Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8636
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8636, 335 aa
1>>>pF1KB8636 335 - 335 aa - 335 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5974+/-0.00104; mu= 9.8751+/- 0.062
mean_var=111.9885+/-23.357, 0's: 0 Z-trim(106.8): 168 B-trim: 182 in 2/50
Lambda= 0.121196
statistics sampled from 9007 (9196) to 9007 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16
Scan time: 2.430
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS766.1 LRRC39 gene_id:127495|Hs108|chr1 ( 335) 2182 392.5 2.5e-109
CCDS58014.1 LRRC39 gene_id:127495|Hs108|chr1 ( 339) 2066 372.2 3.3e-103
CCDS2741.1 LRRC2 gene_id:79442|Hs108|chr3 ( 371) 631 121.4 1.2e-27
CCDS81341.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1495) 421 85.0 4.1e-16
CCDS645.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1537) 421 85.1 4.2e-16
CCDS4953.2 LRRC1 gene_id:55227|Hs108|chr6 ( 524) 372 76.2 6.7e-14
CCDS34172.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1302) 377 77.3 7.6e-14
CCDS58954.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1346) 377 77.3 7.8e-14
CCDS58951.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1367) 377 77.3 7.9e-14
CCDS3990.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1371) 377 77.3 7.9e-14
CCDS58953.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1412) 377 77.3 8.1e-14
CCDS58952.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1419) 377 77.3 8.1e-14
CCDS42409.1 LRRC30 gene_id:339291|Hs108|chr18 ( 301) 359 73.7 2.1e-13
CCDS34844.1 MFHAS1 gene_id:9258|Hs108|chr8 (1052) 359 74.1 5.7e-13
CCDS55124.1 LRRD1 gene_id:401387|Hs108|chr7 ( 860) 354 73.2 8.8e-13
CCDS7112.1 RSU1 gene_id:6251|Hs108|chr10 ( 277) 325 67.8 1.2e-11
CCDS58095.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 ( 536) 318 66.7 4.8e-11
CCDS58521.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1258) 322 67.7 5.8e-11
CCDS11192.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1269) 322 67.7 5.8e-11
>>CCDS766.1 LRRC39 gene_id:127495|Hs108|chr1 (335 aa)
initn: 2182 init1: 2182 opt: 2182 Z-score: 2076.2 bits: 392.5 E(32554): 2.5e-109
Smith-Waterman score: 2182; 100.0% identity (100.0% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-335)
10 20 30 40 50 60
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10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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CCDS76 GRVILKIEKEEWKTLPSSLLKLNQLQEWQLHRTGLLKIPEFIGRFQNLIVLDLSRNTISE
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CCDS76 IPPGIGLLTRLQELILSYNKIKTVPKELSNCASLEKLELAVNRDICDLPQELSNLLKLTH
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190 200 210 220 230 240
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CCDS76 LDLSMNDFTTIPLAVLNMPALEWLDMGSNKLEQLPDTIERMQNLHTLWLQRNEITCLPQT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 ISNMKNLGTLVLSNNKLQDIPVCMEEMANLRFVNFRDNPLKLKVSLPPSEGTDEEEEREL
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CCDS76 ISNMKNLGTLVLSNNKLQDIPVCMEEMANLRFVNFRDNPLKLKVSLPPSEGTDEEEEREL
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB8 FGLQFMHTYIQESRRRADHQVNGSTTLPISINTDG
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CCDS76 FGLQFMHTYIQESRRRADHQVNGSTTLPISINTDG
310 320 330
>>CCDS58014.1 LRRC39 gene_id:127495|Hs108|chr1 (339 aa)
initn: 2064 init1: 2064 opt: 2066 Z-score: 1966.5 bits: 372.2 E(32554): 3.3e-103
Smith-Waterman score: 2066; 99.4% identity (99.4% similar) in 320 aa overlap (1-320:1-320)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MTENVVCTGAVNAVKEVWEKRIKKLNEDLKREKEFQHKLVRIWEERVSLTKLREKVTRED
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CCDS58 MTENVVCTGAVNAVKEVWEKRIKKLNEDLKREKEFQHKLVRIWEERVSLTKLREKVTRED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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CCDS58 GRVILKIEKEEWKTLPSSLLKLNQLQEWQLHRTGLLKIPEFIGRFQNLIVLDLSRNTISE
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pF1KB8 IPPGIGLLTRLQELILSYNKIKTVPKELSNCASLEKLELAVNRDICDLPQELSNLLKLTH
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CCDS58 IPPGIGLLTRLQELILSYNKIKTVPKELSNCASLEKLELAVNRDICDLPQELSNLLKLTH
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pF1KB8 LDLSMNDFTTIPLAVLNMPALEWLDMGSNKLEQLPDTIERMQNLHTLWLQRNEITCLPQT
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CCDS58 LDLSMNDFTTIPLAVLNMPALEWLDMGSNKLEQLPDTIERMQNLHTLWLQRNEITCLPQT
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CCDS58 ISNMKNLGTLVLSNNKLQDIPVCMEEMANLRFVNFRDNPLKLKVSLPPSEGTDEEEEREL
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310 320 330
pF1KB8 FGLQFMHTYIQESRRRADHQVNGSTTLPISINTDG
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CCDS58 FGLQFMHTYIQESRRRAALQFCVCHGQILTIYTCMALEI
310 320 330
>>CCDS2741.1 LRRC2 gene_id:79442|Hs108|chr3 (371 aa)
initn: 882 init1: 523 opt: 631 Z-score: 609.9 bits: 121.4 E(32554): 1.2e-27
Smith-Waterman score: 644; 34.0% identity (67.6% similar) in 318 aa overlap (10-316:39-355)
10 20 30
pF1KB8 MTENVVCTGAVNAVKEVW----EKRIKKLNEDLKREKEF
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CCDS27 DISVIRALWETRVKKHKAWQKKEVERLEKSALEKIKEEWNFVAECRRKGIPQAVYCKNGF
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB8 QHKLVRIWE--ERVSLTKLREKVTREDGR----VILKIEKEEWKTLPSSLLKLNQLQEWQ
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CCDS27 IDTSVRLLDKIERNTLTR-QSSLPKDRGKRSSAFVFELSGEHWTELPDSLKEQTHLREWY
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 LHRTGLLKIPEFIGRFQNLIVLDLSRNTISEIPPGIGLLTRLQELILSYNKIKTVPKELS
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CCDS27 ISNTLIQIIPTYIQLFQAMRILDLPKNQISHLPAEIGCLKNLKELNVGFNYLKSIPPELG
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 NCASLEKLELAVNRDICDLPQELSNLLKLTHLDLSMNDFTTIPLAVLNMPALEWLDMGSN
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CCDS27 DCENLERLDCSGNLELMELPFELSNLKQVTFVDISANKFSSVPICVLRMSNLQWLDISSN
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 KLEQLPDTIERMQNLHTLWLQRNEITCLPQTISNMKNLGTLVLSNNKLQDIPVCMEEMAN
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CCDS27 NLTDLPQDIDRLEELQSFLLYKNKLTYLPYSMLNLKKLTLLVVSGDHLVELPTALCDSST
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 -LRFVNFRDNPLKLKVSLPPSEGTDEEEERELFGLQFMHTYIQESRRRADHQVNGSTTLP
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CCDS27 PLKFVSLMDNPIDNAQCEDGNEIMESERDRQHFDKEVMKAYIEDLKERESVPSYTTKVSF
310 320 330 340 350 360
330
pF1KB8 ISINTDG
CCDS27 SLQL
370
>>CCDS81341.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1495 aa)
initn: 237 init1: 237 opt: 421 Z-score: 402.8 bits: 85.0 E(32554): 4.1e-16
Smith-Waterman score: 421; 36.7% identity (69.5% similar) in 226 aa overlap (64-289:170-391)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 EFQHKLVRIWEERVSLTKLREKVTREDGRVILKIEKEEWKTLPSSLLKLNQLQEWQLHRT
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CCDS81 TQLLNLTQLYLNDAFLEFLPANFGRLVKLRILELRENHLKTLPKSMHKLAQLERLDLGNN
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 GLLKIPEFIGRFQNLIVLDLSRNTISEIPPGIGLLTRLQELILSYNKIKTVPKELSNCAS
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CCDS81 EFGELPEVLDQIQNLRELWMDNNALQVLPGSIGKLKMLVYLDMSKNRIETVDMDISGCEA
200 210 220 230 240 250
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 LEKLELAVNRDICDLPQELSNLLKLTHLDLSMNDFTTIPLAVLNMPALEWLDMGSNKLEQ
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CCDS81 LEDLLLSSNM-LQQLPDSIGLLKKLTTLKVDDNQLTMLPNTIGNLSLLEEFDCSCNELES
260 270 280 290 300 310
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 LPDTIERMQNLHTLWLQRNEITCLPQTISNMKNLGTLVLSNNKLQDIPVCMEEMANLRFV
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CCDS81 LPSTIGYLHSLRTLAVDENFLPELPREIGSCKNVTVMSLRSNKLEFLPEEIGQMQKLRVL
320 330 340 350 360 370
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pF1KB8 NFRDNPLKLKVSLPPSEGTDEEEERELFGLQFMHTYIQESRRRADHQVNGSTTLPISINT
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CCDS81 NLSDNRLK---NLPFSFTKLKELAALWLSDNQSKALIPLQTEAHPETKQRVLTNYMFPQQ
380 390 400 410 420 430
>>CCDS645.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1537 aa)
initn: 237 init1: 237 opt: 421 Z-score: 402.6 bits: 85.1 E(32554): 4.2e-16
Smith-Waterman score: 421; 36.7% identity (69.5% similar) in 226 aa overlap (64-289:165-386)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 EFQHKLVRIWEERVSLTKLREKVTREDGRVILKIEKEEWKTLPSSLLKLNQLQEWQLHRT
::...... ::::.:. :: ::.. .: .
CCDS64 TQLLNLTQLYLNDAFLEFLPANFGRLVKLRILELRENHLKTLPKSMHKLAQLERLDLGNN
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 GLLKIPEFIGRFQNLIVLDLSRNTISEIPPGIGLLTRLQELILSYNKIKTVPKELSNCAS
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CCDS64 EFGELPEVLDQIQNLRELWMDNNALQVLPGSIGKLKMLVYLDMSKNRIETVDMDISGCEA
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pF1KB8 LEKLELAVNRDICDLPQELSNLLKLTHLDLSMNDFTTIPLAVLNMPALEWLDMGSNKLEQ
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CCDS64 LEDLLLSSNM-LQQLPDSIGLLKKLTTLKVDDNQLTMLPNTIGNLSLLEEFDCSCNELES
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pF1KB8 LPDTIERMQNLHTLWLQRNEITCLPQTISNMKNLGTLVLSNNKLQDIPVCMEEMANLRFV
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CCDS64 LPSTIGYLHSLRTLAVDENFLPELPREIGSCKNVTVMSLRSNKLEFLPEEIGQMQKLRVL
320 330 340 350 360 370
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 NFRDNPLKLKVSLPPSEGTDEEEERELFGLQFMHTYIQESRRRADHQVNGSTTLPISINT
:. :: :: .:: :
CCDS64 NLSDNRLK---NLPFSFTKLKELAALWLSDNQSKALIPLQTEAHPETKQRVLTNYMFPQQ
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>>CCDS4953.2 LRRC1 gene_id:55227|Hs108|chr6 (524 aa)
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Smith-Waterman score: 372; 33.5% identity (67.0% similar) in 227 aa overlap (48-270:23-242)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 WEKRIKKLNEDLKREKEFQHKLVRIWEERVSLTKLREKVTREDGRVI--LKIEKEEWKTL
::. . :.. : .: . : .. .. . :
CCDS49 MFHCIPLWRCNRHVESIDKRHCSLVYVPEEIYRY-ARSLEELLLDANQLREL
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pF1KB8 PSSLLKLNQLQEWQLHRTGLLKIPEFIGRFQNLIVLDLSRNTISEIPPGIGLLTRLQELI
: ....: .:.. : . . ..: :. :..:. ::.::: : ::: .:.. ::
CCDS49 PEQFFQLVKLRKLGLSDNEIQRLPPEIANFMQLVELDVSRNEIPEIPESISFCKALQVAD
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pF1KB8 LSYNKIKTVPKELSNCASLEKLELAVNRDIC--DLPQELSNLLKLTHLDLSMNDFTTIPL
.: : . .:. . . .: :.:: :: .::....:: .:. :.: : .: .:
CCDS49 FSGNPLTRLPESFPELQNLTC--LSVN-DISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTYLPD
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pF1KB8 AVLNMPALEWLDMGSNKLEQLPDTIERMQNLHTLWLQRNEITCLPQTISNMKNLGTLVLS
.. .. :: ::.:.:.. .::..: . .:. :::. :... ::: :.:.::: : .:
CCDS49 SLTQLRRLEELDLGNNEIYNLPESIGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDVS
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pF1KB8 NNKLQDIPVCMEEMANLRFVNFRDNPLKLKVSLPPSEGTDEEEERELFGLQFMHTYIQES
.:.:. .: ::...:
CCDS49 ENRLERLP---EEISGLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAV
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>>CCDS34172.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1302 aa)
initn: 350 init1: 227 opt: 377 Z-score: 362.1 bits: 77.3 E(32554): 7.6e-14
Smith-Waterman score: 377; 31.4% identity (68.1% similar) in 226 aa overlap (64-289:165-386)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 EFQHKLVRIWEERVSLTKLREKVTREDGRVILKIEKEEWKTLPSSLLKLNQLQEWQLHRT
::...... : ::... .:.::.. .: .
CCDS34 SQLLNLTQLYLNDAFLEFLPANFGRLTKLQILELRENQLKMLPKTMNRLTQLERLDLGSN
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 GLLKIPEFIGRFQNLIVLDLSRNTISEIPPGIGLLTRLQELILSYNKIKTVPKELSNCAS
. ..:: . ....: . .. : .. :: :: : .: : .: :.:. : . .:.: .
CCDS34 EFTEVPEVLEQLSGLKEFWMDANRLTFIPGFIGSLKQLTYLDVSKNNIEMVEEGISTCEN
200 210 220 230 240 250
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pF1KB8 LEKLELAVNRDICDLPQELSNLLKLTHLDLSMNDFTTIPLAVLNMPALEWLDMGSNKLEQ
:. : :. : .. .::. ...: ..: : .. :.. .: .. .. ..: :: . :..:
CCDS34 LQDLLLSSN-SLQQLPETIGSLKNITTLKIDENQLMYLPDSIGGLISVEELDCSFNEVEA
260 270 280 290 300 310
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pF1KB8 LPDTIERMQNLHTLWLQRNEITCLPQTISNMKNLGTLVLSNNKLQDIPVCMEEMANLRFV
::..: .. ::.:. ..: . :: :.. ::. .: : .:::. .: : .: .:. .
CCDS34 LPSSIGQLTNLRTFAADHNYLQQLPPEIGSWKNITVLFLHSNKLETLPEEMGDMQKLKVI
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pF1KB8 NFRDNPLKLKVSLPPSEGTDEEEERELFGLQFMHTYIQESRRRADHQVNGSTTLPISINT
:. :: :: .:: :
CCDS34 NLSDNRLK---NLPFSFTKLQQLTAMWLSDNQSKPLIPLQKETDSETQKMVLTNYMFPQQ
380 390 400 410 420 430
>>CCDS58954.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1346 aa)
initn: 350 init1: 227 opt: 377 Z-score: 361.9 bits: 77.3 E(32554): 7.8e-14
Smith-Waterman score: 377; 31.4% identity (68.1% similar) in 226 aa overlap (64-289:165-386)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 EFQHKLVRIWEERVSLTKLREKVTREDGRVILKIEKEEWKTLPSSLLKLNQLQEWQLHRT
::...... : ::... .:.::.. .: .
CCDS58 SQLLNLTQLYLNDAFLEFLPANFGRLTKLQILELRENQLKMLPKTMNRLTQLERLDLGSN
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 GLLKIPEFIGRFQNLIVLDLSRNTISEIPPGIGLLTRLQELILSYNKIKTVPKELSNCAS
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CCDS58 EFTEVPEVLEQLSGLKEFWMDANRLTFIPGFIGSLKQLTYLDVSKNNIEMVEEGISTCEN
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pF1KB8 LEKLELAVNRDICDLPQELSNLLKLTHLDLSMNDFTTIPLAVLNMPALEWLDMGSNKLEQ
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