Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8594
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8594, 480 aa
1>>>pF1KB8594 480 - 480 aa - 480 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1703+/-0.000898; mu= 10.8108+/- 0.054
mean_var=140.5290+/-27.967, 0's: 0 Z-trim(110.6): 14 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.108191
statistics sampled from 11747 (11756) to 11747 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16
Scan time: 2.980
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47211.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 480) 3259 520.2 1.9e-147
CCDS34162.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 473) 3199 510.8 1.2e-144
CCDS82998.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 493) 2102 339.6 4.5e-93
CCDS56368.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 302) 2005 324.3 1.1e-88
CCDS47212.2 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 465) 1939 314.2 1.9e-85
CCDS528.1 GPBP1L1 gene_id:60313|Hs108|chr1 ( 474) 571 100.6 3.7e-21
>>CCDS47211.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (480 aa)
initn: 3259 init1: 3259 opt: 3259 Z-score: 2760.6 bits: 520.2 E(32554): 1.9e-147
Smith-Waterman score: 3259; 100.0% identity (100.0% similar) in 480 aa overlap (1-480:1-480)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKVLTSSLKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKVLTSSLKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 DSAIGRPNGGNFGRKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DSAIGRPNGGNFGRKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEYEREPNHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEYEREPNHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRML
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTGPSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTGPSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPSTNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPSTNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 RTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 QENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 EFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
430 440 450 460 470 480
>>CCDS34162.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (473 aa)
initn: 3082 init1: 3082 opt: 3199 Z-score: 2710.1 bits: 510.8 E(32554): 1.2e-144
Smith-Waterman score: 3199; 98.5% identity (98.5% similar) in 480 aa overlap (1-480:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKVLTSSLKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTK-------SSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 DSAIGRPNGGNFGRKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DSAIGRPNGGNFGRKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHEN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEYEREPNHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEYEREPNHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRML
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTGPSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTGPSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPSTNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPSTNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRM
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 RTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIP
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 QENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMR
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 EFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
420 430 440 450 460 470
>>CCDS82998.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (493 aa)
initn: 2252 init1: 2098 opt: 2102 Z-score: 1784.5 bits: 339.6 E(32554): 4.5e-93
Smith-Waterman score: 3149; 94.6% identity (94.6% similar) in 500 aa overlap (1-480:1-493)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKVLTSSLKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTK-------SSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 DSAIGRPNGGNFGRKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DSAIGRPNGGNFGRKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHEN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KB8 NIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEYEREPNHNKSLAAGVW--------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEYEREPNHNKSLAAGVWGLHAQTHTYPTKKI
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 ------EYPPNPKSRAPRMLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTGPSVYKGLVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SQAPLLEYPPNPKSRAPRMLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTGPSVYKGLVP
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 KPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPSTNSVKECNRSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPSTNSVKECNRSN
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 SSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHN
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 SNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMG
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 WQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNSTFKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 WQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNSTFKP
420 430 440 450 460 470
470 480
pF1KB8 TTENDDTETSSSDTSDDDDV
::::::::::::::::::::
CCDS82 TTENDDTETSSSDTSDDDDV
480 490
>>CCDS56368.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (302 aa)
initn: 2005 init1: 2005 opt: 2005 Z-score: 1705.6 bits: 324.3 E(32554): 1.1e-88
Smith-Waterman score: 2005; 100.0% identity (100.0% similar) in 302 aa overlap (179-480:1-302)
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 PEYEREPNHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRMLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKN
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKN
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 GTGPSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GTGPSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSP
40 50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 STNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 STNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAG
100 110 120 130 140 150
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 SEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSS
160 170 180 190 200 210
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 LEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDF
220 230 240 250 260 270
450 460 470 480
pF1KB8 KFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
280 290 300
>>CCDS47212.2 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (465 aa)
initn: 1976 init1: 1915 opt: 1939 Z-score: 1647.3 bits: 314.2 E(32554): 1.9e-85
Smith-Waterman score: 3117; 96.9% identity (96.9% similar) in 480 aa overlap (1-480:1-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKVLTSSLKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKVLTSSLKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 DSAIGRPNGGNFGRKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DSAIGRPNGGNFGRKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEYEREPNHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEYEREPNHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRML
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTGPSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTGPSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPSTNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS47 VGTSFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPSTNSVKE---------------QPRLTKLTRM
250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 RTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIP
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 QENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMR
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 EFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
410 420 430 440 450 460
>>CCDS528.1 GPBP1L1 gene_id:60313|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 757 init1: 277 opt: 571 Z-score: 493.2 bits: 100.6 E(32554): 3.7e-21
Smith-Waterman score: 1006; 40.1% identity (64.0% similar) in 509 aa overlap (1-478:1-471)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKVLTSSLKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
::::::.:::::: :: :. . . .::::.:.. :.:. :.::::::::::
CCDS52 MAQHDFVPAWLNFSTPQSAKS-------PTATFEKHGEHLPRGEGRFGVSRRRHNSSDGF
10 20 30 40 50
70 80 90
pF1KB8 ---------------------DSA-IGRPNGGNFG-RKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGY
::. : .:. : . .::.. .: : .....:.:
CCDS52 FNNGPLRTAGDSWHQPSLFRHDSVDSGVSKGAYAGITGNPSGWHSSSR-GHDGMSQRSGG
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 HGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHENNIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEY--EREP
:. : .. ::. :. ...:. . . .:::: :. ::: ::::::::: ...:
CCDS52 GTGNHRHWNGSFHSRKGCAFQEKPPMEIREEKKEDKVEKLQFEEEDFPSLNPEAGKQHQP
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 NHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRMLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTG----
. . .:::: ::. : . .:::::: . .: ..: .. . :.. ::.
CCDS52 CRPIGTPSGVWENPPSAK-QPSKMLVIKKVSKED-PAAAFSAAFTSPGSHHANGNKLSSV
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB8 -PSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGT-SFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPS
:::::.:::::. ::.::. ::.. :.: :. : .::.: .. ... : .. . .
CCDS52 VPSVYKNLVPKPVPPPSKPNAWKANRMEHKSGSLSSSRESAF-TSPISVTKPVVLASGAA
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 TNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGS
.: :: . :... :.. .. ::::::: ::.::::::.:: :: . :.
CCDS52 LSSPKE-SPSSTTPPIE--ISSSRLTKLTRRTTDRKSEFLKTLKDDRNGDFSEN------
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 EKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSL
.: :... ..::: . :.:::. . :. . . . .::: ::
CCDS52 -RDCDKLEDLEDNSTPE-------------PKENGEEGC-HQNGLALPVVEEGEVLSHSL
350 360 370 380
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 EAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFK
:::::::: ::::: ::::.: ::::::..::.. .:::..::. :::.:.. .
CCDS52 EAEHRLLKAMGWQEYPENDENCLPLTEDELKEFHMKTEQLRRNGFGKNGFLQSR--SSSL
390 400 410 420 430 440
450 460 470 480
pF1KB8 FGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
:.::. :: : :..:::::::.:::::
CCDS52 FSPWR-STCKAEFEDSDTETSSSETSDDDAWK
450 460 470
480 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 13:38:30 2016 done: Fri Nov 4 13:38:30 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]