Result of FASTA (omim) for
pF1KB8405
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8405, 804 aa
1>>>pF1KB8405 804 - 804 aa - 804 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7262+/-0.000464; mu= -8.4684+/- 0.029
mean_var=357.1250+/-74.933, 0's: 0 Z-trim(119.8): 166 B-trim: 1457 in 1/58
Lambda= 0.067868
statistics sampled from 33977 (34169) to 33977 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.401), width: 16
Scan time: 15.170
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_059978 (OMIM: 607257) transcription factor SOX- ( 804) 5326 536.1 2.3e-151
NP_001139283 (OMIM: 607257) transcription factor S ( 801) 5304 533.9 1e-150
NP_201583 (OMIM: 607257) transcription factor SOX- ( 808) 3630 370.0 2.3e-101
NP_001139291 (OMIM: 607257) transcription factor S ( 841) 2467 256.2 4.4e-67
XP_016875392 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 390) 1470 158.3 5.9e-38
XP_016875391 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 391) 1458 157.1 1.3e-37
XP_016875382 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 1114 123.7 3.1e-27
XP_016875384 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 1114 123.7 3.1e-27
XP_011519137 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 1114 123.7 3.1e-27
XP_011519139 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 1114 123.7 3.1e-27
XP_016875383 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 1114 123.7 3.1e-27
XP_016875381 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 1114 123.7 3.1e-27
XP_016875379 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 1114 123.7 3.1e-27
XP_011519136 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 1114 123.7 3.1e-27
XP_016875380 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 751) 1114 123.7 3.1e-27
XP_011519135 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 754) 1114 123.7 3.1e-27
XP_011519134 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 764) 1114 123.7 3.1e-27
NP_694534 (OMIM: 604975,616803) transcription fact ( 750) 1112 123.5 3.5e-27
XP_016875385 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 750) 1112 123.5 3.5e-27
NP_001248344 (OMIM: 604975,616803) transcription f ( 753) 1112 123.5 3.5e-27
NP_008871 (OMIM: 604975,616803) transcription fact ( 763) 1112 123.5 3.6e-27
NP_821078 (OMIM: 604975,616803) transcription fact ( 377) 1090 121.1 9e-27
XP_011519144 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 415) 1090 121.1 9.8e-27
NP_001248343 (OMIM: 604975,616803) transcription f ( 642) 1091 121.4 1.3e-26
NP_001317714 (OMIM: 604975,616803) transcription f ( 728) 1091 121.4 1.4e-26
XP_016875388 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 1090 121.3 1.5e-26
XP_016875387 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 1090 121.3 1.5e-26
XP_016875389 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 1090 121.3 1.5e-26
XP_016875390 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 715) 1090 121.3 1.5e-26
XP_016875386 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 716) 1090 121.3 1.5e-26
XP_016875378 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 792) 1091 121.4 1.5e-26
XP_011519140 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 729) 1090 121.3 1.5e-26
XP_016875377 (OMIM: 604975,616803) PREDICTED: tran ( 793) 1090 121.3 1.6e-26
XP_005245680 (OMIM: 604748) PREDICTED: transcripti ( 621) 739 86.9 3e-16
NP_005677 (OMIM: 604748) transcription factor SOX- ( 622) 739 86.9 3e-16
NP_071899 (OMIM: 610928,613674) transcription fact ( 414) 379 51.5 8.8e-06
NP_060889 (OMIM: 137940,601618,607823) transcripti ( 384) 338 47.5 0.00013
NP_113627 (OMIM: 612202) transcription factor SOX- ( 388) 337 47.4 0.00014
NP_003098 (OMIM: 184430) transcription factor SOX- ( 474) 339 47.6 0.00015
NP_008872 (OMIM: 602229,609136,611584,613266) tran ( 466) 338 47.5 0.00016
NP_003099 (OMIM: 600898,615866) transcription fact ( 441) 335 47.2 0.00018
NP_008874 (OMIM: 601947) transcription factor SOX- ( 315) 331 46.7 0.00018
NP_004180 (OMIM: 604747) transcription factor SOX- ( 240) 327 46.3 0.00019
NP_003097 (OMIM: 184429,189960,206900) transcripti ( 317) 329 46.5 0.00021
NP_005977 (OMIM: 602148) transcription factor SOX- ( 391) 330 46.7 0.00023
NP_009015 (OMIM: 604974) transcription factor SOX- ( 276) 325 46.1 0.00025
NP_000337 (OMIM: 114290,608160,616425) transcripti ( 509) 325 46.3 0.00041
NP_003131 (OMIM: 400044,400045,480000) sex-determi ( 204) 314 44.9 0.00041
NP_005625 (OMIM: 300123,312000,313430) transcripti ( 446) 321 45.9 0.00048
NP_008873 (OMIM: 601297) protein SOX-15 [Homo sapi ( 233) 311 44.7 0.00056
>>NP_059978 (OMIM: 607257) transcription factor SOX-6 is (804 aa)
initn: 5326 init1: 5326 opt: 5326 Z-score: 2838.4 bits: 536.1 E(85289): 2.3e-151
Smith-Waterman score: 5326; 100.0% identity (100.0% similar) in 804 aa overlap (1-804:1-804)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
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pF1KB8 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 ARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 SPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 PNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNSPALFGDQDTVMKAIQEAR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 MNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEK
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pF1KB8 YPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 YPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYP
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pF1KB8 GAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 GAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMY
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pF1KB8 DDYEDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
::::::::::::::::::::::::
NP_059 DDYEDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
790 800
>>NP_001139283 (OMIM: 607257) transcription factor SOX-6 (801 aa)
initn: 5304 init1: 5304 opt: 5304 Z-score: 2826.8 bits: 533.9 E(85289): 1e-150
Smith-Waterman score: 5304; 100.0% identity (100.0% similar) in 801 aa overlap (4-804:1-801)
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pF1KB8 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
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pF1KB8 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB8 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTV
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pF1KB8 SPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNSPALFGDQDTVMKAIQEAR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KMREQIQREQQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKSNEDGKLG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGVIDLTRPEDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGRASSEPHIKRP
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pF1KB8 MNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEK
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pF1KB8 YPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYP
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730 740 750 760 770 780
pF1KB8 GAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMY
720 730 740 750 760 770
790 800
pF1KB8 DDYEDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
::::::::::::::::::::::::
NP_001 DDYEDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
780 790 800
>>NP_201583 (OMIM: 607257) transcription factor SOX-6 is (808 aa)
initn: 3671 init1: 2133 opt: 3630 Z-score: 1940.9 bits: 370.0 E(85289): 2.3e-101
Smith-Waterman score: 4879; 91.1% identity (91.1% similar) in 842 aa overlap (4-804:1-808)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 MSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
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70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
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pF1KB8 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 ARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 ARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITY
240 250 260 270 280 290
310 320
pF1KB8 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQ-------------------------------
:::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQKGHVSHPQINQRLKGLSDRFGRNLDTFEHGG
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330 340 350 360 370
pF1KB8 ----------QLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTVSPTGIKNEKRGTSPVTQVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 GHSYNHKQIEQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTVSPTGIKNEKRGTSPVTQVK
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380 390 400 410 420 430
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 DEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSS
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440 450 460 470 480 490
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 --------------LDILSSLNSPALFGDQDTVMKAIQEARKMREQIQREQQQQQPHGVD
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 GKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKSNEDGKLGPGVIDLTRPEDAEG-----
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560 570 580 590 600 610
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 ---------------GATVAEARVYRDARGRASSEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 PDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEKYPNYKYKPRPKRTCIVDGK
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680 690 700 710 720 730
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 KLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYPGAITMATTTPSPQMTSDCS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_201 STSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMYDDYEDDPKSDYSSENEAPE
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800
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NP_201 AVSAN
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NP_001 HNKPHSEELPTLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSR
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NP_001 DREIMTSVTFGTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMER
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLARQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQ
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370 380 390 400 410 420
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430 440 450 460 470 480
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:::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKSNEDGKLGPGVIDLTRP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGRASSEPHIKRPMNAFMVWAK
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NP_001 DERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEKYPNYKYKPR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYPGAITMATTT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMYDDYEDDPKS
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pF1KB8 DYSSENEAPEAVSAN
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NP_001 DYSSENEAPEAVSAN
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. :::::::. . :. . :... :: ..::. : .. .:.::::.: .::
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.:. : ..:...:::::::::::::::::::.:.::. ..: :.. .:::::::::.:
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. ...... ::::::::::::::::: ::.:: :::::::::::::::::::::::::
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pF1KB8 QQMDLARQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAA
:::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::..::::::.:: :::::::::
XP_016 QQMELAKQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAA-
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pF1KB8 AQQGFLFPPGITYKPG--DNYPVQFIPSTMAAAAAS--GLSPLQLQQLYAAQLASMQVSP
:::::.:::..:: : : ::::.::.:::::::. ::.:::::::::::::.:::::
XP_016 -QQGFLLPPGFSYKAGCSDPYPVQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSP
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pF1KB8 GAKMPSTPQPPNTAGTVSPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPT
:.:.:. :: : ...::::.:...: .:: . :
XP_016 GGKLPGIPQG-NLGAAVSPTSIHTDKSTNSPPPKSKVT
360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 SPTQNLFPASKTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNSP
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10 20 30 40
pF1KB8 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREK--EEGSDQHVASHLPLHP
:::::. .::.. :::: :: .:::.: :: :: : :::::
XP_016 MLTDPDLPQEFERMSSKRPASPYG-EADGEVAM---VTSRQKVEEEESDGLPAFHLPLHV
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 IMHNKPHSEELPTLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEG
. :::::::. . :. . :... :: ..::. : .. .:.::::.: .::
XP_016 SFPNKPHSEEFQPVSLLTQETCGHRTPTSQHNTMEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEG
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pF1KB8 SRDR-EIMTSVTFGTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEK
.:. : ..:...:::::::::::::::::::.:.::. ..: :.. .:::::::::.:
XP_016 GRQSGESLSSTALGTPERRKGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDK
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170 180 190 200 210 220
pF1KB8 MERLNTSELLGEIKGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQR
. ...... ::::::::::::::::: ::.:: :::::::::::::::::::::::::
XP_016 LLAMGSGNF-GEIKGTPESLAEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQR
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pF1KB8 QQMDLARQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQ-VQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAA
:::.::.:::::::::::::::::::::::::::: :::..::::::.:: :::::::::
XP_016 QQMELAKQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAA
240 250 260 270 280 290
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pF1KB8 AAQQGFLFPPGITYKPG--DNYPVQFIPSTMAAAAAS--GLSPLQLQQLYAAQLASMQVS
:::::.:::..:: : : ::::.::.:::::::. ::.:::::::::::::.::::
XP_016 --QQGFLLPPGFSYKAGCSDPYPVQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVS
300 310 320 330 340 350
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pF1KB8 PGAKMPSTPQPPNTAGTVSPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSP
::.:.:. :: : ...::::.:...: .:: . :
XP_016 PGGKLPGIPQG-NLGAAVSPTSIHTDKSTNSPPPKSKVT
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pF1KB8 TSPTQNLFPASKTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNS
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::::. .::.. :::: :: .:::.: :: :: : ::::: . :::::::
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pF1KB8 LPTLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDR-EIMTS
. . :. . :... :: ..::. : .. .:.::::.: .::.:. : ..:
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...:::::::::::::::::::.:.::. ..: :.. .:::::::::.:. ......
XP_016 TALGTPERRKGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNF-
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pF1KB8 GEIKGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQ
::::::::::::::::: ::.:: ::::::::::::::::::::::::::::.::.:::
XP_016 GEIKGTPESLAEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQ
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::::::::::::::::::::::::: :::..::::::.:: :::::::: ::::::.::
XP_016 EQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAA--AQQGFLLPP
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:..:: : : ::::.::.:::::::. ::.:::::::::::::.::::::.:.:. ::
XP_016 GFSYKAGCSDPYPVQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSPGGKLPGIPQ
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: ...::::.:...: .:: . :::.: ::::::..:::.. :::::::. .::
XP_016 G-NLGAAVSPTSIHTDKSTNSPPPKSKDEVA-QPLNLSAKPKTSDG-KSPTSPTSPHMPA
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. . : :.:.:. ... .: :..: :: :.:.:
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:::::::.:.::..:::: .:::.. .:..:::.::.:::.: .:.: ::. :
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.::.::.. ...:.. :..:: : :.:.:.::..:::.:
XP_016 QNEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGS--------------------AGVSESRIYRESRGRGS
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.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.: :::::::::::
XP_016 NEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEKQPYYEEQAR
540 550 560 570 580 590
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pF1KB8 LSKIHLEKYPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPIT
::: ::::::.:::::::::::.:::::::::::: .::.:::::::.:.:::: ::::.
XP_016 LSKQHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNVGQQAQIPIA
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pF1KB8 TGTGVVYPGAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMIN
:. ::::::::.:: :::.. :. ::.:.::::..::::::::.: . . .: :.
XP_016 TA-GVVYPGAIAMAGM-PSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEPHI--KEEIQ
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pF1KB8 GED-EMEMYDDY---EDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
.:: . :.::.: :::: ::.:..: : .::
XP_016 AEDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
720 730 740 750
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10 20 30 40 50
pF1KB8 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREK--EEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEE
::::. .::.. :::: :: .:::.: :: :: : ::::: . :::::::
XP_016 MSSKRPASPYG-EADGEVAM---VTSRQKVEEEESDGLPAFHLPLHVSFPNKPHSEE
10 20 30 40 50
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pF1KB8 LPTLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDR-EIMTS
. . :. . :... :: ..::. : .. .:.::::.: .::.:. : ..:
XP_016 FQPVSLLTQETCGHRTPTSQHNTMEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEGGRQSGESLSS
60 70 80 90 100 110
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pF1KB8 VTFGTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELL
...:::::::::::::::::::.:.::. ..: :.. .:::::::::.:. ......
XP_016 TALGTPERRKGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNF-
120 130 140 150 160 170
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]