Result of FASTA (omim) for
pF1KB8698
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8698, 585 aa
1>>>pF1KB8698 585 - 585 aa - 585 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0369+/-0.000466; mu= -16.1958+/- 0.029
mean_var=501.2224+/-101.905, 0's: 0 Z-trim(122.2): 84 B-trim: 0 in 0/60
Lambda= 0.057287
statistics sampled from 39981 (40070) to 39981 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.765), E-opt: 0.2 (0.47), width: 16
Scan time: 10.930
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001166599 (OMIM: 610640) YTH domain-containing ( 579) 2680 236.3 2.2e-61
NP_057342 (OMIM: 610640) YTH domain-containing fam ( 579) 2680 236.3 2.2e-61
NP_001166299 (OMIM: 610640) YTH domain-containing ( 529) 2453 217.5 9e-56
NP_060268 (OMIM: 616529) YTH domain-containing fam ( 559) 1472 136.4 2.4e-31
>>NP_001166599 (OMIM: 610640) YTH domain-containing fami (579 aa)
initn: 1976 init1: 1198 opt: 2680 Z-score: 1223.2 bits: 236.3 E(85289): 2.2e-61
Smith-Waterman score: 2699; 67.6% identity (86.8% similar) in 599 aa overlap (1-584:1-579)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSATSV-DQRPKGQGNKVSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPS
:::.:. .::::::::: :::::.::::..:::::::::: :. .:.: ::: :.::
NP_001 MSASSLLEQRPKGQGNK--VQNGSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 YYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFL
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NP_001 YYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGDTAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP-FL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GQHGFNFFPGNADFSTWGTRGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLS
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NP_001 GQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 KVPGISSIEQGMTGLKIGG-DLTAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPKPT
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NP_001 KAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 SWAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLP
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NP_001 SWADIASKPAKQQPKLKTKN--GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQALV-
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB8 PQTIIQ----QPQPLIQP----PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQ
:.: : .:::. : ::..:... :: :: :: : ::: :.. ::
NP_001 -QNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSVQQ
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 QQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQNNGAGSENFGLGVVSVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNP
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NP_001 QAAQPTRWVAPRNRGSGFGHN---GVDGNGVGQSQAGSGSTPSEPHPVLEKLRSINNYNP
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 KDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFS
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NP_001 KDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFS
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 VNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDN
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NP_001 VNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNEN
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB8 KPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERN-RNKQ
:::::::::::::::::::::::::..::::::::::.::::::::::....::. :.:
NP_001 KPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQGRGK
530 540 550 560 570
>>NP_057342 (OMIM: 610640) YTH domain-containing family (579 aa)
initn: 1976 init1: 1198 opt: 2680 Z-score: 1223.2 bits: 236.3 E(85289): 2.2e-61
Smith-Waterman score: 2699; 67.6% identity (86.8% similar) in 599 aa overlap (1-584:1-579)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSATSV-DQRPKGQGNKVSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPS
:::.:. .::::::::: :::::.::::..:::::::::: :. .:.: ::: :.::
NP_057 MSASSLLEQRPKGQGNK--VQNGSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 YYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFL
::.::::: ::::::::::.:: :::::.:::.:::: :..::..:.::::::.:: ::
NP_057 YYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGDTAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP-FL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GQHGFNFFPGNADFSTWGTRGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLS
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NP_057 GQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 KVPGISSIEQGMTGLKIGG-DLTAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPKPT
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NP_057 KAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 SWAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLP
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NP_057 SWADIASKPAKQQPKLKTKN--GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQALV-
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB8 PQTIIQ----QPQPLIQP----PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQ
:.: : .:::. : ::..:... :: :: :: : ::: :.. ::
NP_057 -QNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSVQQ
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 QQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQNNGAGSENFGLGVVSVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNP
: : .:::::::::.::..: : .. :.: ..... . : :::::::..::::::
NP_057 QAAQPTRWVAPRNRGSGFGHN---GVDGNGVGQSQAGSGSTPSEPHPVLEKLRSINNYNP
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 KDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFS
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NP_057 KDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFS
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 VNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDN
:::::::::::::::.::::. :::::::::::.:.:.:::::::::.::::::::::.:
NP_057 VNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNEN
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB8 KPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERN-RNKQ
:::::::::::::::::::::::::..::::::::::.::::::::::....::. :.:
NP_057 KPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQGRGK
530 540 550 560 570
>>NP_001166299 (OMIM: 610640) YTH domain-containing fami (529 aa)
initn: 1198 init1: 1198 opt: 2453 Z-score: 1122.3 bits: 217.5 E(85289): 9e-56
Smith-Waterman score: 2472; 67.6% identity (87.0% similar) in 547 aa overlap (52-584:1-529)
30 40 50 60 70 80
pF1KB8 GSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGD
::: :.::::.::::: ::::::::::.::
NP_001 MSDSYLPSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGD
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 QPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFLGQHGFNFFPGNADFSTWGTRGS
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NP_001 TAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP-FLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSS
40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 QGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLSKVPGISSIEQGMTGLKIGG-DL
::::::::.:::.:.: ::::: :. :::..:.:.::.:.::...:.:::..::.:. ..
NP_001 QGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEV
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250
pF1KB8 TAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPKPTSWAAIARKPAKPQPKLKPKGNV
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NP_001 ASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWADIASKPAKQQPKLKTKN--
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 GIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLPPQTIIQ----QPQPLIQP----
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NP_001 GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQALV--QNIGQPTQGSPQPVGQQANNS
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360
pF1KB8 PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQQQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQNN
::..:... :: :: :: : ::: :.. ::: : .:::::::::.::..:
NP_001 PPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSVQQQAAQPTRWVAPRNRGSGFGHN-
270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 GAGSENFGLGVVSVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNPKDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDD
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NP_001 --GVDGNGVGQSQAGSGSTPSEPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDD
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAY
:::::::.::::::::::::::::::.:::::.::::::::::::::::::::.::::.
NP_001 IHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTC
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 AGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLK
:::::::::::.:.:.:::::::::.::::::::::.:::::::::::::::::::::::
NP_001 AGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLK
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580
pF1KB8 IIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERN-RNKQ
:::..::::::::::.::::::::::....::. :.:
NP_001 IIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQGRGK
500 510 520
>>NP_060268 (OMIM: 616529) YTH domain-containing family (559 aa)
initn: 1775 init1: 1214 opt: 1472 Z-score: 683.8 bits: 136.4 E(85289): 2.4e-31
Smith-Waterman score: 2659; 68.5% identity (84.7% similar) in 588 aa overlap (1-585:1-559)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSATSVD-QRPKGQGNKVSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPS
::::::: :: ::: :: :::::.::::.:.:.::::::..:.::::::: :::::. :
NP_060 MSATSVDTQRTKGQDNK--VQNGSLHQKDTVHDNDFEPYLTGQSNQSNSYPSMSDPYLSS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 YYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFL
:: :::::::::.:: :::::: :.::::::::.:::.::.. :.::.:::.:::. .
NP_060 YYPPSIGFPYSLNEAPWSTAGDPPIPYLTTYGQLSNGDHHFMHDAVFGQPGGLGNN---I
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GQHGFNFFPGNADFSTWGTRGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLS
:: ::::: : ::.::: :::::.::::::.::: ::::::: ...::: :: .::::
NP_060 YQHRFNFFPENPAFSAWGTSGSQGQQTQSSAYGSSYTYPPSSLGGTVVDGQPGFHSDTLS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 KVPGISSIEQGMTGLKIGGDLTAAVTKTVGTALSSSGMTSIAT-NSVPPVSSAAPKPTSW
:.::..:.::::.::::: :......::::...:: ..:.. . :. :. . :::::
NP_060 KAPGMNSLEQGMVGLKIG-DVSSSAVKTVGSVVSSVALTGVLSGNGGTNVNMPVSKPTSW
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 AAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLPPQ
:::: ::::::::.: :.. .::. .:::::::::.:::::.:: : ::: : . ::
NP_060 AAIASKPAKPQPKMKTKSGPVMGGG-LPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVPKAPVPQQAPSPQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 TIIQQPQPLIQPPPLVQSQLPQQQPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQQQLQNRWVAPR
. ::: . :: :: : : ::: :. :: : :.::::::
NP_060 AA-PQPQQVAQP-------LPAQPPALAQPQYQS---PQQPP----------QTRWVAPR
300 310 320 330
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pF1KB8 NRGAGFNQNNGAGSENFGLGVVSVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNPKDFDWNLKNGRV
::.:.:.:..::::.. . : :. ...:: :: ::::::::: ..::::.:.::::.:::
NP_060 NRNAAFGQSGGAGSDSNSPGNVQPNSAPS-VESHPVLEKLKAAHSYNPKEFEWNLKSGRV
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 FIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVAE
:::::::::::::::::::::::::::::::.:.: ...:::.:::::::::::::::::
NP_060 FIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDSAFRCMSSKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAE
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 MKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEV
::: :::.. :::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 MKSPVDYGTSAGVWSQDKWKGKFDVQWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEV
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580
pF1KB8 PLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRER-NRNKQ
::::::::::::...:::::::::::::::::::::..:.:: .::::
NP_060 PLEKAKQVLKIISSYKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEVVRKERQSRNKQ
520 530 540 550
585 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 14:43:09 2016 done: Fri Nov 4 14:43:11 2016
Total Scan time: 10.930 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]