FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8836, 461 aa
1>>>pF1KB8836 461 - 461 aa - 461 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0090+/-0.00107; mu= 6.3855+/- 0.066
mean_var=372.1086+/-78.718, 0's: 0 Z-trim(107.8): 2070 B-trim: 78 in 1/48
Lambda= 0.066487
statistics sampled from 13586 (15898) to 13586 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.46), E-opt: 0.2 (0.186), width: 16
Scan time: 7.130
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016882569 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 489) 2231 229.7 1.4e-59
NP_067039 (OMIM: 194545) endothelial zinc finger p ( 489) 2231 229.7 1.4e-59
XP_016882568 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 2231 229.7 1.5e-59
XP_011525495 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 2231 229.7 1.5e-59
XP_016882567 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 2231 229.7 1.5e-59
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1938 201.7 4.6e-51
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1938 201.7 4.6e-51
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1938 201.7 4.6e-51
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1938 201.8 4.7e-51
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1938 201.8 4.7e-51
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1938 201.8 4.8e-51
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1938 201.8 4.8e-51
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1938 201.8 4.8e-51
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1938 201.8 4.8e-51
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1938 201.8 4.8e-51
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1862 194.8 9.6e-49
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1862 194.8 9.6e-49
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1862 194.8 9.6e-49
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1862 194.8 9.6e-49
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1862 194.8 9.6e-49
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1848 193.0 1.7e-48
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1848 193.0 1.7e-48
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1848 193.0 1.7e-48
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1848 193.0 1.7e-48
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1848 193.1 1.9e-48
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1848 193.2 1.9e-48
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1848 193.2 1.9e-48
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1848 193.2 1.9e-48
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1848 193.2 1.9e-48
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1848 193.2 2e-48
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1848 193.2 2e-48
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1848 193.2 2e-48
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1848 193.2 2e-48
NP_008887 (OMIM: 194536) zinc finger protein 12 is ( 659) 1838 192.2 3.7e-48
NP_057349 (OMIM: 194536) zinc finger protein 12 is ( 697) 1838 192.2 3.8e-48
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1838 192.3 4e-48
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1838 192.3 4e-48
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1838 192.3 4e-48
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1838 192.3 4.1e-48
>>XP_016882569 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial zin (489 aa)
initn: 2187 init1: 2187 opt: 2231 Z-score: 1190.6 bits: 229.7 E(85289): 1.4e-59
Smith-Waterman score: 2231; 68.5% identity (84.9% similar) in 451 aa overlap (15-461:39-489)
10 20 30 40
pF1KB8 MEREGIWHSTLGETWEPNNWLE---GQQDSHLSQVGVTHKETFT
:::..: : :. .. .:. . . .
XP_016 DISEDKLSVVGEATGGPTRNGARGPGSEGVWEPGSWPERPRGDAGAEWEPLGIPQGNKLL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 EMRVCGGNEFERCSSQDSIL-DTQQSIPMVKRPHNCNSHGEDATQNSELIKTQRMFVGKK
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XP_016 GGSVPACHELKAFANQGCVLVPPRLDDPTEKGACPPVRRGKNFSSTSDLSKPPMPCEEKK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 IYECNQCSKTFSQSSSLLKHQRIHTGEKPYKCNVCGKHFIERSSLTVHQRIHTGEKPYKC
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XP_016 TYDCSECGKAFSRSSSLIKHQRIHTGEKPFECDTCGKHFIERSSLTIHQRVHTGEKPYAC
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 NECGKAFSQSMNLTVHQRTHTGEKPYQCKECGKAFHKNSSLIQHERIHTGEKPYKCNECG
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XP_016 GDCGKAFSQRMNLTVHQRTHTGEKPYVCDVCGKAFRKTSSLTQHERIHTGEKPYACGDCG
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230 240 250 260 270 280
pF1KB8 KAFTQSMNLTVHQRTHTGEKPYECNECGKAFSQSMHLIVHQRSHTGEKPYECSQCGKAFS
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XP_016 KAFSQNMHLIVHQRTHTGEKPYVCPECGRAFSQNMHLTEHQRTHTGEKPYACKECGKAFN
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pF1KB8 KSSTLTLHQRNHTGEKPYKCNKCGKSFSQSTYLIEHQRLHSGVKPFECNECGKAFSKNSS
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XP_016 KSSSLTLHQRNHTGEKPYVCGECGKAFSQSSYLIQHQRFHIGVKPFECSECGKAFSKNSS
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pF1KB8 LTQHRRIHTGEKPYECMVCGKHFTGRSSLTVHQVIHTGEKPYECNECGKAFSQSAYLIEH
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XP_016 LTQHQRIHTGEKPYECYICKKHFTGRSSLIVHQIVHTGEKPYVCGECGKAFSQSAYLIEH
370 380 390 400 410 420
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pF1KB8 QRIHTGEKPYECDQCGKAFIKNSSLTVHQRTHTGEKPYQCNECGKAFSRSTNLTRHQRTH
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XP_016 QRIHTGEKPYRCGQCGKSFIKNSSLTVHQRIHTGEKPYRCGECGKTFSRNTNLTRHLRIH
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 T
:
XP_016 T
>>NP_067039 (OMIM: 194545) endothelial zinc finger prote (489 aa)
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Smith-Waterman score: 2231; 68.5% identity (84.9% similar) in 451 aa overlap (15-461:39-489)
10 20 30 40
pF1KB8 MEREGIWHSTLGETWEPNNWLE---GQQDSHLSQVGVTHKETFT
:::..: : :. .. .:. . . .
NP_067 DISEDKLSVVGEATGGPTRNGARGPGSEGVWEPGSWPERPRGDAGAEWEPLGIPQGNKLL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 EMRVCGGNEFERCSSQDSIL-DTQQSIPMVKRPHNCNSHGEDATQNSELIKTQRMFVGKK
: . .:.. ..: .: . . : : .:.. ...:.: : ::
NP_067 GGSVPACHELKAFANQGCVLVPPRLDDPTEKGACPPVRRGKNFSSTSDLSKPPMPCEEKK
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pF1KB8 IYECNQCSKTFSQSSSLLKHQRIHTGEKPYKCNVCGKHFIERSSLTVHQRIHTGEKPYKC
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NP_067 TYDCSECGKAFSRSSSLIKHQRIHTGEKPFECDTCGKHFIERSSLTIHQRVHTGEKPYAC
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pF1KB8 NECGKAFSQSMNLTVHQRTHTGEKPYQCKECGKAFHKNSSLIQHERIHTGEKPYKCNECG
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NP_067 GDCGKAFSQRMNLTVHQRTHTGEKPYVCDVCGKAFRKTSSLTQHERIHTGEKPYACGDCG
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pF1KB8 KAFTQSMNLTVHQRTHTGEKPYECNECGKAFSQSMHLIVHQRSHTGEKPYECSQCGKAFS
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NP_067 KAFSQNMHLIVHQRTHTGEKPYVCPECGRAFSQNMHLTEHQRTHTGEKPYACKECGKAFN
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NP_067 KSSSLTLHQRNHTGEKPYVCGECGKAFSQSSYLIQHQRFHIGVKPFECSECGKAFSKNSS
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pF1KB8 LTQHRRIHTGEKPYECMVCGKHFTGRSSLTVHQVIHTGEKPYECNECGKAFSQSAYLIEH
::::.:::::::::::..: ::::::::: :::..::::::: :.:::::::::::::::
NP_067 LTQHQRIHTGEKPYECYICKKHFTGRSSLIVHQIVHTGEKPYVCGECGKAFSQSAYLIEH
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410 420 430 440 450 460
pF1KB8 QRIHTGEKPYECDQCGKAFIKNSSLTVHQRTHTGEKPYQCNECGKAFSRSTNLTRHQRTH
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NP_067 QRIHTGEKPYRCGQCGKSFIKNSSLTVHQRIHTGEKPYRCGECGKTFSRNTNLTRHLRIH
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 T
:
NP_067 T
>>XP_016882568 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial zin (549 aa)
initn: 2187 init1: 2187 opt: 2231 Z-score: 1190.1 bits: 229.7 E(85289): 1.5e-59
Smith-Waterman score: 2231; 68.5% identity (84.9% similar) in 451 aa overlap (15-461:99-549)
10 20 30 40
pF1KB8 MEREGIWHSTLGETWEPNNWLE---GQQDSHLSQVGVTHKETFT
:::..: : :. .. .:. . . .
XP_016 DISEDKLSVVGEATGGPTRNGARGPGSEGVWEPGSWPERPRGDAGAEWEPLGIPQGNKLL
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50 60 70 80 90 100
pF1KB8 EMRVCGGNEFERCSSQDSIL-DTQQSIPMVKRPHNCNSHGEDATQNSELIKTQRMFVGKK
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XP_016 GGSVPACHELKAFANQGCVLVPPRLDDPTEKGACPPVRRGKNFSSTSDLSKPPMPCEEKK
130 140 150 160 170 180
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 IYECNQCSKTFSQSSSLLKHQRIHTGEKPYKCNVCGKHFIERSSLTVHQRIHTGEKPYKC
:.:..:.:.::.::::.:::::::::::..:..::::::::::::.:::.::::::: :
XP_016 TYDCSECGKAFSRSSSLIKHQRIHTGEKPFECDTCGKHFIERSSLTIHQRVHTGEKPYAC
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170 180 190 200 210 220
pF1KB8 NECGKAFSQSMNLTVHQRTHTGEKPYQCKECGKAFHKNSSLIQHERIHTGEKPYKCNECG
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XP_016 GDCGKAFSQRMNLTVHQRTHTGEKPYVCDVCGKAFRKTSSLTQHERIHTGEKPYACGDCG
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pF1KB8 KAFTQSMNLTVHQRTHTGEKPYECNECGKAFSQSMHLIVHQRSHTGEKPYECSQCGKAFS
:::.:.:.: :::::::::::: : :::.::::.::: :::.::::::: :..:::::.
XP_016 KAFSQNMHLIVHQRTHTGEKPYVCPECGRAFSQNMHLTEHQRTHTGEKPYACKECGKAFN
310 320 330 340 350 360
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 KSSTLTLHQRNHTGEKPYKCNKCGKSFSQSTYLIEHQRLHSGVKPFECNECGKAFSKNSS
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XP_016 KSSSLTLHQRNHTGEKPYVCGECGKAFSQSSYLIQHQRFHIGVKPFECSECGKAFSKNSS
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350 360 370 380 390 400
pF1KB8 LTQHRRIHTGEKPYECMVCGKHFTGRSSLTVHQVIHTGEKPYECNECGKAFSQSAYLIEH
::::.:::::::::::..: ::::::::: :::..::::::: :.:::::::::::::::
XP_016 LTQHQRIHTGEKPYECYICKKHFTGRSSLIVHQIVHTGEKPYVCGECGKAFSQSAYLIEH
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pF1KB8 QRIHTGEKPYECDQCGKAFIKNSSLTVHQRTHTGEKPYQCNECGKAFSRSTNLTRHQRTH
::::::::::.: ::::.:::::::::::: :::::::.:.::::.:::.:::::: : :
XP_016 QRIHTGEKPYRCGQCGKSFIKNSSLTVHQRIHTGEKPYRCGECGKTFSRNTNLTRHLRIH
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 T
:
XP_016 T
>>XP_011525495 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial zin (549 aa)
initn: 2187 init1: 2187 opt: 2231 Z-score: 1190.1 bits: 229.7 E(85289): 1.5e-59
Smith-Waterman score: 2231; 68.5% identity (84.9% similar) in 451 aa overlap (15-461:99-549)
10 20 30 40
pF1KB8 MEREGIWHSTLGETWEPNNWLE---GQQDSHLSQVGVTHKETFT
:::..: : :. .. .:. . . .
XP_011 DISEDKLSVVGEATGGPTRNGARGPGSEGVWEPGSWPERPRGDAGAEWEPLGIPQGNKLL
70 80 90 100 110 120
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 EMRVCGGNEFERCSSQDSIL-DTQQSIPMVKRPHNCNSHGEDATQNSELIKTQRMFVGKK
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XP_011 GGSVPACHELKAFANQGCVLVPPRLDDPTEKGACPPVRRGKNFSSTSDLSKPPMPCEEKK
130 140 150 160 170 180
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 IYECNQCSKTFSQSSSLLKHQRIHTGEKPYKCNVCGKHFIERSSLTVHQRIHTGEKPYKC
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XP_011 TYDCSECGKAFSRSSSLIKHQRIHTGEKPFECDTCGKHFIERSSLTIHQRVHTGEKPYAC
190 200 210 220 230 240
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 NECGKAFSQSMNLTVHQRTHTGEKPYQCKECGKAFHKNSSLIQHERIHTGEKPYKCNECG
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XP_011 GDCGKAFSQRMNLTVHQRTHTGEKPYVCDVCGKAFRKTSSLTQHERIHTGEKPYACGDCG
250 260 270 280 290 300
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pF1KB8 KAFTQSMNLTVHQRTHTGEKPYECNECGKAFSQSMHLIVHQRSHTGEKPYECSQCGKAFS
:::.:.:.: :::::::::::: : :::.::::.::: :::.::::::: :..:::::.
XP_011 KAFSQNMHLIVHQRTHTGEKPYVCPECGRAFSQNMHLTEHQRTHTGEKPYACKECGKAFN
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pF1KB8 KSSTLTLHQRNHTGEKPYKCNKCGKSFSQSTYLIEHQRLHSGVKPFECNECGKAFSKNSS
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XP_011 KSSSLTLHQRNHTGEKPYVCGECGKAFSQSSYLIQHQRFHIGVKPFECSECGKAFSKNSS
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XP_011 LTQHQRIHTGEKPYECYICKKHFTGRSSLIVHQIVHTGEKPYVCGECGKAFSQSAYLIEH
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XP_011 QRIHTGEKPYRCGQCGKSFIKNSSLTVHQRIHTGEKPYRCGECGKTFSRNTNLTRHLRIH
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pF1KB8 T
:
XP_011 T
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pF1KB8 T
:
XP_016 T
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pF1KB8 T
:
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pF1KB8 T
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XP_016 PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYEC
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pF1KB8 NECGKAFSQSMNLTVHQRTHTGEKPYQCKECGKAFHKNSSLIQHERIHTGEKPYKCNECG
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XP_016 SECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECG
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pF1KB8 KAFTQSMNLTVHQRTHTGEKPYECNECGKAFSQSMHLIVHQRSHTGEKPYECSQCGKAFS
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XP_016 KAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFS
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pF1KB8 KSSTLTLHQRNHTGEKPYKCNKCGKSFSQSTYLIEHQRLHSGVKPFECNECGKAFSKNSS
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pF1KB8 LTQHRRIHTGEKPYECMVCGKHFTGRSSLTVHQVIHTGEKPYECNECGKAFSQSAYLIEH
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pF1KB8 T
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pF1KB8 MEREGIWHSTLGETWEPNNW-LEGQQDSHLSQVGVTHKETFT
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pF1KB8 KSSTLTLHQRNHTGEKPYKCNKCGKSFSQSTYLIEHQRLHSGVKPFECNECGKAFSKNSS
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XP_016 QRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIH
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pF1KB8 T
:
XP_016 TGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
630 640 650
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10 20 30 40
pF1KB8 MEREGIWHSTLGETWEPNNW-LEGQQDSHLSQVGVTHKETFT
: :..: .:.... ...: .:
NP_001 KTPVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRGKREK--PDLNVLQKTCVK
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pF1KB8 EMRV-CGGNEFERCSSQDSILDTQQSIPMVKRPHNCNSHGEDATQNSELIKTQRMFVGKK
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pF1KB8 NECGKAFSQSMNLTVHQRTHTGEKPYQCKECGKAFHKNSSLIQHERIHTGEKPYKCNECG
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NP_001 SECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECG
330 340 350 360 370 380
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