Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8964
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8964, 350 aa
1>>>pF1KB8964 350 - 350 aa - 350 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.1047+/-0.000843; mu= -2.2962+/- 0.051
mean_var=294.1193+/-59.979, 0's: 0 Z-trim(117.5): 66 B-trim: 194 in 1/54
Lambda= 0.074785
statistics sampled from 18252 (18318) to 18252 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.822), E-opt: 0.2 (0.563), width: 16
Scan time: 3.020
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 ( 350) 2441 275.8 3.8e-74
CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14 ( 472) 773 95.9 7.1e-20
CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 457) 770 95.6 8.7e-20
CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 463) 770 95.6 8.8e-20
CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5 ( 465) 641 81.7 1.4e-15
CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15 ( 325) 588 75.8 5.5e-14
CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1 ( 319) 576 74.5 1.3e-13
CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9 ( 432) 546 71.4 1.6e-12
CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6 ( 553) 545 71.4 2e-12
CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9 ( 373) 528 69.4 5.4e-12
CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1 ( 478) 523 69.0 9.5e-12
CCDS10958.1 FOXC2 gene_id:2303|Hs108|chr16 ( 501) 519 68.5 1.3e-11
CCDS77433.1 FOXI3 gene_id:344167|Hs108|chr2 ( 420) 515 68.1 1.6e-11
CCDS7655.2 FOXI2 gene_id:399823|Hs108|chr10 ( 318) 504 66.8 2.9e-11
CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1 ( 495) 504 66.9 4e-11
CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2 ( 408) 501 66.5 4.4e-11
CCDS43833.1 FOXD4L3 gene_id:286380|Hs108|chr9 ( 417) 500 66.4 4.8e-11
CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6 ( 444) 500 66.5 5e-11
CCDS43826.1 FOXD4L6 gene_id:653404|Hs108|chr9 ( 417) 499 66.3 5.1e-11
CCDS47977.1 FOXD4L5 gene_id:653427|Hs108|chr9 ( 416) 497 66.1 6e-11
CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20 ( 330) 494 65.7 6.3e-11
CCDS34975.1 FOXD4 gene_id:2298|Hs108|chr9 ( 439) 495 65.9 7.2e-11
CCDS9636.1 FOXG1 gene_id:2290|Hs108|chr14 ( 489) 493 65.7 9.1e-11
>>CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 (350 aa)
initn: 2441 init1: 2441 opt: 2441 Z-score: 1444.6 bits: 275.8 E(32554): 3.8e-74
Smith-Waterman score: 2441; 100.0% identity (100.0% similar) in 350 aa overlap (1-350:1-350)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MLGSVKMEAHDLAEWSYYPEAGEVYSPVTPVPTMAPLNSYMTLNPLSSPYPPGGLPASPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MLGSVKMEAHDLAEWSYYPEAGEVYSPVTPVPTMAPLNSYMTLNPLSSPYPPGGLPASPL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PSGPLAPPAPAAPLGPTFPGLGVSGGSSSSGYGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PSGPLAPPAPAAPLGPTFPGLGVSGGSSSSGYGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SYISLITMAIQQAPGKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SYISLITMAIQQAPGKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVAR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SPDKPGKGSYWALHPSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVKKGGSGAATTTRNGTGSAAST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SPDKPGKGSYWALHPSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVKKGGSGAATTTRNGTGSAAST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TTPAATVTSPPQPPPPAPEPEAQGGEDVGALDCGSPASSTPYFTGLELPGELKLDAPYNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TTPAATVTSPPQPPPPAPEPEAQGGEDVGALDCGSPASSTPYFTGLELPGELKLDAPYNF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB8 NHPFSINNLMSEQTPAPPKLDVGFGGYGAEGGEPGVYYQGLYSRSLLNAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NHPFSINNLMSEQTPAPPKLDVGFGGYGAEGGEPGVYYQGLYSRSLLNAS
310 320 330 340 350
>>CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14 (472 aa)
initn: 973 init1: 754 opt: 773 Z-score: 470.3 bits: 95.9 E(32554): 7.1e-20
Smith-Waterman score: 836; 46.2% identity (62.0% similar) in 355 aa overlap (19-321:71-416)
10 20 30 40
pF1KB8 MLGSVKMEAHDLAEWSYYPEAGEVYSP--VTPVP--TMAPLNSYMT--
: : :: :. .: . . .::. .
CCDS96 MNSMNTYMTMNTMTTSGNMTPASFNMSYANPGLGAGLSPGAVAGMPGGSAGAMNSMTAAG
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 LNPLSSPYPPGGLPA-SPLPSGPLAPPAP-AAPLGPTFPGLGVSGGSSSSGYGAPGPGLV
.. ... :.:. : . .. . .: :: ..: . .. . :. : . : :
CCDS96 VTAMGTALSPSGMGAMGAQQAASMNGLGPYAAAMNPCMSPMAYA--PSNLGRSRAGGG--
110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 HGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAPGKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQR
: : ..: ::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::
CCDS96 -GDA--KTFKRSYPHAKPPYSYISLITMAIQQAPSKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRQNQQR
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 WQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALHPSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVK
:::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::: :..
CCDS96 WQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWTLHPDSGNMFENGCYLRRQKRFKCEKQPG
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260
pF1KB8 KGGSGAATTTRNGT-GSAASTTTPAATVTSPPQPPP---------------PAPEPEA--
::.:.. . .:. :. : :... ..: : ::: : :
CCDS96 AGGGGGSGSGGSGAKGGPESRKDPSGA-SNPSADSPLHRGVHGKTGQLEGAPAPGPAASP
280 290 300 310 320 330
270 280 290
pF1KB8 QGGEDVGALDCG------SPASST--PYFTG----LELPG--------------ELKLDA
: . :: : .::::: : .: .:. .:: :
CCDS96 QTLDHSGATATGGASELKTPASSTAPPISSGPGALASVPASHPAHGLAPHESQLHLKGDP
340 350 360 370 380 390
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 PYNFNHPFSINNLMSEQTPAPPKLDVGFGGYGAEGGEPGVYYQGLYSRSLLNAS
:.:::::::::::: .. :::
CCDS96 HYSFNHPFSINNLMS-SSEQQHKLDFKAYEQALQYSPYGSTLPASLPLGSASVTTRSPIE
400 410 420 430 440 450
>>CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 (457 aa)
initn: 997 init1: 720 opt: 770 Z-score: 468.7 bits: 95.6 E(32554): 8.7e-20
Smith-Waterman score: 864; 44.0% identity (62.1% similar) in 375 aa overlap (13-313:13-385)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MLGSVKMEAHDLAEWSYYPEAGEVYSPVTPVPT---MAPLNSYMTLNPLSSPYPPGGLPA
..:: : : :: :. . . : .:.::... . :.. :
CCDS13 MLGAVKMEGHEPSDWSSYYAEPEGYSSVSNMNAGLGMNGMNTYMSMSAAAMGSGSGNMSA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90
pF1KB8 SPL-----------PS-GPLAPPAPA-------------APLGPTF-PGLGVSGGSSSSG
. . :: . ..: : : : .:: . :.:. ::.....
CCDS13 GSMNMSSYVGAGMSPSLAGMSPGAGAMAGMGGSAGAAGVAGMGPHLSPSLSPLGGQAAGA
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130
pF1KB8 YGAPGP--------------GLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAPGKM
.:. .: :: .... :: ::: .::::::::::::::::::.:.::
CCDS13 MGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARD-PKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPNKM
130 140 150 160 170
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 LTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALHPSS
:::::::::::::::.::.:::::::::::::::::::.:: ::::::::::.:.:::.:
CCDS13 LTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHPDS
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230 240
pF1KB8 GNMFENGCYLRRQKRFKLEEKV------------KKGGSGA-ATTTRNGTGSAASTTTPA
::::::::::::::::: :... ::...:: :. .. : ... .. :::
CCDS13 GNMFENGCYLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGAQASQAQLGEAAGPASETPA
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280
pF1KB8 ATVTSPPQPPPPAPEPEAQG-----GEDVGALDCGSPASST-------------PYFTGL
.: :: . : : . : : ..::. :: : :. ::
CCDS13 GT-ESPHSSASPCQEHKRGGLGELKGTPAAALSPPEPAPSPGQQQQAAAHLLGPPHHPGL
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 ELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMSEQTPAPPKLDVGFGGYGAEGGEPGVYYQGLYSRSL
..:: . : :::::::::::: .
CCDS13 PPEAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDLKAYEQVMHYPGYGSPM
360 370 380 390 400 410
>>CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 (463 aa)
initn: 997 init1: 720 opt: 770 Z-score: 468.6 bits: 95.6 E(32554): 8.8e-20
Smith-Waterman score: 864; 44.0% identity (62.1% similar) in 375 aa overlap (13-313:19-391)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MLGSVKMEAHDLAEWSYYPEAGEVYSPVTPVPT---MAPLNSYMTLNPLSSPYP
..:: : : :: :. . . : .:.::... .
CCDS46 MHSASSMLGAVKMEGHEPSDWSSYYAEPEGYSSVSNMNAGLGMNGMNTYMSMSAAAMGSG
10 20 30 40 50 60
60 70 80
pF1KB8 PGGLPASPL-----------PS-GPLAPPAPA-------------APLGPTF-PGLGVSG
:.. :. . :: . ..: : : : .:: . :.:. :
CCDS46 SGNMSAGSMNMSSYVGAGMSPSLAGMSPGAGAMAGMGGSAGAAGVAGMGPHLSPSLSPLG
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130
pF1KB8 GSSSSGYGAPGP--------------GLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQ
:......:. .: :: .... :: ::: .:::::::::::::::::
CCDS46 GQAAGAMGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARD-PKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQ
130 140 150 160 170
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 QAPGKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYW
:.:.:::::::::::::::::.::.:::::::::::::::::::.:: ::::::::::.:
CCDS46 QSPNKMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFW
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230
pF1KB8 ALHPSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKV------------KKGGSGA-ATTTRNGTGSAA
.:::.:::::::::::::::::: :... ::...:: :. .. : ...
CCDS46 TLHPDSGNMFENGCYLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGAQASQAQLGEAAGP
240 250 260 270 280 290
240 250 260 270 280
pF1KB8 STTTPAATVTSPPQPPPPAPEPEAQG-----GEDVGALDCGSPASST-------------
.. :::.: :: . : : . : : ..::. :: :
CCDS46 ASETPAGT-ESPHSSASPCQEHKRGGLGELKGTPAAALSPPEPAPSPGQQQQAAAHLLGP
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 PYFTGLELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMSEQTPAPPKLDVGFGGYGAEGGEPGVYYQG
:. :: ..:: . : :::::::::::: .
CCDS46 PHHPGLPPEAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDLKAYEQVMHYP
360 370 380 390 400 410
350
pF1KB8 LYSRSLLNAS
CCDS46 GYGSPMPGSLAMGPVTNKTGLDASPLAADTSYYQGVYSRPIMNSS
420 430 440 450 460
>>CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5 (465 aa)
initn: 741 init1: 542 opt: 641 Z-score: 393.4 bits: 81.7 E(32554): 1.4e-15
Smith-Waterman score: 647; 43.4% identity (62.0% similar) in 274 aa overlap (65-334:79-331)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 APLNSYMTLNPLSSPYPPGGLPASPLPSGPLAPPA---PAAPLGPTFPGLGVSGGSSSSG
::::: :: : ::. :. :...:....:
CCDS75 PAQRRRRRRSYAGEDELEDLEEEEDDDDILLAPPAGGSPAPP-GPA-PAAGAGAGGGGGG
50 60 70 80 90 100
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 YGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAPGKMLTLSEIYQWIMDLF
:: : : .: . ::. :::::::.:::::: :.: : :::::: ..: :
CCDS75 GGAGGGG-----SAGSGAKNPLV--KPPYSYIALITMAILQSPKKRLTLSEICEFISGRF
110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 PYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALHPSSGNMFENGCYLRRQK
:::::. :::::::.::.::::::. : : .::::.::.: : :..::.:: .:::.:
CCDS75 PYYREKFPAWQNSIRHNLSLNDCFVKIPREPGNPGKGNYWTLDPESADMFDNGSFLRRRK
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 RFKLEEKVKKGGSGAATTTRNGTGSAASTTTPAATVTS-PPQPPPPAPEPEAQGGEDVGA
::: . . ....: . :.:.:... :::... :: :::: :.: : :
CCDS75 RFKRQPLLPPNAAAAESLLLRGAGAAGGAGDPAAAAALFPPAPPPP---PHAYG---YGP
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 LDCGSPASSTPYFTGLELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMSEQTPAPPKLDVGFGGYGAE
:: . :: : . : :: : : ::. .. . :
CCDS75 YGCGYGLQLPPYAPPSALFAAAAAAAAAAAFHPHS------PPPPPPPHGAAAELARTAF
280 290 300 310 320
340 350
pF1KB8 GGEPGVYYQGLYSRSLLNAS
: .:
CCDS75 GYRPHPLGAALPGPLPASAAKAGGPGASALARSPFSIESIIGGSLGPAAAAAAAAQAAAA
330 340 350 360 370 380
>>CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15 (325 aa)
initn: 614 init1: 578 opt: 588 Z-score: 364.6 bits: 75.8 E(32554): 5.5e-14
Smith-Waterman score: 588; 57.1% identity (74.7% similar) in 154 aa overlap (105-257:1-154)
80 90 100 110 120 130
pF1KB8 GPTFPGLGVSGGSSSSGYGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAP
::. : . ::::::::: .::::..:
CCDS32 MPRPGRNTYSDQKPPYSYISLTAMAIQSSP
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 GKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALH
::: :::::..::: ::::::: ::::::.::.:::::::.:. : ::.:::::.::::
CCDS32 EKMLPLSEIYKFIMDRFPYYRENTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALH
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 PSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVKKGGSGAATTTRNGTGSAASTTTP-AATVTSPPQP
:: :.::::: .:::.::::. .. . . : : ... .: . ::. : ::
CCDS32 PSCGDMFENGSFLRRRKRFKVLKSDHLAPSKPADAAQYLQQQAKLRLSALAASGTHLPQM
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 PPPAPEPEAQGGEDVGALDCGSPASSTPYFTGLELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMSEQ
: :
CCDS32 PAAAYNLGGVAQPSGFKHPFAIENIIAREYKMPGGLAFSAMQPVPAAYPLPNQLTTMGSS
160 170 180 190 200 210
>>CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1 (319 aa)
initn: 561 init1: 510 opt: 576 Z-score: 357.7 bits: 74.5 E(32554): 1.3e-13
Smith-Waterman score: 603; 37.3% identity (59.0% similar) in 300 aa overlap (46-316:7-293)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 SYYPEAGEVYSPVTPVPTMAPLNSYMTLNPLSSPYPPGGLPASPL--PSGPLAPPAPAAP
.. : .:.:: : :::: ::.: :
CCDS55 MAGRSDMDPPAAFSGFPALPAVAPSGP--PPSPLAG
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB8 LGP-TFPGLGVSGGSSSSGYGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQ
: : ...: . .. ::::: . :::: ..:::::::.::.::. .
CCDS55 AEPGREPEEAAAGRGEAAPTPAPGPG--------RRRRRPLQRGKPPYSYIALIAMALAH
40 50 60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 APGKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWA
:::. :::. ::..: . : .::.. ..:::::::.:..::::::: : : .::::.::.
CCDS55 APGRRLTLAAIYRFITERFAFYRDSPRKWQNSIRHNLTLNDCFVKVPREPGNPGKGNYWT
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 LHPSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVKKGGSGAATTTRNGTGSAASTTTPAATVTSP--
: :....::.:: .:::.:::: : ..... . . : . :: : :
CCDS55 LDPAAADMFDNGSFLRRRKRFKRAELPAHAAAAPGPPLPFPYAPYAPAPGPALLVPPPSA
150 160 170 180 190 200
260 270 280
pF1KB8 -PQPPPPA--------------------PEPEAQGGEDVGAL---DCGSPASSTPYFTGL
: : ::: ::: .. :..: :.. :.: : ..
CCDS55 GPGPSPPARLFSVDSLVNLQPELAGLGAPEPPCCAAPDAAAAAFPPCAA-AASPPLYS--
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 ELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMSEQTPAPPKLDVGFGGYGAEGGEPGVYYQGLYSRSL
..: .: : : :. . :.. ::
CCDS55 QVPDRLVLPATRPGPGPLPAEPLLALAGPAAALGPLSPGEAYLRQPGFASGLERYL
270 280 290 300 310
>>CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9 (432 aa)
initn: 753 init1: 543 opt: 546 Z-score: 338.4 bits: 71.4 E(32554): 1.6e-12
Smith-Waterman score: 576; 50.6% identity (69.2% similar) in 172 aa overlap (105-260:1-172)
80 90 100 110 120 130
pF1KB8 GPTFPGLGVSGGSSSSGYGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAP
::. . . ::::::::: .::::..
CCDS35 MPRPGKSSYSDQKPPYSYISLTAMAIQHSA
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 GKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALH
::: ::.::..::. ::::::. ::::::.::.:::::::.:. : ::.:::::.::::
CCDS35 EKMLPLSDIYKFIMERFPYYREHTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALH
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240
pF1KB8 PSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVKKGGSGAATTTRNGTGSAASTTT-----P------
:. :.::::: .:::.::::. . . ...: . :.: .. :
CCDS35 PDCGDMFENGSFLRRRKRFKVLRADHTHLHAGSTKSAPGAGPGGHLHPHHHHHPHHHHHH
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290
pF1KB8 -AATVTS----PPQPPPPAPEPEAQGGEDVGALDCGSPASSTPYFTGLELPGELKLDAPY
::. ::::::: : :
CCDS35 HAAAHHHHHHHPPQPPPPPPPPPPHMVHYFHQQPPTAPQPPPHLPSQPPQQPPQQSQPQQ
160 170 180 190 200 210
>>CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6 (553 aa)
initn: 623 init1: 510 opt: 545 Z-score: 336.4 bits: 71.4 E(32554): 2e-12
Smith-Waterman score: 568; 36.8% identity (55.7% similar) in 318 aa overlap (31-324:16-308)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MLGSVKMEAHDLAEWSYYPEAGEVYSPVTPVPTMAPLNSYMTLNPLSSPYPPGGLPASPL
:: .. .::. .. :: : :
CCDS44 MQARYSVSSPNSLGVVPYLGGEQSYYRAAAAAAG---GGYTAMPA
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PSGPLAPPAPAAPLGPTFPGLGVSGGSSSSGYGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPY
: . . :: : .:: : . . : .: : .: .::::
CCDS44 PMSVYSHPAHA----EQYPG----GMARAYGPYTPQP-------------QPKDMVKPPY
50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SYISLITMAIQQAPGKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVAR
:::.:::::::.:: : .::. :::.::: ::.::.:.: :::::::.::.:.::::: :
CCDS44 SYIALITMAIQNAPDKKITLNGIYQFIMDRFPFYRDNKQGWQNSIRHNLSLNECFVKVPR
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220
pF1KB8 SPDKPGKGSYWALHPSSGNMFENGCYLRRQKRFKLEEKVKK---------------GGSG
. ::::::::.: :.: :::::: .:::..::: .. :: : .
CCDS44 DDKKPGKGSYWTLDPDSYNMFENGSFLRRRRRFKKKDAVKDKEEKDRLHLKEPPPPGRQP
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270
pF1KB8 AATTTRNGTGSAASTTTPAATVT-------SPPQPPPPAPEPEAQGGEDVGALD-CGSPA
. ... :.: . : . . . :.:: : : :. ...:. ::
CCDS44 PPAPPEQADGNAPGPQPPPVRIQDIKTENGTCPSPPQPLSPAAALGSGSAAAVPKIESPD
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 SSTPYFT-GLELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMSEQTPAPPKLDVGFGGYGAEGGEPGV
::. .. : :: : : ... : . ..: ::. . ::
CCDS44 SSSSSLSSGSSPPGSLPSARPLSLDGADSAPPPPAPSAP-PPHHSQGFSVDNIMTSLRGS
270 280 290 300 310 320
340 350
pF1KB8 YYQGLYSRSLLNAS
CCDS44 PQSAAAELSSGLLASAAASSRAGIAPPLALGAYSPGQSSLYSSPCSQTSSAGSSGGGGGG
330 340 350 360 370 380
>>CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9 (373 aa)
initn: 473 init1: 473 opt: 528 Z-score: 328.8 bits: 69.4 E(32554): 5.4e-12
Smith-Waterman score: 538; 36.3% identity (61.2% similar) in 281 aa overlap (62-340:5-265)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 PTMAPLNSYMTLNPLSSPYPPGGLPASPLPSGPLAPPAPAAPLGPTFPGLGVSGGSSSSG
::: :: : . . . : ...:
CCDS35 MTAESGP-PPPQPEV-----LATVKEERGETAAG
10 20
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 YGAPGPGLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAPGKMLTLSEIYQWIMDLF
:.:: . .: . .::: ..:::::::.::.::: .:: . :::. ::..: . :
CCDS35 AGVPGEATGRGAG-GRRRKRPLQRGKPPYSYIALIAMAIAHAPERRLTLGGIYKFITERF
30 40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 PYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALHPSSGNMFENGCYLRRQK
:.::.: ..:::::::.:..::::.:. : .::::.:::: :.. .:::.: .:::.:
CCDS35 PFYRDNPKKWQNSIRHNLTLNDCFLKIPREAGRPGKGNYWALDPNAEDMFESGSFLRRRK
90 100 110 120 130 140
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 RFKLEEKVKKGGSGAATTTRNGTGSAASTTTPAATVTSPPQPPPPAPEPEAQGGEDVGAL
::: .. : . ......::.... ::... : : : .: :. .:
CCDS35 RFK-----RSDLSTYPAYMHDAAAAAAAAAAAAAAAAIFPGAVP-AARPPYPGAVYAGYA
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310 320
pF1KB8 DCGSPASSTPYFTGLELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMSEQTPAP--PKLDVGFGGYGA
: :. : . :: .. . ..:.: : ::: : . .:.. ::
CCDS35 P-PSLAAPPPVYYPAASPGPCRVFGLVP-ERPLS-----PELGPAPSGPGGSCAFASAGA
210 220 230 240 250
330 340 350
pF1KB8 EGGEPGVYYQGLYSRSLLNAS
. : :
CCDS35 PATTTGYQPAGCTGARPANPSAYAAAYAGPDGAYPQGAGSAIFAAAGRLAGPASPPAGGS
260 270 280 290 300 310
350 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 16:43:09 2016 done: Fri Nov 4 16:43:09 2016
Total Scan time: 3.020 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]