Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8965
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8965, 354 aa
1>>>pF1KB8965 354 - 354 aa - 354 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7985+/-0.000834; mu= 5.4724+/- 0.050
mean_var=155.4804+/-31.929, 0's: 0 Z-trim(113.4): 71 B-trim: 290 in 1/50
Lambda= 0.102858
statistics sampled from 13978 (14049) to 13978 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.772), E-opt: 0.2 (0.432), width: 16
Scan time: 3.060
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10957.2 FOXF1 gene_id:2294|Hs108|chr16 ( 379) 2487 380.4 1.3e-105
CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6 ( 444) 949 152.3 7.5e-37
CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5 ( 465) 554 93.7 3.4e-19
CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1 ( 495) 526 89.5 6.4e-18
CCDS10959.1 FOXL1 gene_id:2300|Hs108|chr16 ( 345) 513 87.5 1.8e-17
CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6 ( 553) 511 87.3 3.3e-17
CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1 ( 319) 492 84.4 1.5e-16
CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9 ( 373) 490 84.1 2.1e-16
CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20 ( 330) 487 83.6 2.6e-16
CCDS4471.1 FOXQ1 gene_id:94234|Hs108|chr6 ( 403) 485 83.4 3.7e-16
CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2 ( 408) 483 83.1 4.6e-16
CCDS47977.1 FOXD4L5 gene_id:653427|Hs108|chr9 ( 416) 481 82.8 5.7e-16
CCDS10958.1 FOXC2 gene_id:2303|Hs108|chr16 ( 501) 482 83.0 6e-16
CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1 ( 478) 481 82.8 6.4e-16
CCDS75845.1 FOXD4L4 gene_id:349334|Hs108|chr9 ( 416) 479 82.5 7e-16
CCDS43826.1 FOXD4L6 gene_id:653404|Hs108|chr9 ( 417) 479 82.5 7e-16
CCDS43833.1 FOXD4L3 gene_id:286380|Hs108|chr9 ( 417) 478 82.4 7.8e-16
CCDS34975.1 FOXD4 gene_id:2298|Hs108|chr9 ( 439) 477 82.2 9e-16
CCDS3105.1 FOXL2 gene_id:668|Hs108|chr3 ( 376) 471 81.3 1.5e-15
CCDS7655.2 FOXI2 gene_id:399823|Hs108|chr10 ( 318) 452 78.4 9.1e-15
CCDS77433.1 FOXI3 gene_id:344167|Hs108|chr2 ( 420) 454 78.8 9.2e-15
CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14 ( 472) 452 78.5 1.2e-14
CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15 ( 325) 446 77.5 1.7e-14
CCDS9636.1 FOXG1 gene_id:2290|Hs108|chr14 ( 489) 448 77.9 1.9e-14
CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 ( 350) 441 76.8 3e-14
CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 457) 436 76.1 6.3e-14
CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 463) 436 76.2 6.4e-14
CCDS4372.1 FOXI1 gene_id:2299|Hs108|chr5 ( 378) 423 74.2 2.1e-13
CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9 ( 432) 420 73.8 3.1e-13
CCDS55594.1 FOXJ3 gene_id:22887|Hs108|chr1 ( 588) 398 70.6 3.8e-12
CCDS11813.1 FOXK2 gene_id:3607|Hs108|chr17 ( 660) 398 70.6 4.2e-12
CCDS34591.1 FOXK1 gene_id:221937|Hs108|chr7 ( 733) 377 67.5 4e-11
CCDS30689.1 FOXJ3 gene_id:22887|Hs108|chr1 ( 622) 371 66.6 6.5e-11
>>CCDS10957.2 FOXF1 gene_id:2294|Hs108|chr16 (379 aa)
initn: 2487 init1: 2487 opt: 2487 Z-score: 2009.5 bits: 380.4 E(32554): 1.3e-105
Smith-Waterman score: 2487; 100.0% identity (100.0% similar) in 354 aa overlap (1-354:26-379)
10 20 30
pF1KB8 MDPASSGPSKAKKTNAGIRRPEKPPYSYIALIVMA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MSSAPEKQQPPHGGGGGGGGGGGAAMDPASSGPSKAKKTNAGIRRPEKPPYSYIALIVMA
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 IQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGH
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 YWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYSMMNGLGFNHLPDTYGFQGSAGGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYSMMNGLGFNHLPDTYGFQGSAGGLS
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 CPPNSLALEGGLGMMNGHLPGNVDGMALPSHSVPHLPSNGGHSYMGGCGGAAAGEYPHHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CPPNSLALEGGLGMMNGHLPGNVDGMALPSHSVPHLPSNGGHSYMGGCGGAAAGEYPHHD
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 SSVPASPLLPTGAGGVMEPHAVYSGSAAAWPPSASAALNSGASYIKQQPLSPCNPAANPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SSVPASPLLPTGAGGVMEPHAVYSGSAAAWPPSASAALNSGASYIKQQPLSPCNPAANPL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 SGSLSTHSLEQPYLHQNSHNAPAELQGIPRYHSQSPSMCDRKEFVFSFNAMASSSMHSAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SGSLSTHSLEQPYLHQNSHNAPAELQGIPRYHSQSPSMCDRKEFVFSFNAMASSSMHSAG
310 320 330 340 350 360
340 350
pF1KB8 GGSYYHQQVTYQDIKPCVM
:::::::::::::::::::
CCDS10 GGSYYHQQVTYQDIKPCVM
370
>>CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6 (444 aa)
initn: 1164 init1: 819 opt: 949 Z-score: 775.1 bits: 152.3 E(32554): 7.5e-37
Smith-Waterman score: 1270; 56.5% identity (74.9% similar) in 386 aa overlap (4-354:81-444)
10 20 30
pF1KB8 MDPASSGPSKAKKTNAGIRRPEKPPYSYIALIV
:..: . :::...:.:::::::::::::::
CCDS44 SSSASCASSSSSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGSGGAKKASSGLRRPEKPPYSYIALIV
60 70 80 90 100 110
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 MAIQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGK
:::::::.:::::::::::::.:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MAIQSSPSKRLTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGK
120 130 140 150 160 170
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 GHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYS-MMNGLGFNH--LPDTYGFQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ...::::. ::. . ::.
CCDS44 GHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYHRVVSGLGFGASLLPQGFDFQAP
180 190 200 210 220 230
160 170 180 190
pF1KB8 AGG-LSCPPNSLALEGGLGMMNGHLPGNVD-GMALPSHS---------VPHLPSNGGHSY
.. :.: .: . ::: :: :.. : : . :::. :::. : : .:
CCDS44 PSAPLGC--HSQGGYGGLDMM----PAGYDAGAGAPSHAHPHHHHHHHVPHMSPNPGSTY
240 250 260 270 280
200 210 220 230 240
pF1KB8 MGGC------------GGAAAGEY-PHHDSS-VPASPLLPTGAGGVMEPHAVYSGSAAAW
:..: ::...:.: : .:: ::.:: . .. .: :. :.. :: :
CCDS44 MASCPVPAGPGGVGAAGGGGGGDYGPDSSSSPVPSSPAMASA----IECHSPYTSPAAHW
290 300 310 320 330 340
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 P-PSASAALNSGASYIKQQP-LSPC-NPAANP-LSGSLSTHSLEQPYLHQNSHNAPAELQ
:.:: :.:: : :.: ::::. : .:.:..:::: :::::... .:.
CCDS44 SSPGASP-------YLKQPPALTPSSNPAASAGLHSSMSSYSLEQSYLHQNARE---DLS
350 360 370 380 390
310 320 330 340 350
pF1KB8 -GIPRYHSQSPSMCDRKEFVFSFNAMASSSMHSAGGGSYYHQ--QVTYQDIKPCVM
:.:::. .: .::::.::..::.. ::.: ...:::::. : . ::::::::
CCDS44 VGLPRYQHHSTPVCDRKDFVLNFNGI--SSFHPSASGSYYHHHHQSVCQDIKPCVM
400 410 420 430 440
>>CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5 (465 aa)
initn: 525 init1: 461 opt: 554 Z-score: 458.0 bits: 93.7 E(32554): 3.4e-19
Smith-Waterman score: 557; 33.0% identity (58.0% similar) in 367 aa overlap (7-350:108-456)
10 20 30
pF1KB8 MDPASSGPSKAKKTNAGIRRPE-KPPYSYIALIVMA
: . . ....: . : ::::::::::.::
CCDS75 LLAPPAGGSPAPPGPAPAAGAGAGGGGGGGGAGGGGSAGSGAKNPLVKPPYSYIALITMA
80 90 100 110 120 130
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 IQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGH
: .:: :::::::: .:...:::..: .. .:.::.:::::::.::.:.:. : ::::.
CCDS75 ILQSPKKRLTLSEICEFISGRFPYYREKFPAWQNSIRHNLSLNDCFVKIPREPGNPGKGN
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 YWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYSMMNGLGFNHLPDTYGFQGSAGGLS
:::.:: : ::..::: :: . :.:. : : . ..: . : :.::: .
CCDS75 YWTLDPESADMFDNGSFLRRRKRFKRQ-PLLPPNAAAAESLLLR------G-AGAAGGAG
200 210 220 230 240
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 CPPNSLALEGGLG----MMNGHLP-GNVDGMALPSHSVPHLPSNGGHSYMGGCGGAAAGE
: . :: :. : : :. :: :. : .. . .. ..:::.
CCDS75 DPAAAAALFPPAPPPPPHAYGYGPYGCGYGLQLP----PYAPPSALFA-AAAAAAAAAAF
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260
pF1KB8 YPHHDSSVPASPLLPTGAGGVM-------EPHAVYSGSAAAWPPSASAALNSGASYIKQQ
.:: : : : ::.. . .:: . .. . : ::. : . ::: . ..
CCDS75 HPHS----PPPPPPPHGAAAELARTAFGYRPHPLGAALPGPLPASAAKAGGPGASALARS
310 320 330 340 350 360
270 280 290 300 310
pF1KB8 PLSPCNPAANPLSGSLSTHSLEQPYLHQNSHNAPAELQGIPRYHSQS----------PSM
:.: . .. :. . .. . : .. .:. . . : :.. :.
CCDS75 PFSIESIIGGSLGPAAAAAAAAQAAAAAQASPSPSPVAAPPAPGSSGGGCAAQAAVGPAA
370 380 390 400 410 420
320 330 340 350
pF1KB8 CDRKEFVFSFNAMASSSMHSAGGGSYYHQQVTYQDIKPCVM
. .: . : ::: ::. :. :: .. ....
CCDS75 ALTRSLVAAAAAAASSVSSSAALGTL-HQGTALSSVENFTARISNC
430 440 450 460
>>CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1 (495 aa)
initn: 528 init1: 461 opt: 526 Z-score: 435.2 bits: 89.5 E(32554): 6.4e-18
Smith-Waterman score: 526; 38.9% identity (62.5% similar) in 301 aa overlap (5-286:107-389)
10 20 30
pF1KB8 MDPASSGPSKAKKTN-AGIRRPE-KPPYSYIALI
..::. . .. :. : : ::::::::::
CCDS30 CSDGEPRALASRGAAAAAGSPGPGAAAARGAAGPGPGPPSGGAATRSPLVKPPYSYIALI
80 90 100 110 120 130
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 VMAIQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPG
.::: .:: :::::::: .:...:::..: .. .:.::.:::::::.::.:.:. : ::
CCDS30 TMAILQSPKKRLTLSEICEFISGRFPYYREKFPAWQNSIRHNLSLNDCFVKIPREPGNPG
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 KGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYSMMNGLGFNHLPDTYGFQGSAG
::.:::.:: : ::..::: :: . :.: : : : . . : :. ..:.:.
CCDS30 KGNYWTLDPESADMFDNGSFLRRRKRFKR--QPLPPPHPHPHP----H-PELL-LRGGAA
200 210 220 230 240
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 GLSCPPNSLALEGGLGMMNGHLPGNVDGMALPSHSVPHL-PSNGGHSYMGGCGGAAAGEY
. . : :. :.. .... : :.:::....: :. : . . . :::.
CCDS30 AAGDPG---AFLPGFAAYGAY--GYGYGLALPAYGAPPPGPAPHPHPHPHAFAFAAAAAA
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250
pF1KB8 PHHDSSVP-----ASPLLP------TGAGGVMEPHAVYSGSA-----AAWPPSASAALNS
. ::: : : : .:::.. : : :::. :. : .: :.
CCDS30 APCQLSVPPGRAAAPPPGPPTASVFAGAGSAPAP-APASGSGPGPGPAGLPAFLGAELGC
310 320 330 340 350 360
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 GASYIKQQPLSPCNPAANPLSGSLSTHSLEQPYLHQNSHNAPAELQGIPRYHSQSPSMCD
. .. . ::: :::. .: : : :.:
CCDS30 AKAFYAAS-LSP--PAAGTAAG-LPTALLRQGLKTDAGGGAGGGGAGAGQRPSFSIDHIM
370 380 390 400 410
320 330 340 350
pF1KB8 RKEFVFSFNAMASSSMHSAGGGSYYHQQVTYQDIKPCVM
CCDS30 GHGGGGAAPPGAGEGSPGPPFAAAAGPGGQAQVLAMLTAPALAPVAGHIRLSHPGDALLS
420 430 440 450 460 470
>>CCDS10959.1 FOXL1 gene_id:2300|Hs108|chr16 (345 aa)
initn: 497 init1: 476 opt: 513 Z-score: 427.0 bits: 87.5 E(32554): 1.8e-17
Smith-Waterman score: 513; 34.2% identity (61.1% similar) in 319 aa overlap (3-304:29-328)
10 20 30
pF1KB8 MDPASSGPSKAKKTNAGIRRPEKPPYSYIALIVM
: . .:. : ... . :.::::::::::.:
CCDS10 MSHLFDPRLPALAASPMLYLYGPERPGLPLAFAPAAALAASGRAETPQKPPYSYIALIAM
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 AIQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKG
:::..: .:.::. ::::...::::.. . :::.::.:::::::.::.:.:. ::::::
CCDS10 AIQDAPEQRVTLNGIYQFIMDRFPFYHDNRQGWQNSIRHNLSLNDCFVKVPREKGRPGKG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 HYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYSMMNGLGFNHLPDTYGFQGSAGGL
:::.:: :::.:..::: : . : : . . .. .. ::..:
CCDS10 SYWTLDPRCLDMFENGNYRRRKR--KPKPGPGAPEAKRPRAETHQRSAEAQPEAGSGAGG
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 SCPPNS---LALEGGLGMMNGHLPGNVDGMALPSHSVPHLPSNGGHSYMGGCGGAAAGEY
: : : : : ...: :. . :. . :. ..: . .:. ...:.:.
CCDS10 SGPAISRLQAAPAGPSPLLDG--PSPPAPLHWPGTASPN--EDAGDAAQGA-AAVAVGQA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB8 PHHDSSVPASPLLPTGAGG--------VMEPHAVYSGSAAAWPPSASAALNSGASYIKQQ
. .. :.::: :.. .. . .. .:. . :::.. :. :: .
CCDS10 ARTGDG-PGSPLRPASRSSPKSSDKSKSFSIDSILAGKQGQKPPSGDELLG-GA-----K
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310
pF1KB8 PLSPCNPAANPLSGSL--STHSLEQPY---LHQNSHNAPAELQ-GIPRYHSQSPSMCDRK
: .:.. :..:: .. ::. :. : . : . : :::
CCDS10 P----GPGGR-LGASLLAASSSLRPPFNASLMLDPHVQGGFYQLGIPFLSYFPLQVPDTV
290 300 310 320 330 340
320 330 340 350
pF1KB8 EFVFSFNAMASSSMHSAGGGSYYHQQVTYQDIKPCVM
CCDS10 LHFQ
>>CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6 (553 aa)
initn: 555 init1: 484 opt: 511 Z-score: 422.5 bits: 87.3 E(32554): 3.3e-17
Smith-Waterman score: 529; 34.7% identity (57.8% similar) in 329 aa overlap (23-341:78-394)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MDPASSGPSKAKKTNAGIRRPEKPPYSYIALIVMAIQSSPTKRLTLSEIYQF
::::::::::.::::..: :..::. ::::
CCDS44 SHPAHAEQYPGGMARAYGPYTPQPQPKDMVKPPYSYIALITMAIQNAPDKKITLNGIYQF
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPASEFMFEEGSF
...::::.: . :::.::.::::::::::.:.:. .:::: :::.:: : :::.:::
CCDS44 IMDRFPFYRDNKQGWQNSIRHNLSLNECFVKVPRDDKKPGKGSYWTLDPDSYNMFENGSF
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 RRRPRGFRRKCQALKPMYSMMNGLGFNHLPDTYGFQGSAGGLSCPPNSLALEGGLGMMNG
:: : :..: .:.: . : ... : : : . :: : . : :
CCDS44 LRRRRRFKKK-DAVKDKEEK-DRLHLKE-PPPPGRQPPPA----PP-----EQADGNAPG
170 180 190 200 210
180 190 200 210 220
pF1KB8 HLPGNV--DGMALPSHSVPHLPSNGGHSYMGGCGGAAAG---EYPHHDSSVPASPLLPTG
: : . . . . : :. . . : :.::: : : .:: .: : :
CCDS44 PQPPPVRIQDIKTENGTCPSPPQPLSPAAALGSGSAAAVPKIESPDSSSSSLSSGSSPPG
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 AGGVMEPHAVYSGSAAAWPPSASAAL-NSGASYIKQQPLSPCNPAANPLSGSLSTHSLEQ
. .: .. ....: ::. :: . . .. .. .. . . .. ::. : .
CCDS44 SLPSARPLSLDGADSAPPPPAPSAPPPHHSQGFSVDNIMTSLRGSPQSAAAELSSGLLAS
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 PYLHQNSHNAPAELQGI--PRYHSQSPSMCDRKEFVFSFNAMA--SSSMHSAGGGSYYHQ
. . :: : : : : :.. . : .. . ... .:::.. ::
CCDS44 AAASSRAGIAPPLALGAYSPGQSSLYSSPCSQTSSAGSSGGGGGGAGAAGGAGGAGTYHC
340 350 360 370 380 390
350
pF1KB8 QVTYQDIKPCVM
CCDS44 NLQAMSLYAAGERGGHLQGAPGGAGGSAVDDPLPDYSLPPVTSSSSSSLSHGGGGGGGGG
400 410 420 430 440 450
>>CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1 (319 aa)
initn: 476 init1: 436 opt: 492 Z-score: 410.7 bits: 84.4 E(32554): 1.5e-16
Smith-Waterman score: 492; 37.1% identity (57.7% similar) in 272 aa overlap (6-262:51-308)
10 20 30
pF1KB8 MDPASSGPSKAKKTNAGIRRPE---KPPYSYIALI
..:. : . ::: ::::::::::
CCDS55 AVAPSGPPPSPLAGAEPGREPEEAAAGRGEAAPTPAPGPGRRRRRPLQRGKPPYSYIALI
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 VMAIQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPG
.::. .: .::::. ::.:. :: :.: : . :.::.::::.::.::.:.:. : ::
CCDS55 AMALAHAPGRRLTLAAIYRFITERFAFYRDSPRKWQNSIRHNLTLNDCFVKVPREPGNPG
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140
pF1KB8 KGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYSMMNGLGFNHLPDTYGFQG---
::.:::.:::. ::..::: :: . :.: . . : : . : . . :
CCDS55 KGNYWTLDPAAADMFDNGSFLRRRKRFKRAELPAHAAAAPGPPLPFPYAPYAPA-PGPAL
150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 -----SAGGLSCPPNSLALEGGLGMMNGHLPGNVDGMALPSHSVPHLPSNGGHSYMGGCG
::: :: : .: .: : .. :.. : :. .. .. :.
CCDS55 LVPPPSAGPGPSPPARLFSVDSL--VN--LQPELAGLGAPEPPCCAAPDAAAAAF-PPCA
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 GAAAGEYPHHDSSVPASPLLPT---GAGGV-MEPHAVYSGSAAAWPPSASAALNSGASYI
.::. : :.:: .::. : : . :: . .: ::: : :. : .:.
CCDS55 AAAS---PPLYSQVPDRLVLPATRPGPGPLPAEPLLALAGPAAALGP-----LSPGEAYL
260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 KQQPLSPCNPAANPLSGSLSTHSLEQPYLHQNSHNAPAELQGIPRYHSQSPSMCDRKEFV
.:
CCDS55 RQPGFASGLERYL
310
>>CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9 (373 aa)
initn: 525 init1: 463 opt: 490 Z-score: 408.1 bits: 84.1 E(32554): 2.1e-16
Smith-Waterman score: 511; 34.7% identity (59.3% similar) in 300 aa overlap (4-281:27-320)
10 20 30
pF1KB8 MDPASSG-PSKAKKTNAGIRRPE------KPPYSYIA
:..: :..: .:: :: . ::::::::
CCDS35 MTAESGPPPPQPEVLATVKEERGETAAGAGVPGEATGRGAGGRRRKRPLQRGKPPYSYIA
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 LIVMAIQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGR
::.::: .: .::::. ::.:. ::::.: . . :.::.::::.::.::.:.:. ::
CCDS35 LIAMAIAHAPERRLTLGGIYKFITERFPFYRDNPKKWQNSIRHNLTLNDCFLKIPREAGR
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KB8 PGKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYSMMNGLGFNHLPDTYG----
::::.::..:: .: ::: ::: :: . :.:. . : : : .. . . .
CCDS35 PGKGNYWALDPNAEDMFESGSFLRRRKRFKRSDLSTYPAY-MHDAAAAAAAAAAAAAAAA
130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 -FQGSAGGLSCPPNSLALEGGLGMMNGHLPGNVDGMAL---PSHSVPHLPSNGGHSYMGG
: :.. . . :: :. .: . . : : : : . .: .:
CCDS35 IFPGAVPA-ARPPYPGAVYAGYAPPSLAAPPPVYYPAASPGPCRVFGLVPERPLSPELGP
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250
pF1KB8 CGGAAAGEYPHHDSSVPASPL--LPTGAGGV--MEPHA---VYSGSAAAWPPSASAALNS
.. .: ....::. :.: :. .: : .:.: .:.: .:..:. .
CCDS35 APSGPGGSCAFASAGAPATTTGYQPAGCTGARPANPSAYAAAYAGPDGAYPQGAGSAIFA
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 GASYIKQQPLSPCNPAANPLSGSLSTHSLEQPYLHQNSHNAPAELQGIPRYHSQSPSMCD
.:. . .: .: :. ::.. :
CCDS35 AAGRLA----GPASPPAGGSSGGVETTVDFYGRTSPGQFGALGACYNPGGQLGGASAGAY
300 310 320 330 340 350
>>CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20 (330 aa)
initn: 486 init1: 464 opt: 487 Z-score: 406.5 bits: 83.6 E(32554): 2.6e-16
Smith-Waterman score: 493; 35.7% identity (55.1% similar) in 305 aa overlap (16-309:11-297)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDPASSGPSKAKKTNAGIRRPEKPPYSYIALIVMAIQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFF
: .: ::::::::::.::::::: .: ::: ::.....:: :.
CCDS13 MQQQPLPGPGAPTTEPTKPPYSYIALIAMAIQSSPGQRATLSGIYRYIMGRFAFY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFR
: . ::.::.::::::::::.:.:. .:::: :::.:: . :::.::: :: : :
CCDS13 RHNRPGWQNSIRHNLSLNECFVKVPRDDRKPGKGSYWTLDPDCHDMFEHGSFLRRRRRFT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB8 RKCQALKPMYSMMNGLG-FNHLPDTYGFQGSAGGLSC--PPN-----SLALEGGLGMMNG
:. : : . . : ... : .: ::. .:.. : .: : .
CCDS13 RQTGAEGTRGPAKARRGPLRATSQDPGVPNATTGRQCSFPPELPDPKGLSFGGLVGAMPA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 HL-PGNVDGMALPSHSVPHLPSNGGHSYMGGCGGAAAGEYPHHDSSVPASPLLPTGAGGV
. :...:: : : :.. .. : :: : :: . : . ::
CCDS13 SMCPATTDGRPRP----PMEPKE-----ISTPKPACPGELPVATSS-SSCPAFGFPAG-F
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KB8 MEPHAVYSGSAAAWPPSASAALNSGASY-IKQQPLSPCNPAANPLSGSLSTHS-LEQPYL
: .. .. . . : .. :.:: . : :. : : : :.. . :
CCDS13 SEAESFNKAPTPVLSPESGI----GSSYQCRLQALNFCMGADPGLEHLLASAAPSPAPPT
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 HQNSHNAPAELQGIPRYHSQSPSMCDRKEFVFSFNAMASSSMHSAGGGSYYHQQVTYQDI
.: :: : : :..
CCDS13 PPGSLRAPLPL---PTDHKEPWVAGGFPVQGGSGYPLGLTPCLYRTPGMFFFE
290 300 310 320 330
>>CCDS4471.1 FOXQ1 gene_id:94234|Hs108|chr6 (403 aa)
initn: 458 init1: 329 opt: 485 Z-score: 403.6 bits: 83.4 E(32554): 3.7e-16
Smith-Waterman score: 487; 35.4% identity (57.4% similar) in 277 aa overlap (6-277:103-364)
10 20 30
pF1KB8 MDPASSGPSKAKKTNAGIRRPEKPPYSYIALIVMA
.: ... ... ::: ::::::::::.::
CCDS44 GAEEAIPAAAAAAVVAEGAEAGAAGPGAGGAGSGEGARSKPYTRRP-KPPYSYIALIAMA
80 90 100 110 120 130
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 IQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRP-GKG
:..: ::::.:: ..:...:::::::: ::.::::::::::.::.:. . .:: ::
CCDS44 IRDSAGGRLTLAEINEYLMGKFPFFRGSYTGWRNSVRHNLSLNDCFVKVLRDPSRPWGKD
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 HYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYSMMNGLGFNHLPDTYGFQGSAGGL
.:: ..: ::. : .: :::: . . .. . : .. :. : .. .
CCDS44 NYWMLNPNSEYTFADGVFRRRRKRLSHRAPVPAPGLRPEEAPGLPAAPPPAPAAPASPRM
200 210 220 230 240 250
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 SCPPNSLALEGGLGMMNGHLPGNVDG-MALPSHSVPHLPSNGGHSYMGGCGGAAAGEYPH
: . . : ... . .:. . : .: . : . . : .: :
CCDS44 RSPARQEERASPAGKFSSSFA--IDSILRKPFRSRRLRDTAPGTTLQWG--AAPCPPLPA
260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 HDSSVPASP---LLPTGAGGVMEPHAVYSGSAAAWPPSASAALNSGASYIKQQPLSPCNP
. .::.: ::: : :. :: : .. : ::.: : . :: :
CCDS44 FPALLPAAPCRALLPLCAYGAGEP-ARLGAREAEVPPTAPPLLLA--------PL-PAAA
310 320 330 340 350
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 AANPLSGSLSTHSLEQPYLHQNSHNAPAELQGIPRYHSQSPSMCDRKEFVFSFNAMASSS
:.:: :
CCDS44 PAKPLRGPAAGGAHLYCPLRLPAALQAASVRRPGPHLPYPVETLLA
360 370 380 390 400
354 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 16:44:12 2016 done: Fri Nov 4 16:44:12 2016
Total Scan time: 3.060 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]