Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8963
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8963, 350 aa
1>>>pF1KB8963 350 - 350 aa - 350 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4846+/-0.00112; mu= 15.0407+/- 0.065
mean_var=126.9896+/-39.336, 0's: 0 Z-trim(104.0): 378 B-trim: 940 in 2/44
Lambda= 0.113813
statistics sampled from 7088 (7699) to 7088 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.596), E-opt: 0.2 (0.236), width: 16
Scan time: 2.180
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3848.1 MTNR1A gene_id:4543|Hs108|chr4 ( 350) 2315 392.2 3.5e-109
CCDS8290.1 MTNR1B gene_id:4544|Hs108|chr11 ( 362) 1392 240.7 1.5e-63
CCDS44012.1 GPR50 gene_id:9248|Hs108|chrX ( 617) 1142 199.9 4.7e-51
CCDS12012.1 GALR1 gene_id:2587|Hs108|chr18 ( 349) 451 86.1 4.7e-17
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 451 86.2 5.1e-17
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 392) 451 86.2 5.1e-17
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 397) 451 86.2 5.1e-17
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 400) 451 86.2 5.1e-17
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 403) 451 86.2 5.2e-17
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 406) 451 86.2 5.2e-17
CCDS43517.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 418) 451 86.2 5.3e-17
CCDS47507.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 420) 451 86.2 5.3e-17
CCDS43518.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 446) 451 86.3 5.5e-17
CCDS47503.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 493) 451 86.3 5.9e-17
CCDS7606.1 PRLHR gene_id:2834|Hs108|chr10 ( 370) 430 82.7 5.3e-16
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 417 80.6 2.4e-15
CCDS329.1 OPRD1 gene_id:4985|Hs108|chr1 ( 372) 416 80.4 2.6e-15
CCDS11691.1 SSTR2 gene_id:6752|Hs108|chr17 ( 369) 412 79.7 4.1e-15
CCDS11739.1 GALR2 gene_id:8811|Hs108|chr17 ( 387) 407 79.0 7.5e-15
CCDS55068.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 319) 401 77.9 1.3e-14
CCDS6152.1 OPRK1 gene_id:4986|Hs108|chr8 ( 380) 399 77.6 1.9e-14
CCDS10429.1 SSTR5 gene_id:6755|Hs108|chr16 ( 364) 397 77.3 2.3e-14
CCDS13556.1 OPRL1 gene_id:4987|Hs108|chr20 ( 370) 394 76.8 3.2e-14
CCDS55071.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 300) 391 76.2 4e-14
CCDS4395.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 359) 390 76.1 5e-14
CCDS47344.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 397) 390 76.2 5.3e-14
CCDS1958.1 TACR1 gene_id:6869|Hs108|chr2 ( 407) 383 75.0 1.2e-13
CCDS7293.1 TACR2 gene_id:6865|Hs108|chr10 ( 398) 379 74.4 1.9e-13
CCDS3664.1 TACR3 gene_id:6870|Hs108|chr4 ( 465) 379 74.5 2e-13
CCDS9666.1 SSTR1 gene_id:6751|Hs108|chr14 ( 391) 376 73.9 2.6e-13
CCDS13944.1 SSTR3 gene_id:6753|Hs108|chr22 ( 418) 370 72.9 5.3e-13
CCDS46345.1 TACR1 gene_id:6869|Hs108|chr2 ( 311) 368 72.4 5.6e-13
CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 ( 348) 368 72.5 6e-13
CCDS3687.1 RRH gene_id:10692|Hs108|chr4 ( 337) 353 70.0 3.2e-12
CCDS14004.1 MCHR1 gene_id:2847|Hs108|chr22 ( 422) 348 69.3 6.6e-12
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 347 69.1 6.6e-12
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 347 69.1 7e-12
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 347 69.1 7e-12
CCDS14743.1 OPN1MW gene_id:2652|Hs108|chrX ( 364) 346 68.9 7.5e-12
CCDS83509.1 OPN1MW3 gene_id:101060233|Hs108|chrX ( 364) 346 68.9 7.5e-12
CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX ( 364) 346 68.9 7.5e-12
CCDS14742.1 OPN1LW gene_id:5956|Hs108|chrX ( 364) 343 68.4 1.1e-11
CCDS64895.1 OPRK1 gene_id:4986|Hs108|chr8 ( 291) 340 67.8 1.3e-11
CCDS5299.1 GPR31 gene_id:2853|Hs108|chr6 ( 319) 340 67.8 1.4e-11
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 338 67.6 1.8e-11
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 338 67.6 1.8e-11
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14 ( 391) 337 67.5 2.2e-11
CCDS5156.1 TAAR5 gene_id:9038|Hs108|chr6 ( 337) 336 67.2 2.2e-11
CCDS2368.1 GPR1 gene_id:2825|Hs108|chr2 ( 355) 336 67.2 2.3e-11
CCDS8362.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 414) 336 67.3 2.5e-11
>>CCDS3848.1 MTNR1A gene_id:4543|Hs108|chr4 (350 aa)
initn: 2315 init1: 2315 opt: 2315 Z-score: 2073.7 bits: 392.2 E(32554): 3.5e-109
Smith-Waterman score: 2315; 99.7% identity (99.7% similar) in 350 aa overlap (1-350:1-350)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MQGNGSALPNASQPVLRGDGARPSWLASALACVLIFTIVVDILGNLLVILSVYRNKKLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 MQGNGSALPNASQPVLRGDGARPSWLASALACVLIFTIVVDILGNLLVILSVYRNKKLRN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 AGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLMSIFNNGWNLGYLHCQVSGFLMGLSVIGSIFNITG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 AGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLMSIFNNGWNLGYLHCQVSGFLMGLSVIGSIFNITG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IAINRYCYICHSLKYDKLYSSKNSLCYVLLIWLLTLAAVLPNLRAETLQYDPRIYSCTFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS38 IAINRYCYICHSLKYDKLYSSKNSLCYVLLIWLLTLAAVLPNLRAGTLQYDPRIYSCTFA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QSVSSAYTIAVVVFHFLVPMIIVIFCYLRIWILVLQVRQRVKPDRKPKLKPQDFRNFVTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 QSVSSAYTIAVVVFHFLVPMIIVIFCYLRIWILVLQVRQRVKPDRKPKLKPQDFRNFVTM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FVVFVLFAICWAPLNFIGLAVASDPASMVPRIPEWLFVASYYMAYFNSCLNAIIYGLLNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 FVVFVLFAICWAPLNFIGLAVASDPASMVPRIPEWLFVASYYMAYFNSCLNAIIYGLLNQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB8 NFRKEYRRIIVSLCTARVFFVDSSNDVADRVKWKPSPLMTNNNVVKVDSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 NFRKEYRRIIVSLCTARVFFVDSSNDVADRVKWKPSPLMTNNNVVKVDSV
310 320 330 340 350
>>CCDS8290.1 MTNR1B gene_id:4544|Hs108|chr11 (362 aa)
initn: 1396 init1: 1373 opt: 1392 Z-score: 1254.5 bits: 240.7 E(32554): 1.5e-63
Smith-Waterman score: 1392; 61.2% identity (83.0% similar) in 335 aa overlap (3-337:24-350)
10 20 30
pF1KB8 MQGNGSALPNASQPVLRGDGARPSWLASALACVLIFTIV
: ::: :. . : :: :.: ::. ::: : .
CCDS82 MSENGSFANCCEAGGWAVRPGWSGAGSARPSRT-P-------RPPWVAPALSAVLIVTTA
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 VDILGNLLVILSVYRNKKLRNAGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLMSIFNNGWNLGYLH
::..::::::::: ::.:::::::.:.::::.::::::.:::::.:..:: .:: :: :
CCDS82 VDVVGNLLVILSVLRNRKLRNAGNLFLVSLALADLVVAFYPYPLILVAIFYDGWALGEEH
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 CQVSGFLMGLSVIGSIFNITGIAINRYCYICHSLKYDKLYSSKNSLCYVLLIWLLTLAAV
:..:.:.::::::::.::::.::::::::::::. : ..: .. .. ::::::..:.
CCDS82 CKASAFVMGLSVIGSVFNITAIAINRYCYICHSMAYHRIYRRWHTPLHICLIWLLTVVAL
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 LPNLRAETLQYDPRIYSCTFAQSVSSAYTIAVVVFHFLVPMIIVIFCYLRIWILVLQVRQ
:::. . .:.:::::::::: :..:. :: ::::.:::.:. .: :::::::.::::.:.
CCDS82 LPNFFVGSLEYDPRIYSCTFIQTASTQYTAAVVVIHFLLPIAVVSFCYLRIWVLVLQARR
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 RVKPDRKPKLKPQDFRNFVTMFVVFVLFAICWAPLNFIGLAVASDPASMVPRIPEWLFVA
..::. . :::.:.:.:.:::::::.::::::::: :::::: .: :.:.::: :::.
CCDS82 KAKPESRLCLKPSDLRSFLTMFVVFVIFAICWAPLNCIGLAVAINPQEMAPQIPEGLFVT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 SYYMAYFNSCLNAIIYGLLNQNFRKEYRRIIVSLCTARVFFVDSSNDVADRVKWKPSPLM
:: .::::::::::.:::::::::.::.::...: . : . :.:. . .:.:
CCDS82 SYLLAYFNSCLNAIVYGLLNQNFRREYKRILLALWNPRHCIQDASKGSHAEGLQSPAPPI
300 310 320 330 340 350
340 350
pF1KB8 TNNNVVKVDSV
CCDS82 IGVQHQADAL
360
>>CCDS44012.1 GPR50 gene_id:9248|Hs108|chrX (617 aa)
initn: 1134 init1: 780 opt: 1142 Z-score: 1030.0 bits: 199.9 E(32554): 4.7e-51
Smith-Waterman score: 1142; 51.1% identity (79.3% similar) in 305 aa overlap (23-327:24-326)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MQGNGSALPNASQPVLRGDGARPSWLASALACVLIFTIVVDILGNLLVILSVYRNKKLR
: : . :....:::::..:: .:::.: .:::::
CCDS44 MGPTLAVPTPYGCIGCKLPQPEYPPALIIFMFCAMVITIVVDLIGNSMVILAVTKNKKLR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 NAGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLMSIFNNGWNLGYLHCQVSGFLMGLSVIGSIFNIT
:.::::::::.:::..::::::::.: .. .::.:. :.::. ::. ::::.::::::.
CCDS44 NSGNIFVVSLSVADMLVAIYPYPLMLHAMSIGGWDLSQLQCQMVGFITGLSVVGSIFNIV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GIAINRYCYICHSLKYDKLYSSKNSLCYVLLIWLLTLAAVLPNLRAETLQYDPRIYSCTF
.:::::::::::::.:....: .:. :... :..:. :::::. :..:::: :.: :
CCDS44 AIAINRYCYICHSLQYERIFSVRNTCIYLVITWIMTVLAVLPNMYIGTIEYDPRTYTCIF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 AQSVSSAYTIAVVVFHFLVPMIIVIFCYLRIWILVLQVRQRVKPDRKPKLKPQDFRNFVT
. ..:...: .::..:..:: :::.::: :: .:. ..: . . :::.:
CCDS44 NYLNNPVFTVTIVCIHFVLPLLIVGFCYVRIWTKVLAARD--PAGQNPDNQLAEVRNFLT
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 MFVVFVLFAICWAPLNFIGLAVASDPASMVPRIPEWLFVASYYMAYFNSCLNAIIYGLLN
:::.:.:::.:: :.: . . :: .: :. .::.::..:.:..:::::::::.::::::
CCDS44 MFVIFLLFAVCWCPINVLTVLVAVSPKEMAGKIPNWLYLAAYFIAYFNSCLNAVIYGLLN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 QNFRKEYRRIIVSLCTARVFFVDSSNDVADRVKWKPSPLMTNNNVVKVDSV
.:::.:: :. .. .:: .:.
CCDS44 ENFRREYWTIFHAMRHPIIFFSGLISDIREMQEARTLARARAHARDQAREQDRAHACPAV
300 310 320 330 340 350
>>CCDS12012.1 GALR1 gene_id:2587|Hs108|chr18 (349 aa)
initn: 285 init1: 210 opt: 451 Z-score: 419.6 bits: 86.1 E(32554): 4.7e-17
Smith-Waterman score: 451; 28.8% identity (61.1% similar) in 347 aa overlap (2-336:10-343)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MQGNGS-ALPNASQP-VLRGDGARPSWLASALACVLIFTIVVDILGNLLVIL
.::.: : : .: : : :.. ... .. :::.. .::: :::
CCDS12 MELAVGNLSEGNASWPEPPAPEPGPLFGIGVEN--FVTLVVFGLIFAL--GVLGNSLVIT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB8 SVYRNK--KLRNAGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLMSIFNNGWNLGYLHCQVSGFLMG
. :.: : :.. :.:...:..:::. .. :. : :: . :. ...
CCDS12 VLARSKPGKPRSTTNLFILNLSIADLAYLLFCIPFQATVYALPTWVLGAFICKFIHYFFT
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 LSVIGSIFNITGIAINRYCYICHSLKYDKLYSSKNSLCYVLLIWLLTLAAVLPNLRAETL
.:.. :::........:: : :: . ..: :.:.: : :: :..: . : . :
CCDS12 VSMLVSIFTLAAMSVDRYVAIVHSRRSSSLRVSRNALLGVGCIWALSIAMASPVAYHQGL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 QYDPRIYSCTFAQSV------SSAYTIAVVVFHFLVPMIIVIFCYLRIWILVLQVRQRVK
. :: . :: ..::.. . :: .:.:.... ::: .. . ......:
CCDS12 -FHPRASNQTFCWEQWPDPRHKKAYVVCTFVFGYLLPLLLICFCYAKV---LNHLHKKLK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 PDRKPKLKPQDFRNFVTMFVVFVLFAICWAPLNFIGLAVASDPASMVPRIPEWLF-VASY
. . : . . .. :..:: :.:.: : : ..: : . ..: .:: ....
CCDS12 -NMSKKSEASKKKTAQTVLVVVVVFGISWLPHHIIHLWAEFGVFPLTP--ASFLFRITAH
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 YMAYFNSCLNAIIYGLLNQNFRKEYRRIIVSLCTARV-FFVDSSNDVADRVKWKPSPLMT
.:: :: .: :::..:..:::: :.... : : ...... .:. ::
CCDS12 CLAYSNSSVNPIIYAFLSENFRKAYKQVF--KCHIRKDSHLSDTKESKSRIDTPPSTNCT
290 300 310 320 330 340
350
pF1KB8 NNNVVKVDSV
CCDS12 HV
>>CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 (389 aa)
initn: 331 init1: 117 opt: 451 Z-score: 419.1 bits: 86.2 E(32554): 5.1e-17
Smith-Waterman score: 451; 25.8% identity (59.6% similar) in 329 aa overlap (23-341:65-380)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MQGNGSALPNASQPVLRGDGARPSWLASALACVLIFTIV--VDILGNLLVIL
:: . .:.. . ...:: : ..::.::.
CCDS55 SHLDGNLSDPCGPNRTDLGGRDSLCPPTGSPS-MITAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMY
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SVYRNKKLRNAGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLMSIFNNGWNLGYLHCQVSGFLMGLS
. : :...: ::.. .::.:: ..: :. .. . . : .: . :.. . .
CCDS55 VIVRYTKMKTATNIYIFNLALAD-ALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGTILCKIVISIDYYN
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VIGSIFNITGIAINRYCYICHSLKYDKLYSSKNSLCYVLLIWLLTLAAVLPNLRAETLQY
.. :::.. ....:: .:: .: . . .:. . :.:. : :: . : .:
CCDS55 MFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIINVCNWILSSAIGLPVMFMATTKY
160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220
pF1KB8 DPRIYSCTFAQSVSSAY-----TIAVVVFHFLVPMIIVIFCYLRIWILVLQVRQRVKPDR
.::.. : . : : : .: :..:..:. :: ...:.... :.
CCDS55 RQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCY---GLMILRLKS-VRMLS
220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 KPKLKPQDFRNFVTM-FVVFVLFAICWAPLNF--IGLAVASDPASMVPRIPEWLFVASYY
: : ...: .. : .:: ..: .::.:... : :... : . . : : .
CCDS55 GSKEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALVTIPETTFQTVS-WHFCIA--
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 MAYFNSCLNAIIYGLLNQNFRKEYRRIIVSLCTARVFFVDSSNDVADRVKWKPSPLMTNN
..: ::::: ..:..:..::.. .:. .: ....:.. : . . : .:
CCDS55 LGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFRE----FCIPTSSNIEQQNSTRIRQNTRDHPSTANT
330 340 350 360 370 380
350
pF1KB8 NVVKVDSV
CCDS55 VDRTNHQS
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pF1KB8 KPKLKPQDFRNFVTM-FVVFVLFAICWAPLNF--IGLAVASDPASMVPRIPEWLFVASYY
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CCDS47 GSKEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALVTIPETTFQTVS-WHFCIA--
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 MAYFNSCLNAIIYGLLNQNFRKEYRRIIVSLCTARVFFVDSSNDVADRVKWKPSPLMTNN
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]