Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8576
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8576, 186 aa
1>>>pF1KB8576 186 - 186 aa - 186 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2130+/-0.000957; mu= 13.5920+/- 0.058
mean_var=89.9595+/-20.449, 0's: 0 Z-trim(106.0): 129 B-trim: 303 in 1/49
Lambda= 0.135223
statistics sampled from 8589 (8754) to 8589 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 1.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3 ( 186) 1215 246.9 5.5e-66
CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 ( 181) 467 100.9 4.5e-22
CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 ( 181) 463 100.2 7.8e-22
CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 ( 175) 443 96.2 1.1e-20
CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 ( 180) 436 94.9 3e-20
CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 ( 180) 423 92.3 1.7e-19
CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10 ( 179) 422 92.1 2e-19
CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10 ( 182) 421 92.0 2.3e-19
CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 ( 179) 420 91.8 2.6e-19
CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 574) 422 92.6 4.5e-19
CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 181) 411 90.0 8.8e-19
CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 ( 184) 401 88.1 3.4e-18
CCDS5359.1 ARL4A gene_id:10124|Hs108|chr7 ( 200) 382 84.4 4.8e-17
CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 ( 142) 367 81.3 2.8e-16
CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 569) 358 80.2 2.6e-15
CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17 ( 179) 350 78.1 3.3e-15
CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13 ( 196) 348 77.8 4.7e-15
CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3 ( 192) 343 76.8 9e-15
CCDS3986.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 546) 341 76.8 2.5e-14
CCDS73510.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 135) 332 74.5 3.1e-14
CCDS2925.1 ARL13B gene_id:200894|Hs108|chr3 ( 428) 336 75.7 4.1e-14
CCDS2566.1 ARL8B gene_id:55207|Hs108|chr3 ( 186) 326 73.4 8.8e-14
CCDS2512.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 192) 318 71.9 2.7e-13
CCDS63169.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 201) 318 71.9 2.7e-13
CCDS1421.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1 ( 186) 315 71.3 3.9e-13
CCDS11463.1 ARL4D gene_id:379|Hs108|chr17 ( 201) 300 68.4 3.1e-12
CCDS4177.1 SAR1B gene_id:51128|Hs108|chr5 ( 198) 295 67.4 6.1e-12
CCDS7298.1 SAR1A gene_id:56681|Hs108|chr10 ( 198) 294 67.2 7e-12
CCDS13533.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 201) 282 64.9 3.6e-11
>>CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3 (186 aa)
initn: 1215 init1: 1215 opt: 1215 Z-score: 1298.2 bits: 246.9 E(32554): 5.5e-66
Smith-Waterman score: 1215; 99.5% identity (100.0% similar) in 186 aa overlap (1-186:1-186)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGLLDRLSVLLGLKKKEVHALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKFKS
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CCDS29 MGLLDRLSVLLGLKKKEVHVLCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKFKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDIKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 SSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDIKH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 RRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQDQ
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IQTVKT
::::::
CCDS29 IQTVKT
>>CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 (181 aa)
initn: 475 init1: 229 opt: 467 Z-score: 509.7 bits: 100.9 E(32554): 4.5e-22
Smith-Waterman score: 467; 41.9% identity (75.4% similar) in 179 aa overlap (7-185:9-181)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGLLDRLSVLLGLKKKEVHALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKF
:. :.: :::.. : .::: .:::::. ::: .. . .:::::..:
CCDS87 MGNIFGNLLKSLIG--KKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTT--IPTIGFNVETV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KSSSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDI
. ...::::.:..:: . : ::.::... :..:::.::.:: :. :.::: .: . ..
CCDS87 EYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 KHRRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQ
: .: ::::.:: .:........ : :.... . :.: :. : .:.:: ::.:::
CCDS87 --RDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLA
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB8 DQIQTVKT
.:... :
CCDS87 NQLKNKK
180
>>CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 (181 aa)
initn: 475 init1: 229 opt: 463 Z-score: 505.5 bits: 100.2 E(32554): 7.8e-22
Smith-Waterman score: 463; 42.1% identity (76.6% similar) in 171 aa overlap (15-185:15-181)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGLLDRLSVLLGLKKKEVHALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKFKS
:::.. : .::: .:::::. ::: .. . .:::::..: .
CCDS15 MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTT--IPTIGFNVETVEY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDIKH
...::::.:..:: . : ::.::... :..:::.::.:: :. :.::: .: . ..
CCDS15 KNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDEL--
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQDQ
: .: ::::.:: .:........ : :.... . :.: :. : .:.:: ::.:::..:
CCDS15 RDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQ
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 IQTVKT
... :
CCDS15 LRNQK
180
>>CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 (175 aa)
initn: 458 init1: 222 opt: 443 Z-score: 484.6 bits: 96.2 E(32554): 1.1e-20
Smith-Waterman score: 443; 41.8% identity (70.6% similar) in 177 aa overlap (7-183:5-175)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGLLDRLSVLLGLKKKEVHALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKFKS
:: ..: .::.. : :::: .:::::. ::: .:: . .::.::..:
CCDS96 MGKVLSKIFG--NKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKL--GQSVTTIPTVGFNVETVTY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDIKH
....:.:.:..:: . : ::.::: :..:::.: .:: :. :..:: ..: : .
CCDS96 KNVKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIIN--DREM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQDQ
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CCDS96 RDAIILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSN
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 IQTVKT
..
CCDS96 YKS
>>CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 (180 aa)
initn: 467 init1: 221 opt: 436 Z-score: 477.1 bits: 94.9 E(32554): 3e-20
Smith-Waterman score: 436; 39.3% identity (73.2% similar) in 183 aa overlap (1-181:1-177)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGLL--DRLSVLLGLKKKEVHALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKF
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CCDS28 MGLTISSLFSRLFG--KKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTT--IPTIGFNVETV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KSSSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDI
. ... :::.:..:: : : ::.::... :..:::.::.:: :. . .::. .: ..
CCDS28 EYKNICFTVWDVGGQDRIRPLWKHYFQNTQGLIFVVDSNDRERIQEVADELQKMLLVDEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 KHRRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQ
: .:.::::.:: .:.. .... : :...... :.. :. : .: :: ::.:::.
CCDS28 --RDAVLLLFANKQDLPNAMAISEMTDKLGLQSLRNRTWYVQATCATQGTGLYEGLDWLS
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB8 DQIQTVKT
...
CCDS28 NELSKR
180
>>CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 (180 aa)
initn: 439 init1: 222 opt: 423 Z-score: 463.3 bits: 92.3 E(32554): 1.7e-19
Smith-Waterman score: 423; 37.2% identity (73.2% similar) in 183 aa overlap (1-181:1-177)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGLLDRLSVLLG--LKKKEVHALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKF
::: .:.:.. . ::... : .::: .:::::. ::: .. . .:::::..:
CCDS34 MGL--TVSALFSRIFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTT--IPTIGFNVETV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KSSSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDI
. ... :::.:..:: . : ::.::... :..:::.::.:: :. . .::. .:.. ..
CCDS34 EYKNICFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVQESADELQKMLQEDEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 KHRRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQ
: .: ::::.:. .:. .... : :...... :.. :. : .: :: .:.:::.
CCDS34 --RDAVLLVFANKQDMPNAMPVSELTDKLGLQHLRSRTWYVQATCATQGTGLYDGLDWLS
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB8 DQIQTVKT
..
CCDS34 HELSKR
180
>>CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10 (179 aa)
initn: 418 init1: 197 opt: 422 Z-score: 462.3 bits: 92.1 E(32554): 2e-19
Smith-Waterman score: 422; 37.9% identity (72.0% similar) in 182 aa overlap (1-181:1-176)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGLLDRLSVLLGLKKKEVH-ALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKFK
:::. .. : .: .. : .. .::::.:::::. .. ... . :::: ..:..
CCDS71 MGLI--FAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTS--PTIGSNVEEIV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SSSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDIK
.. : ..:..:: :. :. ::.. . ::.:.:: :: :....:::: .: : :.
CCDS71 VKNTHFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDL-
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 HRRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQD
:. .:.::::.:.. .:....:. : : .:::.:::: . :. :::: .:..:. .
CCDS71 -RKAAVLIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTS
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB8 QIQTVKT
.:
CCDS71 RIGVR
>>CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10 (182 aa)
initn: 403 init1: 175 opt: 421 Z-score: 461.2 bits: 92.0 E(32554): 2.3e-19
Smith-Waterman score: 421; 36.8% identity (75.1% similar) in 185 aa overlap (1-185:1-181)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGLLDRLSVLLGLKKKEVHALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKFKS
::::. : : . .::. : :::::.::::....: .. . ..: :: ::.:.. .:
CCDS75 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQL--ASEDISHITPTQGFNIKSVQS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDIKH
......:.:..:: . : :..:... . .:.::::.:: :. . .:: ::.. ..
CCDS75 QGFKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQDQ
.:.:.::::.:: :. . .... : :..:.:. :.: . .:. :::.:.:..:. .
CCDS75 --VPVLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKN
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 IQTVKT
... :
CCDS75 VNAKKK
180
>>CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 (179 aa)
initn: 403 init1: 191 opt: 420 Z-score: 460.2 bits: 91.8 E(32554): 2.6e-19
Smith-Waterman score: 420; 37.7% identity (71.6% similar) in 183 aa overlap (1-182:1-177)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGLL-DRLSVLLGLKKKEVHALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQSQNILPTIGFSIEKFK
::.: :. :.. ....: . .::::.:::::. .. : . . :::: ..:..
CCDS21 MGILFTRIWRLFNHQEHKV--IIVGLDNAGKTTILYQF--SMNEVVHTSPTIGSNVEEIV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SSSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVVAKEELDTLLNHPDIK
.. : ..:..:: :. :. :: . . .: :.::.:: :. :..::: .: : :.
CCDS21 INNTRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDL-
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 HRRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIKDKPWHICASDAIKGEGLQEGVDWLQD
:. .:.::::.:... .: ...::.: : .:::. ::: : :. :::: .:..:...
CCDS21 -RKAGLLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMS
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB8 QIQTVKT
...
CCDS21 RLKIR
>>CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 (574 aa)
initn: 403 init1: 223 opt: 422 Z-score: 455.9 bits: 92.6 E(32554): 4.5e-19
Smith-Waterman score: 422; 41.1% identity (73.8% similar) in 168 aa overlap (15-181:402-565)
10 20 30 40
pF1KB8 MGLLDRLSVLLGLKKKEVHALCLGLDNSGKTTIINKLKPSNAQS
: :.... ::::..:::::. ::: . .
CCDS39 QQFTEVADHIQLDASIPVTFTKDNRVHIGPKMEIRVVTLGLDGAGKTTILFKLKQD--EF
380 390 400 410 420
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 QNILPTIGFSIEKFKSSSLSFTVFDMSGQGRYRNLWEHYYKEGQAIIFVIDSSDRLRMVV
.. .:::::..: . ..:.::..:..:. . : ::.::: . ::..::.::: : :.
CCDS39 MQPIPTIGFNVETVEYKNLKFTIWDVGGKHKLRPLWKHYYLNTQAVVFVVDSSHRDRISE
430 440 450 460 470 480
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 AKEELDTLLNHPDIKHRRIPILFFANKMDLRDAVTSVKVSQLLCLENIK-DKPWHICASD
:. :: ::.. .. : .:.::::.:. :.. ....:: :... . :.: . :
CCDS39 AHSELAKLLTEKEL--RDALLLIFANKQDVAGALSVEEITELLSLHKLCCGRSWYIQGCD
490 500 510 520 530 540
170 180
pF1KB8 AIKGEGLQEGVDWLQDQIQTVKT
: .: :: ::.:::. :.
CCDS39 ARSGMGLYEGLDWLSRQLVAAGVLDVA
550 560 570
186 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]