Result of FASTA (omim) for
pF1KB8598
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8598, 776 aa
1>>>pF1KB8598 776 - 776 aa - 776 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2715+/-0.000492; mu= 15.5451+/- 0.031
mean_var=82.8876+/-16.066, 0's: 0 Z-trim(109.1): 78 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.140874
statistics sampled from 17221 (17299) to 17221 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.54), E-opt: 0.2 (0.203), width: 16
Scan time: 11.210
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003583 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens] ( 776) 5030 1033.0 0
XP_011514933 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0 0
XP_011514934 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0 0
XP_011514932 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0 0
XP_011514931 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0 0
XP_005250117 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 5030 1033.0 0
XP_016868212 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 455) 2906 601.2 3.1e-171
NP_003582 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Homo ( 745) 1613 338.5 6.2e-92
XP_011518049 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 745) 1613 338.5 6.2e-92
NP_001185706 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Ho ( 745) 1613 338.5 6.2e-92
NP_001185708 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform b [Ho ( 758) 1613 338.5 6.3e-92
NP_001185707 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform a [Ho ( 764) 1613 338.5 6.3e-92
XP_011518047 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808) 1613 338.5 6.6e-92
XP_011518045 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808) 1613 338.5 6.6e-92
XP_011518046 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808) 1613 338.5 6.6e-92
NP_001311305 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform e [Ho ( 614) 1541 323.8 1.3e-87
NP_001311304 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform d [Ho ( 682) 1539 323.5 1.9e-87
XP_011529702 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 717) 874 188.3 9.8e-47
NP_001073341 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 895) 874 188.3 1.2e-46
NP_001317553 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 900) 874 188.3 1.2e-46
NP_003579 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isoform ( 913) 874 188.4 1.2e-46
XP_011529703 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 701) 864 186.3 3.9e-46
XP_011529701 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 719) 864 186.3 4e-46
XP_006724847 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 902) 864 186.3 4.9e-46
XP_005262538 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 915) 864 186.3 5e-46
NP_001265442 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [H ( 659) 830 179.4 4.5e-44
NP_003580 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [Homo ( 659) 830 179.4 4.5e-44
XP_011535825 (OMIM: 603137) PREDICTED: cullin-4A i ( 659) 830 179.4 4.5e-44
NP_001265443 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 3 [H ( 667) 830 179.4 4.5e-44
NP_001008895 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 1 [H ( 759) 830 179.4 5e-44
NP_001244126 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 702) 615 135.7 6.7e-31
XP_011510298 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 704) 615 135.7 6.7e-31
XP_011510296 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 719) 615 135.7 6.9e-31
XP_011510297 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 754) 615 135.7 7.2e-31
XP_006712863 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 757) 615 135.7 7.2e-31
NP_003581 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 1 ( 768) 615 135.7 7.3e-31
NP_001244127 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 774) 615 135.7 7.3e-31
XP_005271739 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 721) 524 117.2 2.5e-25
XP_016873852 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 742) 521 116.6 4e-25
NP_003469 (OMIM: 601741) cullin-5 [Homo sapiens] ( 780) 521 116.6 4.2e-25
XP_011541315 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 396) 492 110.6 1.4e-23
XP_016873854 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 519) 221 55.5 6.6e-07
XP_016873853 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 519) 221 55.5 6.6e-07
NP_037498 (OMIM: 606946) anaphase-promoting comple ( 822) 198 50.9 2.5e-05
NP_055595 (OMIM: 273750,609577) cullin-7 isoform 2 (1698) 186 48.6 0.00026
XP_016867026 (OMIM: 273750,609577) PREDICTED: cull (1730) 186 48.6 0.00026
XP_005249560 (OMIM: 273750,609577) PREDICTED: cull (1750) 186 48.6 0.00027
NP_001161842 (OMIM: 273750,609577) cullin-7 isofor (1782) 186 48.6 0.00027
XP_016867023 (OMIM: 273750,609577) PREDICTED: cull (1791) 186 48.6 0.00027
XP_011513323 (OMIM: 273750,609577) PREDICTED: cull ( 989) 180 47.3 0.00037
>>NP_003583 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens] (776 aa)
initn: 5030 init1: 5030 opt: 5030 Z-score: 5524.4 bits: 1033.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5030; 99.9% identity (100.0% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVL
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550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDE
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670 680 690 700 710 720
pF1KB8 VELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK
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730 740 750 760 770
pF1KB8 MRKVLRHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA
730 740 750 760 770
>>XP_011514933 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 isofor (776 aa)
initn: 5030 init1: 5030 opt: 5030 Z-score: 5524.4 bits: 1033.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5030; 99.9% identity (100.0% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
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pF1KB8 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
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190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
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pF1KB8 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
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310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
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pF1KB8 NDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPE
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pF1KB8 LLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB8 SSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDE
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670 680 690 700 710 720
pF1KB8 VELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK
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XP_011 MRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA
730 740 750 760 770
>>XP_011514934 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 isofor (776 aa)
initn: 5030 init1: 5030 opt: 5030 Z-score: 5524.4 bits: 1033.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5030; 99.9% identity (100.0% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
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XP_011 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
10 20 30 40 50 60
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pF1KB8 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
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XP_011 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
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pF1KB8 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
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190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
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pF1KB8 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
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370 380 390 400 410 420
pF1KB8 NDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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>>XP_005250117 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 isofor (776 aa)
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XP_005 SDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVL
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XP_005 SSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYT
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XP_005 LQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDE
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XP_005 VELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK
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>>XP_016868212 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 isofor (455 aa)
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XP_016 AQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLA
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pF1KB8 TNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVL
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XP_016 TNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::
XP_016 YSYLA
>>NP_003582 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Homo sapi (745 aa)
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. .:. :. : . :. : . . .. . . .. .: :.. .
NP_003 MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPE--
10 20 30 40 50
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pF1KB8 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
: .: .:: . : ::.:.. .: : . .:.:: .:
NP_003 -------P---------------LGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLE-SEEQVLVMYH
60 70 80
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. ::.: .. .. . ::: ..... : : : :. .:: ::: ::
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pF1KB8 RVDGEKDTYSYLA
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XP_011 RSQASADEYSYVA
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]