FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8481, 916 aa
1>>>pF1KB8481 916 - 916 aa - 916 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.7439+/-0.00151; mu= -25.9268+/- 0.092
mean_var=653.7012+/-132.614, 0's: 0 Z-trim(111.9): 129 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.050163
statistics sampled from 12638 (12752) to 12638 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.392), width: 16
Scan time: 5.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6046.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8 ( 916) 5713 429.4 1.5e-119
CCDS47831.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8 ( 540) 3338 257.4 5.3e-68
CCDS13858.1 NEFH gene_id:4744|Hs108|chr22 (1020) 1709 139.7 2.7e-32
CCDS7545.1 INA gene_id:9118|Hs108|chr10 ( 499) 1365 114.6 4.8e-25
CCDS75712.1 NEFL gene_id:4747|Hs108|chr8 ( 543) 1316 111.0 6e-24
CCDS7120.1 VIM gene_id:7431|Hs108|chr10 ( 466) 1142 98.4 3.3e-20
CCDS33383.1 DES gene_id:1674|Hs108|chr2 ( 470) 1074 93.5 1e-18
CCDS8783.1 PRPH gene_id:5630|Hs108|chr12 ( 470) 1060 92.5 2e-18
CCDS11491.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 432) 1024 89.8 1.2e-17
CCDS45708.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 431) 1019 89.5 1.5e-17
CCDS59296.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 438) 1019 89.5 1.5e-17
CCDS58234.1 KRT8 gene_id:3856|Hs108|chr12 ( 511) 760 70.8 7.4e-12
CCDS8841.1 KRT8 gene_id:3856|Hs108|chr12 ( 483) 753 70.3 1e-11
>>CCDS6046.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8 (916 aa)
initn: 5713 init1: 5713 opt: 5713 Z-score: 2259.9 bits: 429.4 E(32554): 1.5e-119
Smith-Waterman score: 5713; 99.9% identity (99.9% similar) in 916 aa overlap (1-916:1-916)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MSYTLDSLGNPSAYRRVTETRSSFSRVSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKRSMLAPR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LAYSSAMLSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAGYIEKVH
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 YLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLDSDHLEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 DIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLRSNHEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 EVADLLAQIQASHITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAEEWFKCRYAKLT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHDLSSYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 EAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHDLSSYQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 DTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFSTFAGSIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 DTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFSTFAGSIT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 GPLYTHRPPITISSKIQKTKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEKSEMEEALTAITEEL
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 GPLYTHRPPITISSKIQKPKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEKSEMEEALTAITEEL
430 440 450 460 470 480
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pF1KB8 AVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGEKEEEEGQEEEEEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 AVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGEKEEEEGQEEEEEED
490 500 510 520 530 540
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pF1KB8 EGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEKKVEEKSEEVATKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 EGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEKKVEEKSEEVATKEE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LVADAKVEKPEKAKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LVADAKVEKPEKAKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 VEEKGKSPVSKSPVEEKAKSPVPKSPVEEAKSKAEVGKGEQKEEEEKEVKEAPKEEKVEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 VEEKGKSPVSKSPVEEKAKSPVPKSPVEEAKSKAEVGKGEQKEEEEKEVKEAPKEEKVEK
670 680 690 700 710 720
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pF1KB8 KEEKPKDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKVHLEKETKEEGKPLQQEKEKEKAGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 KEEKPKDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKVHLEKETKEEGKPLQQEKEKEKAGGE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 GGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEGKEEVEQETKEKGSGREEEKGVVTNGLDLSPAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 GGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEGKEEVEQETKEKGSGREEEKGVVTNGLDLSPAD
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB8 EKKGGDKSEEKVVVTKTVEKITSEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEHEETFEEKLVSTKKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 EKKGGDKSEEKVVVTKTVEKITSEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEHEETFEEKLVSTKKV
850 860 870 880 890 900
910
pF1KB8 EKVTSHAIVKEVTQSD
::::::::::::::::
CCDS60 EKVTSHAIVKEVTQSD
910
>>CCDS47831.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8 (540 aa)
initn: 3338 init1: 3338 opt: 3338 Z-score: 1334.3 bits: 257.4 E(32554): 5.3e-68
Smith-Waterman score: 3338; 99.8% identity (99.8% similar) in 540 aa overlap (377-916:1-540)
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 DIEERHNHDLSSYQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLE
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLE
10 20 30
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 GEETRFSTFAGSITGPLYTHRPPITISSKIQKTKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEK
:::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GEETRFSTFAGSITGPLYTHRPPITISSKIQKPKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEK
40 50 60 70 80 90
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 SEMEEALTAITEELAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SEMEEALTAITEELAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAKKSPVKATAPEVKEEEGE
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530 540 550 560 570 580
pF1KB8 KEEEEGQEEEEEEDEGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KEEEEGQEEEEEEDEGAKSDQAEEGGSEKEGSSEKEEGEQEEGETEAEAEGEEAEAKEEK
160 170 180 190 200 210
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pF1KB8 KVEEKSEEVATKEELVADAKVEKPEKAKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KVEEKSEEVATKEELVADAKVEKPEKAKSPVPKSPVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVPKS
220 230 240 250 260 270
650 660 670 680 690 700
pF1KB8 PVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVSKSPVEEKAKSPVPKSPVEEAKSKAEVGKGEQKEEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PVEEKGKSPVPKSPVEEKGKSPVSKSPVEEKAKSPVPKSPVEEAKSKAEVGKGEQKEEEE
280 290 300 310 320 330
710 720 730 740 750 760
pF1KB8 KEVKEAPKEEKVEKKEEKPKDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKVHLEKETKEEGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KEVKEAPKEEKVEKKEEKPKDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKVHLEKETKEEGK
340 350 360 370 380 390
770 780 790 800 810 820
pF1KB8 PLQQEKEKEKAGGEGGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEGKEEVEQETKEKGSGREEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PLQQEKEKEKAGGEGGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEGKEEVEQETKEKGSGREEE
400 410 420 430 440 450
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pF1KB8 KGVVTNGLDLSPADEKKGGDKSEEKVVVTKTVEKITSEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KGVVTNGLDLSPADEKKGGDKSEEKVVVTKTVEKITSEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEH
460 470 480 490 500 510
890 900 910
pF1KB8 EETFEEKLVSTKKVEKVTSHAIVKEVTQSD
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EETFEEKLVSTKKVEKVTSHAIVKEVTQSD
520 530 540
>>CCDS13858.1 NEFH gene_id:4744|Hs108|chr22 (1020 aa)
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Smith-Waterman score: 1779; 42.7% identity (66.4% similar) in 920 aa overlap (25-856:37-930)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSYTLDSLGNPSAYRRVTETRSSFSRVSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKR
.: ... :::: .::.: : :.::.: .:
CCDS13 ADALLGAPFAPLHGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGF--HSWTRTSVSSVSASPSR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SMLAPRLAYSSAMLSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAG
. .: .:. .::: .: :: : ::: ::::::.:::::::
CCDS13 --------FRGAGAASSTDSLD-----TLSNGPEGCMVAVATSRS-EKEQLQALNDRFAG
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YIEKVHYLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLD
::.::. :: .:. .:.: ::::.::... .:. :..:.::.:... .. ..:..:.
CCDS13 YIDKVRQLEAHNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 SDHLEEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFL
..:: ::: ....:...::: :...::: ::: . .:: ..:.:.::.:.::.: ..:
CCDS13 QEHLLEDIAHVRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB8 RSNHEEEVADLLAQIQAS-----HITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAE
: .:.:::..::.:::.: .. .: .: :: :...::.:::.:::.:. :. :.:
CCDS13 RRHHQEEVGELLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 EWFKCRYAKLTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIE
:::. : .:.:::. : .:.:::.:::.:::::::... :::....::.::::: :..:
CCDS13 EWFRVRLDRLSEAAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 ERHNHDLSSYQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEE
.::. :..:::..::::. :::.:::::: .:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DRHQADIASYQEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEE
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 TRFSTFAGSITGPLYTHRPPI-TISSKIQKTKVEAPKLKVQHK------FVEEIIEETKV
:.. : : : : : ..:..: :.: : :.:: .: .::: :::.:
CCDS13 CRIGF--GPIPFSLPEGLPKIPSVSTHI-KVKSEE-KIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQV
420 430 440 450 460
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pF1KB8 EDEKSEMEEALTAITEE--LAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAK--KSPVKATAP
.: .: :: : :: . .::. :..::. . : ::: : ::::: :
CCDS13 TEEVTEEEEK-EAKEEEGKEEEGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAK
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560
pF1KB8 EVKEEEGEKEEEEGQEEEEEEDEGAKSDQAEEGGSEKEGSS-EKEEGE------------
: .. ..:: . : . : ::: ::. : :..: ::::..
CCDS13 SPAEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAK
530 540 550 560 570 580
570 580 590 600 610
pF1KB8 ---QEEGETEAEAEGEEAEAKEEKKVEEKSEEVA---TKEELVADAKVEKPEKAKSPV--
.::... :::.. : .:: : : :: : .::: . :.:..:::::::.
CCDS13 SPAKEEAKSPAEAKSPE-KAKSPVKEEAKSPAEAKSPVKEEAKSPAEVKSPEKAKSPTKE
590 600 610 620 630 640
620 630 640 650
pF1KB8 ----P---KSPVEEKGKSPVP-KSPVE------EKGKSPV------P---KSPVEEKGKS
: ::: .:..::: ::::. ::.:::: : ::::.:..::
CCDS13 EAKSPEKAKSPEKEEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKEEAKS
650 660 670 680 690 700
660 670 680 690 700
pF1KB8 PVP-KSPVEEKGKSPV-SKSPVEEKAKSPVP-KSPVEEAKSKAEVGKGEQKEE----EEK
: ::::.:..::: .::::.:.::.: ::::.: .. : .:. .: . .
CCDS13 PEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPVKEEAKTPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPEKAKTLDVKSP
710 720 730 740 750 760
710 720 730 740 750
pF1KB8 EVKEAPKEE------KVEKKEEKP--KDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKVHLEK
:.: ::: : .: ..: ..: .::.::.::.: : : : : ....
CCDS13 EAKTPAKEEARSPADKFPEKAKSPVKEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPK--KEEVKS
770 780 790 800 810 820
760 770 780 790 800 810
pF1KB8 ETKEEGKPLQ-------QEKEKEKAGGEGGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEGKEE-
.::: :: . .. :.::: . .::. ..: .. .:: : . .:: :.:
CCDS13 PVKEEEKPQEVKVKEPPKKAEEEKAPATPKTEEKKDSKKEEAPKKE--APKPKVEEKKEP
830 840 850 860 870 880
820 830 840 850 860
pF1KB8 -VEQETKEKGSGREEE---KGVVTNGLDLSPAD-EKKGGDKSEEKVVVTKTVEKITSEGG
::. . : ...:: : : . .:: : : : .::. :.:
CCDS13 AVEKPKESKVEAKKEEAEDKKKVPTPEKEAPAKVEVKEDAKPKEKTEVAKKEPDDAKAKE
890 900 910 920 930 940
870 880 890 900 910
pF1KB8 DGATKYITKSVTVTQKVEEHEETFEEKLVSTKKVEKVTSHAIVKEVTQSD
CCDS13 PSKPAEKKEAAPEKKDTKEEKAKKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSKPKAEKAEKSSST
950 960 970 980 990 1000
>>CCDS7545.1 INA gene_id:9118|Hs108|chr10 (499 aa)
initn: 1358 init1: 676 opt: 1365 Z-score: 563.1 bits: 114.6 E(32554): 4.8e-25
Smith-Waterman score: 1365; 48.3% identity (75.9% similar) in 497 aa overlap (8-494:9-491)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSYTLDSLGNPSAYRRVTETRSSFS-RVSGSPSSG-FRSQSWSRGSPSTVSSSYKRSML
: . :.::.: : .: :.::. ..: ::::: ::.. .. .. . : :
CCDS75 MSFGSEHYLCSSSSYRKVFGDGSRLSARLSGAGGAGGFRSQSLSRSNVASSAACSSASSL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 APRLAYSSAMLSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAGYIE
. ::: : ..::.::... : .::. :.:::::::::::::: .::
CCDS75 GLGLAYRRP---PASDGLDLSQAAARTN-------EYKIIRTNEKEQLQGLNDRFAVFIE
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 KVHYLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLDSDH
::: :: ::. .:::. ::::..: ...:. ...:.:.::: :: .. ..:. :. :
CCDS75 KVHQLETQNRALEAELAALRQRHAEPSRVGELFQRELRDLRAQLEEASSARSQALLERDG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 LEEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLRSN
: :...::. : :::.: :. .: :..: ..:.. :.:....:.:::.:: ::.::.:.
CCDS75 LAEEVQRLRARCEEESRGREGAERALKAQQRDVDGATLARLDLEKKVESLLDELAFVRQV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 HEEEVADLLAQIQASHITVERKDYL--KTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAEEWFKCR
:.::::.::: .::: .. . : : :...::.:::.: :: . .:...::::.: .
CCDS75 HDEEVAELLATLQASSQAAAEVDVTVAKPDLTSALREIRAQYESLAAKNLQSAEEWYKSK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 YAKLTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHD
.:.:.: : .. ::::...::: :::::::...::.:..::..::::::. ..::::. .
CCDS75 FANLNEQAARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRGANESLERQILELEERHSAE
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CCDS75 GESFEEILEETVISTKKTEKSNIEETTISSQKI
470 480 490
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CCDS75 AEEAKDEPPSEGEAEEEEKDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKEEEEGGEGEEGEETKE
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:.: : ::..:......:.
CCDS75 AEEEEKKV----EGAGEEQAAKKKD
530 540
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CCDS33 VL
470
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CCDS11 LKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM
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