Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8717
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8717, 481 aa
1>>>pF1KB8717 481 - 481 aa - 481 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7390+/-0.000886; mu= 16.4181+/- 0.053
mean_var=84.3796+/-16.699, 0's: 0 Z-trim(108.1): 19 B-trim: 53 in 1/47
Lambda= 0.139623
statistics sampled from 9965 (9981) to 9965 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.679), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 3.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14054.1 PNPLA3 gene_id:80339|Hs108|chr22 ( 481) 3272 669.0 3.1e-192
CCDS7718.1 PNPLA2 gene_id:57104|Hs108|chr11 ( 504) 973 205.9 8.1e-53
CCDS14053.1 PNPLA5 gene_id:150379|Hs108|chr22 ( 429) 805 172.0 1.1e-42
CCDS54997.1 PNPLA1 gene_id:285848|Hs108|chr6 ( 532) 658 142.5 1.1e-33
CCDS14129.1 PNPLA4 gene_id:8228|Hs108|chrX ( 253) 539 118.3 9.7e-27
CCDS34438.1 PNPLA1 gene_id:285848|Hs108|chr6 ( 437) 481 106.8 4.9e-23
CCDS55368.1 PNPLA4 gene_id:8228|Hs108|chrX ( 166) 358 81.7 6.5e-16
CCDS47416.1 PNPLA1 gene_id:285848|Hs108|chr6 ( 446) 295 69.3 9.5e-12
>>CCDS14054.1 PNPLA3 gene_id:80339|Hs108|chr22 (481 aa)
initn: 3272 init1: 3272 opt: 3272 Z-score: 3564.8 bits: 669.0 E(32554): 3.1e-192
Smith-Waterman score: 3272; 99.8% identity (100.0% similar) in 481 aa overlap (1-481:1-481)
10 20 30 40 50 60
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CCDS14 MYDAERGWSLSFAGCGFLGFYHVGATRCLSEHAPHLLRDARMLFGASAGALHCVGVLSGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PLEQTLQVLSDLVRKARSRNIGIFHPSFNLSKFLRQGLCKCLPANVHQLISGKIGISLTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PLEQTLQVLSDLVRKARSRNIGIFHPSFNLSKFLRQGLCKCLPANVHQLISGKIGISLTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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CCDS14 VSDGENVLVSDFRSKDEVVDALVCSCFIPFYSGLIPPSFRGVRYVDGGVSDNVPFIDAKT
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190 200 210 220 230 240
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CCDS14 TITVSPFYGEYDICPKVKSTNFLHVDITKLSLRLCTGNLYLLSRAFVPPDLKVLGEICLR
190 200 210 220 230 240
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CCDS14 GYLDAFRFLEEKGICNRPQPGLKSSSEGMDPEVAMPSWANMSLDSSPESAALAVRLEGDE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LLDHLRLSILPWDESILDTLSPRLATALSEEMKDKGGYMSKICNLLPIRIMSYVMLPCTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LLDHLRLSILPWDESILDTLSPRLATALSEEMKDKGGYMSKICNLLPIRIMSYVMLPCTL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 PVESAIAIVQRLVTWLPDMPDDVLWLQWVTSQVFTRVLMCLLPASRSQMPVSSQQASPCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PVESAIAIVQRLVTWLPDMPDDVLWLQWVTSQVFTRVLMCLLPASRSQMPVSSQQASPCT
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430 440 450 460 470 480
pF1KB8 PEQDWPCWTPCSPEGCPAETKAEATPRSILRSSLNFFLGNKVPAGAEGLSTFPSFSLEKS
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CCDS14 PEQDWPCWTPCSPKGCPAETKAEATPRSILRSSLNFFLGNKVPAGAEGLSTFPSFSLEKS
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 L
:
CCDS14 L
>>CCDS7718.1 PNPLA2 gene_id:57104|Hs108|chr11 (504 aa)
initn: 1172 init1: 957 opt: 973 Z-score: 1061.7 bits: 205.9 E(32554): 8.1e-53
Smith-Waterman score: 1165; 42.8% identity (68.1% similar) in 458 aa overlap (1-456:1-429)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MYDAERGWSLSFAGCGFLGFYHVGATRCLSEHAPHLLRDARMLFGASAGALHCVGVLSGI
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CCDS77 MFPREKTWNISFAGCGFLGVYYVGVASCLREHAPFLVANATHIYGASAGALTATALVTGV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PLEQTLQVLSDLVRKARSRNIGIFHPSFNLSKFLRQGLCKCLPANVHQLISGKIGISLTR
: .. . .. ..::.: .: .:::::: :..:. : : :::. :. ::..::::::
CCDS77 CLGEAGAKFIEVSKEARKRFLGPLHPSFNLVKIIRSFLLKVLPADSHEHASGRLGISLTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VSDGENVLVSDFRSKDEVVDALVCSCFIPFYSGLIPPSFRGVRYVDGGVSDNVPFIDAKT
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CCDS77 VSDGENVIISHFNSKDELIQANVCSGFIPVYCGLIPPSLQGVRYVDGGISDNLPLYELKN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TITVSPFYGEYDICPKVKSTNFLHVDITKLSLRLCTGNLYLLSRAFVPPDLKVLGEICLR
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CCDS77 TITVSPFSGESDICPQDSSTNIHELRVTNTSIQFNLRNLYRLSKALFPPEPLVLREMCKQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 GYLDAFRFLEEKGICNRPQPGLKSSSEGMDPEVAMPSWANMSLDSSPESAALAVRLEGDE
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CCDS77 GYRDGLRFLQRNGLLNRPNPLL-----ALPP--ARPH--------GPEDKDQAV--ESAQ
250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LLDHLRLSILPWDESILDTLSPRLATALSEEMKDKGGYMSKICNLLPIRIMSYVMLPCTL
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CCDS77 AEDY---SQLPGEDHILEHLPARLNEALLEACVEPTDLLTTLSNMLPVRLATAMMVPYTL
290 300 310 320 330 340
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pF1KB8 PVESAIAIVQRLVTWLPDMPDDVLWLQWVTSQVFTRVLMCLLPASRSQMPVSSQQAS--P
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CCDS77 PLESALSFTIRLLEWLPDVPEDIRWMKEQTGSICQYLVM------RAKRKLGRHLPSRLP
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 CTPEQDWPCWTPCSPEGCPAETKAEATPRSILRSSLNFFLGNKVPAGAEGLSTFPSFSLE
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CCDS77 EQVELRRVQSLPSVPLSCAAYR--EALP-GWMRNNLSLGDALAKWEECQRQLLLGLFCTN
400 410 420 430 440 450
480
pF1KB8 KSL
CCDS77 VAFPPEALRMRAPADPAPAPADPASPQHQLAGPAPLLSTPAPEARPVIGALGL
460 470 480 490 500
>>CCDS14053.1 PNPLA5 gene_id:150379|Hs108|chr22 (429 aa)
initn: 977 init1: 786 opt: 805 Z-score: 879.8 bits: 172.0 E(32554): 1.1e-42
Smith-Waterman score: 968; 38.0% identity (67.2% similar) in 424 aa overlap (5-422:6-415)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MYDAERG-WSLSFAGCGFLGFYHVGATRCLSEHAPHLLRDARMLFGASAGALHCVGVLS
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CCDS14 MGFLEEEGRWNLSFSGAGYLGAHHVGATECLRQRAPRLLQGARRIYGSSSGALNAVSIVC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GIPLEQTLQVLSDLVRKARSRNIGIFHPSFNLSKFLRQGLCKCLPANVHQLISGKIGISL
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CCDS14 GKSVDFCCSHLLGMVGQLERLSLSILHPAYAPIEHVKQQLQDALPPDAHVLASQRLGISL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 TRVSDGENVLVSDFRSKDEVVDALVCSCFIPFYSGLIPPSFRGVRYVDGGVSDNVPFIDA
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CCDS14 TRWPDGRNFLVTDFATCDELIQALVCTLYFPFYCGLIPPEFRGERYIDGALSNNLPFADC
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 KTTITVSPFYGEYDICPKVKSTNFLHVDITKLSLRLCTGNLYLLSRAFVPPDLKVLGEIC
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CCDS14 PSTITVSPFHGTVDICPQSTSPNLHELNVFNFSFQISTENFFLGLICLIPPSLEVVADNC
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LRGYLDAFRFLEEKGICNRPQPGLKSSSEGMDPEVAMPSWANMSLDSSPESAALAVRLEG
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CCDS14 RQGYLDALRFLERRGLTKEPVLWTLVSKE--PPAPADGNW-DAGCDQRWKGG-----LSL
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 DELLDHLRLSILPWDESILDTLSPRLATALSEEMKDKGGYMSKICNLLPIRIMSYVMLPC
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CCDS14 NWKVPHVQVKDVP----NFEQLSPELEAALKKACTRDPSRWARFWHSGPGQVLTYLLLPC
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 TLPVESAIAIVQRLVTWLPDMPDDVLWLQWVTS----QVFTRVLMCLL-PASRSQMPVSS
::: : .:::.::::.: :. :.: . .::.:. :: : : :
CCDS14 TLPFEYIYFRSRRLVVWLPDVPADLWWMQGLLRNMALEVFSRTKAQLLGPISPPATRV--
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 QQASPCTPEQDWPCWTPCSPEGCPAETKAEATPRSILRSSLNFFLGNKVPAGAEGLSTFP
..:: :.
CCDS14 LETSPLQPQIAPHREELGPTHQA
410 420
>>CCDS54997.1 PNPLA1 gene_id:285848|Hs108|chr6 (532 aa)
initn: 672 init1: 646 opt: 658 Z-score: 718.5 bits: 142.5 E(32554): 1.1e-33
Smith-Waterman score: 677; 31.2% identity (57.4% similar) in 477 aa overlap (3-474:9-448)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MYDAERGWSLSFAGCGFLGFYHVGATRCLSEHAPHLLRDARMLFGASAGALHCV
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CCDS54 MEEQVFKGDPDTPHSISFSGSGFLSFYQAGAVDALRDLAPRMLETAHRFAGTSAGAVIAA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB8 GVLSGIPLEQTLQVLSDLVRKARSRNIGIFHPSFNLSKFLRQGLCKCLPANVHQLISGKI
.. :: ... :.::. : .... .: . :: .. ...:: : . :: . ... .::.
CCDS54 LAICGIEMDEYLRVLNVGVAEVKKSFLGPLSPSCKMVQMMRQFLYRVLPEDSYKVTTGKL
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120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GISLTRVSDGENVLVSDFRSKDEVVDALVCSCFIPFYSGLIPPSFRGVRYVDGGVSDNVP
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CCDS54 HVSLTRLTDGENVVVSEFTSKEELIEALYCSCFVPVYCGLIPPTYRGVRYIDGGFTGMQP
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.::.: : :. ::::. . : . . :... :. ...:. :::: .:
CCDS54 CAFWTDAITISTFSGQQDICPRDCPAIFHDFRMFNCSFQFSLENIARMTHALFPPDLVIL
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pF1KB8 GEICLRGYLDAFRFLEEKGICNRPQPGLKSSSEGMD-PEVAMPSWANMSL-DSSPESAAL
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CCDS54 HDYYYRGYEDAVLYLRRLNAVY-----LNSSSKRVIFPRVEVYCQIELALGNECPERSQP
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pF1KB8 AVRLEGDELLDHLRLSILPWDESILDTLSPRLATALSEEMKDKGGYMSKICNLLPIRIMS
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CCDS54 SLRARQAS----LEGATQPHKEWV-----PK-----GDGRGSHGPPVSQPVQTLEFTCES
300 310 320 330 340
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pF1KB8 YVMLPCTLPVESAIAIVQRLVTWLPDMPDDVLWLQWVTSQVFTRVLMCLLPASRSQMPVS
: : . :.:. : : :.. : : :. . : : . :..:.
CCDS54 PVSAPVS-PLEQPPA--QPLASSTP------LSLSGMPPVSFPAVHKPPSSTPGSSLPTP
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pF1KB8 SQQASPCTPEQDWPCWTPCSPEGCPAET---KAEATPRSILRSSLNFFLGNKVPAGAEGL
:: .:.:. .: : ::.. .: ..:: : : .: .:
CCDS54 PPGLSPLSPQQQ------VQPSGSPARSLHSQAPTSPRPSLGPST---VGAPQTLPRSSL
400 410 420 430 440
470 480
pF1KB8 STFPSFSLEKSL
:.::.
CCDS54 SAFPAQPPVEELGQEQPQAVALLVSSKPKSAVPLVHVKETVSKPYVTESPAEDSNWVNKV
450 460 470 480 490 500
>>CCDS14129.1 PNPLA4 gene_id:8228|Hs108|chrX (253 aa)
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Smith-Waterman score: 539; 35.0% identity (70.0% similar) in 243 aa overlap (9-249:5-246)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MYDAERGWSLSFAGCGFLGFYHVGATRCLSEHAPHLLRDARMLFGASAGALHCVGVLSGI
.::::.:::::.::.::. : .:. .:..:.. . :::::.: ..::
CCDS14 MKHINLSFAACGFLGIYHLGAASALCRHGKKLVKDVKAFAGASAGSL-VASVLLTA
10 20 30 40 50
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pF1KB8 P--LEQTLQVLSDLVRKARSRNIGIFHPSFNLSKFLRQGLCKCLPANVHQLISGKIGISL
: .:. : .... : ...: :.... ::.:. . :: ..:.: .... .:.
CCDS14 PEKIEECNQFTYKFAEEIRRQSFGAVTPGYDFMARLRSGMESILPPSAHELAQNRLHVSI
60 70 80 90 100 110
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CCDS14 TNAKTRENHLVSTFSSREDLIKVLLASSFVPIYAGLKLVEYKGQKWVDGGLTNALPILPV
120 130 140 150 160 170
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pF1KB8 KTTITVSPFYGEYDICPKVKSTNFLHVDITKLSLRLCTGNLYLLSRAFVPPDLKVLGEIC
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CCDS14 GRTVTISPFSGRLDISPQDKGQLDLYVNIAKQDIMLSLANLVRLNQALFPPSKRKMESLY
180 190 200 210 220 230
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pF1KB8 LRGYLDAFRFLEEKGICNRPQPGLKSSSEGMDPEVAMPSWANMSLDSSPESAALAVRLEG
:. :. .::
CCDS14 QCGFDDTVKFLLKENWFE
240 250
>>CCDS34438.1 PNPLA1 gene_id:285848|Hs108|chr6 (437 aa)
initn: 499 init1: 473 opt: 481 Z-score: 527.0 bits: 106.8 E(32554): 4.9e-23
Smith-Waterman score: 500; 30.3% identity (54.6% similar) in 390 aa overlap (90-474:1-353)
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 IPLEQTLQVLSDLVRKARSRNIGIFHPSFNLSKFLRQGLCKCLPANVHQLISGKIGISLT
. ...:: : . :: . ... .::. .:::
CCDS34 MVQMMRQFLYRVLPEDSYKVTTGKLHVSLT
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 RVSDGENVLVSDFRSKDEVVDALVCSCFIPFYSGLIPPSFRGVRYVDGGVSDNVPFIDAK
:..:::::.::.: ::.:...:: ::::.: : :::::..:::::.::: . :
CCDS34 RLTDGENVVVSEFTSKEELIEALYCSCFVPVYCGLIPPTYRGVRYIDGGFTGMQPCAFWT
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 TTITVSPFYGEYDICPKVKSTNFLHVDITKLSLRLCTGNLYLLSRAFVPPDLKVLGEICL
.::.: : :. ::::. . : . . :... :. ...:. :::: .: .
CCDS34 DAITISTFSGQQDICPRDCPAIFHDFRMFNCSFQFSLENIARMTHALFPPDLVILHDYYY
100 110 120 130 140 150
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pF1KB8 RGYLDAFRFLEEKGICNRPQPGLKSSSEGMD-PEVAMPSWANMSL-DSSPESAALAVRLE
::: :: .:.. . :.:::. . :.: . ...: . :: . ..: .
CCDS34 RGYEDAVLYLRRLNAVY-----LNSSSKRVIFPRVEVYCQIELALGNECPERSQPSLRAR
160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 GDELLDHLRLSILPWDESILDTLSPRLATALSEEMKDKGGYMSKICNLLPIRIMSYVMLP
: . . : : . :. .. ..: .:. . : . : : :
CCDS34 QASL----EGATQPHKEWV-----PK-----GDGRGSHGPPVSQPVQTLEFTCESPVSAP
210 220 230 240 250
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 CTLPVESAIAIVQRLVTWLPDMPDDVLWLQWVTSQVFTRVLMCLLPASRSQMPVSSQQAS
. :.:. : : :.. : : :. . : : . :..:. :
CCDS34 VS-PLEQPPA--QPLASSTP------LSLSGMPPVSFPAVHKPPSSTPGSSLPTPPPGLS
260 270 280 290 300
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pF1KB8 PCTPEQDWPCWTPCSPEGCPAET---KAEATPRSILRSSLNFFLGNKVPAGAEGLSTFPS
: .:.:. .: : ::.. .: ..:: : : .: .::.::.
CCDS34 PLSPQQQ------VQPSGSPARSLHSQAPTSPRPSLGPST---VGAPQTLPRSSLSAFPA
310 320 330 340 350
480
pF1KB8 FSLEKSL
CCDS34 QPPVEELGQEQPQAVALLVSSKPKSAVPLVHVKETVSKPYVTESPAEDSNWVNKVFKKNK
360 370 380 390 400 410
>>CCDS55368.1 PNPLA4 gene_id:8228|Hs108|chrX (166 aa)
initn: 358 init1: 358 opt: 358 Z-score: 399.1 bits: 81.7 E(32554): 6.5e-16
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