Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8788
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8788, 300 aa
1>>>pF1KB8788 300 - 300 aa - 300 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3459+/-0.000951; mu= 7.1504+/- 0.057
mean_var=139.2590+/-27.390, 0's: 0 Z-trim(109.2): 15 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.108683
statistics sampled from 10706 (10717) to 10706 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.679), E-opt: 0.2 (0.329), width: 16
Scan time: 2.510
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5903.1 GIMAP7 gene_id:168537|Hs108|chr7 ( 300) 1936 314.8 5.2e-86
CCDS5904.1 GIMAP4 gene_id:55303|Hs108|chr7 ( 329) 660 114.7 9.4e-26
CCDS5907.1 GIMAP5 gene_id:55340|Hs108|chr7 ( 307) 630 110.0 2.3e-24
CCDS75677.1 GIMAP5 gene_id:100527949|Hs108|chr7 ( 511) 630 110.1 3.5e-24
CCDS5906.1 GIMAP1 gene_id:170575|Hs108|chr7 ( 306) 615 107.6 1.2e-23
CCDS5905.1 GIMAP2 gene_id:26157|Hs108|chr7 ( 337) 594 104.4 1.3e-22
CCDS34778.1 GIMAP6 gene_id:474344|Hs108|chr7 ( 292) 584 102.8 3.3e-22
CCDS75676.1 GIMAP6 gene_id:474344|Hs108|chr7 ( 362) 584 102.8 3.9e-22
CCDS34777.1 GIMAP8 gene_id:155038|Hs108|chr7 ( 665) 470 85.1 1.5e-16
>>CCDS5903.1 GIMAP7 gene_id:168537|Hs108|chr7 (300 aa)
initn: 1936 init1: 1936 opt: 1936 Z-score: 1657.7 bits: 314.8 E(32554): 5.2e-86
Smith-Waterman score: 1936; 100.0% identity (100.0% similar) in 300 aa overlap (1-300:1-300)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAESEDRSLRIVLVGKTGSGKSATANTILGEEIFDSRIAAQAVTKNCQKASREWQGRDLL
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CCDS59 MAESEDRSLRIVLVGKTGSGKSATANTILGEEIFDSRIAAQAVTKNCQKASREWQGRDLL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VVDTPGLFDTKESLDTTCKEISRCIISSCPGPHAIVLVLLLGRYTEEEQKTVALIKAVFG
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CCDS59 VVDTPGLFDTKESLDTTCKEISRCIISSCPGPHAIVLVLLLGRYTEEEQKTVALIKAVFG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KSAMKHMVILFTRKEELEGQSFHDFIADADVGLKSIVKECGNRCCAFSNSKKTSKAEKES
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CCDS59 KSAMKHMVILFTRKEELEGQSFHDFIADADVGLKSIVKECGNRCCAFSNSKKTSKAEKES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QVQELVELIEKMVQCNEGAYFSDDIYKDTEERLKQREEVLRKIYTDQLNEEIKLVEEDKH
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CCDS59 QVQELVELIEKMVQCNEGAYFSDDIYKDTEERLKQREEVLRKIYTDQLNEEIKLVEEDKH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 KSEEEKEKEIKLLKLKYDEKIKNIREEAERNIFKDVFNRIWKMLSEIWHRFLSKCKFYSS
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CCDS59 KSEEEKEKEIKLLKLKYDEKIKNIREEAERNIFKDVFNRIWKMLSEIWHRFLSKCKFYSS
250 260 270 280 290 300
>>CCDS5904.1 GIMAP4 gene_id:55303|Hs108|chr7 (329 aa)
initn: 580 init1: 540 opt: 660 Z-score: 575.8 bits: 114.7 E(32554): 9.4e-26
Smith-Waterman score: 660; 38.8% identity (72.1% similar) in 276 aa overlap (3-270:25-298)
10 20 30
pF1KB8 MAESEDRSLRIVLVGKTGSGKSATANTILGEEIFDSRI
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CCDS59 MAAQYGSMSFNPSTPGASYGPGRQEPRNSQLRIVLVGKTGAGKSATGNSILGRKVFHSGT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 AAQAVTKNCQKASREWQGRDLLVVDTPGLFDTKESLDTTCKEISRCIISSCPGPHAIVLV
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CCDS59 AAKSITKKCEKRSSSWKETELVVVDTPGIFDTEVPNAETSKEIIRCILLTSPGPHALLLV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 LLLGRYTEEEQKTVALIKAVFGKSAMKHMVILFTRKEELEGQSFHDFIADADVGLKSIVK
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CCDS59 VPLGRYTEEEHKATEKILKMFGERARSFMILIFTRKDDLGDTNLHDYLREAPEDIQDLMD
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ECGNRCCAFSNSKKTSKAEKESQVQELVELIEKMVQCNEGAYFSDDIYKDTEERLKQREE
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CCDS59 IFGDRYCALNN--KATGAEQEAQRAQLLGLIQRVVRENKEGCYTNRMYQRAEEEIQKQTQ
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 VLRKIYTDQLNEEIKLVEED--------KHKSEEEKEKEIKLLKLKYDEKIKNIREEAER
...... .:..: ..:. . : :.::.:. :: .: .:.. :
CCDS59 AMQELHRVELEREKARIREEYEEKIRKLEDKVEQEKRKKQMEKKLAEQEAHYAVRQQRAR
240 250 260 270 280 290
280 290 300
pF1KB8 NIFKDVFNRIWKMLSEIWHRFLSKCKFYSS
CCDS59 TEVESKDGILELIMTALQIASFILLRLFAED
300 310 320
>>CCDS5907.1 GIMAP5 gene_id:55340|Hs108|chr7 (307 aa)
initn: 656 init1: 501 opt: 630 Z-score: 550.8 bits: 110.0 E(32554): 2.3e-24
Smith-Waterman score: 630; 41.2% identity (73.7% similar) in 243 aa overlap (8-249:27-264)
10 20 30 40
pF1KB8 MAESEDRSLRIVLVGKTGSGKSATANTILGEEIFDSRIAAQ
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CCDS59 MGGFQRGKYGTMAEGRSEDNLSATPPALRIILVGKTGCGKSATGNSILGQPVFESKLRAQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 AVTKNCQKASREWQGRDLLVVDTPGLFDTKESLDTTCKEISRCIISSCPGPHAIVLVLLL
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CCDS59 SVTRTCQVKTGTWNGRKVLVVDTPSIFESQADTQELYKNIGDCYLLSAPGPHVLLLVIQL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 GRYTEEEQKTVALIKAVFGKSAMKHMVILFTRKEELEGQSFHDFIADAD-VGLKSIVKEC
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CCDS59 GRFTAQDTVAIRKVKEVFGTGAMRHVVILFTHKEDLGGQALDDYVANTDNCSLKDLVREC
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 GNRCCAFSNSKKTSKAEKESQVQELVELIEKMVQCNEGAYFSDDIYKDTEERLKQREEVL
: :::.: : :...: ::. .::.. . ::.. :.:.. :.. . .
CCDS59 ERRYCAFNN--WGSVEEQRQQQAELLAVIERLGREREGSFHSNDLFLDAQLLQRTGAGAC
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 RKIYTDQLNEEIKLVEEDKHKSEEEKEKEIKLLKLKYDEKIKNIREEAERNIFKDVFNRI
.. : : . ... . .::: .: .:.:
CCDS59 QEDYR-QYQAKVEW-QVEKHK-QELRENESNWAYKALLRVKHLMLLHYEIFVFLLLCSIL
240 250 260 270 280 290
>>CCDS75677.1 GIMAP5 gene_id:100527949|Hs108|chr7 (511 aa)
initn: 898 init1: 501 opt: 630 Z-score: 547.6 bits: 110.1 E(32554): 3.5e-24
Smith-Waterman score: 630; 41.2% identity (73.7% similar) in 243 aa overlap (8-249:231-468)
10 20 30
pF1KB8 MAESEDRSLRIVLVGKTGSGKSATANTILGEEIFDSR
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CCDS75 FLERMGGFQRGKYGTMAEGRSEDNLSATPPALRIILVGKTGCGKSATGNSILGQPVFESK
210 220 230 240 250 260
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 IAAQAVTKNCQKASREWQGRDLLVVDTPGLFDTKESLDTTCKEISRCIISSCPGPHAIVL
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CCDS75 LRAQSVTRTCQVKTGTWNGRKVLVVDTPSIFESQADTQELYKNIGDCYLLSAPGPHVLLL
270 280 290 300 310 320
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 VLLLGRYTEEEQKTVALIKAVFGKSAMKHMVILFTRKEELEGQSFHDFIADAD-VGLKSI
:. :::.: .. .. .: ::: .::.:.:::::.::.: ::.. :..:..: .::..
CCDS75 VIQLGRFTAQDTVAIRKVKEVFGTGAMRHVVILFTHKEDLGGQALDDYVANTDNCSLKDL
330 340 350 360 370 380
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 VKECGNRCCAFSNSKKTSKAEKESQVQELVELIEKMVQCNEGAYFSDDIYKDTEERLKQR
:.:: : :::.: : :...: ::. .::.. . ::.. :.:.. :.. .
CCDS75 VRECERRYCAFNN--WGSVEEQRQQQAELLAVIERLGREREGSFHSNDLFLDAQLLQRTG
390 400 410 420 430
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 EEVLRKIYTDQLNEEIKLVEEDKHKSEEEKEKEIKLLKLKYDEKIKNIREEAERNIFKDV
. .. : : . ... . .::: .: .:.:
CCDS75 AGACQEDYR-QYQAKVEW-QVEKHK-QELRENESNWAYKALLRVKHLMLLHYEIFVFLLL
440 450 460 470 480 490
280 290 300
pF1KB8 FNRIWKMLSEIWHRFLSKCKFYSS
CCDS75 CSILFFIIFLFIFHYI
500 510
>>CCDS5906.1 GIMAP1 gene_id:170575|Hs108|chr7 (306 aa)
initn: 512 init1: 259 opt: 615 Z-score: 538.1 bits: 107.6 E(32554): 1.2e-23
Smith-Waterman score: 615; 42.0% identity (77.0% similar) in 226 aa overlap (2-223:20-243)
10 20 30 40
pF1KB8 MAESEDRSLR-IVLVGKTGSGKSATANTILGEEIFDSRIAAQ
:.:...: : ..:::.::.:::::.:.:::.. : ::..:
CCDS59 MGGRKMATDEENVYGLEENAQSRQESTRRLILVGRTGAGKSATGNSILGQRRFFSRLGAT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 AVTKNCQKASREWQGRDLLVVDTPGLFDTKES-LDTTCKEISRCIISSCPGPHAIVLVLL
.::. : .::.:. . ::::: .:... : : :.: ..: . : :::::..::
CCDS59 SVTRACTTGSRRWDKCHVEVVDTPDIFSSQVSKTDPGCEERGHCYLLSAPGPHALLLVTQ
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150
pF1KB8 LGRYTEEEQKTVALIKAVFGKSAMKHMVILFTRKEELEGQSFHDFIADADV-GLKSIVKE
:::.: ..:..: .. .::....: :::.:::::.: : :.::...... .:. .: :
CCDS59 LGRFTAQDQQAVRQVRDMFGEDVLKWMVIVFTRKEDLAGGSLHDYVSNTENRALRELVAE
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 CGNRCCAFSNSKKTSKAEKESQVQELVELIEKMVQCNEGAYFSDDIYKDTEE-RLKQREE
::.: :::.: ... :.:.::..:. ..: .: ..::..:...:. .. : ::
CCDS59 CGGRVCAFDN--RATGREQEAQVEQLLGMVEGLVLEHKGAHYSNEVYELAQVLRWAGPEE
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 VLRKIYTDQLNEEIKLVEEDKHKSEEEKEKEIKLLKLKYDEKIKNIREEAERNIFKDVFN
::..
CCDS59 RLRRVAERVAARVQRRPWGAWLSARLWKWLKSPRSWRLGLALLLGGALLFWVLLHRRWSE
240 250 260 270 280 290
>>CCDS5905.1 GIMAP2 gene_id:26157|Hs108|chr7 (337 aa)
initn: 639 init1: 485 opt: 594 Z-score: 519.7 bits: 104.4 E(32554): 1.3e-22
Smith-Waterman score: 598; 38.3% identity (75.2% similar) in 230 aa overlap (9-227:23-250)
10 20 30 40
pF1KB8 MAESEDRSLRIVLVGKTGSGKSATANTILGEEIFDSRIAAQAVTKN
:::.::::::.::::..:.:: .. :.:....:..::.
CCDS59 MDQNEHSHWGPHAKGQCASRSELRIILVGKTGTGKSAAGNSILRKQAFESKLGSQTLTKT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 CQKASREWQGRDLLVVDTPGLFDTKESLDTTCKEISRCIISSCPGPHAIVLVLLLGRYTE
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CCDS59 CSKSQGSWGNREIVIIDTPDMFSWKDHCEALYKEVQRCYLLSAPGPHVLLLVTQLGRYTS
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 EEQKTVALIKAVFGKSAMKHMVILFTRKEELEGQSFHDFIADADV-GLKSIVKECGNRCC
..:... .: .::..:: : ..:::.::.:.: :. :.. :.: .:...: ::.: :
CCDS59 QDQQAAQRVKEIFGEDAMGHTIVLFTHKEDLNGGSLMDYMHDSDNKALSKLVAACGGRIC
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB8 AFSNSKKTSKAEKESQVQELVELIEKMVQCNEGAYFSDDIYK----------DTEERLKQ
::.: . :. ...::.::.. :: ... ..: .... .:. ..::.:.
CCDS59 AFNNRAEGSN--QDDQVKELMDCIEDLLMEKNGDHYTNGLYSLIQRSKCGPVGSDERVKE
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 REEVLRKIYTDQLNEEIKLVEEDKHKSEEEKEKEIKLLKLKYDEKIKNIREEAERNIFKD
.. : : . :
CCDS59 FKQSLIKYMETQRSYTALAEANCLKGALIKTQLCVLFCIQLFLRLIILWLCILHSMCNLF
240 250 260 270 280 290
>>CCDS34778.1 GIMAP6 gene_id:474344|Hs108|chr7 (292 aa)
initn: 533 init1: 253 opt: 584 Z-score: 512.1 bits: 102.8 E(32554): 3.3e-22
Smith-Waterman score: 584; 37.1% identity (71.1% similar) in 256 aa overlap (7-258:39-291)
10 20 30
pF1KB8 MAESEDRSLRIVLVGKTGSGKSATANTILGEEIFDS
: ::..:.::::::::::.:.:::...:.:
CCDS34 IPQENPPEELSQDPVLELSGGLREKEQKTPRRLRLILMGKTGSGKSATGNSILGRDVFES
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 RIAAQAVTKNCQKASREWQGRDLLVVDTPGLFDTKESLDTTCKEISRCIISSCPGPHAIV
..... :::. :. :::: :..: :.:::.... . : ... : . :. : :::::..
CCDS34 KLSTRPVTKTSQRRSREWAGKELEVIDTPNILSPQVSPEVA-DAICQAIVLSAPGPHAVL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 LVLLLGRYTEEEQKTVALIKAVFGKSAMKHMVILFTRKEELEGQSFHDFIADADV-GLKS
:: :::.:.:.:..: .. ::: ... : ...:::::.: : :..:.. ... .:
CCDS34 LVTQLGRFTDEDQQVVRRLQEVFGVGVLGHTILVFTRKEDLAGGSLEDYVRETNNQALAW
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 IVKECGNRCCAFSNSKKTSKAEKESQVQELVELIEKMVQCNEGAYFSDDIYKDTEERLKQ
. . : :.:.: ... :.:.:..::.: .: .. ::: :.:. :. :.. ..
CCDS34 LDVTLARRHCGFNN--RAQGEEQEAQLRELMEKVEAIMWENEGDYYSNKAYQYTQQNFRL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 REEVLRKIYTDQLNEEIKLVE---EDKHKSEEEKEKEIKLLKLKYDEKIKNIREEAERNI
.: :.. : .:.. : : . ..:.:. . : : :
CCDS34 KELQERQVSQGQGSEDVPGEESWLEGLSQIQKESEEAHRCLLGKADL
250 260 270 280 290
280 290 300
pF1KB8 FKDVFNRIWKMLSEIWHRFLSKCKFYSS
>>CCDS75676.1 GIMAP6 gene_id:474344|Hs108|chr7 (362 aa)
initn: 533 init1: 253 opt: 584 Z-score: 510.8 bits: 102.8 E(32554): 3.9e-22
Smith-Waterman score: 584; 37.1% identity (71.1% similar) in 256 aa overlap (7-258:109-361)
10 20 30
pF1KB8 MAESEDRSLRIVLVGKTGSGKSATANTILGEEIFDS
: ::..:.::::::::::.:.:::...:.:
CCDS75 DKMGYMGPYPSSLCFLWIFLGLREKEQKTPRRLRLILMGKTGSGKSATGNSILGRDVFES
80 90 100 110 120 130
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 RIAAQAVTKNCQKASREWQGRDLLVVDTPGLFDTKESLDTTCKEISRCIISSCPGPHAIV
..... :::. :. :::: :..: :.:::.... . : ... : . :. : :::::..
CCDS75 KLSTRPVTKTSQRRSREWAGKELEVIDTPNILSPQVSPEVA-DAICQAIVLSAPGPHAVL
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 LVLLLGRYTEEEQKTVALIKAVFGKSAMKHMVILFTRKEELEGQSFHDFIADADV-GLKS
:: :::.:.:.:..: .. ::: ... : ...:::::.: : :..:.. ... .:
CCDS75 LVTQLGRFTDEDQQVVRRLQEVFGVGVLGHTILVFTRKEDLAGGSLEDYVRETNNQALAW
200 210 220 230 240 250
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 IVKECGNRCCAFSNSKKTSKAEKESQVQELVELIEKMVQCNEGAYFSDDIYKDTEERLKQ
. . : :.:.: ... :.:.:..::.: .: .. ::: :.:. :. :.. ..
CCDS75 LDVTLARRHCGFNN--RAQGEEQEAQLRELMEKVEAIMWENEGDYYSNKAYQYTQQNFRL
260 270 280 290 300 310
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 REEVLRKIYTDQLNEEIKLVE---EDKHKSEEEKEKEIKLLKLKYDEKIKNIREEAERNI
.: :.. : .:.. : : . ..:.:. . : : :
CCDS75 KELQERQVSQGQGSEDVPGEESWLEGLSQIQKESEEAHRCLLGKADL
320 330 340 350 360
280 290 300
pF1KB8 FKDVFNRIWKMLSEIWHRFLSKCKFYSS
>>CCDS34777.1 GIMAP8 gene_id:155038|Hs108|chr7 (665 aa)
initn: 605 init1: 373 opt: 470 Z-score: 410.4 bits: 85.1 E(32554): 1.5e-16
Smith-Waterman score: 504; 38.7% identity (73.5% similar) in 230 aa overlap (5-223:435-660)
10 20 30
pF1KB8 MAESEDRSLRIVLVGKTGSGKSATANTILGEEIF
: ..: :::::..:.:::::.:.::: .:
CCDS34 GEEEQRQADELLEKIESMVHQNGNKHCVFREKETLNIVLVGRSGTGKSATGNSILGSLVF
410 420 430 440 450 460
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 DSRIAAQAVTKNCQKASREWQGRDLLVVDTPG---LFDTKESLDTTCKEISRCIISSCP-
::. :: :::. :.. : :.:....:::::. ..:.... . .:..::. : :
CCDS34 TSRLRAQPVTKTSQSGRRTWDGQEVVVVDTPSFNQMLDVEKDPSRLEEEVKRCL-SCCEK
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