Result of FASTA (omim) for
pF1KB8481
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8481, 916 aa
1>>>pF1KB8481 916 - 916 aa - 916 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.2691+/-0.000611; mu= -23.2619+/- 0.039
mean_var=765.5067+/-157.521, 0's: 0 Z-trim(120.2): 173 B-trim: 728 in 1/61
Lambda= 0.046355
statistics sampled from 35059 (35255) to 35059 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.689), E-opt: 0.2 (0.413), width: 16
Scan time: 16.100
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 5713 398.4 8.2e-110
NP_001099011 (OMIM: 162250) neurofilament medium p ( 540) 3338 239.4 3.6e-62
XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924) 1708 130.6 3.5e-29
NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilame (1020) 1709 130.7 3.6e-29
NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sa ( 499) 1365 107.4 1.8e-22
NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilame ( 543) 1316 104.2 1.9e-21
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 1142 92.5 5.3e-18
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 1142 92.5 5.3e-18
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 1074 87.9 1.3e-16
XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peri ( 471) 1069 87.6 1.6e-16
NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo s ( 470) 1060 87.0 2.4e-16
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 1024 84.5 1.2e-15
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 1019 84.2 1.5e-15
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 1019 84.2 1.5e-15
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 1019 84.2 1.6e-15
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 760 67.0 2.8e-10
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 753 66.5 3.7e-10
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 753 66.5 3.7e-10
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 703 63.2 4.1e-09
NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 697 62.7 4.9e-09
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 695 62.6 5.1e-09
NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, ty ( 432) 686 61.9 7.6e-09
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 675 61.2 1.4e-08
NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 673 61.2 1.7e-08
NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 670 61.0 1.9e-08
NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 667 60.8 2.3e-08
XP_005257400 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) P ( 624) 667 60.8 2.4e-08
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 662 60.4 2.5e-08
NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 663 60.5 2.7e-08
NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 661 60.3 2.8e-08
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 663 60.5 2.8e-08
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 663 60.5 2.8e-08
NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 661 60.4 2.9e-08
NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskele ( 400) 647 59.3 4.4e-08
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 646 59.3 5.1e-08
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 646 59.3 5.5e-08
NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskele ( 456) 639 58.8 7e-08
XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 638 58.8 7.7e-08
NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 638 58.8 7.7e-08
XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 638 58.8 8.5e-08
NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 637 58.8 8.7e-08
NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 636 58.7 8.7e-08
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 632 58.3 9.2e-08
NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 633 58.5 1e-07
NP_872313 (OMIM: 611161) keratin, type II cytoskel ( 452) 631 58.3 1e-07
XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 437) 628 58.1 1.1e-07
XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 463) 628 58.1 1.2e-07
NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 631 58.4 1.3e-07
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 627 58.1 1.3e-07
NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 626 58.0 1.4e-07
>>NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium polypept (916 aa)
initn: 5713 init1: 5713 opt: 5713 Z-score: 2092.5 bits: 398.4 E(85289): 8.2e-110
Smith-Waterman score: 5713; 99.9% identity (99.9% similar) in 916 aa overlap (1-916:1-916)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSYTLDSLGNPSAYRRVTETRSSFSRVSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKRSMLAPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MSYTLDSLGNPSAYRRVTETRSSFSRVSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKRSMLAPR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LAYSSAMLSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAGYIEKVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LAYSSAMLSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAGYIEKVH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 YLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLDSDHLEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLDSDHLEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 DIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLRSNHEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 DIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLRSNHEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EVADLLAQIQASHITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAEEWFKCRYAKLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EVADLLAQIQASHITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAEEWFKCRYAKLT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHDLSSYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHDLSSYQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 DTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFSTFAGSIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 DTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFSTFAGSIT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 GPLYTHRPPITISSKIQKTKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEKSEMEEALTAITEEL
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GPLYTHRPPITISSKIQKPKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEKSEMEEALTAITEEL
430 440 450 460 470 480
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pF1KB8 AVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGEKEEEEGQEEEEEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 AVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGEKEEEEGQEEEEEED
490 500 510 520 530 540
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pF1KB8 EGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEKKVEEKSEEVATKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEKKVEEKSEEVATKEE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LVADAKVEKPEKAKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LVADAKVEKPEKAKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSP
610 620 630 640 650 660
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pF1KB8 VEEKGKSPVSKSPVEEKAKSPVPKSPVEEAKSKAEVGKGEQKEEEEKEVKEAPKEEKVEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VEEKGKSPVSKSPVEEKAKSPVPKSPVEEAKSKAEVGKGEQKEEEEKEVKEAPKEEKVEK
670 680 690 700 710 720
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pF1KB8 KEEKPKDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKVHLEKETKEEGKPLQQEKEKEKAGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KEEKPKDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKVHLEKETKEEGKPLQQEKEKEKAGGE
730 740 750 760 770 780
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pF1KB8 GGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEGKEEVEQETKEKGSGREEEKGVVTNGLDLSPAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEGKEEVEQETKEKGSGREEEKGVVTNGLDLSPAD
790 800 810 820 830 840
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pF1KB8 EKKGGDKSEEKVVVTKTVEKITSEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEHEETFEEKLVSTKKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EKKGGDKSEEKVVVTKTVEKITSEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEHEETFEEKLVSTKKV
850 860 870 880 890 900
910
pF1KB8 EKVTSHAIVKEVTQSD
::::::::::::::::
NP_005 EKVTSHAIVKEVTQSD
910
>>NP_001099011 (OMIM: 162250) neurofilament medium polyp (540 aa)
initn: 3338 init1: 3338 opt: 3338 Z-score: 1237.0 bits: 239.4 E(85289): 3.6e-62
Smith-Waterman score: 3338; 99.8% identity (99.8% similar) in 540 aa overlap (377-916:1-540)
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 DIEERHNHDLSSYQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLE
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLE
10 20 30
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 GEETRFSTFAGSITGPLYTHRPPITISSKIQKTKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEK
:::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEETRFSTFAGSITGPLYTHRPPITISSKIQKPKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEK
40 50 60 70 80 90
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pF1KB8 SEMEEALTAITEELAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEMEEALTAITEELAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGE
100 110 120 130 140 150
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pF1KB8 KEEEEGQEEEEEEDEGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KEEEEGQEEEEEEDEGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEK
160 170 180 190 200 210
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pF1KB8 KVEEKSEEVATKEELVADAKVEKPEKAKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KVEEKSEEVATKEELVADAKVEKPEKAKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKS
220 230 240 250 260 270
650 660 670 680 690 700
pF1KB8 PVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVSKSPVEEKAKSPVPKSPVEEAKSKAEVGKGEQKEEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVSKSPVEEKAKSPVPKSPVEEAKSKAEVGKGEQKEEEE
280 290 300 310 320 330
710 720 730 740 750 760
pF1KB8 KEVKEAPKEEKVEKKEEKPKDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKVHLEKETKEEGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KEVKEAPKEEKVEKKEEKPKDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKVHLEKETKEEGK
340 350 360 370 380 390
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pF1KB8 PLQQEKEKEKAGGEGGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEGKEEVEQETKEKGSGREEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLQQEKEKEKAGGEGGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEGKEEVEQETKEKGSGREEE
400 410 420 430 440 450
830 840 850 860 870 880
pF1KB8 KGVVTNGLDLSPADEKKGGDKSEEKVVVTKTVEKITSEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KGVVTNGLDLSPADEKKGGDKSEEKVVVTKTVEKITSEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEH
460 470 480 490 500 510
890 900 910
pF1KB8 EETFEEKLVSTKKVEKVTSHAIVKEVTQSD
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EETFEEKLVSTKKVEKVTSHAIVKEVTQSD
520 530 540
>>XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTED: n (924 aa)
initn: 1029 init1: 804 opt: 1708 Z-score: 644.9 bits: 130.6 E(85289): 3.5e-29
Smith-Waterman score: 1788; 41.0% identity (66.2% similar) in 926 aa overlap (25-910:37-922)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSYTLDSLGNPSAYRRVTETRSSFSRVSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKR
.: ... :::: .::.: : :.::.: .:
XP_011 ADALLGAPFAPLHGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGF--HSWTRTSVSSVSASPSR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SMLAPRLAYSSAMLSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAG
. .: .:. .::: .: :: : ::: ::::::.:::::::
XP_011 --------FRGAGAASSTDSLD-----TLSNGPEGCMVAVATSRS-EKEQLQALNDRFAG
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YIEKVHYLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLD
::.::. :: .:. .:.: ::::.::... .:. :..:.::.:... .. ..:..:.
XP_011 YIDKVRQLEAHNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 SDHLEEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFL
..:: ::: ....:...::: :...::: ::: . .:: ..:.:.::.:.::.: ..:
XP_011 QEHLLEDIAHVRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB8 RSNHEEEVADLLAQIQAS-----HITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAE
: .:.:::..::.:::.: .. .: .: :: :...::.:::.:::.:. :. :.:
XP_011 RRHHQEEVGELLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 EWFKCRYAKLTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIE
:::. : .:.:::. : .:.:::.:::.:::::::... :::....::.::::: :..:
XP_011 EWFRVRLDRLSEAAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 ERHNHDLSSYQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEE
.::. :..:::..::::. :::.:::::: .:::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DRHQADIASYQEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEE
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 TRFSTFAGSITGPLYTHRPPI-TISSKIQKTKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEKSE
:.. : : : : : ..:..: :.: : :.:: ::. .:: . .:..:
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520 530 540 550 560 570
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XP_011 AEAKSPEKA-KSPVKAEAK--SPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPVKE
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XP_011 EAKTPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPEKAKTLDVKSPEAKTPAKEEARSPADKFPEKAKSP
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XP_011 VKEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPKKEEVKSPVKEEEKPQEVKVKEPPKKAEEEKAP
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XP_011 ATPKTEEKKDSKKEEAPKKEAPKPKVEEKKEPAVEKPKESKVEAKKEEAEDKKKVPTPEK
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XP_011 EAPAKVEVKEDAKPKEKTEVAKKEPDDAKAKEPSKPAEKKEAAP--EKK--DTKEEKA--
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pF1KB8 TKTVEKITSEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEHEETFEEKLVSTKKVEKVTSHAIVKEVTQ
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XP_011 KKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSKPKAEKAEKSSSTDQKDSKPPEKATEDKAAKGK
870 880 890 900 910 920
pF1KB8 SD
>>NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilament h (1020 aa)
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. .: .:. .::: .: :: : ::: ::::::.:::::::
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::.::. :: .:. .:.: ::::.::... .:. :..:.::.:... .. ..:..:.
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..:: ::: ....:...::: :...::: ::: . .:: ..:.:.::.:.::.: ..:
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.: .: :: : :: . .::. :..::. . : ::: : ::::: :
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.::... :::.. : .:: : : :: : .::: . :.:..:::::::.
NP_066 SPAKEEAKSPAEAKSPE-KAKSPVKEEAKSPAEAKSPVKEEAKSPAEVKSPEKAKSPTKE
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NP_066 EAKSPEKAKSPEKEEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKEEAKS
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: ::::.:..::: .::::.:.::.: ::::.: .. : .:. .: . .
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.::: :: . .. :.::: . .::. ..: .. .:: : . .:: :.:
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::. . : ...:: : : . .:: : : : .::. :.:
NP_066 AVEKPKESKVEAKKEEAEDKKKVPTPEKEAPAKVEVKEDAKPKEKTEVAKKEPDDAKAKE
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NP_066 PSKPAEKKEAAPEKKDTKEEKAKKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSKPKAEKAEKSSST
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. ::: : ..::.::... : .::. :.:::::::::::::: .::
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: :...::. : :::.: :. .: :..: ..:.. :.:....:.:::.:: ::.::.:.
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:.::::.::: .::: .. . : : :...::.:::.: :: . .:...::::.: .
NP_116 HDEEVAELLATLQASSQAAAEVDVTVAKPDLTSALREIRAQYESLAAKNLQSAEEWYKSK
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.:.:.: : .. ::::...::: :::::::...::.:..::..::::::. ..::::. .
NP_116 FANLNEQAARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRGANESLERQILELEERHSAE
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pF1KB8 AGSITG--PLYTHR---PPITISSKIQKTKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEK-SEM
. ::.: :: . :: .:. .:: . :..... :: : .:: ..: :..
NP_116 GLSISGLNPLPNPSYLLPPRILSATT--SKVSSTGLSLKKEEEEE--EASKVASKKTSQI
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pF1KB8 EEALTAITEELAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGEKEE
:.. : :: ..: :. .: ::
NP_116 GESFEEILEETVISTKKTEKSNIEETTISSQKI
470 480 490
>>NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilament l (543 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB8 MSYTLDSLGNPSAYRRVTET-RSSFSRVSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKRSMLA
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:.... : :. ::.:: ... : : : :..:: ::: ::::::..::.
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:: :::::: .:::. .::::.. ... :.::::.:: . : ...:: .: . . :
NP_006 VHELEQQNKVLEAELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGEREGL
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pF1KB8 EEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLRSNH
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pF1KB8 EEEVADLLAQIQASHITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAEEWFKCRYAK
:::.:.: :::: ..:.:: : : :.:.:::.::.: :. . .::..:::::: :..
NP_006 EEEIAELQAQIQYAQISVEM-DVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTV
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pF1KB8 LTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHDLSS
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pF1KB8 YQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFS-TFAG
.::::..:::::: :: ::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::.: : .:
NP_006 MQDTINKLENELRTTKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVG
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NP_006 SITSG-YSQSSQVFGRSAYGGLQT-SSYLMSTRSFPSYY--TSHVQEEQIEVEETIEAAK
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pF1KB8 EELAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGEKEEEEGQEEEE
: : . . :: ::.... ::::::.: .. .: . :.:::: : :::.: .:
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pF1KB8 EEDEGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEKKVEEKSEEVAT
:.: : ::..:......:.
NP_006 AEEEEKKV----EGAGEEQAAKKKD
530 540
>>NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sapiens (466 aa)
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Smith-Waterman score: 1142; 46.4% identity (78.9% similar) in 407 aa overlap (12-413:9-412)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSYTLDSLGNPSAYRRVTETRSSFSRVSGSPSSGFRS-QSWSRGS---PSTVSSSYKRSM
:.:::. .. :: :.: : : ...: :: ::: : : :
NP_003 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSP
10 20 30 40 50
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pF1KB8 LAPRLAYSSAM-LSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAGY
. . :::. : :. .. . :.: .. ... . ..: .:.::: .:: ::::::.:
NP_003 GGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANY
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:.::..:::::: . ::.. :. . : .::: :..:.:::: .......::.:...
NP_003 IDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKS--RLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVER
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pF1KB8 DHLEEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLR
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NP_003 DNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLK
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. ::::. .: :::: .:. .. : : :...::...:.: :: . .:...::::.: .
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pF1KB8 YAKLTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHD
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pF1KB8 LSSYQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFSTF
..::::: .:..:... : ::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:.:
NP_003 AANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLP
360 370 380 390 400 410
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pF1KB8 AGSITGPLYTHRPPITISSKIQKTKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEKSEMEEALTA
NP_003 LPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]