Result of FASTA (omim) for
pF1KB8806
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8806, 355 aa
1>>>pF1KB8806 355 - 355 aa - 355 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.4271+/-0.000506; mu= 21.2053+/- 0.032
mean_var=121.9894+/-32.474, 0's: 0 Z-trim(108.6): 647 B-trim: 928 in 1/53
Lambda= 0.116122
statistics sampled from 15897 (16682) to 15897 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.53), E-opt: 0.2 (0.196), width: 16
Scan time: 7.600
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001286 (OMIM: 601159) C-C chemokine receptor ty ( 355) 2350 405.9 6.9e-113
XP_006713023 (OMIM: 601268) PREDICTED: C-C chemoki ( 355) 1528 268.2 2e-71
NP_847899 (OMIM: 601268) C-C chemokine receptor ty ( 355) 1528 268.2 2e-71
XP_011531637 (OMIM: 601268) PREDICTED: C-C chemoki ( 355) 1528 268.2 2e-71
NP_001828 (OMIM: 601268) C-C chemokine receptor ty ( 355) 1528 268.2 2e-71
NP_001158152 (OMIM: 601268) C-C chemokine receptor ( 373) 1528 268.2 2e-71
NP_847898 (OMIM: 601268) C-C chemokine receptor ty ( 376) 1528 268.2 2e-71
XP_016861175 (OMIM: 601268) PREDICTED: C-C chemoki ( 410) 1528 268.3 2.1e-71
XP_016861174 (OMIM: 601268) PREDICTED: C-C chemoki ( 410) 1528 268.3 2.1e-71
NP_000570 (OMIM: 601373,609532,610379,612522) C-C ( 352) 1367 241.2 2.6e-63
NP_001093638 (OMIM: 601373,609532,610379,612522) C ( 352) 1367 241.2 2.6e-63
XP_011532371 (OMIM: 601267) PREDICTED: C-C chemoki ( 360) 1349 238.2 2.1e-62
NP_001116868 (OMIM: 601267) C-C chemokine receptor ( 360) 1349 238.2 2.1e-62
NP_001116513 (OMIM: 601267) C-C chemokine receptor ( 374) 1253 222.2 1.5e-57
XP_016861176 (OMIM: 604836) PREDICTED: C-C chemoki ( 360) 1145 204.1 4.1e-52
NP_005499 (OMIM: 604836) C-C chemokine receptor ty ( 360) 1145 204.1 4.1e-52
NP_005192 (OMIM: 601834) C-C chemokine receptor ty ( 355) 976 175.7 1.4e-43
NP_001164642 (OMIM: 601470,607339,609423,613784) C ( 355) 918 166.0 1.1e-40
NP_001164643 (OMIM: 601470,607339,609423,613784) C ( 355) 918 166.0 1.1e-40
NP_001328 (OMIM: 601470,607339,609423,613784) CX3C ( 355) 918 166.0 1.1e-40
NP_001164645 (OMIM: 601470,607339,609423,613784) C ( 387) 918 166.1 1.2e-40
XP_016862925 (OMIM: 608379) PREDICTED: C-C chemoki ( 344) 863 156.8 6.7e-38
NP_003956 (OMIM: 608379) C-C chemokine receptor-li ( 344) 863 156.8 6.7e-38
XP_011532510 (OMIM: 608379) PREDICTED: C-C chemoki ( 344) 863 156.8 6.7e-38
XP_011532511 (OMIM: 608379) PREDICTED: C-C chemoki ( 344) 863 156.8 6.7e-38
NP_001124382 (OMIM: 608379) C-C chemokine receptor ( 356) 863 156.8 6.8e-38
NP_001287 (OMIM: 602648) atypical chemokine recept ( 384) 839 152.8 1.1e-36
NP_001243298 (OMIM: 604738) C-C chemokine receptor ( 357) 773 141.7 2.3e-33
NP_006632 (OMIM: 604738) C-C chemokine receptor ty ( 357) 773 141.7 2.3e-33
NP_112477 (OMIM: 604738) C-C chemokine receptor ty ( 369) 773 141.7 2.4e-33
XP_011531614 (OMIM: 604738) PREDICTED: C-C chemoki ( 369) 773 141.7 2.4e-33
NP_001288645 (OMIM: 600242) C-C chemokine receptor ( 372) 760 139.6 1.1e-32
NP_001288646 (OMIM: 600242) C-C chemokine receptor ( 372) 760 139.6 1.1e-32
NP_001288647 (OMIM: 600242) C-C chemokine receptor ( 372) 760 139.6 1.1e-32
NP_001829 (OMIM: 600242) C-C chemokine receptor ty ( 378) 760 139.6 1.1e-32
NP_004358 (OMIM: 601835) C-C chemokine receptor ty ( 374) 749 137.7 3.9e-32
NP_113597 (OMIM: 601835) C-C chemokine receptor ty ( 374) 749 137.7 3.9e-32
NP_001288643 (OMIM: 600242) C-C chemokine receptor ( 315) 707 130.6 4.7e-30
NP_001548 (OMIM: 146928) C-X-C chemokine receptor ( 360) 686 127.2 5.7e-29
XP_016859480 (OMIM: 146928) PREDICTED: C-X-C chemo ( 360) 686 127.2 5.7e-29
XP_016859481 (OMIM: 146928) PREDICTED: C-X-C chemo ( 360) 686 127.2 5.7e-29
NP_001161770 (OMIM: 146928) C-X-C chemokine recept ( 360) 686 127.2 5.7e-29
XP_005246587 (OMIM: 146928) PREDICTED: C-X-C chemo ( 360) 686 127.2 5.7e-29
XP_016859479 (OMIM: 146928) PREDICTED: C-X-C chemo ( 360) 686 127.2 5.7e-29
NP_001495 (OMIM: 300574) C-X-C chemokine receptor ( 368) 670 124.5 3.7e-28
XP_005262313 (OMIM: 300574) PREDICTED: C-X-C chemo ( 378) 670 124.5 3.8e-28
NP_001136269 (OMIM: 300574) C-X-C chemokine recept ( 415) 670 124.6 4e-28
XP_016884924 (OMIM: 300574) PREDICTED: C-X-C chemo ( 415) 670 124.6 4e-28
NP_003458 (OMIM: 162643,193670) C-X-C chemokine re ( 352) 668 124.1 4.6e-28
NP_001008540 (OMIM: 162643,193670) C-X-C chemokine ( 356) 668 124.1 4.6e-28
>>NP_001286 (OMIM: 601159) C-C chemokine receptor type 1 (355 aa)
initn: 2350 init1: 2350 opt: 2350 Z-score: 2147.7 bits: 405.9 E(85289): 6.9e-113
Smith-Waterman score: 2350; 100.0% identity (100.0% similar) in 355 aa overlap (1-355:1-355)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVLV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYSE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFTH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 HTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVRL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 IFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPVI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB8 YAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
310 320 330 340 350
>>XP_006713023 (OMIM: 601268) PREDICTED: C-C chemokine r (355 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1403.4 bits: 268.2 E(85289): 2e-71
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:6-355)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVL
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. ::..::::::::..::.::..::..:
XP_006 MTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNVVVVMIL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYS
..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: : .:::: .:::.:::::.:::::
XP_006 IKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFYHTGLYS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.::.::..: . : .:. :
XP_006 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIFYETEELFE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 HHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVR
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XP_006 ETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTLLRCPSKKKYKAIR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPV
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XP_006 LIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 IYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
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XP_006 IYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSSVSPSTAEPELSIVF
300 310 320 330 340 350
>>NP_847899 (OMIM: 601268) C-C chemokine receptor type 3 (355 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1403.4 bits: 268.2 E(85289): 2e-71
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:6-355)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVL
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. ::..::::::::..::.::..::..:
NP_847 MTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNVVVVMIL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYS
..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: : .:::: .:::.:::::.:::::
NP_847 IKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFYHTGLYS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.::.::..: . : .:. :
NP_847 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIFYETEELFE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 HHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVR
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NP_847 ETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTLLRCPSKKKYKAIR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPV
:::::: .::.::::::..::.: .:..:: ..::.:.::::.. :::::::.:::.:::
NP_847 LIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 IYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
::::::::::::::..:::.. .:: ...::: ..:::.::.::::.: ::: :
NP_847 IYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSSVSPSTAEPELSIVF
300 310 320 330 340 350
>>XP_011531637 (OMIM: 601268) PREDICTED: C-C chemokine r (355 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1403.4 bits: 268.2 E(85289): 2e-71
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:6-355)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVL
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. ::..::::::::..::.::..::..:
XP_011 MTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNVVVVMIL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYS
..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: : .:::: .:::.:::::.:::::
XP_011 IKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFYHTGLYS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.::.::..: . : .:. :
XP_011 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIFYETEELFE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 HHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVR
. :: .:.... :. :..:....: :::::::: :::::::: ::: :..:: ::.:
XP_011 ETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTLLRCPSKKKYKAIR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPV
:::::: .::.::::::..::.: .:..:: ..::.:.::::.. :::::::.:::.:::
XP_011 LIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 IYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
::::::::::::::..:::.. .:: ...::: ..:::.::.::::.: ::: :
XP_011 IYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSSVSPSTAEPELSIVF
300 310 320 330 340 350
>>NP_001828 (OMIM: 601268) C-C chemokine receptor type 3 (355 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1403.4 bits: 268.2 E(85289): 2e-71
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:6-355)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVL
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. ::..::::::::..::.::..::..:
NP_001 MTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNVVVVMIL
10 20 30 40 50
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pF1KB8 VQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYS
..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: : .:::: .:::.:::::.:::::
NP_001 IKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFYHTGLYS
60 70 80 90 100 110
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pF1KB8 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.::.::..: . : .:. :
NP_001 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIFYETEELFE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 HHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVR
. :: .:.... :. :..:....: :::::::: :::::::: ::: :..:: ::.:
NP_001 ETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTLLRCPSKKKYKAIR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPV
:::::: .::.::::::..::.: .:..:: ..::.:.::::.. :::::::.:::.:::
NP_001 LIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 IYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
::::::::::::::..:::.. .:: ...::: ..:::.::.::::.: ::: :
NP_001 IYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSSVSPSTAEPELSIVF
300 310 320 330 340 350
>>NP_001158152 (OMIM: 601268) C-C chemokine receptor typ (373 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1403.2 bits: 268.2 E(85289): 2e-71
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:24-373)
10 20 30 40
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLY
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. ::..::::
NP_001 MPFGIRMLLRAHKPGRSEMTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMAQFVPPLY
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 SLVFVIGLVGNILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVF
::::..::.::..::..:..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: : .:::
NP_001 SLVFTVGLLGNVVVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVF
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 GDAMCKILSGFYYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALA
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NP_001 GHGMCKLLSGFYHTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 ILASMPGLYFSKTQWEFTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTG
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NP_001 VLAALPEFIFYETEELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 IIKILLRRPNEKKSKAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDL
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NP_001 IIKTLLRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 AVQVTEVIAYTHCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSS
.. :::::::.:::.:::::::::::::::::..:::.. .:: ...::: ..:::.::
NP_001 VMLVTEVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSS
300 310 320 330 340 350
350
pF1KB8 TSPSTGEHELSAGF
.::::.: ::: :
NP_001 VSPSTAEPELSIVF
360 370
>>NP_847898 (OMIM: 601268) C-C chemokine receptor type 3 (376 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1403.2 bits: 268.2 E(85289): 2e-71
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:27-376)
10 20 30
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLP
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. ::..:
NP_847 MPFGIRMLLRAHKPGSSRRSEMTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMAQFVP
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 PLYSLVFVIGLVGNILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDD
:::::::..::.::..::..:..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: : .
NP_847 PLYSLVFTVGLLGNVVVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHN
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 WVFGDAMCKILSGFYYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIW
:::: .:::.:::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :
NP_847 WVFGHGMCKLLSGFYHTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTW
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ALAILASMPGLYFSKTQWEFTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIIC
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NP_847 GLAVLAALPEFIFYETEELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAIC
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 YTGIIKILLRRPNEKKSKAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRH
:::::: ::: :..:: ::.::::::: .::.::::::..::.: .:..:: ..::.:.:
NP_847 YTGIIKTLLRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKH
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 LDLAVQVTEVIAYTHCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLER
:::.. :::::::.:::.:::::::::::::::::..:::.. .:: ...::: ..:::
NP_847 LDLVMLVTEVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLER
300 310 320 330 340 350
340 350
pF1KB8 VSSTSPSTGEHELSAGF
.::.::::.: ::: :
NP_847 TSSVSPSTAEPELSIVF
360 370
>>XP_016861175 (OMIM: 601268) PREDICTED: C-C chemokine r (410 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1402.9 bits: 268.3 E(85289): 2.1e-71
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:61-410)
10 20 30
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGA
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. :
XP_016 VDWIMPFGIRMLLRAHKPGSSRRSEMTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMA
40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 QLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYK
:..::::::::..::.::..::..:..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: :
XP_016 QFVPPLYSLVFTVGLLGNVVVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYV
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 LKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITS
.:::: .:::.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGHNWVFGHGMCKLLSGFYHTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITS
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 IIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLV
:. :.::.::..: . : .:. : . :: .:.... :. :..:....: :::::::
XP_016 IVTWGLAVLAALPEFIFYETEELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLV
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 MIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECE
: :::::::: ::: :..:: ::.::::::: .::.::::::..::.: .:..:: ..::
XP_016 MAICYTGIIKTLLRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCE
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 QSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVD
.:.::::.. :::::::.:::.:::::::::::::::::..:::.. .:: ...::: .
XP_016 RSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSE
330 340 350 360 370 380
340 350
pF1KB8 RLERVSSTSPSTGEHELSAGF
.:::.::.::::.: ::: :
XP_016 KLERTSSVSPSTAEPELSIVF
390 400 410
>>XP_016861174 (OMIM: 601268) PREDICTED: C-C chemokine r (410 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1402.9 bits: 268.3 E(85289): 2.1e-71
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:61-410)
10 20 30
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGA
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. :
XP_016 VDWIMPFGIRMLLRAHKPGSSRRSEMTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMA
40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 QLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYK
:..::::::::..::.::..::..:..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: :
XP_016 QFVPPLYSLVFTVGLLGNVVVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYV
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 LKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITS
.:::: .:::.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGHNWVFGHGMCKLLSGFYHTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITS
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 IIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLV
:. :.::.::..: . : .:. : . :: .:.... :. :..:....: :::::::
XP_016 IVTWGLAVLAALPEFIFYETEELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLV
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 MIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECE
: :::::::: ::: :..:: ::.::::::: .::.::::::..::.: .:..:: ..::
XP_016 MAICYTGIIKTLLRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCE
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 QSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVD
.:.::::.. :::::::.:::.:::::::::::::::::..:::.. .:: ...::: .
XP_016 RSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSE
330 340 350 360 370 380
340 350
pF1KB8 RLERVSSTSPSTGEHELSAGF
.:::.::.::::.: ::: :
XP_016 KLERTSSVSPSTAEPELSIVF
390 400 410
>>NP_000570 (OMIM: 601373,609532,610379,612522) C-C chem (352 aa)
initn: 635 init1: 635 opt: 1367 Z-score: 1257.7 bits: 241.2 E(85289): 2.6e-63
Smith-Waterman score: 1367; 56.0% identity (85.5% similar) in 352 aa overlap (9-355:2-352)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTT---EFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVL
::.... ...: . ::::.: . ..:.::::::::::..:.:::.::.:
NP_000 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVIL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGL
.:.. ::::.::.:::::::::::.::.:.::: : . : ::..::..:.:.:. :.
NP_000 ILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQ-WDFGNTMCQLLTGLYFIGF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWE
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NP_000 FSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 FTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKS-K
:.::: :::. . . :: ::.::. ..:::::::::.:::.::.: ::: :::: .
NP_000 GLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 AVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCV
::::::.:::..::::.:::...:...::.:. ..: .: .:: :.::::....::::.
NP_000 AVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 NPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSST-SPSTGEHELSAGF
::.:::::::.::.:: .:....: .. : ... . ::.::. . ::::.:.:.:.
NP_000 NPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
300 310 320 330 340 350
355 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 09:41:11 2016 done: Sat Nov 5 09:41:13 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]