Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8806
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8806, 355 aa
1>>>pF1KB8806 355 - 355 aa - 355 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4409+/-0.00115; mu= 14.9606+/- 0.068
mean_var=117.5740+/-36.933, 0's: 0 Z-trim(103.1): 316 B-trim: 929 in 2/44
Lambda= 0.118282
statistics sampled from 6718 (7253) to 6718 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.564), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16
Scan time: 2.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 2350 413.0 2e-115
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 1528 272.7 3.4e-73
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 1528 272.7 3.5e-73
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 1367 245.2 6.2e-65
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 1349 242.1 5.3e-64
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 1253 225.8 4.7e-59
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 1145 207.3 1.6e-53
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 976 178.5 7.6e-45
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 918 168.6 7.3e-42
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 918 168.6 7.7e-42
CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 344) 863 159.2 4.8e-39
CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 356) 863 159.2 4.9e-39
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 839 155.1 8.8e-38
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 773 143.8 2.1e-34
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 773 143.9 2.1e-34
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 760 141.7 9.8e-34
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 760 141.7 9.9e-34
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 749 139.8 3.6e-33
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 686 129.0 6.1e-30
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 670 126.3 4.1e-29
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 670 126.3 4.4e-29
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 668 125.9 5e-29
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 668 125.9 5.1e-29
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 658 124.2 1.7e-28
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 658 124.3 1.8e-28
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 658 124.3 1.8e-28
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 652 123.2 3.3e-28
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 645 122.0 7.6e-28
CCDS14569.1 AGTR2 gene_id:186|Hs108|chrX ( 363) 641 121.3 1.3e-27
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 613 116.6 3.5e-26
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14 ( 391) 600 114.4 1.7e-25
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 ( 362) 581 111.1 1.5e-24
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2 ( 362) 570 109.2 5.6e-24
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 567 108.7 7.6e-24
CCDS9410.1 LPAR6 gene_id:10161|Hs108|chr13 ( 344) 553 106.3 4e-23
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 547 105.3 8.8e-23
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 392) 547 105.3 8.9e-23
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 397) 547 105.3 9e-23
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 400) 547 105.3 9e-23
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 403) 547 105.3 9e-23
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 406) 547 105.3 9.1e-23
CCDS43517.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 418) 547 105.4 9.3e-23
CCDS47507.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 420) 547 105.4 9.3e-23
CCDS43518.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 446) 547 105.4 9.6e-23
CCDS47503.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 493) 547 105.4 1e-22
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 541 104.3 1.8e-22
CCDS6152.1 OPRK1 gene_id:4986|Hs108|chr8 ( 380) 540 104.1 2e-22
CCDS9943.1 BDKRB1 gene_id:623|Hs108|chr14 ( 353) 534 103.1 3.9e-22
CCDS9666.1 SSTR1 gene_id:6751|Hs108|chr14 ( 391) 528 102.1 8.4e-22
CCDS9412.1 CYSLTR2 gene_id:57105|Hs108|chr13 ( 346) 525 101.5 1.1e-21
>>CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 2350 init1: 2350 opt: 2350 Z-score: 2185.7 bits: 413.0 E(32554): 2e-115
Smith-Waterman score: 2350; 100.0% identity (100.0% similar) in 355 aa overlap (1-355:1-355)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVLV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 QYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYSE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 IFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFTH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 HTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 HTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVRL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 IFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 IFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPVI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB8 YAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 YAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
310 320 330 340 350
>>CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1427.6 bits: 272.7 E(32554): 3.4e-73
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:6-355)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVL
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. ::..::::::::..::.::..::..:
CCDS27 MTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNVVVVMIL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYS
..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: : .:::: .:::.:::::.:::::
CCDS27 IKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFYHTGLYS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.::.::..: . : .:. :
CCDS27 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIFYETEELFE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 HHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAVR
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CCDS27 ETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTLLRCPSKKKYKAIR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNPV
:::::: .::.::::::..::.: .:..:: ..::.:.::::.. :::::::.:::.:::
CCDS27 LIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 IYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
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CCDS27 IYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSSVSPSTAEPELSIVF
300 310 320 330 340 350
>>CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 (376 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1528 Z-score: 1427.3 bits: 272.7 E(32554): 3.5e-73
Smith-Waterman score: 1528; 63.2% identity (86.3% similar) in 351 aa overlap (5-355:27-376)
10 20 30
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLP
.:.: . ::. .: . :.:.. ::. ::..:
CCDS54 MPFGIRMLLRAHKPGSSRRSEMTTSLDTVETFGTTSYYD-DVGLLCEKADTRALMAQFVP
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 PLYSLVFVIGLVGNILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDD
:::::::..::.::..::..:..:.::. ::.:::::::::::::: :::::: : .
CCDS54 PLYSLVFTVGLLGNVVVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHN
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 WVFGDAMCKILSGFYYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIW
:::: .:::.:::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :
CCDS54 WVFGHGMCKLLSGFYHTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTW
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ALAILASMPGLYFSKTQWEFTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIIC
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CCDS54 GLAVLAALPEFIFYETEELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAIC
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 YTGIIKILLRRPNEKKSKAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRH
:::::: ::: :..:: ::.::::::: .::.::::::..::.: .:..:: ..::.:.:
CCDS54 YTGIIKTLLRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKH
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 LDLAVQVTEVIAYTHCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLER
:::.. :::::::.:::.:::::::::::::::::..:::.. .:: ...::: ..:::
CCDS54 LDLVMLVTEVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLER
300 310 320 330 340 350
340 350
pF1KB8 VSSTSPSTGEHELSAGF
.::.::::.: ::: :
CCDS54 TSSVSPSTAEPELSIVF
360 370
>>CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 (352 aa)
initn: 635 init1: 635 opt: 1367 Z-score: 1279.2 bits: 245.2 E(32554): 6.2e-65
Smith-Waterman score: 1367; 56.0% identity (85.5% similar) in 352 aa overlap (9-355:2-352)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTT---EFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVL
::.... ...: . ::::.: . ..:.::::::::::..:.:::.::.:
CCDS27 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVIL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGL
.:.. ::::.::.:::::::::::.::.:.::: : . : ::..::..:.:.:. :.
CCDS27 ILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQ-WDFGNTMCQLLTGLYFIGF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWE
.: ::::::::::::::.:::::::.::::::::.::.: :..:..::.::. :...: :
CCDS27 FSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 FTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKS-K
:.::: :::. . . :: ::.::. ..:::::::::.:::.::.: ::: :::: .
CCDS27 GLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 AVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCV
::::::.:::..::::.:::...:...::.:. ..: .: .:: :.::::....::::.
CCDS27 AVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 NPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSST-SPSTGEHELSAGF
::.:::::::.::.:: .:....: .. : ... . ::.::. . ::::.:.:.:.
CCDS27 NPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
300 310 320 330 340 350
>>CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 1319 init1: 412 opt: 1349 Z-score: 1262.5 bits: 242.1 E(32554): 5.3e-64
Smith-Waterman score: 1349; 56.2% identity (84.5% similar) in 354 aa overlap (5-355:12-360)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTED-YDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGN
::.:. ..:: ::: ..::.: . . .:::::::::::::..:.:::
CCDS46 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDYGAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFGFVGN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 ILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGF
.::::.:.. :.:: .:.::::::::::::::.:::.: .. ..::::.::::...:.
CCDS46 MLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWA-HSAANEWVFGNAMCKLFTGL
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFS
:. : .. ::::::::::::::::::::::.::::::::.::.: : .:..::.::. :.
CCDS46 YHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGIIFT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 KTQWEFTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNE
: : : . ..:. .:: : :. :... :..:::::::.:.:::.::.: ::: ::
CCDS46 KCQKEDSVYVCGPYFP----RGWNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCRNE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KKS-KAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAY
:: .:::.::.:::..::::::::..::...::.:. .::.. .:: :.::::....
CCDS46 KKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETLGM
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 THCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSST-SPSTGEHE
::::.::.:::::::.::.:: .:..... .. : : . . .. :.:: .:::::.:
CCDS46 THCCINPIIYAFVGEKFRRYLSVFFRKHITKRFCKQCPVFYRETVDGVTSTNTPSTGEQE
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 LSAGF
.:::.
CCDS46 VSAGL
360
>>CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (374 aa)
initn: 1100 init1: 412 opt: 1253 Z-score: 1173.8 bits: 225.8 E(32554): 4.7e-59
Smith-Waterman score: 1253; 57.7% identity (85.0% similar) in 319 aa overlap (5-321:12-325)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTED-YDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGN
::.:. ..:: ::: ..::.: . . .:::::::::::::..:.:::
CCDS43 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDYGAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFGFVGN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 ILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGF
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CCDS43 MLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWA-HSAANEWVFGNAMCKLFTGL
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFS
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CCDS43 YHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGIIFT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 KTQWEFTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNE
: : : . ..:. .:: : :. :... :..:::::::.:.:::.::.: ::: ::
CCDS43 KCQKEDSVYVCGPYFP----RGWNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCRNE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KKS-KAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAY
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CCDS43 KKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETLGM
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 THCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHEL
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CCDS43 THCCINPIIYAFVGEKFRSLFHIALGCRIAPLQKPVCGGPGVRPGKNVKVTTQGLLDGRG
300 310 320 330 340 350
>>CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 1126 init1: 459 opt: 1145 Z-score: 1074.3 bits: 207.3 E(32554): 1.6e-53
Smith-Waterman score: 1145; 50.2% identity (79.8% similar) in 331 aa overlap (23-351:28-356)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILV
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CCDS26 MNPTDIADTTLDESIYSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGNSVV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYT
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CCDS26 VLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFW-GYYAADQWVFGLGLCKMISWMYLV
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQ
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CCDS26 GFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFSTCY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 WEFTHHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKS
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CCDS26 TERNHTYCKTKYSLNSTT-WKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKKN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCC
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CCDS26 KAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVHCC
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 VNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHR-RVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSST-SPSTGEHELSA
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CCDS26 LNPIIYFFLGEKFRKYILQLFKTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMDHDLHD
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 GF
CCDS26 AL
360
>>CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 943 init1: 429 opt: 976 Z-score: 918.6 bits: 178.5 E(32554): 7.6e-45
Smith-Waterman score: 976; 42.6% identity (76.0% similar) in 329 aa overlap (12-335:11-337)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGD--ATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLV
:.:.. : : ..::. .. : :: .: :.::..:.:: ::.::
CCDS26 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDAELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLY
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CCDS26 LVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQT-YYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 SEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEF
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CCDS26 SSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASED
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 THHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAV
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CCDS26 GVLQCYSFYNQQTLK-WKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 RLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNP
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CCDS26 RLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNP
240 250 260 270 280 290
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pF1KB8 VIYAFVGERFRKYLRQLFHR---RVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
::::::::.:.:.: ..:.. .. .: . .: : ..
CCDS26 VIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
300 310 320 330 340 350
>>CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 890 init1: 449 opt: 918 Z-score: 865.1 bits: 168.6 E(32554): 7.3e-42
Smith-Waterman score: 918; 44.9% identity (76.0% similar) in 312 aa overlap (13-322:9-314)
10 20 30 40 50
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGD-ATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLVL
: .:.: : : : . .::. .: .::..:.::::::.:::..:
CCDS43 MDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFGTVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFAL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLYS
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CCDS43 TNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHY-LINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEFT
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CCDS43 SIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTISLGVWAAAILVAAPQFMFTKQK----
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 HHTCSLHFPHESLRE-WKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAV
.. : .: : :.: : ... .. :..:..::::.: :: ::. :. :.::.::.
CCDS43 ENECLGDYP-EVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYFRIIQTLFSCKNHKKAKAI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 RLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNP
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CCDS43 KLILLVVIVFFLFWTPYNVMIFLETLKLYDFFPSCDMRKDLRLALSVTETVAFSHCCLNP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 VIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
.::::.::.::.:: .:. . .::
CCDS43 LIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQRSRHGSVLSSNFTYHTSDGD
300 310 320 330 340 350
>>CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 (387 aa)
initn: 890 init1: 449 opt: 918 Z-score: 864.6 bits: 168.6 E(32554): 7.7e-42
Smith-Waterman score: 918; 44.9% identity (76.0% similar) in 312 aa overlap (13-322:41-346)
10 20 30 40
pF1KB8 METPNTTEDYDTTTEFDYGD-ATPCQKVNERAFGAQLLPPLY
: .:.: : : : . .::. .: .:
CCDS54 ADLDFRKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFGTVFLSIFY
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 SLVFVIGLVGNILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVF
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CCDS54 SVIFAIGLVGNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHY-LINEKGL
80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 GDAMCKILSGFYYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALA
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CCDS54 HNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTISLGVWAAA
130 140 150 160 170 180
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pF1KB8 ILASMPGLYFSKTQWEFTHHTCSLHFPHESLRE-WKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYT
::.. : ..:.: . .. : .: : :.: : ... .. :..:..::::.: ::
CCDS54 ILVAAPQFMFTKQK----ENECLGDYP-EVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYF
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 GIIKILLRRPNEKKSKAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLD
::. :. :.::.::..::....:.:::::::::. :.. ... . : :.. . :
CCDS54 RIIQTLFSCKNHKKAKAIKLILLVVIVFFLFWTPYNVMIFLETLKLYDFFPSCDMRKDLR
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 LAVQVTEVIAYTHCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVS
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CCDS54 LALSVTETVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQRS
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CCDS54 RHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
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355 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 09:41:11 2016 done: Sat Nov 5 09:41:11 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]