Result of FASTA (omim) for
pF1KB8832
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8832, 452 aa
1>>>pF1KB8832 452 - 452 aa - 452 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0084+/-0.000488; mu= 11.0588+/- 0.030
mean_var=256.9089+/-52.993, 0's: 0 Z-trim(118.0): 2014 B-trim: 76 in 1/50
Lambda= 0.080017
statistics sampled from 28145 (30453) to 28145 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.693), E-opt: 0.2 (0.357), width: 16
Scan time: 9.110
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 1186 151.3 1.3e-35
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 1186 151.3 1.4e-35
XP_016882695 (OMIM: 194550) PREDICTED: myeloid zin ( 450) 1135 144.8 4.6e-34
NP_003413 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 iso ( 734) 1135 145.1 6.1e-34
NP_932172 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 iso ( 734) 1135 145.1 6.1e-34
XP_011525566 (OMIM: 194550) PREDICTED: myeloid zin ( 764) 1135 145.1 6.2e-34
XP_005259261 (OMIM: 194550) PREDICTED: myeloid zin ( 775) 1135 145.1 6.2e-34
XP_006716719 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 590) 1100 140.9 8.8e-33
XP_006716717 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 590) 1100 140.9 8.8e-33
NP_001269726 (OMIM: 194531) zinc finger protein 7 ( 590) 1100 140.9 8.8e-33
XP_011515599 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 590) 1100 140.9 8.8e-33
XP_011515598 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 685) 1100 141.0 9.6e-33
XP_011515597 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 685) 1100 141.0 9.6e-33
XP_011515596 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1100 141.0 9.6e-33
NP_003407 (OMIM: 194531) zinc finger protein 7 iso ( 686) 1100 141.0 9.6e-33
XP_011515595 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1100 141.0 9.6e-33
XP_011515594 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 697) 1100 141.0 9.7e-33
NP_001269724 (OMIM: 194531) zinc finger protein 7 ( 697) 1100 141.0 9.7e-33
XP_016869302 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 702) 1100 141.0 9.7e-33
XP_011515593 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 703) 1100 141.0 9.7e-33
XP_016869304 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 706) 1100 141.0 9.7e-33
XP_016869303 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 707) 1100 141.0 9.7e-33
XP_016885222 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 513) 1062 136.4 1.7e-31
XP_016885221 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 513) 1062 136.4 1.7e-31
XP_016885220 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 514) 1062 136.4 1.7e-31
XP_011542247 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 514) 1062 136.4 1.7e-31
XP_016885217 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 514) 1062 136.4 1.7e-31
XP_016885218 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 514) 1062 136.4 1.7e-31
XP_016885219 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 514) 1062 136.4 1.7e-31
XP_011542246 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 545) 1062 136.5 1.8e-31
NP_001139763 (OMIM: 300573) zinc finger protein 67 ( 575) 1062 136.5 1.8e-31
NP_001177346 (OMIM: 300573) zinc finger protein 67 ( 576) 1062 136.5 1.8e-31
XP_011542245 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 580) 1062 136.5 1.8e-31
NP_001034980 (OMIM: 300573) zinc finger protein 67 ( 581) 1062 136.5 1.8e-31
XP_011542243 (OMIM: 300573) PREDICTED: zinc finger ( 581) 1062 136.5 1.8e-31
NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 364) 1045 134.2 5.5e-31
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1045 134.4 6.4e-31
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1045 134.4 6.4e-31
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1045 134.4 6.4e-31
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1045 134.4 6.4e-31
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1045 134.4 6.5e-31
NP_067039 (OMIM: 194545) endothelial zinc finger p ( 489) 1033 133.0 1.7e-30
XP_016882569 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 489) 1033 133.0 1.7e-30
XP_016882567 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 1033 133.1 1.8e-30
XP_016882568 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 1033 133.1 1.8e-30
XP_011525495 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 1033 133.1 1.8e-30
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1020 131.7 5.4e-30
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1020 131.7 5.5e-30
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1020 131.7 5.5e-30
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1020 131.7 5.6e-30
>>XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger pro (1168 aa)
initn: 1696 init1: 876 opt: 1186 Z-score: 760.2 bits: 151.3 E(85289): 1.3e-35
Smith-Waterman score: 1233; 40.3% identity (63.7% similar) in 422 aa overlap (12-418:395-800)
10 20 30 40
pF1KB8 MFATSGAVAAGKPYSCSECGKSFCYSSVLLRHERAHGGDGR
:::.: ::::.: . :.: .:: : :.
XP_016 GEKPYKCEECGKAYKWPSTLSYHKKIHTGEKPYKCEECGKGFSMFSILTKHEVIHTGEKP
370 380 390 400 410 420
50 60 70 80 90
pF1KB8 FRCLECGERCARAADLRAHRRTHAGQTLYICSECGQSFRHSGRLD----LHLGAHRQRCR
..: :::. ...: :.. :.:.: : : :::..: . : .: : . .:.
XP_016 YKCEECGKAFNWSSNLMEHKKIHTGETPYKCEECGKGFSMFSILTKHKVIHNGEKPYKCE
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100 110 120 130 140
pF1KB8 TC---------P--CRTCGRRFPHLPALLLHRRRQHLPERPRRCPLCARTFRQSALLFHQ
: : :. ::. : :. :.: : :.: .: :...: ..: ..
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550 560 570 580
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 CFGKSSTLTRHLQTHSGEKPFKCPECGKGFLESATLVRHQRTHTGEKPYACGDCGRCFSE
:..:. : .: . :.::::.:: :::: : . .::. :. :.::::: : .::. : .
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590 600 610 620 630 640
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 SSTLLRHRRSHQGERPHACATCGKGFGQRSDLVVHQRIHTGEKPFACPECGRRFSDRSDL
::: :. : ::.:. : :::.:.. : :. :. :::::::. : :::. :. :.:
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330 340 350 360 370 380
pF1KB8 TKHRRTHTGEKPYRCELCGKRFTCVSNLNVHRRNHAGHKPHKCPECSKAFSVASKLALHR
.:.: :::::::.:: ::: :. : :. :. :.:.::.:: ::.::.. .: :. :.
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710 720 730 740 750 760
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 KTHLGERPAECAECGKCFSHSRSLSQHQRAHTRARTAAAVAIQSAVGTALVFEGPAEQEK
: : :.: .: :::: :..: : .:.: ::
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770 780 790 800 810 820
450
pF1KB8 PGFSVS
XP_016 GEKPYKCKECGKAFSKFSILTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAYKWPSTLSYHKKIHTGEKP
830 840 850 860 870 880
>--
initn: 830 init1: 830 opt: 973 Z-score: 627.3 bits: 126.7 E(85289): 3.3e-28
Smith-Waterman score: 1078; 38.5% identity (63.6% similar) in 382 aa overlap (12-393:803-1167)
10 20 30 40
pF1KB8 MFATSGAVAAGKPYSCSECGKSFCYSSVLLRHERAHGGDGR
:::.: ::::.: :.: :. :.:.
XP_016 VEKPYKCEECGKAFNRSAILIKHKRIHTDEKPYKCEECGKTFSKVSTLTTHKAIHAGEKP
780 790 800 810 820 830
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 FRCLECGERCARAADLRAHRRTHAGQTLYICSECGQSFRHSGRLDLHLGAHRQRCRTCPC
..: :::. .. . : :. :.:. : : :::.... . :. : : . . :
XP_016 YKCKECGKAFSKFSILTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAYKWPSTLSYHKKIHTGE-KPYKC
840 850 860 870 880 890
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 RTCGRRFPHLPALLLHRRRQHLPERPRRCPLCARTFRQSALLFHQARAHPLGTTSDPAAP
. ::. : . : :. : :.: .: :...: ... .. ..: .
XP_016 EECGKGFSMFSILTKHEV-IHTGEKPYKCEECGKAFSWLSVFSKHKKTHA-------GEK
900 910 920 930 940
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 PHRCAQCPRAFRSGAGLRSHARIHVSRSPTRPRVSDAHQCGVCGKCFGKSSTLTRHLQTH
..: : .:..:.. : : .::. ..: . . ::: :. : ::.: :
XP_016 FYKCEACGKAYKSSSTLSYHKKIHTEEKPYKYE--------ECGKGFSTFSILTKHKVIH
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pF1KB8 SGEKPFKCPECGKGFLESATLVRHQRTHTGEKPYACGDCGRCFSESSTLLRHRRSHQGER
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XP_016 TGEKPYKCEECGKAFNWSSNLMEHKKIHTGETPYKCEECDKAFSWPSSLTEHKATHAGEK
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pF1KB8 PHACATCGKGFGQRSDLVVHQRIHTGEKPFACPECGRRFSDRSDLTKHRRTHTGEKPYRC
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pF1KB8 ELCGKRFTCVSNLNVHRRNHAGHKPHKCPECSKAFSVASKLALHRKTHLGERPAECAECG
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XP_016 EECGKSFSTFSILTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAFSWLSVFSKHKKIHTGEKL
1120 1130 1140 1150 1160
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pF1KB8 KCFSHSRSLSQHQRAHTRARTAAAVAIQSAVGTALVFEGPAEQEKPGFSVS
>--
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Smith-Waterman score: 751; 47.5% identity (68.9% similar) in 219 aa overlap (200-418:174-392)
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 RAFRSGAGLRSHARIHVSRSPTRPRVSDAHQCGVCGKCFGKSSTLTRHLQTHSGEKPFKC
:: . : : :..: . .. :. .::
XP_016 VFQRGKYANVFHKCSNSNRHKIRHTGKKHLQCKEYVRSFCMLSHLSQHKRIYTRENSYKC
150 160 170 180 190 200
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pF1KB8 PECGKGFLESATLVRHQRTHTGEKPYACGDCGRCFSESSTLLRHRRSHQGERPHACATCG
: ::.: :.::. .. .::::::: : .::. ::. : : .:. : ::. . : ::
XP_016 EEGGKAFNWSSTLTYYKSAHTGEKPYRCKECGKAFSKFSILTKHKVIHTGEKSYKCEECG
210 220 230 240 250 260
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pF1KB8 KGFGQRSDLVVHQRIHTGEKPFACPECGRRFSDRSDLTKHRRTHTGEKPYRCELCGKRFT
:.:.: . :. :. ::::::: : :::. :: : :: :. :.:::::.:. ::: :.
XP_016 KAFNQSAILTKHKIIHTGEKPNKCEECGKAFSKVSTLTTHKAIHAGEKPYKCKECGKAFS
270 280 290 300 310 320
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pF1KB8 CVSNLNVHRRNHAGHKPHKCPECSKAFSVASKLALHRKTHLGERPAECAECGKCFSHSRS
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XP_016 KVSTLITHKAIHAGEKPYKCKECGKAFSKFSILTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAYKWPST
330 340 350 360 370 380
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pF1KB8 LSQHQRAHTRARTAAAVAIQSAVGTALVFEGPAEQEKPGFSVS
:: :.. ::
XP_016 LSYHKKIHTGEKPYKCEECGKGFSMFSILTKHEVIHTGEKPYKCEECGKAFNWSSNLMEH
390 400 410 420 430 440
>>NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 isofo (1280 aa)
initn: 1696 init1: 876 opt: 1186 Z-score: 759.8 bits: 151.3 E(85289): 1.4e-35
Smith-Waterman score: 1233; 40.3% identity (63.7% similar) in 422 aa overlap (12-418:395-800)
10 20 30 40
pF1KB8 MFATSGAVAAGKPYSCSECGKSFCYSSVLLRHERAHGGDGR
:::.: ::::.: . :.: .:: : :.
NP_009 GEKPYKCEECGKAYKWPSTLSYHKKIHTGEKPYKCEECGKGFSMFSILTKHEVIHTGEKP
370 380 390 400 410 420
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pF1KB8 FRCLECGERCARAADLRAHRRTHAGQTLYICSECGQSFRHSGRLD----LHLGAHRQRCR
..: :::. ...: :.. :.:.: : : :::..: . : .: : . .:.
NP_009 YKCEECGKAFNWSSNLMEHKKIHTGETPYKCEECGKGFSMFSILTKHKVIHNGEKPYKCE
430 440 450 460 470 480
100 110 120 130 140
pF1KB8 TC---------P--CRTCGRRFPHLPALLLHRRRQHLPERPRRCPLCARTFRQSALLFHQ
: : :. ::. : :. :.: : :.: .: :...: ..: ..
NP_009 ECDKATHAGEKPYKCEECGKAFNWSSNLMEHKR-IHTGEKPYKCEECGKSFSTFSILTKH
490 500 510 520 530 540
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 ARAHPLGTTSDPAAPPHRCAQCPRAFRSGAGLRSHARIHVSRSPTRPRVSDAHQCGVCGK
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NP_009 KVIHT-------GEKPYKCEECGKAYKWSSTLSYHKKIHTVEKP--------YKCEECGK
550 560 570 580
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 CFGKSSTLTRHLQTHSGEKPFKCPECGKGFLESATLVRHQRTHTGEKPYACGDCGRCFSE
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NP_009 AFNQSAILIKHKRIHTGEKPYKCEECGKTFSKVSTLTTHKAIHAGEKPYKCKECGKTFIK
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NP_009 VSTLTTHKAIHAGEKPYKCKECGKAFSKFSILTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAFNWSSNL
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pF1KB8 TKHRRTHTGEKPYRCELCGKRFTCVSNLNVHRRNHAGHKPHKCPECSKAFSVASKLALHR
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NP_009 MEHKRIHTGEKPYKCEECGKSFSTFSVLTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAYKWSSTLSYHK
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pF1KB8 PGFSVS
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>--
initn: 834 init1: 834 opt: 977 Z-score: 629.4 bits: 127.2 E(85289): 2.6e-28
Smith-Waterman score: 1165; 39.0% identity (63.6% similar) in 418 aa overlap (2-418:820-1220)
10 20 30
pF1KB8 MFATSGAVAAG-KPYSCSECGKSFCYSSVLL
..: :. :: :::.:.::::.: :.:
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XP_005 PPGPGAKPPAPPGAPEPPGPFPCSECRESFARRAVLLEHQAVHTG--------DKSFGCV
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