183 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
XP_016867178 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
XP_016867181 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
XP_016867187 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
XP_016867182 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
XP_016867185 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
XP_016867184 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
XP_016867186 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
XP_016867179 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2597 274.1 6.9e-73
NP_001269288 (OMIM: 603989) zinc finger protein 10 ( 852) 2584 273.2 2.2e-72
NP_258429 (OMIM: 606957) zinc finger protein 257 i ( 563) 2547 269.2 2.3e-71
NP_001152765 (OMIM: 603984) zinc finger protein 73 ( 536) 2525 267.0 1e-70
XP_011525901 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 2525 267.0 1e-70
XP_006722660 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 2525 267.0 1e-70
XP_005259754 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 2525 267.0 1e-70
XP_011525900 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 2525 267.0 1e-70
NP_975011 (OMIM: 604768) zinc finger protein 254 i ( 659) 2514 266.1 2.4e-70
NP_001243582 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 818) 2504 265.2 5.3e-70
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 2489 264.0 1.8e-69
NP_112495 (OMIM: 603975) zinc finger protein 93 [H ( 620) 2469 261.5 5.2e-69
NP_775802 (OMIM: 603982) zinc finger protein 100 [ ( 542) 2463 260.8 7.4e-69
NP_003414 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 is ( 809) 2454 260.2 1.7e-68
XP_011526559 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882705 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_011526561 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882703 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
NP_001243579 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882698 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882697 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882696 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
NP_001243577 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882701 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882702 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882700 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882704 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_016882699 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
NP_001243578 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 2413 256.2 2.8e-67
XP_011526007 (OMIM: 603980) PREDICTED: zinc finger ( 531) 2409 255.4 3.1e-67
NP_001073878 (OMIM: 603981) zinc finger protein 99 ( 864) 2412 256.1 3.1e-67
NP_001303925 (OMIM: 606957) zinc finger protein 25 ( 531) 2361 250.7 8.4e-66
XP_011514048 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 537) 2360 250.6 9.1e-66
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 2330 248.2 1e-64
XP_016881605 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 504) 2324 246.9 1.1e-64
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 2330 248.3 1.1e-64
>>XP_016867177 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger pro (569 aa)
initn: 2848 init1: 2848 opt: 2848 Z-score: 1564.2 bits: 299.2 E(85289): 2.2e-80
Smith-Waterman score: 2848; 76.0% identity (89.0% similar) in 529 aa overlap (2-530:26-554)
10 20 30
pF1KB9 MPGPPGSLEMGPLTFRDVAIEFSLEEWQCLDTAQRN
:: ::::::::::::::::::::::::::::.:.:
XP_016 MSSAPRGPPSVAPLPAGIGRSTAKTPGLPGSLEMGPLTFRDVAIEFSLEEWQCLDTSQQN
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 LYRKVMFENYRNLVFLGIAVSKPHLITCLEQGKEPWNRKRQEMVAKPPVIYSHFTEDLWP
:::.::..::::::::::::::: ::::::::::: : ::. :::::::. :::..::::
XP_016 LYRNVMLDNYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQGKEPCNMKRHAMVAKPPVVCSHFAQDLWP
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 EHSIKDSFQKVILRGYGKCGHENLQLRISCKSVDESKVFKEGYNELNQCLRTTQSKIFQC
....:::::::::: ::: :::::::: .:::.:: :: :.::: ::::: :::::::::
XP_016 KQGLKDSFQKVILRRYGKYGHENLQLRKGCKSADEHKVHKRGYNGLNQCLTTTQSKIFQC
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 DKYVKVFHKFSNSNSHKKRNTGKKVFKCKECGKSFCMLSHLTQHIRIHTRENSYKCEECG
::::::.::::::: ::::.:::: ::::::::: :.::.:::: . :: : :::. ::
XP_016 DKYVKVLHKFSNSNIHKKRQTGKKPFKCKECGKSCCILSQLTQHKKTATRVNFYKCKTCG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 KVLNWFSELIKHKGIHMGEKPYKCEECGKAFNQSSTLIKHKKIHIEEKPFKCEECGKAFS
:..: ::.: ::: :: .:::::::::::::: :: :::::: ::::.:::.:::.::
XP_016 KAFNQFSNLTKHKIIHPEVNPYKCEECGKAFNQSLTLTKHKKIHTEEKPYKCEDCGKVFS
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 LFSILSKHKIIHTGDKPYKCDECHKAFNWFATLTNHKRIHTGEKPFKCEECGKDFNQFSN
.::.:.:::::::: :::.:.:: :.:. :.:::.:: :::::::.::.:::: :: :.
XP_016 VFSVLTKHKIIHTGTKPYNCEECGKGFSIFSTLTKHKIIHTGEKPYKCNECGKAFNWSST
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 LTKHKKIHTGEKPYKCEECGKAFNQFANLTRHKKIHTGEKSYKCEECGKAFIQSSNLTEH
:::::.::::::::::::::::::: ..::::: .::::: :::::::::: .:..::.:
XP_016 LTKHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSTLTRHKIVHTGEKPYKCEECGKAFKRSTTLTKH
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 MRIHTGEKPYKCEECGKAFNGCSSLTRHKRIHTRENTYKCEECGKGFTLFSTLTNHKVIH
::.: :::::::::::::. :.::.:: ::: . :::::::..: :::::.:: .:
XP_016 KRIYTKEKPYKCEECGKAFSVFSTLTKHKIIHTGAKPYKCEECGSAFRAFSTLTEHKRVH
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 TGEKSYKCDECGNVFNWPATLANHKRIHAREKPYKCEECGKAFNRSSHLTRHKKIHTGEK
:::: :::.:::..::: .::..:::::. :::::::::::::::::.::::::::::::
XP_016 TGEKPYKCNECGKAFNWSSTLTKHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNRSSNLTRHKKIHTGEK
490 500 510 520 530 540
520 530
pF1KB9 LYKPEKCDNNFDNT
:::..::. ::::
XP_016 PYKPKRCDSAFDNTPNFSRHKRNHMGEKS
550 560
>>NP_066971 (OMIM: 604756) zinc finger protein 273 [Homo (569 aa)
initn: 2848 init1: 2848 opt: 2848 Z-score: 1564.2 bits: 299.2 E(85289): 2.2e-80
Smith-Waterman score: 2848; 76.0% identity (89.0% similar) in 529 aa overlap (2-530:26-554)
10 20 30
pF1KB9 MPGPPGSLEMGPLTFRDVAIEFSLEEWQCLDTAQRN
:: ::::::::::::::::::::::::::::.:.:
NP_066 MSSAPRGPPSVAPLPAGIGRSTAKTPGLPGSLEMGPLTFRDVAIEFSLEEWQCLDTSQQN
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 LYRKVMFENYRNLVFLGIAVSKPHLITCLEQGKEPWNRKRQEMVAKPPVIYSHFTEDLWP
:::.::..::::::::::::::: ::::::::::: : ::. :::::::. :::..::::
NP_066 LYRNVMLDNYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQGKEPCNMKRHAMVAKPPVVCSHFAQDLWP
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 EHSIKDSFQKVILRGYGKCGHENLQLRISCKSVDESKVFKEGYNELNQCLRTTQSKIFQC
....:::::::::: ::: :::::::: .:::.:: :: :.::: ::::: :::::::::
NP_066 KQGLKDSFQKVILRRYGKYGHENLQLRKGCKSADEHKVHKRGYNGLNQCLTTTQSKIFQC
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 DKYVKVFHKFSNSNSHKKRNTGKKVFKCKECGKSFCMLSHLTQHIRIHTRENSYKCEECG
::::::.::::::: ::::.:::: ::::::::: :.::.:::: . :: : :::. ::
NP_066 DKYVKVLHKFSNSNIHKKRQTGKKPFKCKECGKSCCILSQLTQHKKTATRVNFYKCKTCG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 KVLNWFSELIKHKGIHMGEKPYKCEECGKAFNQSSTLIKHKKIHIEEKPFKCEECGKAFS
:..: ::.: ::: :: .:::::::::::::: :: :::::: ::::.:::.:::.::
NP_066 KAFNQFSNLTKHKIIHPEVNPYKCEECGKAFNQSLTLTKHKKIHTEEKPYKCEDCGKVFS
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 LFSILSKHKIIHTGDKPYKCDECHKAFNWFATLTNHKRIHTGEKPFKCEECGKDFNQFSN
.::.:.:::::::: :::.:.:: :.:. :.:::.:: :::::::.::.:::: :: :.
NP_066 VFSVLTKHKIIHTGTKPYNCEECGKGFSIFSTLTKHKIIHTGEKPYKCNECGKAFNWSST
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 LTKHKKIHTGEKPYKCEECGKAFNQFANLTRHKKIHTGEKSYKCEECGKAFIQSSNLTEH
:::::.::::::::::::::::::: ..::::: .::::: :::::::::: .:..::.:
NP_066 LTKHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSTLTRHKIVHTGEKPYKCEECGKAFKRSTTLTKH
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 MRIHTGEKPYKCEECGKAFNGCSSLTRHKRIHTRENTYKCEECGKGFTLFSTLTNHKVIH
::.: :::::::::::::. :.::.:: ::: . :::::::..: :::::.:: .:
NP_066 KRIYTKEKPYKCEECGKAFSVFSTLTKHKIIHTGAKPYKCEECGSAFRAFSTLTEHKRVH
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB9 TGEKSYKCDECGNVFNWPATLANHKRIHAREKPYKCEECGKAFNRSSHLTRHKKIHTGEK
:::: :::.:::..::: .::..:::::. :::::::::::::::::.::::::::::::
NP_066 TGEKPYKCNECGKAFNWSSTLTKHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNRSSNLTRHKKIHTGEK
490 500 510 520 530 540
520 530
pF1KB9 LYKPEKCDNNFDNT
:::..::. ::::
NP_066 PYKPKRCDSAFDNTPNFSRHKRNHMGEKS
550 560
>>NP_689839 (OMIM: 603974) zinc finger protein 92 isofor (586 aa)
initn: 4464 init1: 2669 opt: 2669 Z-score: 1467.7 bits: 281.4 E(85289): 5.2e-75
Smith-Waterman score: 2669; 74.1% identity (85.2% similar) in 521 aa overlap (10-530:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MPGPPGSLEMGPLTFRDVAIEFSLEEWQCLDTAQRNLYRKVMFENYRNLVFLGIAVSKPH
::::::::: :::::::::::::::::::: ::.::::::::::::::::
NP_689 MGPLTFRDVKIEFSLEEWQCLDTAQRNLYRDVMLENYRNLVFLGIAVSKPD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LITCLEQGKEPWNRKRQEMVAKPPVIYSHFTEDLWPEHSIKDSFQKVILRGYGKCGHENL
::: ::::::::: ::.::: : ::. :::..:.:::::::::::::::: ::: :::::
NP_689 LITWLEQGKEPWNLKRHEMVDKTPVMCSHFAQDVWPEHSIKDSFQKVILRTYGKYGHENL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 QLRISCKSVDESKVFKEGYNELNQCLRTTQSKIFQCDKYVKVFHKFSNSNSHKKRNTGKK
::: . :::: ::.: ::: ::::: ::.:::::::::::::::: : : .: :.::::
NP_689 QLRKDHKSVDACKVYKGGYNGLNQCLTTTDSKIFQCDKYVKVFHKFPNVNRNKIRHTGKK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 VFKCKECGKSFCMLSHLTQHIRIHTRENSYKCEECGKVLNWFSELIKHKGIHMGEKPYKC
::::. ::::::::.:::: .::::: :::::::::..:: : : ::: :: :::::::
NP_689 PFKCKNRGKSFCMLSQLTQHKKIHTREYSYKCEECGKAFNWSSTLTKHKIIHTGEKPYKC
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 EECGKAFNQSSTLIKHKKIHIEEKPFKCEECGKAFSLFSILSKHKIIHTGDKPYKCDECH
::::::::.::.: ::: :: :::.:::::::::. : :.::: ::: .:::::.::
NP_689 EECGKAFNRSSNLTKHKIIHTGEKPYKCEECGKAFNRSSTLTKHKRIHTEEKPYKCEECG
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 KAFNWFATLTNHKRIHTGEKPFKCEECGKDFNQFSNLTKHKKIHTGEKPYKCEECGKAFN
:::: :. :..::::: .::.::::::: : :: : ::: ::::::::::::::::::
NP_689 KAFNQFSILNKHKRIHMEDKPYKCEECGKAFRVFSILKKHKIIHTGEKPYKCEECGKAFN
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 QFANLTRHKKIHTGEKSYKCEECGKAFIQSSNLTEHMRIHTGEKPYKCEECGKAFNGCSS
::.:::.:: :::::: :::.:::::: :::.::.: ::::::::::::::::::. :.
NP_689 QFSNLTKHKIIHTGEKPYKCDECGKAFNQSSTLTKHKRIHTGEKPYKCEECGKAFKQSST
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 LTRHKRIHTRENTYKCEECGKGFTLFSTLTNHKVIHTGEKSYKCDECGNVFNWPATLANH
::.:: ::: :. ::::.:::.:. :..:.:: : .: :::.:::..:. .::..:
NP_689 LTEHKIIHTGEKPYKCEKCGKAFSWSSAFTKHKRNHMEDKPYKCEECGKAFSVFSTLTKH
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530
pF1KB9 KRIHAREKPYKCEECGKAFNRSSHLTRHKKIHTGEKLYKPEKCDNNFDNT
: ::.:::::::::::::::.:: .:.:: ::: : :: ::: : :...
NP_689 KIIHTREKPYKCEECGKAFNQSSIFTKHKIIHTEGKSYKCEKCGNAFNQSSNLTARKIIY
480 490 500 510 520 530
NP_689 TGEKPYKYEECDKAFNKFSTLITHQIIYTGEKPCKHECGRAFNKSSNYTKEKLQT
540 550 560 570 580
>>NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 [Ho (572 aa)
initn: 2655 init1: 2655 opt: 2655 Z-score: 1460.3 bits: 280.0 E(85289): 1.3e-74
Smith-Waterman score: 2655; 71.7% identity (85.1% similar) in 530 aa overlap (1-530:1-530)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MPGPPGSLEMGPLTFRDVAIEFSLEEWQCLDTAQRNLYRKVMFENYRNLVFLGIAVSKPH
:::: :::::: :::::::.::::::::::::::.::::.::.::::::::.:::.:::
NP_001 MPGPLGSLEMGVLTFRDVALEFSLEEWQCLDTAQQNLYRNVMLENYRNLVFVGIAASKPD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LITCLEQGKEPWNRKRQEMVAKPPVIYSHFTEDLWPEHSIKDSFQKVILRGYGKCGHENL
::::::::::::: ::.:::..:::.::.:..::::... :. ::::::: : :::.:::
NP_001 LITCLEQGKEPWNVKRHEMVTEPPVVYSYFAQDLWPKQGKKNYFQKVILRTYKKCGRENL
70 80 90 100 110 120
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::: :::.:: :: :: :: ::::: :::.:::: :::::::::::::: :: .::::
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NP_001 EECGKAFNRLSHLTTHKIIHTGKKPYKCEECGKAFNQSANLTTHKRIHTGEKPYKCEECG
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.::. .::: :: ::.::::.::::::: :.: :.:: :: :::::: ::::::::::.
NP_001 RAFSQSSTLTAHKIIHAGEKPYKCEECGKAFSQSSTLTTHKIIHTGEKFYKCEECGKAFS
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....:: ::.::.::: :::::::::: :::.:: : :::.::: :::: :.:::. :
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: ::. ::::::::::::::.::::: :: :::::: :: :.: . :.:.
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:::::::::: :. ::.: ::::: :. :::..:::::..:::::::: :. :::: :::
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: ::: .::::: :.: ::.: ::::: : ::::::::..:: : : ::: :: ::::::
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>--
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::::: :::::::::: .:..::.: ::.: :::::::::::::. :.::.:: :::
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:..::::::::::::::: :::::::::::
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XP_016 TLTKHKKIHTEEKPYKCEDCGKVFSVFSVLTKHKIIHTGTKPYNCEECGKGFSIFSTLTK
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:..::::::::::::::: :::::::::::
XP_016 MLDNYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQGKEP
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XP_016 CNMKRHAMVAKPPVVCSHFAQDLWPKQGLKDSFQKVILRRYGKYGHENLQLRKGCKSADE
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>>XP_016867187 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger pro (504 aa)
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20 30 40 50 60 70
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:..::::::::::::::: :::::::::::
XP_016 MLDNYRNLVFLGIAVSKPDLITCLEQGKEP
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530 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]