Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8825
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8825, 415 aa
1>>>pF1KB8825 415 - 415 aa - 415 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3563+/-0.000772; mu= 17.2961+/- 0.047
mean_var=97.9844+/-26.149, 0's: 0 Z-trim(110.1): 246 B-trim: 1341 in 2/47
Lambda= 0.129567
statistics sampled from 10961 (11331) to 10961 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.348), width: 16
Scan time: 3.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 2769 528.1 6e-150
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 2435 465.6 3.5e-131
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 845 168.4 1e-41
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 827 165.0 1e-40
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 791 158.3 1.1e-38
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 786 157.4 2.1e-38
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 786 157.4 2.2e-38
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 758 152.1 7.8e-37
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 754 151.4 1.3e-36
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 750 150.6 2.3e-36
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 ( 362) 735 147.8 1.6e-35
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 734 147.6 1.8e-35
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 731 147.1 2.7e-35
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 694 140.2 3.2e-33
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 685 138.5 1e-32
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 683 138.1 1.3e-32
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 677 137.0 2.8e-32
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 677 137.0 2.9e-32
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 670 135.7 7e-32
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 655 132.8 4.8e-31
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 643 130.6 2.3e-30
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 643 130.6 2.4e-30
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 639 129.8 3.8e-30
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 617 125.7 6.7e-29
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 617 125.8 7.1e-29
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 616 125.6 8.1e-29
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 616 125.6 8.2e-29
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 614 125.2 1e-28
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 601 122.8 5.3e-28
CCDS14569.1 AGTR2 gene_id:186|Hs108|chrX ( 363) 594 121.5 1.3e-27
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2 ( 362) 560 115.1 1.1e-25
CCDS1405.1 GPR25 gene_id:2848|Hs108|chr1 ( 361) 540 111.4 1.5e-24
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14 ( 391) 505 104.9 1.4e-22
CCDS14398.1 P2RY4 gene_id:5030|Hs108|chrX ( 365) 500 103.9 2.6e-22
CCDS14439.1 CYSLTR1 gene_id:10800|Hs108|chrX ( 337) 473 98.8 8.2e-21
CCDS11739.1 GALR2 gene_id:8811|Hs108|chr17 ( 387) 472 98.7 1e-20
CCDS9412.1 CYSLTR2 gene_id:57105|Hs108|chr13 ( 346) 466 97.5 2.1e-20
CCDS33063.1 C5AR1 gene_id:728|Hs108|chr19 ( 350) 462 96.8 3.5e-20
CCDS10429.1 SSTR5 gene_id:6755|Hs108|chr16 ( 364) 445 93.6 3.3e-19
CCDS3169.1 P2RY1 gene_id:5028|Hs108|chr3 ( 373) 444 93.4 3.8e-19
CCDS2148.1 GPR17 gene_id:2840|Hs108|chr2 ( 367) 442 93.0 4.8e-19
CCDS2368.1 GPR1 gene_id:2825|Hs108|chr2 ( 355) 439 92.5 7e-19
CCDS9626.1 LTB4R gene_id:1241|Hs108|chr14 ( 352) 437 92.1 9e-19
CCDS9943.1 BDKRB1 gene_id:623|Hs108|chr14 ( 353) 437 92.1 9e-19
CCDS12699.1 C5AR2 gene_id:27202|Hs108|chr19 ( 337) 436 91.9 9.9e-19
CCDS1124.1 RXFP4 gene_id:339403|Hs108|chr1 ( 374) 433 91.4 1.6e-18
CCDS14441.1 LPAR4 gene_id:2846|Hs108|chrX ( 370) 432 91.2 1.8e-18
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 423 89.5 5.9e-18
CCDS13557.1 NPBWR2 gene_id:2832|Hs108|chr20 ( 333) 420 88.9 7.8e-18
CCDS12012.1 GALR1 gene_id:2587|Hs108|chr18 ( 349) 419 88.7 9.2e-18
>>CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX (415 aa)
initn: 2769 init1: 2769 opt: 2769 Z-score: 2805.5 bits: 528.1 E(32554): 6e-150
Smith-Waterman score: 2769; 100.0% identity (100.0% similar) in 415 aa overlap (1-415:1-415)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MELRKYGPGRLAGTVIGGAAQSKSQTKSDSITKEFLPGLYTAPSSPFPPSQVSDHQVLND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MELRKYGPGRLAGTVIGGAAQSKSQTKSDSITKEFLPGLYTAPSSPFPPSQVSDHQVLND
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 AEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 AEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 VAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 HDERLNATHCQYNFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILAVLLVSRGQRRLRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 HDERLNATHCQYNFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILAVLLVSRGQRRLRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 MRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB8 NPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
370 380 390 400 410
>>CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX (368 aa)
initn: 2435 init1: 2435 opt: 2435 Z-score: 2468.7 bits: 465.6 E(32554): 3.5e-131
Smith-Waterman score: 2435; 99.7% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (51-415:4-368)
30 40 50 60 70 80
pF1KB8 QSKSQTKSDSITKEFLPGLYTAPSSPFPPSQVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENE
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MVLEVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENE
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 SDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 HLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNI
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 VHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQVGRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQVGRT
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 ALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHL
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 VVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLL
280 290 300 310 320 330
390 400 410
pF1KB8 LRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
340 350 360
>>CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 (372 aa)
initn: 788 init1: 444 opt: 845 Z-score: 862.4 bits: 168.4 E(32554): 1e-41
Smith-Waterman score: 845; 40.9% identity (68.3% similar) in 357 aa overlap (67-411:14-367)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 PGLYTAPSSPFPPSQVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESD-SCCTSPPCPQD--
::.. : .: .: : . ::
CCDS84 MNYPLTLEMDLENLEDLFWELDRLDNYNDTSLVENHLCPATEG
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 -FSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLT
. .: .:.:. :::.::::..:: : ..: .: . :::.:::.:::::: :::.
CCDS84 PLMASFKAVFVPVAYSLIFLLGVIGNVLVLVILERHRQTRSSTETFLFHLAVADLLLVFI
50 60 70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 LPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPP
::. .....: ::.:. :::.. :: ..::: ..::::::. :::: ::::.. ::.
CCDS84 LPFAVAEGSVGWVLGTFLCKTVIALHKVNFYCSSLLLACIAVDRYLAIVHAVHAYRHRRL
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260
pF1KB8 ARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSA---HHDERLNATHCQYNFPQVGRT----ALRVL
. .:: ..: . .:.:::...: .. ::.. : .: .. . ..: . : :
CCDS84 LSIHITCGTIWLVGFLLALPEILFAKVSQGHHNNSL--PRCTFSQENQAETHAWFTSRFL
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 QLVAGFLLPLLVMAYCYAHILAVL-LVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLV
:::::::.:::..::. .. : ..: .: .:.:....:. : :::.:::.:...
CCDS84 YHVAGFLLPMLVMGWCYVGVVHRLRQAQRRPQRQKAVRVAILVTSIFFLCWSPYHIVIFL
230 240 250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 DILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLG
: : : :. .: .. . :: .. :: ::::::.::.:.::::: . :: .::
CCDS84 DTLARLKAVDNTCKLNGSLPVAITMCEFLGLAHCCLNPMLYTFAGVKFRSDLSRLLTKLG
290 300 310 320 330 340
390 400 410
pF1KB8 CPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
: . .: . : :: :: ::. .:.
CCDS84 CTGPASLCQLFPSWRR-SSLSESENATSLTTF
350 360 370
>>CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 (360 aa)
initn: 829 init1: 388 opt: 827 Z-score: 844.4 bits: 165.0 E(32554): 1e-40
Smith-Waterman score: 827; 40.6% identity (68.5% similar) in 340 aa overlap (72-408:21-357)
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 APSSPFPPSQVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRA
:.:.:. . . :: . ::....
CCDS24 MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPE-SLEINKY
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 FLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAA
:. .:.:.:::.::::. : :.: :.. : ::..::.::.:: :..::::.::.. .
CCDS24 FVVIIYALVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKV
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 VQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLA
:.::. ::::.. : ..:::.: ::::::: :::: :::::. . : . ::.
CCDS24 NGWIFGTFLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQ-KRYLVKFICLS
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270
pF1KB8 VWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQVG---RTALRVLQLVAGFLLPLLVM
.::: ::.::: ..: . .. .. . : .. . : ::.: ::..:::.:
CCDS24 IWGLSLLLALPVLLFRRTVYSSNVSPA-CYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIM
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 AYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCG
.::. : .:. .. .. ::::.. .::. : ::: ::.::.:.: :: .. ..:
CCDS24 LFCYGFTLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCE
230 240 250 260 270 280
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 RESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSS
:....: : ..: :: .: :::::.:::.: :::. . .: : .. .: .. :
CCDS24 RRNHIDRALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPS
290 300 310 320 330 340
400 410
pF1KB8 RRDSSWSETSEASYSGL
:: ..::
CCDS24 FVGSSSGHTSTTL
350 360
>>CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 (350 aa)
initn: 774 init1: 369 opt: 791 Z-score: 808.2 bits: 158.3 E(32554): 1.1e-38
Smith-Waterman score: 791; 40.2% identity (68.0% similar) in 331 aa overlap (88-408:21-348)
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFS------LNFDRAFLPALYSLLF
:: .:.: .... . :.:.:
CCDS24 MSNITDPQMWDFDDLNFTGMPPADEDYSPCMLETETLNKYVVIIAYALVF
10 20 30 40 50
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLC
::.::::. : :.: :.. : ::..::.::.:: :..::::.::.. . :.::. ::
CCDS24 LLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLC
60 70 80 90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 KVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFAL
::.. : ..:::.: ::::::: :::: :::::. . : ..::. ::: . ..:
CCDS24 KVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQ-KRHLVKFVCLGCWGLSMNLSL
120 130 140 150 160
240 250 260 270 280
pF1KB8 PDFIFLSAHHDERLNATHCQY----NFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILA
: :.: .:.: . :.. : : : .::.: . ::..::.:: .::. :
CCDS24 PFFLFRQAYHPN--NSSPVCYEVLGNDTAKWRMVLRILPHTFGFIVPLFVMLFCYGFTLR
170 180 190 200 210 220
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 VLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAK
.:. .. .. ::::.. .::. : ::: ::.::.:.: :: .. ..: :.. . :
CCDS24 TLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQESCERRNNIGRAL
230 240 250 260 270 280
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 SVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSET
..: ::..: ::::..:::.: .::. . .: : ... : :. .: .:: . .
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CCDS77 CRHIRRSSMSVEAETTTTFSP
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CCDS11 CVGIWILATVLSIPELLYSDLQRSSSEQAMRCSLITEHVEAFITIQVAQMVIGFLVPLLA
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CCDS11 ELSKQLNIAYDVTYSLACVRCCVNPFLYAFIGVKFRNDLFKLFKDLGCLSQEQL-RQWSS
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pF1KB8 SR--RDSSWSETSEASYSGL
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CCDS11 CRHIRRSSMSVEAETTTTFSP
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CCDS46 GHSSVSTESESSSFHSS
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CCDS52 MSGESMNFSDVFDSSEDYFVSVNTSYYSVDSEMLLC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]