Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8809
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8809, 360 aa
1>>>pF1KB8809 360 - 360 aa - 360 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0162+/-0.00119; mu= 12.0065+/- 0.069
mean_var=119.9959+/-35.391, 0's: 0 Z-trim(103.3): 291 B-trim: 986 in 2/44
Lambda= 0.117082
statistics sampled from 6843 (7329) to 6843 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.225), width: 16
Scan time: 2.440
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 2398 417.0 1.2e-116
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 1206 215.7 5e-56
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 1145 205.4 6.3e-53
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 1134 203.5 2.3e-52
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 1099 197.6 1.4e-50
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 1096 197.1 2e-50
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 1069 192.5 4.6e-49
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 1069 192.5 4.8e-49
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 946 171.7 8.3e-43
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 946 171.8 8.8e-43
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 888 162.0 7.8e-40
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 880 160.6 2e-39
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 836 153.2 3.4e-37
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 836 153.2 3.4e-37
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 811 148.9 6.1e-36
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 807 148.3 9.6e-36
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 807 148.3 9.7e-36
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 775 142.9 4.1e-34
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 773 142.5 5.3e-34
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 771 142.2 6.6e-34
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 734 136.0 5.1e-32
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 734 136.0 5.6e-32
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 718 133.2 3.2e-31
CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 344) 696 129.5 4.2e-30
CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 356) 696 129.5 4.3e-30
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 663 123.9 2e-28
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 655 122.6 5.4e-28
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 ( 362) 568 107.9 1.4e-23
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2 ( 362) 567 107.7 1.6e-23
CCDS14441.1 LPAR4 gene_id:2846|Hs108|chrX ( 370) 566 107.6 1.8e-23
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 517 99.3 5.8e-21
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 517 99.3 5.8e-21
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 515 98.9 6.9e-21
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 400) 511 98.3 1.2e-20
CCDS47503.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 493) 511 98.4 1.4e-20
CCDS2931.1 GPR15 gene_id:2838|Hs108|chr3 ( 360) 505 97.3 2.2e-20
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 392) 505 97.3 2.4e-20
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 406) 505 97.3 2.4e-20
CCDS47507.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 420) 505 97.3 2.5e-20
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 504 97.1 2.6e-20
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 397) 504 97.1 2.7e-20
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 403) 504 97.1 2.7e-20
CCDS43517.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 418) 504 97.2 2.8e-20
CCDS43518.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 446) 504 97.2 2.9e-20
CCDS1405.1 GPR25 gene_id:2848|Hs108|chr1 ( 361) 501 96.6 3.6e-20
CCDS10429.1 SSTR5 gene_id:6755|Hs108|chr16 ( 364) 499 96.3 4.5e-20
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14 ( 391) 496 95.8 6.8e-20
CCDS2368.1 GPR1 gene_id:2825|Hs108|chr2 ( 355) 489 94.6 1.4e-19
CCDS14439.1 CYSLTR1 gene_id:10800|Hs108|chrX ( 337) 487 94.2 1.7e-19
CCDS3169.1 P2RY1 gene_id:5028|Hs108|chr3 ( 373) 474 92.0 8.6e-19
>>CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 2398 init1: 2398 opt: 2398 Z-score: 2207.4 bits: 417.0 E(32554): 1.2e-116
Smith-Waterman score: 2398; 100.0% identity (100.0% similar) in 360 aa overlap (1-360:1-360)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNPTDIADTTLDESIYSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGNSVV
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CCDS26 MNPTDIADTTLDESIYSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGNSVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLCKMISWMYLVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 VLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLCKMISWMYLVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFSTCYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 FYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFSTCYT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ERNHTYCKTKYSLNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKKNKA
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CCDS26 ERNHTYCKTKYSLNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKKNKA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVHCCLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 VKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVHCCLN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 PIIYFFLGEKFRKYILQLFKTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMDHDLHDAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 PIIYFFLGEKFRKYILQLFKTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMDHDLHDAL
310 320 330 340 350 360
>>CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 (352 aa)
initn: 1149 init1: 701 opt: 1206 Z-score: 1119.4 bits: 215.7 E(32554): 5e-56
Smith-Waterman score: 1206; 49.4% identity (80.4% similar) in 352 aa overlap (8-356:2-348)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MNPTDIADTTLDESIYS-NYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGNSV
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CCDS27 MDYQVSSPIYDINYYTSE----PCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNML
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VVLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLCKMISWMYLV
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CCDS27 VILILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFSTCY
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CCDS27 GFFSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 TERNHTYCKTKYSLNSTT-WKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKK-
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CCDS27 KEGLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 NKAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVHC
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CCDS27 HRAVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHC
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 CLNPIIYFFLGEKFRKYILQLFKTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMDHDLH
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CCDS27 CINPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQK-HIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEIS
300 310 320 330 340
360
pF1KB8 DAL
CCDS27 VGL
350
>>CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 1126 init1: 459 opt: 1145 Z-score: 1063.7 bits: 205.4 E(32554): 6.3e-53
Smith-Waterman score: 1145; 50.2% identity (79.8% similar) in 331 aa overlap (28-356:23-351)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNPTDIADTTLDESIYSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGNSVV
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CCDS27 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILV
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70 80 90 100 110
pF1KB8 VLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFW-GYYAADQWVFGLGLCKMISWMYLV
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CCDS27 VLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYT
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120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFSTCY
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CCDS27 GLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQ
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180 190 200 210 220 230
pF1KB8 TERNHTYCKTKYSLNSTT-WKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKKN
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CCDS27 WEFTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKS
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240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVHCC
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CCDS27 KAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCC
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 LNPIIYFFLGEKFRKYILQLFKTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMDHDLHD
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CCDS27 VNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHR-RVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSST-SPSTGEHELSA
300 310 320 330 340 350
360
pF1KB8 AL
CCDS27 GF
>>CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 1087 init1: 676 opt: 1134 Z-score: 1053.6 bits: 203.5 E(32554): 2.3e-52
Smith-Waterman score: 1134; 48.7% identity (78.6% similar) in 337 aa overlap (28-360:31-360)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MNPTDIADTTLDESIYSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGN
:: : .: .: .:::::::::.::..::
CCDS46 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDYGAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFGFVGN
10 20 30 40 50 60
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pF1KB8 SVVVLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLCKMISWMY
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CCDS46 MLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKLFTGLY
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LVGFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFST
.:...::::..:..::::::::::::.:.:::.:.::.::. :: ::::::.::..:.
CCDS46 HIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGIIFTK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 CYTERNHTYCKTKYSLNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKK
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CCDS46 CQKEDSVYVCGPYFPRG---WNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCRNEKK
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 -NKAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVH
..::..::....... ::::::::..:.:. :. :..: :: : :.::::...:
CCDS46 RHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETLGMTH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 CCLNPIIYFFLGEKFRKYILQLFK---TCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMD
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CCDS46 CCINPIIYAFVGEKFRRYLSVFFRKHITKR----FCKQCPVFYRETVDGVTSTNTPSTGE
300 310 320 330 340 350
360
pF1KB8 HDLHDAL
... .:
CCDS46 QEVSAGL
360
>>CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (374 aa)
initn: 959 init1: 676 opt: 1099 Z-score: 1021.4 bits: 197.6 E(32554): 1.4e-50
Smith-Waterman score: 1099; 50.8% identity (80.1% similar) in 307 aa overlap (28-333:31-333)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MNPTDIADTTLDESIYSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGN
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CCDS43 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDYGAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFGFVGN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SVVVLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLCKMISWMY
.:::.:.. :.:. .::.::::::::::::...::.:.. ::..:::: ..::... .:
CCDS43 MLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKLFTGLY
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120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LVGFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFST
.:...::::..:..::::::::::::.:.:::.:.::.::. :: ::::::.::..:.
CCDS43 HIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGIIFTK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 CYTERNHTYCKTKYSLNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKK
: : . : . . :. . .. ::::::.:: ::..::: :..:: .:.::::
CCDS43 CQKEDSVYVCGPYFPRG---WNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCRNEKK
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 -NKAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVH
..::..::....... ::::::::..:.:. :. :..: :: : :.::::...:
CCDS43 RHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETLGMTH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 CCLNPIIYFFLGEKFRKYILQLFKTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMDHDL
::.::::: :.:::::. .... :: . ::
CCDS43 CCINPIIYAFVGEKFRS-LFHIALGCRIAPLQKPVCGGPGVRPGKNVKVTTQGLLDGRGK
300 310 320 330 340 350
360
pF1KB8 HDAL
CCDS43 GKSIGRAPEASLQDKEGA
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360
pF1KB8 DAL
CCDS26 DYIL
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CCDS27 KYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVTEVIAYSH
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360
pF1KB8 LHDAL
:
CCDS27 LSIVF
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10 20 30 40
pF1KB8 MNPTDIADTTLD--ESIYSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLP
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CCDS54 MPFGIRMLLRAHKPGSSRRSEMTTSLDTVETFGTTSY-YDDVGLLCEKADTRALMAQFVP
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CCDS54 WVFGHGMCKLLSGFYHTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTW
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CCDS43 KQKENECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYFRIIQTLFSCKNHKKAK
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: :
CCDS43 SDGDALLLL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]