Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8723
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8723, 509 aa
1>>>pF1KB8723 509 - 509 aa - 509 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8085+/-0.000929; mu= 15.6081+/- 0.056
mean_var=75.0565+/-14.673, 0's: 0 Z-trim(106.2): 44 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.148040
statistics sampled from 8830 (8873) to 8830 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16
Scan time: 3.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13801.1 PRAME gene_id:23532|Hs108|chr22 ( 509) 3381 731.7 4.5e-211
CCDS30593.1 PRAMEF7 gene_id:441871|Hs108|chr1 ( 474) 1114 247.5 2.4e-65
CCDS72709.1 PRAMEF8 gene_id:391002|Hs108|chr1 ( 474) 1109 246.5 5e-65
CCDS30594.1 PRAMEF6 gene_id:440561|Hs108|chr1 ( 476) 1109 246.5 5e-65
CCDS72708.1 PRAMEF5 gene_id:343068|Hs108|chr1 ( 476) 1106 245.8 7.9e-65
CCDS72704.1 PRAMEF27 gene_id:101929983|Hs108|chr1 ( 478) 1106 245.8 7.9e-65
CCDS76108.1 PRAMEF9 gene_id:343070|Hs108|chr1 ( 478) 1105 245.6 9.1e-65
CCDS44059.1 PRAMEF15 gene_id:653619|Hs108|chr1 ( 478) 1105 245.6 9.1e-65
CCDS76106.1 PRAMEF26 gene_id:645359|Hs108|chr1 ( 478) 1096 243.7 3.5e-64
CCDS81265.1 PRAMEF25 gene_id:441873|Hs108|chr1 ( 478) 1096 243.7 3.5e-64
CCDS41254.1 PRAMEF12 gene_id:390999|Hs108|chr1 ( 483) 1096 243.7 3.5e-64
CCDS30592.1 PRAMEF4 gene_id:400735|Hs108|chr1 ( 478) 1094 243.3 4.7e-64
CCDS53268.2 PRAMEF11 gene_id:440560|Hs108|chr1 ( 478) 1079 240.1 4.3e-63
CCDS41265.1 PRAMEF20 gene_id:645425|Hs108|chr1 ( 475) 1043 232.4 8.8e-61
CCDS41255.1 PRAMEF10 gene_id:343071|Hs108|chr1 ( 474) 778 175.8 9.6e-44
CCDS41264.1 PRAMEF17 gene_id:391004|Hs108|chr1 ( 474) 761 172.1 1.2e-42
CCDS76109.1 PRAMEF14 gene_id:729528|Hs108|chr1 ( 474) 760 171.9 1.4e-42
CCDS148.1 PRAMEF1 gene_id:65121|Hs108|chr1 ( 474) 746 168.9 1.1e-41
CCDS149.1 PRAMEF2 gene_id:65122|Hs108|chr1 ( 474) 726 164.7 2.1e-40
CCDS6432.1 LRRC14 gene_id:9684|Hs108|chr8 ( 493) 500 116.4 7.4e-26
CCDS47184.1 LRRC14B gene_id:389257|Hs108|chr5 ( 514) 442 104.0 4.1e-22
>>CCDS13801.1 PRAME gene_id:23532|Hs108|chr22 (509 aa)
initn: 3381 init1: 3381 opt: 3381 Z-score: 3902.9 bits: 731.7 E(32554): 4.5e-211
Smith-Waterman score: 3381; 99.8% identity (99.8% similar) in 509 aa overlap (1-509:1-509)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MERRRLRGSIQSRYISMSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPRELFPPLFMAA
:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MERRRLWGSIQSRYISMSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPRELFPPLFMAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FDGRHSQTLKAMVQAWPFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FDGRHSQTLKAMVQAWPFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWKLQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VLDLRKNSHQDFWTVWSGNRASLYSFPEPEAAQPMTKKRKVDGLSTEAEQPFIPVEVLVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VLDLRKNSHQDFWTVWSGNRASLYSFPEPEAAQPMTKKRKVDGLSTEAEQPFIPVEVLVD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LFLKEGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LFLKEGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLEV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TCTWKLPTLAKFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQCLQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TCTWKLPTLAKFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQCLQA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LYVDSLFFLRGRLDQLLRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLSGVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LYVDSLFFLRGRLDQLLRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLSGVM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 LTDVSPEPLQALLERASATLQDLVFDECGITDDQLLALLPSLSHCSQLTTLSFYGNSISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LTDVSPEPLQALLERASATLQDLVFDECGITDDQLLALLPSLSHCSQLTTLSFYGNSISI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 SALQSLLQHLIGLSNLTHVLYPVPLESYEDIHGTLHLERLAYLHARLRELLCELGRPSMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SALQSLLQHLIGLSNLTHVLYPVPLESYEDIHGTLHLERLAYLHARLRELLCELGRPSMV
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB8 WLSANPCPHCGDRTFYDPEPILCPCFMPN
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 WLSANPCPHCGDRTFYDPEPILCPCFMPN
490 500
>>CCDS30593.1 PRAMEF7 gene_id:441871|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 1305 init1: 942 opt: 1114 Z-score: 1286.7 bits: 247.5 E(32554): 2.4e-65
Smith-Waterman score: 1562; 52.7% identity (77.8% similar) in 490 aa overlap (17-505:1-474)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MERRRLRGSIQSRYISMSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPRELFPPLFMAA
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CCDS30 MSI-RAPPRLLELARQRLLRDQALAISTMEELPRELFPTLFMEA
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FDGRHSQTLKAMVQAWPFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWKLQ
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CCDS30 FSRRRCETLKTMVQAWPFTRLPLGSLMKSPHL--ESLKSVLEGVDVLLTQEVRPRQSKLQ
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB8 VLDLRKNSHQDFWTVWSGNRASLYSFPEPEAAQPMTKKRKVDGL-STEAEQPFIPVEVLV
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CCDS30 VLDLR-NVDENFCDIFSGATAS---FPE-----ALSQKQTADNCPGTGRQQPFM---VFI
110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 DLFLKEGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLE
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CCDS30 DLCLKNRTLDECLTHLLEWGKQRKGLLHVCCKELQVFGMPIHSIIEVLNMVELDCIQEVE
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 VTCTWKLPTLAKFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQCLQ
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CCDS30 VCCPWELSTLVKFAPYLGQMRNLRKLVLFNIRASACIPPDNKGQFIARFTSQFLKLDYFQ
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 ALYVDSLFFLRGRLDQLLRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLSGV
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CCDS30 NLSMHSVSFLEGHLDQLLRCLQASLEMVVMTDCLLSESDLKHLSWCPSIRQLKELDLRGV
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pF1KB8 MLTDVSPEPLQALLERASATLQDLVFDECGITDDQLLALLPSLSHCSQLTTLSFYGNSIS
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CCDS30 TLTHFSPEPLTGLLEQAVATLQTLDLEDCGIMDSQLSAILPVLSRCSQLSTFSFCGNLIS
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 ISALQSLLQHLIGLSNLTHVLYPVPLESYEDIHGTLHLERLAYLHARLRELLCELGRPSM
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CCDS30 MAALENLLRHTVGLSKLSLELYPAPLESY-DTQGALCWGRFAELGAELMNTLRDLRQPKI
390 400 410 420 430 440
480 490 500
pF1KB8 VWLSANPCPHCGDRTFYDPEPILCPCFMPN
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CCDS30 IVFCTVPCPRCGIRASYDLEPSHCLC
450 460 470
>>CCDS72709.1 PRAMEF8 gene_id:391002|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 1300 init1: 937 opt: 1109 Z-score: 1280.9 bits: 246.5 E(32554): 5e-65
Smith-Waterman score: 1557; 52.4% identity (77.8% similar) in 490 aa overlap (17-505:1-474)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MERRRLRGSIQSRYISMSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPRELFPPLFMAA
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CCDS72 MSI-RAPPRLLELARQRLLRDQALAISTMEELPRELFPTLFMEA
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FDGRHSQTLKAMVQAWPFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWKLQ
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CCDS72 FSRRRCETLKTMVQAWPFTRLPLGSLMKSPHL--ESLKSVLEGVDVLLTQEVRPRQSKLQ
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB8 VLDLRKNSHQDFWTVWSGNRASLYSFPEPEAAQPMTKKRKVDGL-STEAEQPFIPVEVLV
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CCDS72 VLDLR-NVDENFCDIFSGATAS---FPE-----ALSQKQTADNCPGTGRQQPFM---VFI
110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 DLFLKEGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLE
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CCDS72 DLCLKNRTLDECLTHLLEWGKQRKGLLHVCCKELQVFGMPIHSIIEVLNMVELDCIQEVE
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 VTCTWKLPTLAKFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQCLQ
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CCDS72 VCCPWELSTLVKFAPYLGQMRNLRKLVLFNIRASACIPPDNKGQFIARFTSQFLKLDYFQ
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 ALYVDSLFFLRGRLDQLLRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLSGV
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CCDS72 NLSMHSVSFLEGHLDQLLRCLQASLEMVVMTDCLLSESDLKHLSWCPSIRQLKELDLRGV
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360 370 380 390 400 410
pF1KB8 MLTDVSPEPLQALLERASATLQDLVFDECGITDDQLLALLPSLSHCSQLTTLSFYGNSIS
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CCDS72 TLTHFSPEPLTGLLEQVVATLQTLDLEDCGIMDSQLSAILPVLSRCSQLSTFSFCGNLIS
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pF1KB8 ISALQSLLQHLIGLSNLTHVLYPVPLESYEDIHGTLHLERLAYLHARLRELLCELGRPSM
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CCDS72 MAALENLLRHTVGLSKLSLELYPAPLESY-DTQGALCWGRFAELGAELMNTLRDLRQPKI
390 400 410 420 430 440
480 490 500
pF1KB8 VWLSANPCPHCGDRTFYDPEPILCPCFMPN
. . . :::.:: :. :: :: : :
CCDS72 IVFCTVPCPRCGIRASYDLEPSHCLC
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>>CCDS30594.1 PRAMEF6 gene_id:440561|Hs108|chr1 (476 aa)
initn: 1518 init1: 933 opt: 1109 Z-score: 1280.9 bits: 246.5 E(32554): 5e-65
Smith-Waterman score: 1524; 50.5% identity (76.3% similar) in 489 aa overlap (17-505:1-476)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MERRRLRGSIQSRYISMSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPRELFPPLFMAA
::. : :: :.::::.:::.:.:::...:: :: :::::::: :
CCDS30 MSIRTPPR-LLELAGRSLLRDQALAMSTLEELPTELFPPLFMEA
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pF1KB8 FDGRHSQTLKAMVQAWPFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWKLQ
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CCDS30 FSRRRCEALKLMVQAWPFRRLPLRPLIKMPCL--EAFQAVLDGLDALLTQGVHPRRWKLQ
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pF1KB8 VLDLRKNSHQDFWTVWSGNRASLYSFPEPEAAQPMTKKRKVDGLSTEAEQPFIPVEVLVD
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CCDS30 VLDL-QDVCENFWMVWSEAMARGCFLNAKRNKTPVQDCPRMRG-----QQPL---TVFVE
110 120 130 140 150
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pF1KB8 LFLKEGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLEV
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CCDS30 LWLKNRTLDEYLTCLLLWVKQRKDLLHLCCKKLKILGMPFRNIRSILKMVNLDCIQEVEV
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pF1KB8 TCTWKLPTLAKFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQCLQA
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CCDS30 NCKWVLPILTQFTPYLGHMRNLQKLVLSHMDVSRYVSPEQKKEIVTQFTTQFLKLCCLQK
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pF1KB8 LYVDSLFFLRGRLDQLLRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLSGVM
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CCDS30 LSMNSVSFLEGHLDQLLSCLKTSLKVLTITNCVLLESDLKHLSQCPSISQLKTLDLSGIR
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pF1KB8 LTDVSPEPLQALLERASATLQDLVFDECGITDDQLLALLPSLSHCSQLTTLSFYGNSISI
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CCDS30 LTNYSLVPLQILLEKVAATLEYLDLDDCGIIDSQVNAILPALSRCFELNTFSFCGNPISM
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 SALQSLLQHLIGLSNLTHVLYPVPLESYEDIHGTLHLERLAYLHARLRELLCELGRPSMV
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CCDS30 ATLENLLSHTIILKNLCVELYPAPRESY-DADGTLCWSRFAQIRAELMKRVRDLRHPKRI
400 410 420 430 440 450
490 500
pF1KB8 WLSANPCPHCGDRTFYDPEPILCPCFMPN
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CCDS30 LFCTDCCPDCGNRSFYDLEADQCCC
460 470
>>CCDS72708.1 PRAMEF5 gene_id:343068|Hs108|chr1 (476 aa)
initn: 1512 init1: 933 opt: 1106 Z-score: 1277.4 bits: 245.8 E(32554): 7.9e-65
Smith-Waterman score: 1521; 50.3% identity (76.3% similar) in 489 aa overlap (17-505:1-476)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MERRRLRGSIQSRYISMSVWTSPRRLVELAGQSLLKDEALAIAALELLPRELFPPLFMAA
::. : :: :.::::.:::.:.:::...:: :: :::::::: :
CCDS72 MSIRTPPR-LLELAGRSLLRDQALAMSTLEELPTELFPPLFMEA
10 20 30 40
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pF1KB8 FDGRHSQTLKAMVQAWPFTCLPLGVLMKGQHLHLETFKAVLDGLDVLLAQEVRPRRWKLQ
:. :. ..:: ::::::: ::: :.: : :.:.:::::::.::.: :.:::::::
CCDS72 FSRRRCEALKLMVQAWPFRRLPLRPLIKMPCL--EAFQAVLDGLDALLTQGVHPRRWKLQ
50 60 70 80 90 100
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pF1KB8 VLDLRKNSHQDFWTVWSGNRASLYSFPEPEAAQPMTKKRKVDGLSTEAEQPFIPVEVLVD
:::: .. ..:: ::: : . . .:. .. : .::. :.:.
CCDS72 VLDL-QDVCENFWMVWSEAMAHGCFLNAKRNKKPVQDCPRMRG-----QQPL---TVFVE
110 120 130 140 150
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pF1KB8 LFLKEGACDELFSYLIEKVKRKKNVLRLCCKKLKIFAMPMQDIKMILKMVQLDSIEDLEV
:.::. . :: .. :. ::..:..:.::::::::..::...:. :::::.:: :...::
CCDS72 LWLKNRTLDEYLTCLLLWVKQRKDLLHLCCKKLKILGMPFRNIRSILKMVNLDCIQEVEV
160 170 180 190 200 210
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pF1KB8 TCTWKLPTLAKFSPYLGQMINLRRLLLSHIHASSYISPEKEEQYIAQFTSQFLSLQCLQA
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CCDS72 NCKWVLPILTQFTPYLGHMRNLQKLVLSHMDVSRYVSPEQKKEIVTQFTTQFLKLCCLQK
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pF1KB8 LYVDSLFFLRGRLDQLLRHVMNPLETLSITNCRLSEGDVMHLSQSPSVSQLSVLSLSGVM
: ..:. ::.:.::::: . . :..:.:::: : :.:. :::: ::.:::..:.:::.
CCDS72 LSMNSVSFLEGHLDQLLSCLKTSLKVLTITNCVLLESDLKHLSQCPSISQLKTLDLSGIR
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509 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 14:56:03 2016 done: Fri Nov 4 14:56:04 2016
Total Scan time: 3.460 Total Display time: 0.100
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]