Result of FASTA (omim) for
pF1KB8506
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8506, 866 aa
1>>>pF1KB8506 866 - 866 aa - 866 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4984+/-0.000388; mu= 10.5636+/- 0.024
mean_var=143.5883+/-28.562, 0's: 0 Z-trim(117.3): 131 B-trim: 371 in 1/50
Lambda= 0.107032
statistics sampled from 29132 (29266) to 29132 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.343), width: 16
Scan time: 14.320
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_057413 (OMIM: 607319) scm-like with four MBT do ( 866) 5972 934.6 0
XP_011532126 (OMIM: 607319) PREDICTED: scm-like wi ( 866) 5972 934.6 0
XP_011532127 (OMIM: 607319) PREDICTED: scm-like wi ( 866) 5972 934.6 0
XP_006713266 (OMIM: 607319) PREDICTED: scm-like wi ( 866) 5972 934.6 0
XP_005265278 (OMIM: 607319) PREDICTED: scm-like wi ( 866) 5972 934.6 0
XP_006713267 (OMIM: 607319) PREDICTED: scm-like wi ( 866) 5972 934.6 0
NP_001018049 (OMIM: 615392) scm-like with four MBT ( 894) 3268 517.1 1.5e-145
NP_001025051 (OMIM: 615392) scm-like with four MBT ( 894) 3268 517.1 1.5e-145
XP_016871955 (OMIM: 615392) PREDICTED: scm-like wi ( 894) 3268 517.1 1.5e-145
XP_011517913 (OMIM: 615392) PREDICTED: scm-like wi ( 894) 3268 517.1 1.5e-145
XP_006717553 (OMIM: 615392) PREDICTED: scm-like wi ( 725) 2563 408.1 7.3e-113
XP_005252608 (OMIM: 615392) PREDICTED: scm-like wi ( 642) 2343 374.1 1.1e-102
XP_016884469 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 408) 498 89.1 4.5e-17
XP_016884465 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 621) 498 89.2 6.3e-17
XP_011528723 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 614) 447 81.4 1.5e-14
XP_011528722 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 687) 447 81.4 1.6e-14
NP_113676 (OMIM: 611865) lethal(3)malignant brain ( 705) 447 81.4 1.6e-14
NP_056293 (OMIM: 608802) lethal(3)malignant brain ( 772) 397 73.7 3.7e-12
NP_115479 (OMIM: 608802) lethal(3)malignant brain ( 840) 397 73.7 4e-12
XP_016884467 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 495) 393 73.0 4e-12
XP_016884468 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 495) 393 73.0 4e-12
XP_016884466 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 595) 393 73.0 4.6e-12
XP_016856192 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 547) 372 69.7 4.1e-11
XP_016856191 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 547) 372 69.7 4.1e-11
XP_016856193 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 537) 353 66.8 3.1e-10
XP_016884710 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 609) 342 65.1 1.1e-09
XP_006724521 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 609) 342 65.1 1.1e-09
XP_011539342 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 523) 329 63.1 3.9e-09
XP_011539341 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 550) 329 63.1 4.1e-09
XP_016881566 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 370) 326 62.5 4.1e-09
XP_011539336 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 621) 329 63.1 4.5e-09
NP_001165690 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 648) 329 63.1 4.7e-09
XP_011539334 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 670) 329 63.2 4.8e-09
XP_006710525 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 670) 329 63.2 4.8e-09
XP_016856187 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 618) 328 63.0 5e-09
XP_006722427 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 485) 326 62.6 5.1e-09
XP_016881564 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 488) 326 62.6 5.1e-09
XP_016881565 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 488) 326 62.6 5.1e-09
XP_011524067 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 497) 326 62.6 5.2e-09
XP_011539335 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 660) 328 63.0 5.3e-09
NP_001026864 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 660) 328 63.0 5.3e-09
XP_011524065 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 521) 326 62.6 5.4e-09
XP_011524064 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 567) 326 62.6 5.8e-09
XP_016881563 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 574) 326 62.7 5.9e-09
NP_001317488 (OMIM: 617135) lethal(3)malignant bra ( 614) 326 62.7 6.2e-09
NP_775735 (OMIM: 617135) lethal(3)malignant brain ( 623) 326 62.7 6.2e-09
XP_011524063 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 623) 326 62.7 6.2e-09
XP_011524062 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 642) 326 62.7 6.4e-09
XP_011524059 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 651) 326 62.7 6.5e-09
XP_011524060 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 651) 326 62.7 6.5e-09
>>NP_057413 (OMIM: 607319) scm-like with four MBT domain (866 aa)
initn: 5972 init1: 5972 opt: 5972 Z-score: 4991.0 bits: 934.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5972; 100.0% identity (100.0% similar) in 866 aa overlap (1-866:1-866)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNGEQQLDADAGSGMEEVELSWEDYLEETGSTAVPYGSFKHVDTRLQNGFAPGMKLEVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MNGEQQLDADAGSGMEEVELSWEDYLEETGSTAVPYGSFKHVDTRLQNGFAPGMKLEVAV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RTDPETYWVATVITTCEQLLLLRYDGYGEDRRADFWCDIRKADLYPIGWCEQNKKTLEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 RTDPETYWVATVITTCEQLLLLRYDGYGEDRRADFWCDIRKADLYPIGWCEQNKKTLEAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 EGIRDKVSDWDEFLRQTLIGACSPPVPLLEGLRNGRNPLDLIAPGSRLECQAFQDSLSTW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EGIRDKVSDWDEFLRQTLIGACSPPVPLLEGLRNGRNPLDLIAPGSRLECQAFQDSLSTW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 IVTVVENIGGRLKLRYEGLESSDNYEHWLYYLDPFLHHVGWAAQQGYELQPPSAIRHLKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 IVTVVENIGGRLKLRYEGLESSDNYEHWLYYLDPFLHHVGWAAQQGYELQPPSAIRHLKN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EAEWQEILAKVKEEEEEPLPSYLFKDKQVIGIHTFSVNMKLEAVDPWSPFGISPATVVKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EAEWQEILAKVKEEEEEPLPSYLFKDKQVIGIHTFSVNMKLEAVDPWSPFGISPATVVKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 FDEKYFLVEMDDLRPENHARRSFVCHADSPGIFPVQWSLKNGLHISPPPGYPSQDFDWAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 FDEKYFLVEMDDLRPENHARRSFVCHADSPGIFPVQWSLKNGLHISPPPGYPSQDFDWAD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 YLKQCGAEAAPQRCFPPLISEHEFKENMKLEAVNPILPEEVCVATITAVRGSYLWLQLEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 YLKQCGAEAAPQRCFPPLISEHEFKENMKLEAVNPILPEEVCVATITAVRGSYLWLQLEG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 SKKPIPECIVSVESMDIFPLGWCETNGHPLSTPRRARVYKQRKIAVVQPEKQVPSSRTVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SKKPIPECIVSVESMDIFPLGWCETNGHPLSTPRRARVYKQRKIAVVQPEKQVPSSRTVH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 EGLRNQELNSTESVMINGKYCCPKIYFNHRCFSGPYLNKGRIAELPQCVGPGNCVLVLRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EGLRNQELNSTESVMINGKYCCPKIYFNHRCFSGPYLNKGRIAELPQCVGPGNCVLVLRE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 VLTLLINAAYKPSRVLRELQLDKDSVWHGCGEVLKAKYKGKSYRATVEIVKTADRVTEFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VLTLLINAAYKPSRVLRELQLDKDSVWHGCGEVLKAKYKGKSYRATVEIVKTADRVTEFC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 RQTCIKLECCPNLFGPRMVLDKCSENCSVLTKTKYTHYYGKKKNKRIGRPPGGHSNLACA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 RQTCIKLECCPNLFGPRMVLDKCSENCSVLTKTKYTHYYGKKKNKRIGRPPGGHSNLACA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 LKKASKRRKRRKNVFVHKKKRSSASVDNTPAGSPQGSGGEDEDDPDEGDDDSLSEGSTSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LKKASKRRKRRKNVFVHKKKRSSASVDNTPAGSPQGSGGEDEDDPDEGDDDSLSEGSTSE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 QQDELQEESEMSEKKSCSSSPTQSEISTSLPPDRQRRKRELRTFSFSDDENKPPSPKEIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QQDELQEESEMSEKKSCSSSPTQSEISTSLPPDRQRRKRELRTFSFSDDENKPPSPKEIR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 IEVAERLHLDSNPLKWSVADVVRFIRSTDCAPLARIFLDQEIDGQALLLLTLPTVQECMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 IEVAERLHLDSNPLKWSVADVVRFIRSTDCAPLARIFLDQEIDGQALLLLTLPTVQECMD
790 800 810 820 830 840
850 860
pF1KB8 LKLGPAIKLCHHIERIKFAFYEQFAN
::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LKLGPAIKLCHHIERIKFAFYEQFAN
850 860
>>XP_011532126 (OMIM: 607319) PREDICTED: scm-like with f (866 aa)
initn: 5972 init1: 5972 opt: 5972 Z-score: 4991.0 bits: 934.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5972; 100.0% identity (100.0% similar) in 866 aa overlap (1-866:1-866)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNGEQQLDADAGSGMEEVELSWEDYLEETGSTAVPYGSFKHVDTRLQNGFAPGMKLEVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MNGEQQLDADAGSGMEEVELSWEDYLEETGSTAVPYGSFKHVDTRLQNGFAPGMKLEVAV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RTDPETYWVATVITTCEQLLLLRYDGYGEDRRADFWCDIRKADLYPIGWCEQNKKTLEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RTDPETYWVATVITTCEQLLLLRYDGYGEDRRADFWCDIRKADLYPIGWCEQNKKTLEAP
70 80 90 100 110 120
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pF1KB8 EGIRDKVSDWDEFLRQTLIGACSPPVPLLEGLRNGRNPLDLIAPGSRLECQAFQDSLSTW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EGIRDKVSDWDEFLRQTLIGACSPPVPLLEGLRNGRNPLDLIAPGSRLECQAFQDSLSTW
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190 200 210 220 230 240
pF1KB8 IVTVVENIGGRLKLRYEGLESSDNYEHWLYYLDPFLHHVGWAAQQGYELQPPSAIRHLKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IVTVVENIGGRLKLRYEGLESSDNYEHWLYYLDPFLHHVGWAAQQGYELQPPSAIRHLKN
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250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EAEWQEILAKVKEEEEEPLPSYLFKDKQVIGIHTFSVNMKLEAVDPWSPFGISPATVVKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EAEWQEILAKVKEEEEEPLPSYLFKDKQVIGIHTFSVNMKLEAVDPWSPFGISPATVVKV
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310 320 330 340 350 360
pF1KB8 FDEKYFLVEMDDLRPENHARRSFVCHADSPGIFPVQWSLKNGLHISPPPGYPSQDFDWAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FDEKYFLVEMDDLRPENHARRSFVCHADSPGIFPVQWSLKNGLHISPPPGYPSQDFDWAD
310 320 330 340 350 360
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pF1KB8 YLKQCGAEAAPQRCFPPLISEHEFKENMKLEAVNPILPEEVCVATITAVRGSYLWLQLEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YLKQCGAEAAPQRCFPPLISEHEFKENMKLEAVNPILPEEVCVATITAVRGSYLWLQLEG
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pF1KB8 SKKPIPECIVSVESMDIFPLGWCETNGHPLSTPRRARVYKQRKIAVVQPEKQVPSSRTVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SKKPIPECIVSVESMDIFPLGWCETNGHPLSTPRRARVYKQRKIAVVQPEKQVPSSRTVH
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pF1KB8 EGLRNQELNSTESVMINGKYCCPKIYFNHRCFSGPYLNKGRIAELPQCVGPGNCVLVLRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EGLRNQELNSTESVMINGKYCCPKIYFNHRCFSGPYLNKGRIAELPQCVGPGNCVLVLRE
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pF1KB8 VLTLLINAAYKPSRVLRELQLDKDSVWHGCGEVLKAKYKGKSYRATVEIVKTADRVTEFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VLTLLINAAYKPSRVLRELQLDKDSVWHGCGEVLKAKYKGKSYRATVEIVKTADRVTEFC
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pF1KB8 RQTCIKLECCPNLFGPRMVLDKCSENCSVLTKTKYTHYYGKKKNKRIGRPPGGHSNLACA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RQTCIKLECCPNLFGPRMVLDKCSENCSVLTKTKYTHYYGKKKNKRIGRPPGGHSNLACA
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pF1KB8 LKKASKRRKRRKNVFVHKKKRSSASVDNTPAGSPQGSGGEDEDDPDEGDDDSLSEGSTSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKKASKRRKRRKNVFVHKKKRSSASVDNTPAGSPQGSGGEDEDDPDEGDDDSLSEGSTSE
670 680 690 700 710 720
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pF1KB8 QQDELQEESEMSEKKSCSSSPTQSEISTSLPPDRQRRKRELRTFSFSDDENKPPSPKEIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QQDELQEESEMSEKKSCSSSPTQSEISTSLPPDRQRRKRELRTFSFSDDENKPPSPKEIR
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pF1KB8 IEVAERLHLDSNPLKWSVADVVRFIRSTDCAPLARIFLDQEIDGQALLLLTLPTVQECMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IEVAERLHLDSNPLKWSVADVVRFIRSTDCAPLARIFLDQEIDGQALLLLTLPTVQECMD
790 800 810 820 830 840
850 860
pF1KB8 LKLGPAIKLCHHIERIKFAFYEQFAN
::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKLGPAIKLCHHIERIKFAFYEQFAN
850 860
>>XP_011532127 (OMIM: 607319) PREDICTED: scm-like with f (866 aa)
initn: 5972 init1: 5972 opt: 5972 Z-score: 4991.0 bits: 934.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5972; 100.0% identity (100.0% similar) in 866 aa overlap (1-866:1-866)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MNGEQQLDADAGSGMEEVELSWEDYLEETGSTAVPYGSFKHVDTRLQNGFAPGMKLEVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MNGEQQLDADAGSGMEEVELSWEDYLEETGSTAVPYGSFKHVDTRLQNGFAPGMKLEVAV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RTDPETYWVATVITTCEQLLLLRYDGYGEDRRADFWCDIRKADLYPIGWCEQNKKTLEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RTDPETYWVATVITTCEQLLLLRYDGYGEDRRADFWCDIRKADLYPIGWCEQNKKTLEAP
70 80 90 100 110 120
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pF1KB8 EGIRDKVSDWDEFLRQTLIGACSPPVPLLEGLRNGRNPLDLIAPGSRLECQAFQDSLSTW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EGIRDKVSDWDEFLRQTLIGACSPPVPLLEGLRNGRNPLDLIAPGSRLECQAFQDSLSTW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 IVTVVENIGGRLKLRYEGLESSDNYEHWLYYLDPFLHHVGWAAQQGYELQPPSAIRHLKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IVTVVENIGGRLKLRYEGLESSDNYEHWLYYLDPFLHHVGWAAQQGYELQPPSAIRHLKN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EAEWQEILAKVKEEEEEPLPSYLFKDKQVIGIHTFSVNMKLEAVDPWSPFGISPATVVKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_005 LKLGPAIKLCHHIERIKFAFYEQFAN
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XP_006 RQTCIKLECCPNLFGPRMVLDKCSENCSVLTKTKYTHYYGKKKNKRIGRPPGGHSNLACA
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:::::. .:..: :::::::: ...:.::::::.:::: ::::::: :::::::::::
NP_001 TSFKHVEISIQSNFQPGMKLEVANKNNPDTYWVATIITTCGQLLLLRYCGYGEDRRADFW
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::. :::.:.::: ::.:.: :..:..: .:: ::: . : :. . :. :::: :.
NP_001 CDVVIADLHPVGWCTQNNKVLMPPDAIKEKYTDWTEFLIRDLTGSRTAPANLLEGPLRGK
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