Result of FASTA (omim) for
pF1KB8345
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8345, 628 aa
1>>>pF1KB8345 628 - 628 aa - 628 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2398+/-0.00089; mu= 23.7248+/- 0.055
mean_var=357.6818+/-71.072, 0's: 0 Z-trim(110.1): 2051 B-trim: 120 in 2/50
Lambda= 0.067815
statistics sampled from 16102 (18446) to 16102 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.52), E-opt: 0.2 (0.216), width: 16
Scan time: 7.470
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_940937 (OMIM: 609571) zinc finger protein 699 [ ( 642) 2027 214.3 1e-54
NP_066358 (OMIM: 194556) zinc finger protein 14 [H ( 642) 1970 208.8 4.9e-53
NP_112495 (OMIM: 603975) zinc finger protein 93 [H ( 620) 1956 207.4 1.3e-52
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1848 196.8 1.9e-49
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1848 196.9 2e-49
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1848 196.9 2e-49
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1848 196.9 2e-49
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1848 196.9 2e-49
XP_016881640 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 669) 1847 196.8 2.1e-49
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1839 195.8 3.3e-49
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1839 195.8 3.3e-49
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1839 195.8 3.3e-49
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1839 195.8 3.3e-49
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1839 196.0 3.6e-49
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1839 196.0 3.6e-49
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1839 196.0 3.6e-49
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1839 196.0 3.6e-49
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1839 196.0 3.6e-49
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1839 196.0 3.7e-49
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1839 196.0 3.7e-49
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1839 196.0 3.7e-49
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1839 196.0 3.7e-49
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 1836 195.6 4.2e-49
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1828 194.8 7.4e-49
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1828 194.9 7.5e-49
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1828 194.9 7.5e-49
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1828 194.9 7.6e-49
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1825 194.5 9.1e-49
NP_001073878 (OMIM: 603981) zinc finger protein 99 ( 864) 1803 192.7 4.5e-48
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1800 192.6 6e-48
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1800 192.6 6e-48
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1800 192.6 6e-48
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1800 192.6 6e-48
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1800 192.6 6e-48
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1787 191.4 1.5e-47
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1787 191.4 1.5e-47
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 1787 191.4 1.5e-47
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1787 191.4 1.5e-47
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1787 191.4 1.5e-47
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 1787 191.4 1.5e-47
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 1787 191.4 1.5e-47
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1775 189.9 2.9e-47
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1775 189.9 2.9e-47
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1775 189.9 2.9e-47
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1775 189.9 3e-47
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1775 189.9 3e-47
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1775 189.9 3e-47
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1775 189.9 3e-47
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1775 189.9 3e-47
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1775 189.9 3e-47
>>NP_940937 (OMIM: 609571) zinc finger protein 699 [Homo (642 aa)
initn: 6320 init1: 1799 opt: 2027 Z-score: 1103.3 bits: 214.3 E(85289): 1e-54
Smith-Waterman score: 2157; 52.6% identity (71.5% similar) in 624 aa overlap (5-589:20-640)
10 20 30 40
pF1KB8 MDSVVFEDVAVDFTLEEWALLDSAQRDLYRDVMLETFQNLASV--
:::::::::: ::::::: :::.::::::::.::::::.
NP_940 MEEERKTAELQKNRIQDSVVFEDVAVDFTQEEWALLDLAQRNLYRDVMLENFQNLASLGY
10 20 30 40 50 60
50 60
pF1KB8 --------------DD---------------------ETQFKASGSVSQQDIYGEKIPKE
.: :::.:.. ::..::: :::: .:
NP_940 PLHTPHLISQWEQEEDLQTVKRELIQGIFMGEHREGFETQLKTNESVASQDICGEKISNE
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SKIATFTRNVSWASVLGKIWDSLSIEDQTTNQGRNLSRNHGLERL--CESNDQCGEALSQ
.::. : :: :: : : . .: .:. :. .. :.: ::: .: . : ..: :...::
NP_940 QKIVRFKRNDSWFSSLHENQESCGIDYQNKSHERHL-RNHMVENIYECYEENQDGQTFSQ
130 140 150 160 170
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IPHLNLYKKIPPGVKQYEYNTYGKVFMHRRTSLKSPITVHTGHKPYQCQECGQAYSCRSH
.:.:. :. ::. : . ::.:. . .:::: : ::: :::::.:::.:. .
NP_940 VPNLDSLKRNTE-VKSCECHECGKAFVDH-SSLKSHIRSHTGSKPYQCKECGKAFHFLAC
180 190 200 210 220 230
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LRMHVRTHNGERPYVCKLCGKTFPRTSSLNRHVRIHTAEKTYECKQCGKAFIDFSSLTSH
.. :..: . :.:: :: : :.: .: . :..:: .. .::::.:::.: :::: :
NP_940 FKKHMKTPTEEKPYECKECTKAFSCSSFFRAHMKIHIGKTNYECKECGKGFSCSSSLTEH
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LRSHTGEKPYKCKECGKAFSYSSTFRRHTITHTGEKPYKCKECAEAFSYSSTFRRHMISH
: :.:.:::.::::::::: ::.. .: :.:.:::.::::..::: :: . :. :
NP_940 KRIHSGDKPYECKECGKAFSCSSSLSKHKRIHSGDKPYECKECGKAFSSSSHLIIHIRIH
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 TGEKPHKCKECGEAFSYSSAFRRHMITHTGEKPYECKQCGKTFIYLQSFRRHERIHTGEK
:::::..:::::.::: :: . : ::::::::.::.:::.. .:. : : :::::
NP_940 TGEKPYECKECGKAFSESSKLTVHGRTHTGEKPYKCKECGKAYNCPSSLSIHMRKHTGEK
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 PYECKQCGKTFIYPQSFRRHERTHGGEKPYECNQCGKAFSHPSSFRGHMRVHTGEKPYEC
:::: .:::.: : :. : .... ::::::..:::::: :::::.:.: :::. :::
NP_940 PYECLECGKAFYLPTSLNTHVKNQSREKPYECKECGKAFSCPSSFRAHVRDHTGKIQYEC
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 KQCGKTFNWPISLRKHMRTHTREKPYECKQCGKAFSLSACFREHVRMHPEDKSYECKLCG
:.:::::. :: .:.:::. :::::::.::::: :. . :.: : .: :::: ::
NP_940 KECGKTFSRSSSLTEHLRTHSGEKPYECKECGKAFISSSHLTVHIRTHTGEKPYECKKCG
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KAFYCHISLQKHMRRHTAEKLYKCKQCGKAFSWPELLQQHVRTHTVEKPYECKECGKVFK
::: .:. ::: ::.:: :.::.::::: : :.: :: :::.:: ::::.:.
NP_940 KAFIYPSALRIHMRTHTGEKPYECKECGKAFRHSSYLTVHARMHTGEKPFECLECGKAFS
540 550 560 570 580 590
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 WPSSLPIHMRLHTGEKPYQCKHCGKAFNCSSSLRRHVRIHTTEKQYKCNVGHPPANEFMC
:::. :.: :::::::.::.::::: : . .::::. :: :
NP_940 CPSSFRRHVRSHTGEKPYECKECGKAFVCPAYFRRHVKTHTRENI
600 610 620 630 640
610 620
pF1KB8 SASEKSHQERDLIKVVNMVLPL
>>NP_066358 (OMIM: 194556) zinc finger protein 14 [Homo (642 aa)
initn: 1914 init1: 1914 opt: 1970 Z-score: 1073.1 bits: 208.8 E(85289): 4.9e-53
Smith-Waterman score: 2058; 49.6% identity (67.2% similar) in 635 aa overlap (20-614:20-606)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDSVVFEDVAVDFTLEEWALLDSAQRDLYRDVMLETFQNLASVDDETQFKASGSVSQQDI
::::.:. ::.::: :::.::.
NP_066 MDSVSFEDVAVNFTLEEWALLDSSQKKLYEDVMQETFKNLVC------------------
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB8 YGEKIPKESKIATFTRNVSWASVLGKIWDSLSIEDQTTNQGRNLSRNHGLERLCES--ND
::: :.. .:::. :::.: : : .:::::: ..
NP_066 -----------------------LGKKWEDQDIEDDHRNQGKN-RRCHMVERLCESRRGS
50 60 70
120 130 140 150
pF1KB8 QCGEALSQIPHLNLYKKIPPGVKQYEYNTYGKVFMHRRTSL-------------------
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NP_066 KCGETTSQMPNVNINKETFTGAKPHECSFCGRDFIHH-SSLNRHMRSHTGQKPNEYQEYE
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200
pF1KB8 KSPIT-------------------VHTGHKPYQCQECGQAYSCRSHLRMHVRTHNGERPY
:.: .::: :::.:..::.:. . .. : ::: :..::
NP_066 KQPCKCKAVGKTFSYHHCFRKHERTHTGVKPYECKQCGKAFIYYQPFQRHERTHAGQKPY
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 VCKLCGKTFPRTSSLNRHVRIHTAEKTYECKQCGKAFIDFSSLTSHLRSHTGEKPYKCKE
:: ::::: .:...:. ::..: ::::::::::: ..:. : :.:::::::.::.
NP_066 ECKQCGKTFIYYQSFQKHA--HTGKKPYECKQCGKAFICYQSFQRHKRTHTGEKPYECKQ
200 210 220 230 240 250
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 CGKAFSYSSTFRRHTITHTGEKPYKCKECAEAFSYSSTFRRHMISHTGEKPHKCKECGEA
:::::: . :: : :::::::::::::..:::. :.:::: .:.::::..:::::.:
NP_066 CGKAFSCPTYFRTHERTHTGEKPYKCKECGKAFSFLSSFRRHKRTHSGEKPYECKECGKA
260 270 280 290 300 310
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 FSYSSAFRRHMITHTGEKPYECKQCGKTFIYLQSFRRHERIHTGEKPYECKQCGKTFIYP
: ::..:: :.: ::: .::.::.:::.: .: : ::: : ::::::::.:::.: .
NP_066 FFYSASFRAHVIIHTGARPYKCKECGKAFNSSNSCRVHERTHIGEKPYECKRCGKSFSWS
320 330 340 350 360 370
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pF1KB8 QSFRRHERTHGGEKPYECNQCGKAFSHPSSFRGHMRVHTGEKPYECKQCGKTFNWPISLR
:.: ::::: :::::::.:: :.:: ::.: : .::::::::::::::::.. ::.
NP_066 ISLRLHERTHTGEKPYECKQCHKTFSFSSSLREHETTHTGEKPYECKQCGKTFSFSSSLQ
380 390 400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 KHMRTHTREKPYECKQCGKAFSLSACFREHVRMHPEDKSYECKLCGKAFYCHISLQKHMR
.: :::. ::::::::::::: :. :: : : : .: :::: :::.: :.. : :
NP_066 RHERTHNAEKPYECKQCGKAFRCSSYFRIHERSHTGEKPYECKQCGKVFIRSSSFRLHER
440 450 460 470 480 490
510 520 530 540 550 560
pF1KB8 RHTAEKLYKCKQCGKAFSWPELLQQHVRTHTVEKPYECKECGKVFKWPSSLPIHMRLHTG
::.:: :.:: :::.::. :..: . :: .::.:::.:::.: :.. .: : :::
NP_066 THTGEKPYECKLCGKTFSFSSSLREHEKIHTGNKPFECKQCGKAFLRSSQIRLHERTHTG
500 510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KB8 EKPYQCKHCGKAFNCSSSLRRHVRIHTTEKQYKCNVGHPPANEFMCSASEKSHQERDLIK
:::::::.::::: ::..: : : :: :: :.:. .. : :.: . :.
NP_066 EKPYQCKQCGKAFISSSKFRMHERTHTGEKPYRCK---QCGKAFRFSSSVRIHERSHTGE
560 570 580 590 600 610
pF1KB8 VVNMVLPL
NP_066 KPYECKQCGKAFISSSHFRLHERTHMGEKV
620 630 640
>>NP_112495 (OMIM: 603975) zinc finger protein 93 [Homo (620 aa)
initn: 3368 init1: 1757 opt: 1956 Z-score: 1065.8 bits: 207.4 E(85289): 1.3e-52
Smith-Waterman score: 1964; 47.1% identity (70.8% similar) in 607 aa overlap (1-595:1-596)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDSVVFEDVAVDFTLEEWALLDSAQRDLYRDVMLETFQNLASVDDETQFKASGSVSQQDI
: . :.:::..:.:::: ::.:::.:::.::::...::. . . ::. :.
NP_112 MGPLQFRDVAIEFSLEEWHCLDTAQRNLYRNVMLENYSNLVFL--------GIVVSKPDL
10 20 30 40 50
70 80 90 100
pF1KB8 YGEKIPKESKIATFTRN--VSWASVLGK-----IWDSLSIED--QTTNQGRNLSRNHG--
.. . . .: :. :. :. ::. . .: .:.: : . : .:.::
NP_112 IAH-LEQGKKPLTMKRHEMVANPSVICSHFAQDLWPEQNIKDSFQKVILRRYEKRGHGNL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 -LERLCESNDQCGEALSQIPHLNLYKKIPPGVKQYEYNTYGKVFMHRRTSLKSPITVHTG
: . ::: :.: . :: . . : .. . ::::: :. .. . ::
NP_112 QLIKRCESVDECKVHTGGYNGLNQCSTTTQS-KVFQCDKYGKVF-HKFSNSNRHNIRHTE
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 HKPYQCQECGQAYSCRSHLRMHVRTHNGERPYVCKLCGKTFPRTSSLNRHVRIHTAEKTY
.::..: :::.:.. : : : . :.::.::.:. :::.: .:.:: : ::::.:: :
NP_112 KKPFKCIECGKAFNQFSTLITHKKIHTGEKPYICEECGKAFKYSSALNTHKRIHTGEKPY
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 ECKQCGKAFIDFSSLTSHLRSHTGEKPYKCKECGKAFSYSSTFRRHTITHTGEKPYKCKE
.: .: :::: :.:..: :::.:::::.::::::. :::. .: :::::::::.:
NP_112 KCDKCDKAFIASSTLSKHEIIHTGKKPYKCEECGKAFNQSSTLTKHKKIHTGEKPYKCEE
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 CAEAFSYSSTFRRHMISHTGEKPHKCKECGEAFSYSSAFRRHMITHTGEKPYECKQCGKT
:..::. :::. .: ::::::. :.:::.::.:: . : :::::::.:..:::.
NP_112 CGKAFNQSSTLTKHKKIHTGEKPYVCEECGKAFKYSRILTTHKRIHTGEKPYKCNKCGKA
290 300 310 320 330 340
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pF1KB8 FIYLQSFRRHERIHTGEKPYECKQCGKTFIYPQSFRRHERTHGGEKPYECNQCGKAFSHP
:: ... ::: :: :.: :.:..:::.::. . . ::.:.: :::::.:..:::::..
NP_112 FIASSTLSRHEFIHMGKKHYKCEECGKAFIWSSVLTRHKRVHTGEKPYKCEECGKAFKYS
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 SSFRGHMRVHTGEKPYECKQCGKTFNWPISLRKHMRTHTREKPYECKQCGKAFSLSACFR
:.. .: : :::::::.:..:::.: .: :: :: .:::.:..:::::. :. .
NP_112 STLSSHKRSHTGEKPYKCEECGKAFVASSTLSKHEIIHTGKKPYKCEECGKAFNQSSSLT
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 EHVRMHPEDKSYECKLCGKAFYCHISLQKHMRRHTAEKLYKCKQCGKAFSWPELLQQHVR
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NP_112 KHKKIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSSLTKHKKIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSTLIKHKK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]